National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G I K L M N P R S T V Y
*     2                                  
-     228                                  
?                                        
A     12                                  
C     9         1                        
D     3                                  
E     6                                  
F     15                                  
G     3                                  
I     9                                  
K     6                                  
L     43         2       1                
M     3                                  
N     15                                  
P     6                                  
R     9           1                      
S     24                                  
T     12             1                    
V     39                                  
Y     12                                  

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Saudi_Arabia 26245 A 942 942
1 Saudi_Arabia 26246 T 942 942
2 Saudi_Arabia 26247 G 942 942
3 Saudi_Arabia 26248 T 942 942
4 Saudi_Arabia 26249 A 942 942
5 Saudi_Arabia 26250 C 942 942
6 Saudi_Arabia 26251 T 942 942
7 Saudi_Arabia 26252 C 942 942
8 Saudi_Arabia 26253 A 942 942
9 Saudi_Arabia 26254 T 942 942
10 Saudi_Arabia 26255 T 942 942
11 Saudi_Arabia 26256 C 942 942
12 Saudi_Arabia 26257 G 943 943
13 Saudi_Arabia 26258 T 943 943
14 Saudi_Arabia 26259 T 943 943
15 Saudi_Arabia 26260 T 943 943
16 Saudi_Arabia 26261 C 943 943
17 Saudi_Arabia 26262 G 943 943
18 Saudi_Arabia 26263 G 943 943
19 Saudi_Arabia 26264 A 943 943
20 Saudi_Arabia 26265 A 943 943
21 Saudi_Arabia 26266 G 943 943
22 Saudi_Arabia 26267 A 943 943
23 Saudi_Arabia 26268 G 943 943
24 Saudi_Arabia 26269 A 943 943
25 Saudi_Arabia 26270 C 943 943
26 Saudi_Arabia 26271 A 943 943
27 Saudi_Arabia 26272 G 943 943
28 Saudi_Arabia 26273 G 943 943
29 Saudi_Arabia 26274 T 943 943
30 Saudi_Arabia 26275 A 943 943
31 Saudi_Arabia 26276 C 943 943
32 Saudi_Arabia 26277 G 943 943
33 Saudi_Arabia 26278 T 943 943
34 Saudi_Arabia 26279 T 943 943
35 Saudi_Arabia 26280 A 943 943
36 Saudi_Arabia 26281 A 943 943
37 Saudi_Arabia 26282 T 943 943
38 Saudi_Arabia 26283 A 943 943
39 Saudi_Arabia 26284 G 943 943
40 Saudi_Arabia 26285 T 943 943
41 Saudi_Arabia 26286 T 943 943
42 Saudi_Arabia 26287 A 943 943
43 Saudi_Arabia 26288 A 943 943
44 Saudi_Arabia 26289 T 943 943
45 Saudi_Arabia 26290 A 943 943
46 Saudi_Arabia 26291 G 943 943
47 Saudi_Arabia 26292 C 943 943
48 Saudi_Arabia 26293 G 943 943
49 Saudi_Arabia 26294 T 943 943
50 Saudi_Arabia 26295 A 943 943
51 Saudi_Arabia 26296 C 943 943
52 Saudi_Arabia 26297 T 943 943
53 Saudi_Arabia 26298 T 943 943
54 Saudi_Arabia 26299 C T 943 942 Leu19Phe
55 Saudi_Arabia 26300 T 943 943
56 Saudi_Arabia 26301 T 943 943
57 Saudi_Arabia 26302 T 943 943
58 Saudi_Arabia 26303 T 943 943
59 Saudi_Arabia 26304 T 943 943
60 Saudi_Arabia 26305 C 943 943
61 Saudi_Arabia 26306 T 943 943
62 Saudi_Arabia 26307 T 943 943
63 Saudi_Arabia 26308 G 943 943
64 Saudi_Arabia 26309 C 943 943
65 Saudi_Arabia 26310 T 943 943
66 Saudi_Arabia 26311 T 943 943
67 Saudi_Arabia 26312 T 943 943
68 Saudi_Arabia 26313 C 943 943
69 Saudi_Arabia 26314 G 943 943
70 Saudi_Arabia 26315 T 943 943
71 Saudi_Arabia 26316 G 943 943
72 Saudi_Arabia 26317 G 943 943
73 Saudi_Arabia 26318 T 943 943
74 Saudi_Arabia 26319 A 943 943
75 Saudi_Arabia 26320 T 943 943
76 Saudi_Arabia 26321 T 943 943
77 Saudi_Arabia 26322 C 943 943
78 Saudi_Arabia 26323 T 943 943
79 Saudi_Arabia 26324 T 943 943
80 Saudi_Arabia 26325 G 943 943
81 Saudi_Arabia 26326 C 943 943
82 Saudi_Arabia 26327 T 943 943
83 Saudi_Arabia 26328 A 943 943
84 Saudi_Arabia 26329 G 943 943
85 Saudi_Arabia 26330 T 943 943
86 Saudi_Arabia 26331 T 943 943
87 Saudi_Arabia 26332 A 943 943
88 Saudi_Arabia 26333 C T 943 941 Thr30Ile
89 Saudi_Arabia 26334 A 943 943
90 Saudi_Arabia 26335 C 943 943
91 Saudi_Arabia 26336 T 943 943
92 Saudi_Arabia 26337 A 943 943
93 Saudi_Arabia 26338 G 943 943
94 Saudi_Arabia 26339 C 943 943
95 Saudi_Arabia 26340 C 943 943
96 Saudi_Arabia 26341 A 943 943
97 Saudi_Arabia 26342 T 943 943
98 Saudi_Arabia 26343 C 943 943
99 Saudi_Arabia 26344 C 943 943
100 Saudi_Arabia 26345 T 943 943
101 Saudi_Arabia 26346 T 943 943
102 Saudi_Arabia 26347 A 943 943
103 Saudi_Arabia 26348 C 943 943
104 Saudi_Arabia 26349 T 943 943
105 Saudi_Arabia 26350 G 943 943
106 Saudi_Arabia 26351 C 943 943
107 Saudi_Arabia 26352 G 943 943
108 Saudi_Arabia 26353 C 943 943
109 Saudi_Arabia 26354 T 943 943
110 Saudi_Arabia 26355 T 943 943
111 Saudi_Arabia 26356 C 943 943
112 Saudi_Arabia 26357 G 943 943
113 Saudi_Arabia 26358 A 943 943
114 Saudi_Arabia 26359 T 943 943
115 Saudi_Arabia 26360 T 943 943
116 Saudi_Arabia 26361 G 943 943
117 Saudi_Arabia 26362 T 943 943
118 Saudi_Arabia 26363 G 943 943
119 Saudi_Arabia 26364 T 943 943
120 Saudi_Arabia 26365 G 943 943
121 Saudi_Arabia 26366 C 943 943
122 Saudi_Arabia 26367 G 943 943
123 Saudi_Arabia 26368 T 943 943
124 Saudi_Arabia 26369 A 943 943
125 Saudi_Arabia 26370 C 943 943
126 Saudi_Arabia 26371 T 943 943
127 Saudi_Arabia 26372 G T 943 941 Cys43Phe
128 Saudi_Arabia 26373 C 943 943
129 Saudi_Arabia 26374 T 943 943
130 Saudi_Arabia 26375 G 943 943
131 Saudi_Arabia 26376 C 943 943
132 Saudi_Arabia 26377 A 943 943
133 Saudi_Arabia 26378 A 943 943
134 Saudi_Arabia 26379 T 943 943
135 Saudi_Arabia 26380 A 943 943
136 Saudi_Arabia 26381 T 943 943
137 Saudi_Arabia 26382 T 943 943
138 Saudi_Arabia 26383 G 943 943
139 Saudi_Arabia 26384 T 943 943
140 Saudi_Arabia 26385 T 943 943
141 Saudi_Arabia 26386 A 943 943
142 Saudi_Arabia 26387 A 943 943
143 Saudi_Arabia 26388 C 943 943
144 Saudi_Arabia 26389 G 943 943
145 Saudi_Arabia 26390 T 943 943
146 Saudi_Arabia 26391 G 943 943
147 Saudi_Arabia 26392 A 943 943
148 Saudi_Arabia 26393 G 943 943
149 Saudi_Arabia 26394 T 943 943
150 Saudi_Arabia 26395 C 943 943
151 Saudi_Arabia 26396 T 943 943
152 Saudi_Arabia 26397 T 943 943
153 Saudi_Arabia 26398 G 943 943
154 Saudi_Arabia 26399 T 943 943
155 Saudi_Arabia 26400 A 943 943
156 Saudi_Arabia 26401 A 943 943
157 Saudi_Arabia 26402 A 943 943
158 Saudi_Arabia 26403 A 943 943
159 Saudi_Arabia 26404 C 943 943
160 Saudi_Arabia 26405 C 943 943
161 Saudi_Arabia 26406 T 943 943
162 Saudi_Arabia 26407 T 943 943
163 Saudi_Arabia 26408 C 943 943
164 Saudi_Arabia 26409 T 943 943
165 Saudi_Arabia 26410 T 943 943
166 Saudi_Arabia 26411 T 943 943
167 Saudi_Arabia 26412 T 943 943
168 Saudi_Arabia 26413 T 943 943
169 Saudi_Arabia 26414 A 943 943
170 Saudi_Arabia 26415 C 943 943
171 Saudi_Arabia 26416 G 943 943
172 Saudi_Arabia 26417 T 943 943
173 Saudi_Arabia 26418 T 943 943
174 Saudi_Arabia 26419 T 943 943
175 Saudi_Arabia 26420 A 943 943
176 Saudi_Arabia 26421 C 943 943
177 Saudi_Arabia 26422 T 943 943
178 Saudi_Arabia 26423 C 943 943
179 Saudi_Arabia 26424 T 943 943
180 Saudi_Arabia 26425 C 943 943
181 Saudi_Arabia 26426 G 943 943
182 Saudi_Arabia 26427 T 943 943
183 Saudi_Arabia 26428 G 943 943
184 Saudi_Arabia 26429 T 943 943
185 Saudi_Arabia 26430 T 943 943
186 Saudi_Arabia 26431 A 943 943
187 Saudi_Arabia 26432 A 943 943
188 Saudi_Arabia 26433 A 943 943
189 Saudi_Arabia 26434 A 943 943
190 Saudi_Arabia 26435 A 943 943
191 Saudi_Arabia 26436 T 943 943
192 Saudi_Arabia 26437 C 943 943
193 Saudi_Arabia 26438 T 943 943
194 Saudi_Arabia 26439 G 943 943
195 Saudi_Arabia 26440 A 943 943
196 Saudi_Arabia 26441 A 943 943
197 Saudi_Arabia 26442 T 943 943
198 Saudi_Arabia 26443 T 943 943
199 Saudi_Arabia 26444 C 943 943
200 Saudi_Arabia 26445 T 943 943
201 Saudi_Arabia 26446 T 943 943
202 Saudi_Arabia 26447 C 943 943
203 Saudi_Arabia 26448 T 943 943
204 Saudi_Arabia 26449 A G 943 942 Arg69Gly
205 Saudi_Arabia 26450 G 943 943
206 Saudi_Arabia 26451 A 943 943
207 Saudi_Arabia 26452 G 943 943
208 Saudi_Arabia 26453 T 943 943
209 Saudi_Arabia 26454 T 943 943
210 Saudi_Arabia 26455 C 943 943
211 Saudi_Arabia 26456 C 943 943
212 Saudi_Arabia 26457 T 943 943
213 Saudi_Arabia 26458 G 943 943
214 Saudi_Arabia 26459 A 943 943
215 Saudi_Arabia 26460 T 943 943
216 Saudi_Arabia 26461 C T 943 942 Leu73Phe
217 Saudi_Arabia 26462 T 943 943
218 Saudi_Arabia 26463 T 943 943
219 Saudi_Arabia 26464 C T 943 940 Leu74Leu
220 Saudi_Arabia 26465 T 943 943
221 Saudi_Arabia 26466 G 943 943
222 Saudi_Arabia 26467 G 943 943
223 Saudi_Arabia 26468 T 943 943
224 Saudi_Arabia 26469 C 943 943
225 Saudi_Arabia 26470 T 943 943
226 Saudi_Arabia 26471 A 943 943
227 Saudi_Arabia 26472 A 943 943