National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G I K L M N P R S T V Y
*     2                                  
-     228                                  
?                                        
A     12                                  
C     9                                  
D     3                                  
E     6                                  
F     15                                  
G     3                                  
I     9                                  
K     6                                  
L     43                                  
M     3                                  
N     15                                  
P     6                                  
R     9                                  
S     24                                  
T     12                                  
V     39                                  
Y     12   1                              

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Uganda 26245 A 132 132
1 Uganda 26246 T 132 132
2 Uganda 26247 G 132 132
3 Uganda 26248 T 132 132
4 Uganda 26249 A 132 132
5 Uganda 26250 C 132 132
6 Uganda 26251 T 132 132
7 Uganda 26252 C 132 132
8 Uganda 26253 A 132 132
9 Uganda 26254 T 133 133
10 Uganda 26255 T 133 133
11 Uganda 26256 C 133 133
12 Uganda 26257 G 133 133
13 Uganda 26258 T 133 133
14 Uganda 26259 T 133 133
15 Uganda 26260 T 133 133
16 Uganda 26261 C 133 133
17 Uganda 26262 G 133 133
18 Uganda 26263 G 133 133
19 Uganda 26264 A 133 133
20 Uganda 26265 A 133 133
21 Uganda 26266 G 133 133
22 Uganda 26267 A 133 133
23 Uganda 26268 G 133 132
24 Uganda 26269 A 133 132
25 Uganda 26270 C 133 133
26 Uganda 26271 A 133 133
27 Uganda 26272 G 133 133
28 Uganda 26273 G 133 133
29 Uganda 26274 T 133 133
30 Uganda 26275 A 133 133
31 Uganda 26276 C 133 132
32 Uganda 26277 G 133 133
33 Uganda 26278 T 133 133
34 Uganda 26279 T 133 133
35 Uganda 26280 A 133 133
36 Uganda 26281 A 133 133
37 Uganda 26282 T 133 133
38 Uganda 26283 A 133 133
39 Uganda 26284 G 133 133
40 Uganda 26285 T 133 133
41 Uganda 26286 T 133 133
42 Uganda 26287 A 133 133
43 Uganda 26288 A 133 133
44 Uganda 26289 T 133 133
45 Uganda 26290 A 133 133
46 Uganda 26291 G 133 133
47 Uganda 26292 C 133 133
48 Uganda 26293 G 133 133
49 Uganda 26294 T 133 133
50 Uganda 26295 A 133 133
51 Uganda 26296 C 133 132
52 Uganda 26297 T 133 132
53 Uganda 26298 T 133 132
54 Uganda 26299 C 133 133
55 Uganda 26300 T 133 133
56 Uganda 26301 T 133 133
57 Uganda 26302 T 133 133
58 Uganda 26303 T 133 133
59 Uganda 26304 T 133 132
60 Uganda 26305 C 133 133
61 Uganda 26306 T 133 133
62 Uganda 26307 T 133 133
63 Uganda 26308 G 133 133
64 Uganda 26309 C 133 133
65 Uganda 26310 T 133 133
66 Uganda 26311 T 133 133
67 Uganda 26312 T 133 133
68 Uganda 26313 C 133 133
69 Uganda 26314 G 133 133
70 Uganda 26315 T 133 133
71 Uganda 26316 G 133 133
72 Uganda 26317 G 133 133
73 Uganda 26318 T 133 133
74 Uganda 26319 A 133 133
75 Uganda 26320 T 133 133
76 Uganda 26321 T 133 133
77 Uganda 26322 C 133 133
78 Uganda 26323 T 133 133
79 Uganda 26324 T 133 133
80 Uganda 26325 G 133 133
81 Uganda 26326 C 133 132
82 Uganda 26327 T 133 133
83 Uganda 26328 A 133 133
84 Uganda 26329 G 133 133
85 Uganda 26330 T 133 133
86 Uganda 26331 T 133 133
87 Uganda 26332 A 133 133
88 Uganda 26333 C 133 133
89 Uganda 26334 A 133 133
90 Uganda 26335 C 133 133
91 Uganda 26336 T 133 133
92 Uganda 26337 A 133 133
93 Uganda 26338 G 133 133
94 Uganda 26339 C 133 133
95 Uganda 26340 C 133 133
96 Uganda 26341 A 133 133
97 Uganda 26342 T 133 133
98 Uganda 26343 C 133 133
99 Uganda 26344 C 133 132
100 Uganda 26345 T 133 132
101 Uganda 26346 T 133 132
102 Uganda 26347 A 133 132
103 Uganda 26348 C 133 133
104 Uganda 26349 T 133 133
105 Uganda 26350 G 133 132
106 Uganda 26351 C 133 133
107 Uganda 26352 G 133 133
108 Uganda 26353 C 133 133
109 Uganda 26354 T 133 133
110 Uganda 26355 T 133 133
111 Uganda 26356 C 133 133
112 Uganda 26357 G 133 133
113 Uganda 26358 A 133 133
114 Uganda 26359 T 133 133
115 Uganda 26360 T 133 133
116 Uganda 26361 G 133 133
117 Uganda 26362 T 133 133
118 Uganda 26363 G 133 133
119 Uganda 26364 T 133 133
120 Uganda 26365 G 133 133
121 Uganda 26366 C 133 133
122 Uganda 26367 G 133 133
123 Uganda 26368 T 133 133
124 Uganda 26369 A 133 133
125 Uganda 26370 C 133 133
126 Uganda 26371 T 133 133
127 Uganda 26372 G 133 133
128 Uganda 26373 C 133 133
129 Uganda 26374 T 133 133
130 Uganda 26375 G 133 133
131 Uganda 26376 C 133 133
132 Uganda 26377 A 133 133
133 Uganda 26378 A 133 133
134 Uganda 26379 T 133 133
135 Uganda 26380 A 133 133
136 Uganda 26381 T 133 132
137 Uganda 26382 T 133 133
138 Uganda 26383 G 133 133
139 Uganda 26384 T 133 133
140 Uganda 26385 T 133 133
141 Uganda 26386 A 133 133
142 Uganda 26387 A 133 133
143 Uganda 26388 C 133 133
144 Uganda 26389 G 133 133
145 Uganda 26390 T 133 133
146 Uganda 26391 G 133 133
147 Uganda 26392 A 133 132
148 Uganda 26393 G 133 133
149 Uganda 26394 T 133 133
150 Uganda 26395 C 133 133
151 Uganda 26396 T 133 133
152 Uganda 26397 T 133 133
153 Uganda 26398 G 133 133
154 Uganda 26399 T 133 133
155 Uganda 26400 A 133 133
156 Uganda 26401 A 133 133
157 Uganda 26402 A 133 133
158 Uganda 26403 A 133 133
159 Uganda 26404 C 133 133
160 Uganda 26405 C 133 133
161 Uganda 26406 T 133 133
162 Uganda 26407 T 133 133
163 Uganda 26408 C 133 133
164 Uganda 26409 T 133 133
165 Uganda 26410 T 133 133
166 Uganda 26411 T 133 133
167 Uganda 26412 T 133 132
168 Uganda 26413 T 133 130
169 Uganda 26414 A G 133 132 Tyr57Cys
170 Uganda 26415 C 133 133
171 Uganda 26416 G 133 133
172 Uganda 26417 T 133 133
173 Uganda 26418 T 133 133
174 Uganda 26419 T 133 133
175 Uganda 26420 A 133 132
176 Uganda 26421 C 133 132
177 Uganda 26422 T 133 132
178 Uganda 26423 C 133 132
179 Uganda 26424 T 133 133
180 Uganda 26425 C 133 132
181 Uganda 26426 G 133 132
182 Uganda 26427 T 133 133
183 Uganda 26428 G 133 132
184 Uganda 26429 T 133 133
185 Uganda 26430 T 133 133
186 Uganda 26431 A 133 133
187 Uganda 26432 A 133 133
188 Uganda 26433 A 133 133
189 Uganda 26434 A 133 132
190 Uganda 26435 A 133 132
191 Uganda 26436 T 133 133
192 Uganda 26437 C 133 133
193 Uganda 26438 T 133 133
194 Uganda 26439 G 133 131
195 Uganda 26440 A 133 133
196 Uganda 26441 A 133 133
197 Uganda 26442 T 133 133
198 Uganda 26443 T 133 133
199 Uganda 26444 C 133 132
200 Uganda 26445 T 133 132
201 Uganda 26446 T 133 133
202 Uganda 26447 C 133 133
203 Uganda 26448 T 133 133
204 Uganda 26449 A 133 133
205 Uganda 26450 G 133 133
206 Uganda 26451 A 133 133
207 Uganda 26452 G 133 133
208 Uganda 26453 T 133 133
209 Uganda 26454 T 133 133
210 Uganda 26455 C 133 133
211 Uganda 26456 C 133 132
212 Uganda 26457 T 133 133
213 Uganda 26458 G 133 133
214 Uganda 26459 A 133 133
215 Uganda 26460 T 133 133
216 Uganda 26461 C 133 133
217 Uganda 26462 T 133 133
218 Uganda 26463 T 133 133
219 Uganda 26464 C 133 133
220 Uganda 26465 T 133 133
221 Uganda 26466 G 133 133
222 Uganda 26467 G 133 132
223 Uganda 26468 T 133 133
224 Uganda 26469 C 133 133
225 Uganda 26470 T 133 133
226 Uganda 26471 A 133 133
227 Uganda 26472 A 133 133