National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G I K L M N P R S T V Y
*     2                                  
-     228                                  
?                                        
A     12                                  
C     9                                  
D     3                                  
E     6           1                      
F     15                                  
G     3                                  
I     9                                  
K     6                                  
L     43                                  
M     3                                  
N     15                                  
P     6                                  
R     9                                  
S     24                                  
T     12                                  
V     39                                  
Y     12                                  

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Slovenia 26245 A 148 148
1 Slovenia 26246 T 148 148
2 Slovenia 26247 G 148 148
3 Slovenia 26248 T 148 148
4 Slovenia 26249 A 148 148
5 Slovenia 26250 C 148 148
6 Slovenia 26251 T 148 148
7 Slovenia 26252 C 148 148
8 Slovenia 26253 A 148 148
9 Slovenia 26254 T 148 148
10 Slovenia 26255 T 148 148
11 Slovenia 26256 C 148 148
12 Slovenia 26257 G 148 148
13 Slovenia 26258 T 148 148
14 Slovenia 26259 T 148 148
15 Slovenia 26260 T 148 148
16 Slovenia 26261 C 148 148
17 Slovenia 26262 G 148 148
18 Slovenia 26263 G 148 148
19 Slovenia 26264 A G 148 147 Glu7Gly
20 Slovenia 26265 A 148 148
21 Slovenia 26266 G 148 148
22 Slovenia 26267 A 148 148
23 Slovenia 26268 G 148 148
24 Slovenia 26269 A 148 148
25 Slovenia 26270 C 148 148
26 Slovenia 26271 A 148 148
27 Slovenia 26272 G 148 148
28 Slovenia 26273 G 148 148
29 Slovenia 26274 T 148 148
30 Slovenia 26275 A 148 148
31 Slovenia 26276 C 148 148
32 Slovenia 26277 G 148 148
33 Slovenia 26278 T 148 148
34 Slovenia 26279 T 148 148
35 Slovenia 26280 A 148 148
36 Slovenia 26281 A 148 148
37 Slovenia 26282 T 148 148
38 Slovenia 26283 A 148 148
39 Slovenia 26284 G 148 148
40 Slovenia 26285 T 148 148
41 Slovenia 26286 T 148 148
42 Slovenia 26287 A 148 148
43 Slovenia 26288 A 148 148
44 Slovenia 26289 T 148 148
45 Slovenia 26290 A 148 148
46 Slovenia 26291 G 148 148
47 Slovenia 26292 C 148 148
48 Slovenia 26293 G 148 148
49 Slovenia 26294 T 148 148
50 Slovenia 26295 A 148 148
51 Slovenia 26296 C 148 148
52 Slovenia 26297 T 148 148
53 Slovenia 26298 T 148 148
54 Slovenia 26299 C 148 148
55 Slovenia 26300 T 148 148
56 Slovenia 26301 T 148 148
57 Slovenia 26302 T 148 148
58 Slovenia 26303 T 148 148
59 Slovenia 26304 T 148 148
60 Slovenia 26305 C 148 148
61 Slovenia 26306 T 148 148
62 Slovenia 26307 T 148 148
63 Slovenia 26308 G 148 148
64 Slovenia 26309 C 148 148
65 Slovenia 26310 T 148 148
66 Slovenia 26311 T 148 148
67 Slovenia 26312 T 148 148
68 Slovenia 26313 C 148 148
69 Slovenia 26314 G 148 148
70 Slovenia 26315 T 148 148
71 Slovenia 26316 G 148 148
72 Slovenia 26317 G 148 148
73 Slovenia 26318 T 148 148
74 Slovenia 26319 A 148 148
75 Slovenia 26320 T 148 148
76 Slovenia 26321 T 148 148
77 Slovenia 26322 C 148 148
78 Slovenia 26323 T 148 148
79 Slovenia 26324 T 148 148
80 Slovenia 26325 G 148 148
81 Slovenia 26326 C 148 148
82 Slovenia 26327 T 148 148
83 Slovenia 26328 A 148 148
84 Slovenia 26329 G 148 148
85 Slovenia 26330 T 148 148
86 Slovenia 26331 T 148 148
87 Slovenia 26332 A 148 148
88 Slovenia 26333 C 148 148
89 Slovenia 26334 A 148 148
90 Slovenia 26335 C 148 148
91 Slovenia 26336 T 148 148
92 Slovenia 26337 A 148 148
93 Slovenia 26338 G 148 148
94 Slovenia 26339 C 148 148
95 Slovenia 26340 C 148 148
96 Slovenia 26341 A 148 148
97 Slovenia 26342 T 148 148
98 Slovenia 26343 C 148 148
99 Slovenia 26344 C 148 148
100 Slovenia 26345 T 148 148
101 Slovenia 26346 T 148 148
102 Slovenia 26347 A 148 148
103 Slovenia 26348 C 148 148
104 Slovenia 26349 T 148 148
105 Slovenia 26350 G 148 148
106 Slovenia 26351 C 148 148
107 Slovenia 26352 G 148 148
108 Slovenia 26353 C 148 148
109 Slovenia 26354 T 148 148
110 Slovenia 26355 T 148 148
111 Slovenia 26356 C 148 148
112 Slovenia 26357 G 148 148
113 Slovenia 26358 A 148 148
114 Slovenia 26359 T 148 148
115 Slovenia 26360 T 148 148
116 Slovenia 26361 G 148 148
117 Slovenia 26362 T 148 148
118 Slovenia 26363 G 148 148
119 Slovenia 26364 T 148 148
120 Slovenia 26365 G 148 148
121 Slovenia 26366 C 148 148
122 Slovenia 26367 G 148 148
123 Slovenia 26368 T 148 148
124 Slovenia 26369 A 148 148
125 Slovenia 26370 C 148 148
126 Slovenia 26371 T 148 148
127 Slovenia 26372 G 148 148
128 Slovenia 26373 C 148 148
129 Slovenia 26374 T 148 148
130 Slovenia 26375 G 148 148
131 Slovenia 26376 C 148 148
132 Slovenia 26377 A 148 148
133 Slovenia 26378 A 148 148
134 Slovenia 26379 T 148 148
135 Slovenia 26380 A 148 148
136 Slovenia 26381 T 148 148
137 Slovenia 26382 T 148 148
138 Slovenia 26383 G 148 148
139 Slovenia 26384 T 148 148
140 Slovenia 26385 T 148 148
141 Slovenia 26386 A 148 148
142 Slovenia 26387 A 148 148
143 Slovenia 26388 C 148 148
144 Slovenia 26389 G 148 148
145 Slovenia 26390 T 148 148
146 Slovenia 26391 G 148 148
147 Slovenia 26392 A 148 148
148 Slovenia 26393 G 148 148
149 Slovenia 26394 T 148 148
150 Slovenia 26395 C 148 148
151 Slovenia 26396 T 148 148
152 Slovenia 26397 T 148 148
153 Slovenia 26398 G 148 148
154 Slovenia 26399 T 148 148
155 Slovenia 26400 A 148 148
156 Slovenia 26401 A 148 148
157 Slovenia 26402 A 148 148
158 Slovenia 26403 A 148 148
159 Slovenia 26404 C 148 148
160 Slovenia 26405 C 148 148
161 Slovenia 26406 T 148 148
162 Slovenia 26407 T 148 148
163 Slovenia 26408 C 148 148
164 Slovenia 26409 T 148 148
165 Slovenia 26410 T 148 148
166 Slovenia 26411 T 148 148
167 Slovenia 26412 T 148 148
168 Slovenia 26413 T 148 148
169 Slovenia 26414 A 148 148
170 Slovenia 26415 C 148 148
171 Slovenia 26416 G 148 148
172 Slovenia 26417 T 148 148
173 Slovenia 26418 T 148 148
174 Slovenia 26419 T 148 148
175 Slovenia 26420 A 148 148
176 Slovenia 26421 C 148 148
177 Slovenia 26422 T 148 148
178 Slovenia 26423 C 148 148
179 Slovenia 26424 T 148 148
180 Slovenia 26425 C 148 148
181 Slovenia 26426 G 148 148
182 Slovenia 26427 T 148 148
183 Slovenia 26428 G 148 148
184 Slovenia 26429 T 148 148
185 Slovenia 26430 T 148 148
186 Slovenia 26431 A 148 148
187 Slovenia 26432 A 148 148
188 Slovenia 26433 A 148 148
189 Slovenia 26434 A 148 148
190 Slovenia 26435 A 148 148
191 Slovenia 26436 T 148 148
192 Slovenia 26437 C 148 148
193 Slovenia 26438 T 148 148
194 Slovenia 26439 G 148 148
195 Slovenia 26440 A 148 148
196 Slovenia 26441 A 148 148
197 Slovenia 26442 T 148 148
198 Slovenia 26443 T 148 148
199 Slovenia 26444 C 148 148
200 Slovenia 26445 T 148 148
201 Slovenia 26446 T 148 148
202 Slovenia 26447 C 148 148
203 Slovenia 26448 T 148 148
204 Slovenia 26449 A 148 148
205 Slovenia 26450 G 148 148
206 Slovenia 26451 A 148 148
207 Slovenia 26452 G 147 147
208 Slovenia 26453 T 147 147
209 Slovenia 26454 T 147 147
210 Slovenia 26455 C 147 147
211 Slovenia 26456 C 147 147
212 Slovenia 26457 T 147 147
213 Slovenia 26458 G 147 147
214 Slovenia 26459 A 147 147
215 Slovenia 26460 T 147 147
216 Slovenia 26461 C 147 147
217 Slovenia 26462 T 147 147
218 Slovenia 26463 T 147 147
219 Slovenia 26464 C 147 147
220 Slovenia 26465 T 147 147
221 Slovenia 26466 G 147 147
222 Slovenia 26467 G 147 147
223 Slovenia 26468 T 147 147
224 Slovenia 26469 C 147 147
225 Slovenia 26470 T 147 147
226 Slovenia 26471 A 147 147
227 Slovenia 26472 A 147 147