National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G I K L M N P R S T V Y
*     2                                  
-     228                                  
?                                        
A     12                                  
C     9                                  
D     3                                  
E     6                                  
F     15                                  
G     3                                  
I     9                                  
K     6                                  
L     43                                  
M     3                                  
N     15                                  
P     6                                  
R     9                                  
S     24                                  
T     12                                  
V     39                                  
Y     12                                  

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Tunisia 26245 A 79 79
1 Tunisia 26246 T 79 79
2 Tunisia 26247 G 79 79
3 Tunisia 26248 T 79 79
4 Tunisia 26249 A 79 79
5 Tunisia 26250 C 79 79
6 Tunisia 26251 T 79 79
7 Tunisia 26252 C 79 79
8 Tunisia 26253 A 79 79
9 Tunisia 26254 T 79 79
10 Tunisia 26255 T 79 79
11 Tunisia 26256 C 79 79
12 Tunisia 26257 G 79 79
13 Tunisia 26258 T 79 79
14 Tunisia 26259 T 79 79
15 Tunisia 26260 T 79 79
16 Tunisia 26261 C 79 79
17 Tunisia 26262 G 79 79
18 Tunisia 26263 G 79 79
19 Tunisia 26264 A 79 79
20 Tunisia 26265 A 79 79
21 Tunisia 26266 G 79 79
22 Tunisia 26267 A 79 79
23 Tunisia 26268 G 79 79
24 Tunisia 26269 A 79 79
25 Tunisia 26270 C 79 79
26 Tunisia 26271 A 79 79
27 Tunisia 26272 G 79 79
28 Tunisia 26273 G 79 79
29 Tunisia 26274 T 79 79
30 Tunisia 26275 A 79 79
31 Tunisia 26276 C 79 79
32 Tunisia 26277 G 79 79
33 Tunisia 26278 T 79 79
34 Tunisia 26279 T 79 79
35 Tunisia 26280 A 79 79
36 Tunisia 26281 A 79 79
37 Tunisia 26282 T 79 79
38 Tunisia 26283 A 79 79
39 Tunisia 26284 G 79 79
40 Tunisia 26285 T 79 79
41 Tunisia 26286 T 79 79
42 Tunisia 26287 A 79 79
43 Tunisia 26288 A 79 79
44 Tunisia 26289 T 79 79
45 Tunisia 26290 A 79 79
46 Tunisia 26291 G 79 79
47 Tunisia 26292 C 79 79
48 Tunisia 26293 G 79 79
49 Tunisia 26294 T 79 79
50 Tunisia 26295 A 79 79
51 Tunisia 26296 C 79 79
52 Tunisia 26297 T 79 79
53 Tunisia 26298 T 79 79
54 Tunisia 26299 C 79 79
55 Tunisia 26300 T 79 79
56 Tunisia 26301 T 79 79
57 Tunisia 26302 T 79 79
58 Tunisia 26303 T 79 79
59 Tunisia 26304 T 79 79
60 Tunisia 26305 C 79 79
61 Tunisia 26306 T 79 79
62 Tunisia 26307 T 79 79
63 Tunisia 26308 G 79 79
64 Tunisia 26309 C 79 79
65 Tunisia 26310 T 79 79
66 Tunisia 26311 T 79 79
67 Tunisia 26312 T 79 79
68 Tunisia 26313 C 79 79
69 Tunisia 26314 G 79 79
70 Tunisia 26315 T 79 78
71 Tunisia 26316 G 79 79
72 Tunisia 26317 G 79 79
73 Tunisia 26318 T 79 79
74 Tunisia 26319 A 79 79
75 Tunisia 26320 T 79 79
76 Tunisia 26321 T 78 78
77 Tunisia 26322 C 78 78
78 Tunisia 26323 T 78 78
79 Tunisia 26324 T 78 78
80 Tunisia 26325 G 78 78
81 Tunisia 26326 C 78 78
82 Tunisia 26327 T 78 78
83 Tunisia 26328 A 78 78
84 Tunisia 26329 G 78 78
85 Tunisia 26330 T 78 78
86 Tunisia 26331 T 78 78
87 Tunisia 26332 A 78 78
88 Tunisia 26333 C 78 78
89 Tunisia 26334 A 78 78
90 Tunisia 26335 C 78 78
91 Tunisia 26336 T 78 78
92 Tunisia 26337 A 78 78
93 Tunisia 26338 G 78 78
94 Tunisia 26339 C 78 78
95 Tunisia 26340 C 78 78
96 Tunisia 26341 A 78 78
97 Tunisia 26342 T 78 78
98 Tunisia 26343 C 78 78
99 Tunisia 26344 C 78 78
100 Tunisia 26345 T 78 78
101 Tunisia 26346 T 78 78
102 Tunisia 26347 A 78 78
103 Tunisia 26348 C 78 78
104 Tunisia 26349 T 78 78
105 Tunisia 26350 G 78 78
106 Tunisia 26351 C 78 78
107 Tunisia 26352 G 78 78
108 Tunisia 26353 C 78 78
109 Tunisia 26354 T 78 78
110 Tunisia 26355 T 78 78
111 Tunisia 26356 C 78 78
112 Tunisia 26357 G 78 78
113 Tunisia 26358 A 78 78
114 Tunisia 26359 T 78 78
115 Tunisia 26360 T 78 78
116 Tunisia 26361 G 78 78
117 Tunisia 26362 T 78 78
118 Tunisia 26363 G 78 78
119 Tunisia 26364 T 78 78
120 Tunisia 26365 G 78 78
121 Tunisia 26366 C 78 78
122 Tunisia 26367 G 78 78
123 Tunisia 26368 T 78 78
124 Tunisia 26369 A 78 78
125 Tunisia 26370 C 78 78
126 Tunisia 26371 T 78 78
127 Tunisia 26372 G 78 78
128 Tunisia 26373 C 78 78
129 Tunisia 26374 T 78 78
130 Tunisia 26375 G 78 78
131 Tunisia 26376 C 78 78
132 Tunisia 26377 A 78 78
133 Tunisia 26378 A 78 78
134 Tunisia 26379 T 78 78
135 Tunisia 26380 A 78 78
136 Tunisia 26381 T 78 78
137 Tunisia 26382 T 78 78
138 Tunisia 26383 G 78 78
139 Tunisia 26384 T 78 78
140 Tunisia 26385 T 78 78
141 Tunisia 26386 A 78 78
142 Tunisia 26387 A 78 78
143 Tunisia 26388 C 78 78
144 Tunisia 26389 G 78 78
145 Tunisia 26390 T 78 78
146 Tunisia 26391 G 78 78
147 Tunisia 26392 A 78 78
148 Tunisia 26393 G 78 78
149 Tunisia 26394 T 78 78
150 Tunisia 26395 C 78 78
151 Tunisia 26396 T 78 78
152 Tunisia 26397 T 78 78
153 Tunisia 26398 G 78 78
154 Tunisia 26399 T 78 78
155 Tunisia 26400 A 78 78
156 Tunisia 26401 A 78 78
157 Tunisia 26402 A 78 78
158 Tunisia 26403 A 78 78
159 Tunisia 26404 C 78 78
160 Tunisia 26405 C 78 78
161 Tunisia 26406 T 78 78
162 Tunisia 26407 T 78 78
163 Tunisia 26408 C 78 78
164 Tunisia 26409 T 78 78
165 Tunisia 26410 T 78 78
166 Tunisia 26411 T 78 78
167 Tunisia 26412 T 78 78
168 Tunisia 26413 T 78 78
169 Tunisia 26414 A 78 78
170 Tunisia 26415 C 78 78
171 Tunisia 26416 G 78 78
172 Tunisia 26417 T 78 78
173 Tunisia 26418 T 78 78
174 Tunisia 26419 T 78 78
175 Tunisia 26420 A 78 78
176 Tunisia 26421 C 78 78
177 Tunisia 26422 T 78 78
178 Tunisia 26423 C 78 78
179 Tunisia 26424 T 78 78
180 Tunisia 26425 C 78 78
181 Tunisia 26426 G 78 78
182 Tunisia 26427 T 78 78
183 Tunisia 26428 G 78 78
184 Tunisia 26429 T 78 78
185 Tunisia 26430 T 78 78
186 Tunisia 26431 A 78 78
187 Tunisia 26432 A 78 78
188 Tunisia 26433 A 78 78
189 Tunisia 26434 A 78 78
190 Tunisia 26435 A 78 78
191 Tunisia 26436 T 78 78
192 Tunisia 26437 C 78 78
193 Tunisia 26438 T 78 78
194 Tunisia 26439 G 78 78
195 Tunisia 26440 A 78 78
196 Tunisia 26441 A 78 78
197 Tunisia 26442 T 78 78
198 Tunisia 26443 T 78 78
199 Tunisia 26444 C 78 78
200 Tunisia 26445 T 78 78
201 Tunisia 26446 T 78 78
202 Tunisia 26447 C 78 78
203 Tunisia 26448 T 78 78
204 Tunisia 26449 A 78 78
205 Tunisia 26450 G 78 78
206 Tunisia 26451 A 78 78
207 Tunisia 26452 G 78 78
208 Tunisia 26453 T 78 78
209 Tunisia 26454 T 78 78
210 Tunisia 26455 C 78 78
211 Tunisia 26456 C 78 78
212 Tunisia 26457 T 78 78
213 Tunisia 26458 G 78 78
214 Tunisia 26459 A 78 78
215 Tunisia 26460 T 78 78
216 Tunisia 26461 C 78 78
217 Tunisia 26462 T 78 78
218 Tunisia 26463 T 78 78
219 Tunisia 26464 C 78 78
220 Tunisia 26465 T 78 78
221 Tunisia 26466 G 78 78
222 Tunisia 26467 G 78 78
223 Tunisia 26468 T 78 78
224 Tunisia 26469 C 78 78
225 Tunisia 26470 T 78 78
226 Tunisia 26471 A 78 78
227 Tunisia 26472 A 78 78