National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G I K L M N P R S T V Y
*     2                                  
-     228                                  
?                                        
A     12 2                             1  
C 1   9                                 1
D     3                                  
E     6     1                            
F     15         1                        
G     3                                  
I     9                                  
K     6               1                  
L     43             1   2             1  
M     3                                  
N     15                                  
P     6                                  
R 1   9                         2        
S     24                                  
T     12             1               1    
V     39           1 1                    
Y     12                                  

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Romania 26245 A 382 382
1 Romania 26246 T 382 382
2 Romania 26247 G 382 382
3 Romania 26248 T 382 382
4 Romania 26249 A 382 382
5 Romania 26250 C 382 382
6 Romania 26251 T 382 382
7 Romania 26252 C 382 382
8 Romania 26253 A 382 382
9 Romania 26254 T 382 382
10 Romania 26255 T 382 382
11 Romania 26256 C 382 382
12 Romania 26257 G 382 382
13 Romania 26258 T 382 382
14 Romania 26259 T 382 382
15 Romania 26260 T 382 382
16 Romania 26261 C 382 382
17 Romania 26262 G 382 382
18 Romania 26263 G 382 382
19 Romania 26264 A 382 382
20 Romania 26265 A 382 382
21 Romania 26266 G 382 382
22 Romania 26267 A 382 382
23 Romania 26268 G T 382 380 Glu8Asp
24 Romania 26269 A 382 382
25 Romania 26270 C 382 382
26 Romania 26271 A 382 382
27 Romania 26272 G 382 382
28 Romania 26273 G 382 382
29 Romania 26274 T 382 382
30 Romania 26275 A 382 382
31 Romania 26276 C 382 382
32 Romania 26277 G 382 382
33 Romania 26278 T 382 382
34 Romania 26279 T 382 382
35 Romania 26280 A 382 382
36 Romania 26281 A 382 382
37 Romania 26282 T 382 382
38 Romania 26283 A 382 382
39 Romania 26284 G 382 382
40 Romania 26285 T 382 382
41 Romania 26286 T 382 382
42 Romania 26287 A 382 382
43 Romania 26288 A 382 382
44 Romania 26289 T 382 382
45 Romania 26290 A 382 382
46 Romania 26291 G 382 382
47 Romania 26292 C 382 382
48 Romania 26293 G 382 382
49 Romania 26294 T 382 382
50 Romania 26295 A 382 382
51 Romania 26296 C 382 382
52 Romania 26297 T 382 382
53 Romania 26298 T 382 382
54 Romania 26299 C 382 382
55 Romania 26300 T 382 382
56 Romania 26301 T 382 382
57 Romania 26302 T 382 382
58 Romania 26303 T 382 382
59 Romania 26304 T 382 382
60 Romania 26305 C 382 382
61 Romania 26306 T 382 382
62 Romania 26307 T 382 382
63 Romania 26308 G 382 382
64 Romania 26309 C 382 382
65 Romania 26310 T 382 382
66 Romania 26311 T 382 382
67 Romania 26312 T 382 382
68 Romania 26313 C T 382 380 Phe23Phe
69 Romania 26314 G 382 382
70 Romania 26315 T 382 382
71 Romania 26316 G 382 382
72 Romania 26317 G 382 382
73 Romania 26318 T 382 382
74 Romania 26319 A 382 382
75 Romania 26320 T 382 380
76 Romania 26321 T 382 380
77 Romania 26322 C 382 380
78 Romania 26323 T 382 380
79 Romania 26324 T 382 380
80 Romania 26325 G 382 380
81 Romania 26326 C T 382 378 Leu28Leu
82 Romania 26327 T 382 380
83 Romania 26328 A T 382 378 Leu28Leu
84 Romania 26329 G A 382 376 Val29Ile
85 Romania 26330 T G 382 374 Val29Gly
86 Romania 26331 T 382 376
87 Romania 26332 A 382 374
88 Romania 26333 C T 382 374 Thr30Ile
89 Romania 26334 A T 382 374 Thr30Thr
90 Romania 26335 C 382 374
91 Romania 26336 T 382 374
92 Romania 26337 A 382 374
93 Romania 26338 G 382 368
94 Romania 26339 C 382 362
95 Romania 26340 C 382 364
96 Romania 26341 A 382 364
97 Romania 26342 T 382 364
98 Romania 26343 C 382 364
99 Romania 26344 C 382 364
100 Romania 26345 T 382 364
101 Romania 26346 T 382 362
102 Romania 26347 A 382 362
103 Romania 26348 C 382 362
104 Romania 26349 T 382 362
105 Romania 26350 G 382 362
106 Romania 26351 C T 380 350 Ala36Val
107 Romania 26352 G A,T 380 348 Ala36Ala-p.Ala36Ala
108 Romania 26353 C G,A 380 352 Leu37Val-p.Leu37Ile
109 Romania 26354 T 380 358
110 Romania 26355 T 380 356
111 Romania 26356 C T,A 380 356 Arg38*-p.Arg38Arg
112 Romania 26357 G 382 376
113 Romania 26358 A G 382 374 Arg38Arg
114 Romania 26359 T 382 378
115 Romania 26360 T 382 378
116 Romania 26361 G 382 378
117 Romania 26362 T 382 378
118 Romania 26363 G 382 378
119 Romania 26364 T 382 378
120 Romania 26365 G 382 378
121 Romania 26366 C 382 378
122 Romania 26367 G 382 378
123 Romania 26368 T 382 380
124 Romania 26369 A 382 380
125 Romania 26370 C 382 380
126 Romania 26371 T 382 380
127 Romania 26372 G 382 382
128 Romania 26373 C 382 382
129 Romania 26374 T 382 382
130 Romania 26375 G A 382 380 Cys44Tyr
131 Romania 26376 C A 382 380 Cys44*
132 Romania 26377 A 382 382
133 Romania 26378 A 382 382
134 Romania 26379 T 382 382
135 Romania 26380 A 382 382
136 Romania 26381 T 382 382
137 Romania 26382 T 382 382
138 Romania 26383 G 382 382
139 Romania 26384 T 382 382
140 Romania 26385 T 382 382
141 Romania 26386 A 382 382
142 Romania 26387 A 382 382
143 Romania 26388 C 382 382
144 Romania 26389 G 382 382
145 Romania 26390 T 382 382
146 Romania 26391 G 382 382
147 Romania 26392 A 382 382
148 Romania 26393 G 382 382
149 Romania 26394 T 382 382
150 Romania 26395 C 382 382
151 Romania 26396 T 382 382
152 Romania 26397 T 382 382
153 Romania 26398 G 382 382
154 Romania 26399 T 382 382
155 Romania 26400 A 382 382
156 Romania 26401 A 382 382
157 Romania 26402 A 382 382
158 Romania 26403 A 382 382
159 Romania 26404 C 382 382
160 Romania 26405 C 382 382
161 Romania 26406 T 382 382
162 Romania 26407 T 382 382
163 Romania 26408 C 382 382
164 Romania 26409 T 382 382
165 Romania 26410 T 382 382
166 Romania 26411 T 382 382
167 Romania 26412 T 382 382
168 Romania 26413 T 382 382
169 Romania 26414 A 382 382
170 Romania 26415 C 382 382
171 Romania 26416 G 382 382
172 Romania 26417 T 382 382
173 Romania 26418 T 382 382
174 Romania 26419 T 382 382
175 Romania 26420 A 382 382
176 Romania 26421 C 382 382
177 Romania 26422 T 382 382
178 Romania 26423 C 382 382
179 Romania 26424 T 382 382
180 Romania 26425 C 382 382
181 Romania 26426 G 382 382
182 Romania 26427 T 382 382
183 Romania 26428 G 382 382
184 Romania 26429 T 382 382
185 Romania 26430 T 382 382
186 Romania 26431 A 382 382
187 Romania 26432 A 382 382
188 Romania 26433 A G 382 380 Lys63Lys
189 Romania 26434 A 382 382
190 Romania 26435 A 382 382
191 Romania 26436 T 382 382
192 Romania 26437 C 382 382
193 Romania 26438 T 382 382
194 Romania 26439 G 382 382
195 Romania 26440 A 382 382
196 Romania 26441 A 382 382
197 Romania 26442 T 382 382
198 Romania 26443 T 382 382
199 Romania 26444 C 382 380
200 Romania 26445 T 382 380
201 Romania 26446 T 382 380
202 Romania 26447 C 382 380
203 Romania 26448 T 382 380
204 Romania 26449 A 382 382
205 Romania 26450 G 382 382
206 Romania 26451 A 382 382
207 Romania 26452 G 382 382
208 Romania 26453 T 382 382
209 Romania 26454 T 382 382
210 Romania 26455 C 382 382
211 Romania 26456 C 382 382
212 Romania 26457 T 382 382
213 Romania 26458 G 382 382
214 Romania 26459 A 382 382
215 Romania 26460 T 382 382
216 Romania 26461 C 382 382
217 Romania 26462 T 382 382
218 Romania 26463 T 382 382
219 Romania 26464 C 382 382
220 Romania 26465 T 382 382
221 Romania 26466 G 382 382
222 Romania 26467 G 382 382
223 Romania 26468 T 382 382
224 Romania 26469 C 382 382
225 Romania 26470 T 382 382
226 Romania 26471 A 382 382
227 Romania 26472 A 382 382