National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G I K L M N P R S T V Y
*     2                                  
-     228                                  
?                                        
A     12                                  
C     9                                  
D     3                                  
E     6                                  
F     15                                  
G     3                                  
I     9                                  
K     6                                  
L     43         1                        
M     3                                  
N     15                                  
P     6                                  
R     9                                  
S     24                                  
T     12                                  
V     39         1                        
Y     12                                  

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Sierra_Leone 26245 A 11 11
1 Sierra_Leone 26246 T 11 11
2 Sierra_Leone 26247 G 11 11
3 Sierra_Leone 26248 T 11 11
4 Sierra_Leone 26249 A 11 11
5 Sierra_Leone 26250 C 11 11
6 Sierra_Leone 26251 T 11 11
7 Sierra_Leone 26252 C 11 11
8 Sierra_Leone 26253 A 11 11
9 Sierra_Leone 26254 T 11 11
10 Sierra_Leone 26255 T 11 11
11 Sierra_Leone 26256 C 11 11
12 Sierra_Leone 26257 G 11 11
13 Sierra_Leone 26258 T 11 11
14 Sierra_Leone 26259 T 11 11
15 Sierra_Leone 26260 T 11 11
16 Sierra_Leone 26261 C 11 11
17 Sierra_Leone 26262 G 11 11
18 Sierra_Leone 26263 G 11 11
19 Sierra_Leone 26264 A 11 11
20 Sierra_Leone 26265 A 11 11
21 Sierra_Leone 26266 G 11 11
22 Sierra_Leone 26267 A 11 11
23 Sierra_Leone 26268 G 11 11
24 Sierra_Leone 26269 A 11 11
25 Sierra_Leone 26270 C 11 11
26 Sierra_Leone 26271 A 11 11
27 Sierra_Leone 26272 G 11 11
28 Sierra_Leone 26273 G 11 11
29 Sierra_Leone 26274 T 11 11
30 Sierra_Leone 26275 A 11 11
31 Sierra_Leone 26276 C 11 11
32 Sierra_Leone 26277 G 11 11
33 Sierra_Leone 26278 T 11 11
34 Sierra_Leone 26279 T 11 11
35 Sierra_Leone 26280 A 11 11
36 Sierra_Leone 26281 A 11 11
37 Sierra_Leone 26282 T 11 11
38 Sierra_Leone 26283 A 11 11
39 Sierra_Leone 26284 G 11 11
40 Sierra_Leone 26285 T 11 11
41 Sierra_Leone 26286 T 11 11
42 Sierra_Leone 26287 A 11 11
43 Sierra_Leone 26288 A 11 11
44 Sierra_Leone 26289 T 11 11
45 Sierra_Leone 26290 A 11 11
46 Sierra_Leone 26291 G 11 11
47 Sierra_Leone 26292 C 11 11
48 Sierra_Leone 26293 G 11 11
49 Sierra_Leone 26294 T 11 11
50 Sierra_Leone 26295 A 11 11
51 Sierra_Leone 26296 C 11 11
52 Sierra_Leone 26297 T 11 11
53 Sierra_Leone 26298 T 11 11
54 Sierra_Leone 26299 C T 11 10 Leu19Phe
55 Sierra_Leone 26300 T 11 11
56 Sierra_Leone 26301 T 11 11
57 Sierra_Leone 26302 T 11 11
58 Sierra_Leone 26303 T 11 11
59 Sierra_Leone 26304 T 11 11
60 Sierra_Leone 26305 C 11 11
61 Sierra_Leone 26306 T 11 11
62 Sierra_Leone 26307 T 11 11
63 Sierra_Leone 26308 G 11 11
64 Sierra_Leone 26309 C 11 11
65 Sierra_Leone 26310 T 11 11
66 Sierra_Leone 26311 T 11 11
67 Sierra_Leone 26312 T 11 11
68 Sierra_Leone 26313 C 11 11
69 Sierra_Leone 26314 G 11 11
70 Sierra_Leone 26315 T 11 11
71 Sierra_Leone 26316 G 11 11
72 Sierra_Leone 26317 G 11 11
73 Sierra_Leone 26318 T 11 11
74 Sierra_Leone 26319 A 11 11
75 Sierra_Leone 26320 T 11 11
76 Sierra_Leone 26321 T 11 11
77 Sierra_Leone 26322 C 11 11
78 Sierra_Leone 26323 T 11 11
79 Sierra_Leone 26324 T 11 11
80 Sierra_Leone 26325 G 11 11
81 Sierra_Leone 26326 C 11 11
82 Sierra_Leone 26327 T 11 11
83 Sierra_Leone 26328 A 11 11
84 Sierra_Leone 26329 G 11 11
85 Sierra_Leone 26330 T 11 11
86 Sierra_Leone 26331 T 11 11
87 Sierra_Leone 26332 A 11 11
88 Sierra_Leone 26333 C 11 11
89 Sierra_Leone 26334 A 11 11
90 Sierra_Leone 26335 C 11 11
91 Sierra_Leone 26336 T 11 11
92 Sierra_Leone 26337 A 11 11
93 Sierra_Leone 26338 G 11 11
94 Sierra_Leone 26339 C 11 11
95 Sierra_Leone 26340 C 11 11
96 Sierra_Leone 26341 A 11 11
97 Sierra_Leone 26342 T 11 11
98 Sierra_Leone 26343 C 11 11
99 Sierra_Leone 26344 C 11 11
100 Sierra_Leone 26345 T 11 11
101 Sierra_Leone 26346 T 11 11
102 Sierra_Leone 26347 A 11 11
103 Sierra_Leone 26348 C 11 11
104 Sierra_Leone 26349 T 11 11
105 Sierra_Leone 26350 G 11 11
106 Sierra_Leone 26351 C 11 11
107 Sierra_Leone 26352 G 11 11
108 Sierra_Leone 26353 C 11 11
109 Sierra_Leone 26354 T 11 11
110 Sierra_Leone 26355 T 11 11
111 Sierra_Leone 26356 C 11 11
112 Sierra_Leone 26357 G 11 11
113 Sierra_Leone 26358 A 11 11
114 Sierra_Leone 26359 T 11 11
115 Sierra_Leone 26360 T 11 11
116 Sierra_Leone 26361 G 11 11
117 Sierra_Leone 26362 T 11 11
118 Sierra_Leone 26363 G 11 11
119 Sierra_Leone 26364 T 11 11
120 Sierra_Leone 26365 G 11 11
121 Sierra_Leone 26366 C 11 11
122 Sierra_Leone 26367 G 11 11
123 Sierra_Leone 26368 T 11 11
124 Sierra_Leone 26369 A 11 11
125 Sierra_Leone 26370 C 11 11
126 Sierra_Leone 26371 T 11 11
127 Sierra_Leone 26372 G 11 11
128 Sierra_Leone 26373 C 11 11
129 Sierra_Leone 26374 T 11 11
130 Sierra_Leone 26375 G 11 11
131 Sierra_Leone 26376 C 11 11
132 Sierra_Leone 26377 A 11 11
133 Sierra_Leone 26378 A 11 11
134 Sierra_Leone 26379 T 11 11
135 Sierra_Leone 26380 A 11 11
136 Sierra_Leone 26381 T 11 11
137 Sierra_Leone 26382 T 11 11
138 Sierra_Leone 26383 G 11 11
139 Sierra_Leone 26384 T 11 11
140 Sierra_Leone 26385 T 11 11
141 Sierra_Leone 26386 A 11 11
142 Sierra_Leone 26387 A 11 11
143 Sierra_Leone 26388 C 11 11
144 Sierra_Leone 26389 G 11 11
145 Sierra_Leone 26390 T 11 11
146 Sierra_Leone 26391 G 11 11
147 Sierra_Leone 26392 A 11 11
148 Sierra_Leone 26393 G 11 11
149 Sierra_Leone 26394 T 11 11
150 Sierra_Leone 26395 C 11 11
151 Sierra_Leone 26396 T 11 11
152 Sierra_Leone 26397 T 11 11
153 Sierra_Leone 26398 G 11 11
154 Sierra_Leone 26399 T 11 11
155 Sierra_Leone 26400 A 11 11
156 Sierra_Leone 26401 A 11 11
157 Sierra_Leone 26402 A 11 11
158 Sierra_Leone 26403 A 11 11
159 Sierra_Leone 26404 C 11 11
160 Sierra_Leone 26405 C 11 11
161 Sierra_Leone 26406 T 11 11
162 Sierra_Leone 26407 T 11 11
163 Sierra_Leone 26408 C 11 11
164 Sierra_Leone 26409 T 11 11
165 Sierra_Leone 26410 T 11 11
166 Sierra_Leone 26411 T 11 11
167 Sierra_Leone 26412 T 11 11
168 Sierra_Leone 26413 T 11 11
169 Sierra_Leone 26414 A 11 11
170 Sierra_Leone 26415 C 11 11
171 Sierra_Leone 26416 G 11 11
172 Sierra_Leone 26417 T 11 11
173 Sierra_Leone 26418 T 11 11
174 Sierra_Leone 26419 T 11 11
175 Sierra_Leone 26420 A 11 11
176 Sierra_Leone 26421 C 11 11
177 Sierra_Leone 26422 T 11 11
178 Sierra_Leone 26423 C 11 11
179 Sierra_Leone 26424 T 11 11
180 Sierra_Leone 26425 C 11 11
181 Sierra_Leone 26426 G 11 11
182 Sierra_Leone 26427 T 11 11
183 Sierra_Leone 26428 G T 11 6 Val62Phe
184 Sierra_Leone 26429 T 11 11
185 Sierra_Leone 26430 T 11 11
186 Sierra_Leone 26431 A 11 11
187 Sierra_Leone 26432 A 11 11
188 Sierra_Leone 26433 A 11 11
189 Sierra_Leone 26434 A 11 11
190 Sierra_Leone 26435 A 11 11
191 Sierra_Leone 26436 T 11 11
192 Sierra_Leone 26437 C 11 11
193 Sierra_Leone 26438 T 11 11
194 Sierra_Leone 26439 G 11 11
195 Sierra_Leone 26440 A 11 11
196 Sierra_Leone 26441 A 11 11
197 Sierra_Leone 26442 T 11 11
198 Sierra_Leone 26443 T 11 11
199 Sierra_Leone 26444 C 11 11
200 Sierra_Leone 26445 T 11 11
201 Sierra_Leone 26446 T 11 11
202 Sierra_Leone 26447 C 11 11
203 Sierra_Leone 26448 T 11 11
204 Sierra_Leone 26449 A 11 11
205 Sierra_Leone 26450 G 11 11
206 Sierra_Leone 26451 A 11 11
207 Sierra_Leone 26452 G 11 11
208 Sierra_Leone 26453 T 11 11
209 Sierra_Leone 26454 T 11 11
210 Sierra_Leone 26455 C 11 11
211 Sierra_Leone 26456 C 11 11
212 Sierra_Leone 26457 T 11 11
213 Sierra_Leone 26458 G 11 11
214 Sierra_Leone 26459 A 11 11
215 Sierra_Leone 26460 T 11 11
216 Sierra_Leone 26461 C 11 11
217 Sierra_Leone 26462 T 11 11
218 Sierra_Leone 26463 T 11 11
219 Sierra_Leone 26464 C 11 11
220 Sierra_Leone 26465 T 11 11
221 Sierra_Leone 26466 G 11 11
222 Sierra_Leone 26467 G 11 11
223 Sierra_Leone 26468 T 11 11
224 Sierra_Leone 26469 C 11 11
225 Sierra_Leone 26470 T 11 11
226 Sierra_Leone 26471 A 11 11
227 Sierra_Leone 26472 A 11 11