National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     99                                        
-     1,581                                        
?                                              
A     42                                        
C     33                                        
D     36                                        
E     24                                        
F     39                                        
G     39                                        
H     63                                        
I     123                                        
K     70                                        
L     312                   1                    
M     93                                        
N     57                                        
P     30                                        
Q     42                                        
R     35                                        
S     120                                        
T     105                                        
V     147                                        
W     6                                        
Y     66                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Malta 18040 G 13 13
1 Malta 18041 C 13 13
2 Malta 18042 T 13 13
3 Malta 18043 G 13 13
4 Malta 18044 A 13 13
5 Malta 18045 A 13 13
6 Malta 18046 A 13 13
7 Malta 18047 A 13 13
8 Malta 18048 T 13 13
9 Malta 18049 G 13 13
10 Malta 18050 T 13 13
11 Malta 18051 A 13 13
12 Malta 18052 A 13 13
13 Malta 18053 C 13 13
14 Malta 18054 A 13 13
15 Malta 18055 G 13 13
16 Malta 18056 G 13 13
17 Malta 18057 A 13 13
18 Malta 18058 C 13 13
19 Malta 18059 T 13 13
20 Malta 18060 C 13 13
21 Malta 18061 T 13 13
22 Malta 18062 T 13 13
23 Malta 18063 T 13 13
24 Malta 18064 A 13 13
25 Malta 18065 A 13 13
26 Malta 18066 A 13 13
27 Malta 18067 G 13 13
28 Malta 18068 A 13 13
29 Malta 18069 T 13 13
30 Malta 18070 T 13 13
31 Malta 18071 G 13 13
32 Malta 18072 T 13 13
33 Malta 18073 A 13 13
34 Malta 18074 G 13 13
35 Malta 18075 T 13 13
36 Malta 18076 A 13 13
37 Malta 18077 A 13 13
38 Malta 18078 G 13 13
39 Malta 18079 G 13 13
40 Malta 18080 T 13 13
41 Malta 18081 A 13 13
42 Malta 18082 A 13 13
43 Malta 18083 T 13 13
44 Malta 18084 C 13 13
45 Malta 18085 A 13 13
46 Malta 18086 C 13 13
47 Malta 18087 T 13 13
48 Malta 18088 G 13 13
49 Malta 18089 G 13 13
50 Malta 18090 G 13 13
51 Malta 18091 T 13 13
52 Malta 18092 T 13 13
53 Malta 18093 A 13 13
54 Malta 18094 C 13 13
55 Malta 18095 A 13 13
56 Malta 18096 T 13 13
57 Malta 18097 C 13 13
58 Malta 18098 C 13 13
59 Malta 18099 T 13 13
60 Malta 18100 A 13 13
61 Malta 18101 C 13 13
62 Malta 18102 A 13 13
63 Malta 18103 C 13 13
64 Malta 18104 A 13 13
65 Malta 18105 G 13 13
66 Malta 18106 G 13 13
67 Malta 18107 C 13 13
68 Malta 18108 A 13 13
69 Malta 18109 C 13 13
70 Malta 18110 C 13 13
71 Malta 18111 T 13 13
72 Malta 18112 A 13 13
73 Malta 18113 C 13 13
74 Malta 18114 A 13 13
75 Malta 18115 C 13 13
76 Malta 18116 A 13 13
77 Malta 18117 C 13 13
78 Malta 18118 C 13 13
79 Malta 18119 T 13 13
80 Malta 18120 C 13 13
81 Malta 18121 A 13 13
82 Malta 18122 G 13 13
83 Malta 18123 T 10 10
84 Malta 18124 G 10 10
85 Malta 18125 T 10 10
86 Malta 18126 T 10 10
87 Malta 18127 G 10 10
88 Malta 18128 A 10 10
89 Malta 18129 C 10 10
90 Malta 18130 A 10 10
91 Malta 18131 C 10 10
92 Malta 18132 T 10 10
93 Malta 18133 A 10 10
94 Malta 18134 A 10 10
95 Malta 18135 A 10 10
96 Malta 18136 T 10 10
97 Malta 18137 T 10 10
98 Malta 18138 C 10 10
99 Malta 18139 A 10 10
100 Malta 18140 A 10 10
101 Malta 18141 A 10 10
102 Malta 18142 A 10 10
103 Malta 18143 C 10 10
104 Malta 18144 T 10 10
105 Malta 18145 G 10 10
106 Malta 18146 A 10 10
107 Malta 18147 A 10 10
108 Malta 18148 G 10 10
109 Malta 18149 G 10 10
110 Malta 18150 T 10 10
111 Malta 18151 T 10 10
112 Malta 18152 T 10 10
113 Malta 18153 A 10 10
114 Malta 18154 T 10 10
115 Malta 18155 G 10 10
116 Malta 18156 T 10 10
117 Malta 18157 G 10 10
118 Malta 18158 T 10 10
119 Malta 18159 T 10 10
120 Malta 18160 G 10 10
121 Malta 18161 A 10 10
122 Malta 18162 C 10 10
123 Malta 18163 A 10 10
124 Malta 18164 T 10 10
125 Malta 18165 A 10 10
126 Malta 18166 C 10 10
127 Malta 18167 C 10 10
128 Malta 18168 T 10 10
129 Malta 18169 G 10 10
130 Malta 18170 G 10 10
131 Malta 18171 C 10 10
132 Malta 18172 A 10 10
133 Malta 18173 T 10 10
134 Malta 18174 A 10 10
135 Malta 18175 C 10 10
136 Malta 18176 C 10 10
137 Malta 18177 T 10 10
138 Malta 18178 A 10 10
139 Malta 18179 A 10 10
140 Malta 18180 G 10 10
141 Malta 18181 G 10 10
142 Malta 18182 A 10 10
143 Malta 18183 C 10 10
144 Malta 18184 A 10 10
145 Malta 18185 T 10 10
146 Malta 18186 G 10 10
147 Malta 18187 A 10 10
148 Malta 18188 C 10 10
149 Malta 18189 C 10 10
150 Malta 18190 T 10 10
151 Malta 18191 A 10 10
152 Malta 18192 T 10 10
153 Malta 18193 A 10 10
154 Malta 18194 G 10 10
155 Malta 18195 A 10 10
156 Malta 18196 A 10 10
157 Malta 18197 G 10 10
158 Malta 18198 A 10 10
159 Malta 18199 C 10 10
160 Malta 18200 T 10 10
161 Malta 18201 C 10 10
162 Malta 18202 A 10 10
163 Malta 18203 T 10 10
164 Malta 18204 C 10 10
165 Malta 18205 T 10 10
166 Malta 18206 C 10 10
167 Malta 18207 T 10 10
168 Malta 18208 A 10 10
169 Malta 18209 T 10 10
170 Malta 18210 G 10 10
171 Malta 18211 A 10 10
172 Malta 18212 T 10 10
173 Malta 18213 G 10 10
174 Malta 18214 G 10 10
175 Malta 18215 G 10 10
176 Malta 18216 T 10 10
177 Malta 18217 T 10 10
178 Malta 18218 T 10 10
179 Malta 18219 T 10 10
180 Malta 18220 A 10 10
181 Malta 18221 A 10 10
182 Malta 18222 A 10 10
183 Malta 18223 A 10 10
184 Malta 18224 T 10 10
185 Malta 18225 G 10 10
186 Malta 18226 A 10 10
187 Malta 18227 A 10 10
188 Malta 18228 T 10 10
189 Malta 18229 T 10 10
190 Malta 18230 A 10 10
191 Malta 18231 T 10 10
192 Malta 18232 C 10 10
193 Malta 18233 A 10 10
194 Malta 18234 A 10 10
195 Malta 18235 G 10 10
196 Malta 18236 T 10 10
197 Malta 18237 T 10 10
198 Malta 18238 A 10 10
199 Malta 18239 A 10 10
200 Malta 18240 T 10 10
201 Malta 18241 G 10 10
202 Malta 18242 G 10 10
203 Malta 18243 T 10 10
204 Malta 18244 T 10 10
205 Malta 18245 A 10 10
206 Malta 18246 C 10 10
207 Malta 18247 C 10 10
208 Malta 18248 C 10 10
209 Malta 18249 T 10 10
210 Malta 18250 A 10 10
211 Malta 18251 A 10 10
212 Malta 18252 C 10 10
213 Malta 18253 A 10 10
214 Malta 18254 T 10 10
215 Malta 18255 G 10 10
216 Malta 18256 T 10 10
217 Malta 18257 T 10 10
218 Malta 18258 T 10 10
219 Malta 18259 A 10 10
220 Malta 18260 T 10 10
221 Malta 18261 C 10 10
222 Malta 18262 A 10 10
223 Malta 18263 C 10 10
224 Malta 18264 C 10 10
225 Malta 18265 C 10 10
226 Malta 18266 G 10 10
227 Malta 18267 C 10 10
228 Malta 18268 G 10 10
229 Malta 18269 A 10 10
230 Malta 18270 A 10 10
231 Malta 18271 G 10 10
232 Malta 18272 A 10 10
233 Malta 18273 A 10 10
234 Malta 18274 G 10 10
235 Malta 18275 C 10 10
236 Malta 18276 T 10 10
237 Malta 18277 A 10 10
238 Malta 18278 T 10 10
239 Malta 18279 A 10 10
240 Malta 18280 A 10 10
241 Malta 18281 G 10 10
242 Malta 18282 A 10 10
243 Malta 18283 C 10 10
244 Malta 18284 A 10 10
245 Malta 18285 T 10 10
246 Malta 18286 G 10 10
247 Malta 18287 T 10 10
248 Malta 18288 A 10 10
249 Malta 18289 C 10 10
250 Malta 18290 G 10 10
251 Malta 18291 T 10 10
252 Malta 18292 G 10 10
253 Malta 18293 C 10 10
254 Malta 18294 A 10 10
255 Malta 18295 T 10 10
256 Malta 18296 G 10 10
257 Malta 18297 G 10 10
258 Malta 18298 A 10 10
259 Malta 18299 T 10 10
260 Malta 18300 T 10 10
261 Malta 18301 G 10 10
262 Malta 18302 G 10 10
263 Malta 18303 C 10 10
264 Malta 18304 T 10 10
265 Malta 18305 T 10 10
266 Malta 18306 C 10 10
267 Malta 18307 G 10 10
268 Malta 18308 A 10 10
269 Malta 18309 T 10 10
270 Malta 18310 G 10 10
271 Malta 18311 T 10 10
272 Malta 18312 C 10 10
273 Malta 18313 G 10 10
274 Malta 18314 A 10 10
275 Malta 18315 G 10 10
276 Malta 18316 G 10 10
277 Malta 18317 G 10 10
278 Malta 18318 G 10 10
279 Malta 18319 T 10 10
280 Malta 18320 G 10 10
281 Malta 18321 T 10 10
282 Malta 18322 C 10 10
283 Malta 18323 A 10 10
284 Malta 18324 T 10 10
285 Malta 18325 G 10 10
286 Malta 18326 C 10 10
287 Malta 18327 T 10 10
288 Malta 18328 A 10 10
289 Malta 18329 C 10 10
290 Malta 18330 T 10 10
291 Malta 18331 A 10 10
292 Malta 18332 G 10 10
293 Malta 18333 A 10 10
294 Malta 18334 G 10 10
295 Malta 18335 A 10 10
296 Malta 18336 A 10 10
297 Malta 18337 G 10 10
298 Malta 18338 C 10 10
299 Malta 18339 T 10 10
300 Malta 18340 G 10 10
301 Malta 18341 T 10 10
302 Malta 18342 T 10 10
303 Malta 18343 G 10 10
304 Malta 18344 G 10 10
305 Malta 18345 T 10 10
306 Malta 18346 A 10 10
307 Malta 18347 C 10 10
308 Malta 18348 C 10 10
309 Malta 18349 A 10 10
310 Malta 18350 A 10 10
311 Malta 18351 T 10 10
312 Malta 18352 T 10 10
313 Malta 18353 T 10 10
314 Malta 18354 A 10 10
315 Malta 18355 C 10 10
316 Malta 18356 C 10 10
317 Malta 18357 T 10 10
318 Malta 18358 T 10 10
319 Malta 18359 T 10 10
320 Malta 18360 A 10 10
321 Malta 18361 C 10 10
322 Malta 18362 A 10 10
323 Malta 18363 G 10 10
324 Malta 18364 C 10 10
325 Malta 18365 T 10 10
326 Malta 18366 A 10 10
327 Malta 18367 G 10 10
328 Malta 18368 G 10 10
329 Malta 18369 T 10 10
330 Malta 18370 T 10 10
331 Malta 18371 T 10 10
332 Malta 18372 T 10 10
333 Malta 18373 T 10 10
334 Malta 18374 C 10 10
335 Malta 18375 T 10 10
336 Malta 18376 A 10 10
337 Malta 18377 C 10 10
338 Malta 18378 A 10 10
339 Malta 18379 G 10 10
340 Malta 18380 G 10 10
341 Malta 18381 T 10 10
342 Malta 18382 G 10 10
343 Malta 18383 T 10 10
344 Malta 18384 T 10 10
345 Malta 18385 A 10 10
346 Malta 18386 A 10 10
347 Malta 18387 C 10 10
348 Malta 18388 C 10 10
349 Malta 18389 T 10 10
350 Malta 18390 A 10 10
351 Malta 18391 G 10 10
352 Malta 18392 T 10 10
353 Malta 18393 T 10 10
354 Malta 18394 G 10 10
355 Malta 18395 C T 10 0 Leu6044Leu
356 Malta 18396 T 10 10
357 Malta 18397 G 10 10
358 Malta 18398 T 10 10
359 Malta 18399 A 10 10
360 Malta 18400 C 10 10
361 Malta 18401 C 10 10
362 Malta 18402 T 10 10
363 Malta 18403 A 10 10
364 Malta 18404 C 10 10
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