National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G I K L M N P R S T V Y
*     2                                  
-     228                                  
?                                        
A     12 1                                
C     9                                  
D     3     1                            
E     6                                  
F     15                                  
G     3                                  
I     9                                  
K     6                                  
L     43         1                        
M     3                                  
N     15                                  
P     6                       1          
R     9                                  
S     24                                 1
T     12                                  
V     39 1                                
Y     12                                  

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Panama 26245 A 313 313
1 Panama 26246 T 313 313
2 Panama 26247 G 313 313
3 Panama 26248 T 313 313
4 Panama 26249 A 313 313
5 Panama 26250 C 313 313
6 Panama 26251 T 313 313
7 Panama 26252 C 313 313
8 Panama 26253 A 313 313
9 Panama 26254 T 313 313
10 Panama 26255 T 313 313
11 Panama 26256 C 313 313
12 Panama 26257 G 313 313
13 Panama 26258 T 313 313
14 Panama 26259 T 313 313
15 Panama 26260 T 313 313
16 Panama 26261 C 313 313
17 Panama 26262 G 313 313
18 Panama 26263 G 313 313
19 Panama 26264 A 313 313
20 Panama 26265 A 313 313
21 Panama 26266 G 313 313
22 Panama 26267 A 313 313
23 Panama 26268 G 313 313
24 Panama 26269 A 313 313
25 Panama 26270 C 313 313
26 Panama 26271 A 313 313
27 Panama 26272 G 313 312
28 Panama 26273 G 313 313
29 Panama 26274 T 313 313
30 Panama 26275 A 313 313
31 Panama 26276 C 313 313
32 Panama 26277 G 313 313
33 Panama 26278 T 313 313
34 Panama 26279 T 312 312
35 Panama 26280 A 312 312
36 Panama 26281 A 312 312
37 Panama 26282 T 312 312
38 Panama 26283 A 312 311
39 Panama 26284 G 312 312
40 Panama 26285 T 311 311
41 Panama 26286 T 311 311
42 Panama 26287 A 311 311
43 Panama 26288 A 311 310
44 Panama 26289 T 311 311
45 Panama 26290 A 311 311
46 Panama 26291 G 311 311
47 Panama 26292 C 311 311
48 Panama 26293 G 311 311
49 Panama 26294 T 311 311
50 Panama 26295 A 311 311
51 Panama 26296 C 311 311
52 Panama 26297 T 311 311
53 Panama 26298 T 311 311
54 Panama 26299 C 311 310
55 Panama 26300 T 311 311
56 Panama 26301 T 311 311
57 Panama 26302 T 311 311
58 Panama 26303 T 311 311
59 Panama 26304 T 311 311
60 Panama 26305 C 311 311
61 Panama 26306 T 311 311
62 Panama 26307 T 310 310
63 Panama 26308 G 310 310
64 Panama 26309 C 310 310
65 Panama 26310 T 310 310
66 Panama 26311 T 310 310
67 Panama 26312 T 310 309
68 Panama 26313 C 310 310
69 Panama 26314 G 310 310
70 Panama 26315 T 310 310
71 Panama 26316 G 310 310
72 Panama 26317 G 310 310
73 Panama 26318 T 310 310
74 Panama 26319 A 310 310
75 Panama 26320 T 310 310
76 Panama 26321 T 310 310
77 Panama 26322 C 310 310
78 Panama 26323 T 310 310
79 Panama 26324 T 310 310
80 Panama 26325 G 310 310
81 Panama 26326 C 310 310
82 Panama 26327 T 310 310
83 Panama 26328 A 310 310
84 Panama 26329 G 310 310
85 Panama 26330 T 310 308
86 Panama 26331 T 310 309
87 Panama 26332 A 310 309
88 Panama 26333 C 310 309
89 Panama 26334 A 310 308
90 Panama 26335 C 310 309
91 Panama 26336 T 310 309
92 Panama 26337 A 310 309
93 Panama 26338 G 310 309
94 Panama 26339 C 310 309
95 Panama 26340 C T 310 307 Ala32Ala
96 Panama 26341 A 310 309
97 Panama 26342 T 310 309
98 Panama 26343 C 310 309
99 Panama 26344 C 310 309
100 Panama 26345 T 310 309
101 Panama 26346 T 310 309
102 Panama 26347 A 310 309
103 Panama 26348 C 310 309
104 Panama 26349 T 310 309
105 Panama 26350 G 310 309
106 Panama 26351 C 310 309
107 Panama 26352 G 310 309
108 Panama 26353 C 310 309
109 Panama 26354 T 310 308
110 Panama 26355 T 310 309
111 Panama 26356 C 310 309
112 Panama 26357 G 310 309
113 Panama 26358 A 310 309
114 Panama 26359 T 310 309
115 Panama 26360 T 310 309
116 Panama 26361 G 310 309
117 Panama 26362 T 310 309
118 Panama 26363 G 310 309
119 Panama 26364 T 310 309
120 Panama 26365 G 310 309
121 Panama 26366 C 308 307
122 Panama 26367 G 308 307
123 Panama 26368 T 308 306
124 Panama 26369 A 308 307
125 Panama 26370 C 308 307
126 Panama 26371 T 308 308
127 Panama 26372 G 308 307
128 Panama 26373 C 308 306
129 Panama 26374 T 308 308
130 Panama 26375 G 308 308
131 Panama 26376 C 307 307
132 Panama 26377 A 307 306
133 Panama 26378 A 307 307
134 Panama 26379 T 307 307
135 Panama 26380 A 307 307
136 Panama 26381 T 307 307
137 Panama 26382 T 307 306
138 Panama 26383 G 307 306
139 Panama 26384 T 307 305
140 Panama 26385 T 307 306
141 Panama 26386 A 307 306
142 Panama 26387 A 307 306
143 Panama 26388 C 307 306
144 Panama 26389 G 307 306
145 Panama 26390 T 307 306
146 Panama 26391 G 307 305
147 Panama 26392 A 307 306
148 Panama 26393 G 307 306
149 Panama 26394 T 307 305
150 Panama 26395 C 307 306
151 Panama 26396 T 307 306
152 Panama 26397 T 307 306
153 Panama 26398 G 307 306
154 Panama 26399 T 307 306
155 Panama 26400 A 307 305
156 Panama 26401 A 307 306
157 Panama 26402 A 307 306
158 Panama 26403 A 307 304
159 Panama 26404 C 307 305
160 Panama 26405 C 307 305
161 Panama 26406 T 307 305
162 Panama 26407 T 307 304
163 Panama 26408 C 307 305
164 Panama 26409 T 307 305
165 Panama 26410 T 307 305
166 Panama 26411 T 307 305
167 Panama 26412 T 307 305
168 Panama 26413 T 307 305
169 Panama 26414 A 307 304
170 Panama 26415 C 307 306
171 Panama 26416 G 307 306
172 Panama 26417 T C 307 306 Val58Ala
173 Panama 26418 T 307 307
174 Panama 26419 T 307 307
175 Panama 26420 A 307 306
176 Panama 26421 C 307 307
177 Panama 26422 T 307 307
178 Panama 26423 C 307 306
179 Panama 26424 T 307 307
180 Panama 26425 C 307 307
181 Panama 26426 G 307 306
182 Panama 26427 T 307 307
183 Panama 26428 G 307 307
184 Panama 26429 T 307 307
185 Panama 26430 T 307 307
186 Panama 26431 A 307 306
187 Panama 26432 A 307 307
188 Panama 26433 A 307 307
189 Panama 26434 A 307 306
190 Panama 26435 A 307 307
191 Panama 26436 T 307 307
192 Panama 26437 C 307 307
193 Panama 26438 T 307 307
194 Panama 26439 G 307 307
195 Panama 26440 A 307 307
196 Panama 26441 A 307 307
197 Panama 26442 T 307 305
198 Panama 26443 T 307 306
199 Panama 26444 C 307 306
200 Panama 26445 T 307 307
201 Panama 26446 T 307 307
202 Panama 26447 C A 307 305 Ser68Tyr
203 Panama 26448 T 307 306
204 Panama 26449 A 307 307
205 Panama 26450 G 307 307
206 Panama 26451 A 307 307
207 Panama 26452 G 307 306
208 Panama 26453 T 307 306
209 Panama 26454 T 307 307
210 Panama 26455 C 307 306
211 Panama 26456 C 307 307
212 Panama 26457 T A 307 306 Pro71Pro
213 Panama 26458 G 307 307
214 Panama 26459 A 307 306
215 Panama 26460 T C 307 306 Asp72Asp
216 Panama 26461 C T 307 305 Leu73Phe
217 Panama 26462 T 306 306
218 Panama 26463 T 306 306
219 Panama 26464 C 306 306
220 Panama 26465 T 305 305
221 Panama 26466 G 305 305
222 Panama 26467 G 305 305
223 Panama 26468 T 305 304
224 Panama 26469 C 305 305
225 Panama 26470 T 304 304
226 Panama 26471 A 304 304
227 Panama 26472 A 304 304