National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G I K L M N P R S T V Y
*     2                                  
-     228                                  
?                                        
A     12                             1    
C     9                                  
D     3                                  
E     6                                  
F     15         1                        
G     3                                  
I     9                                  
K     6                                  
L     43                                  
M     3                                  
N     15                                  
P     6                                  
R     9                                  
S     24                                  
T     12                                  
V     39                                  
Y     12                                  

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Sri_Lanka 26245 A 60 60
1 Sri_Lanka 26246 T 60 60
2 Sri_Lanka 26247 G 60 60
3 Sri_Lanka 26248 T 60 60
4 Sri_Lanka 26249 A 60 60
5 Sri_Lanka 26250 C 60 60
6 Sri_Lanka 26251 T 60 60
7 Sri_Lanka 26252 C 60 60
8 Sri_Lanka 26253 A 60 60
9 Sri_Lanka 26254 T 60 60
10 Sri_Lanka 26255 T 60 60
11 Sri_Lanka 26256 C 60 60
12 Sri_Lanka 26257 G 60 60
13 Sri_Lanka 26258 T 60 60
14 Sri_Lanka 26259 T 60 60
15 Sri_Lanka 26260 T 60 60
16 Sri_Lanka 26261 C 60 60
17 Sri_Lanka 26262 G 60 60
18 Sri_Lanka 26263 G 60 60
19 Sri_Lanka 26264 A 60 60
20 Sri_Lanka 26265 A 60 60
21 Sri_Lanka 26266 G 60 60
22 Sri_Lanka 26267 A 60 60
23 Sri_Lanka 26268 G 60 60
24 Sri_Lanka 26269 A 60 60
25 Sri_Lanka 26270 C 60 60
26 Sri_Lanka 26271 A 60 60
27 Sri_Lanka 26272 G 60 60
28 Sri_Lanka 26273 G 60 60
29 Sri_Lanka 26274 T 60 60
30 Sri_Lanka 26275 A 60 60
31 Sri_Lanka 26276 C 60 60
32 Sri_Lanka 26277 G 60 60
33 Sri_Lanka 26278 T 60 60
34 Sri_Lanka 26279 T 60 60
35 Sri_Lanka 26280 A 60 60
36 Sri_Lanka 26281 A 60 60
37 Sri_Lanka 26282 T 60 60
38 Sri_Lanka 26283 A 60 60
39 Sri_Lanka 26284 G 60 60
40 Sri_Lanka 26285 T 60 60
41 Sri_Lanka 26286 T 60 60
42 Sri_Lanka 26287 A 60 60
43 Sri_Lanka 26288 A 60 60
44 Sri_Lanka 26289 T 60 60
45 Sri_Lanka 26290 A 60 60
46 Sri_Lanka 26291 G 60 60
47 Sri_Lanka 26292 C 60 60
48 Sri_Lanka 26293 G 60 60
49 Sri_Lanka 26294 T 60 60
50 Sri_Lanka 26295 A 60 60
51 Sri_Lanka 26296 C 60 60
52 Sri_Lanka 26297 T 60 60
53 Sri_Lanka 26298 T 60 60
54 Sri_Lanka 26299 C 60 60
55 Sri_Lanka 26300 T 60 60
56 Sri_Lanka 26301 T 60 60
57 Sri_Lanka 26302 T 60 60
58 Sri_Lanka 26303 T 60 60
59 Sri_Lanka 26304 T 60 60
60 Sri_Lanka 26305 C 60 60
61 Sri_Lanka 26306 T 60 60
62 Sri_Lanka 26307 T 60 60
63 Sri_Lanka 26308 G 60 60
64 Sri_Lanka 26309 C 60 60
65 Sri_Lanka 26310 T 60 60
66 Sri_Lanka 26311 T 60 60
67 Sri_Lanka 26312 T 60 60
68 Sri_Lanka 26313 C T 60 59 Phe23Phe
69 Sri_Lanka 26314 G 60 60
70 Sri_Lanka 26315 T 60 60
71 Sri_Lanka 26316 G 60 60
72 Sri_Lanka 26317 G 60 60
73 Sri_Lanka 26318 T 60 60
74 Sri_Lanka 26319 A 60 60
75 Sri_Lanka 26320 T 60 59
76 Sri_Lanka 26321 T 60 59
77 Sri_Lanka 26322 C 60 59
78 Sri_Lanka 26323 T 60 59
79 Sri_Lanka 26324 T 60 59
80 Sri_Lanka 26325 G 60 59
81 Sri_Lanka 26326 C 60 59
82 Sri_Lanka 26327 T 60 59
83 Sri_Lanka 26328 A 60 59
84 Sri_Lanka 26329 G 60 59
85 Sri_Lanka 26330 T 60 59
86 Sri_Lanka 26331 T 60 59
87 Sri_Lanka 26332 A 60 59
88 Sri_Lanka 26333 C 60 59
89 Sri_Lanka 26334 A 60 59
90 Sri_Lanka 26335 C 60 59
91 Sri_Lanka 26336 T 60 59
92 Sri_Lanka 26337 A 60 60
93 Sri_Lanka 26338 G 60 60
94 Sri_Lanka 26339 C 60 60
95 Sri_Lanka 26340 C 60 60
96 Sri_Lanka 26341 A 60 60
97 Sri_Lanka 26342 T 60 60
98 Sri_Lanka 26343 C 60 60
99 Sri_Lanka 26344 C 60 60
100 Sri_Lanka 26345 T 60 60
101 Sri_Lanka 26346 T 60 60
102 Sri_Lanka 26347 A 60 60
103 Sri_Lanka 26348 C 60 60
104 Sri_Lanka 26349 T 60 60
105 Sri_Lanka 26350 G 60 60
106 Sri_Lanka 26351 C 60 60
107 Sri_Lanka 26352 G 60 60
108 Sri_Lanka 26353 C 60 60
109 Sri_Lanka 26354 T 60 60
110 Sri_Lanka 26355 T 60 60
111 Sri_Lanka 26356 C 60 60
112 Sri_Lanka 26357 G 60 60
113 Sri_Lanka 26358 A 56 42
114 Sri_Lanka 26359 T 55 31
115 Sri_Lanka 26360 T 54 26
116 Sri_Lanka 26361 G 54 26
117 Sri_Lanka 26362 T 54 26
118 Sri_Lanka 26363 G 54 26
119 Sri_Lanka 26364 T 54 26
120 Sri_Lanka 26365 G A 54 25 Ala41Thr
121 Sri_Lanka 26366 C 54 26
122 Sri_Lanka 26367 G 54 26
123 Sri_Lanka 26368 T 54 26
124 Sri_Lanka 26369 A 53 24
125 Sri_Lanka 26370 C 53 24
126 Sri_Lanka 26371 T 53 24
127 Sri_Lanka 26372 G 53 24
128 Sri_Lanka 26373 C 53 24
129 Sri_Lanka 26374 T 53 24
130 Sri_Lanka 26375 G 53 28
131 Sri_Lanka 26376 C 53 28
132 Sri_Lanka 26377 A 53 28
133 Sri_Lanka 26378 A 53 28
134 Sri_Lanka 26379 T 53 28
135 Sri_Lanka 26380 A 53 28
136 Sri_Lanka 26381 T 53 28
137 Sri_Lanka 26382 T 53 28
138 Sri_Lanka 26383 G 53 28
139 Sri_Lanka 26384 T 53 27
140 Sri_Lanka 26385 T 53 27
141 Sri_Lanka 26386 A 53 44
142 Sri_Lanka 26387 A 53 44
143 Sri_Lanka 26388 C 53 44
144 Sri_Lanka 26389 G 53 43
145 Sri_Lanka 26390 T 53 43
146 Sri_Lanka 26391 G 53 43
147 Sri_Lanka 26392 A 53 43
148 Sri_Lanka 26393 G 53 46
149 Sri_Lanka 26394 T 53 53
150 Sri_Lanka 26395 C 53 53
151 Sri_Lanka 26396 T 53 53
152 Sri_Lanka 26397 T 53 53
153 Sri_Lanka 26398 G 53 53
154 Sri_Lanka 26399 T 53 53
155 Sri_Lanka 26400 A 53 53
156 Sri_Lanka 26401 A 53 52
157 Sri_Lanka 26402 A 53 52
158 Sri_Lanka 26403 A 53 52
159 Sri_Lanka 26404 C 53 53
160 Sri_Lanka 26405 C 53 53
161 Sri_Lanka 26406 T 53 53
162 Sri_Lanka 26407 T 53 53
163 Sri_Lanka 26408 C 53 53
164 Sri_Lanka 26409 T 53 53
165 Sri_Lanka 26410 T 53 53
166 Sri_Lanka 26411 T 53 53
167 Sri_Lanka 26412 T 53 53
168 Sri_Lanka 26413 T 53 53
169 Sri_Lanka 26414 A 53 53
170 Sri_Lanka 26415 C 53 53
171 Sri_Lanka 26416 G 53 53
172 Sri_Lanka 26417 T 53 53
173 Sri_Lanka 26418 T 53 53
174 Sri_Lanka 26419 T 53 53
175 Sri_Lanka 26420 A 53 53
176 Sri_Lanka 26421 C 53 53
177 Sri_Lanka 26422 T 53 53
178 Sri_Lanka 26423 C 53 53
179 Sri_Lanka 26424 T 53 53
180 Sri_Lanka 26425 C 53 53
181 Sri_Lanka 26426 G 53 53
182 Sri_Lanka 26427 T 53 53
183 Sri_Lanka 26428 G 53 53
184 Sri_Lanka 26429 T 53 53
185 Sri_Lanka 26430 T 53 53
186 Sri_Lanka 26431 A 53 53
187 Sri_Lanka 26432 A 52 52
188 Sri_Lanka 26433 A 52 52
189 Sri_Lanka 26434 A 52 52
190 Sri_Lanka 26435 A 52 52
191 Sri_Lanka 26436 T 52 52
192 Sri_Lanka 26437 C 52 52
193 Sri_Lanka 26438 T 52 52
194 Sri_Lanka 26439 G 52 52
195 Sri_Lanka 26440 A 52 52
196 Sri_Lanka 26441 A 52 52
197 Sri_Lanka 26442 T 52 52
198 Sri_Lanka 26443 T 52 52
199 Sri_Lanka 26444 C 52 52
200 Sri_Lanka 26445 T 52 52
201 Sri_Lanka 26446 T 50 50
202 Sri_Lanka 26447 C 50 50
203 Sri_Lanka 26448 T 50 50
204 Sri_Lanka 26449 A 50 50
205 Sri_Lanka 26450 G 50 50
206 Sri_Lanka 26451 A 50 50
207 Sri_Lanka 26452 G 50 50
208 Sri_Lanka 26453 T 50 50
209 Sri_Lanka 26454 T 50 50
210 Sri_Lanka 26455 C 50 50
211 Sri_Lanka 26456 C 50 50
212 Sri_Lanka 26457 T 50 50
213 Sri_Lanka 26458 G 50 50
214 Sri_Lanka 26459 A 49 49
215 Sri_Lanka 26460 T 49 49
216 Sri_Lanka 26461 C 49 49
217 Sri_Lanka 26462 T 49 49
218 Sri_Lanka 26463 T 49 49
219 Sri_Lanka 26464 C 49 49
220 Sri_Lanka 26465 T 49 49
221 Sri_Lanka 26466 G 49 49
222 Sri_Lanka 26467 G 49 49
223 Sri_Lanka 26468 T 49 49
224 Sri_Lanka 26469 C 49 49
225 Sri_Lanka 26470 T 49 49
226 Sri_Lanka 26471 A 49 49
227 Sri_Lanka 26472 A 49 49