National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G I K L M N P R S T V Y
*     2                                  
-     228                                  
?                                        
A     12 2                             1  
C 1   9                                 1
D     3                                  
E     6     1                            
F     15         1                        
G     3                                  
I     9                                  
K     6               1                  
L     43             1   2             1  
M     3                                  
N     15                                  
P     6                                  
R 1   9                         2        
S     24                                  
T     12             1               1    
V     39           1 1                    
Y     12                                  

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Oman 26245 A 395 395
1 Oman 26246 T 395 395
2 Oman 26247 G 395 395
3 Oman 26248 T 395 395
4 Oman 26249 A 395 395
5 Oman 26250 C 395 395
6 Oman 26251 T 395 395
7 Oman 26252 C 395 395
8 Oman 26253 A 395 395
9 Oman 26254 T 395 395
10 Oman 26255 T 395 395
11 Oman 26256 C 395 395
12 Oman 26257 G 395 395
13 Oman 26258 T 395 395
14 Oman 26259 T 395 395
15 Oman 26260 T 395 395
16 Oman 26261 C 395 395
17 Oman 26262 G 395 395
18 Oman 26263 G 395 395
19 Oman 26264 A 395 395
20 Oman 26265 A 395 395
21 Oman 26266 G 395 395
22 Oman 26267 A 395 395
23 Oman 26268 G T 395 394 Glu8Asp
24 Oman 26269 A 395 395
25 Oman 26270 C 395 395
26 Oman 26271 A 395 395
27 Oman 26272 G 395 395
28 Oman 26273 G 395 395
29 Oman 26274 T 395 395
30 Oman 26275 A 395 395
31 Oman 26276 C 395 395
32 Oman 26277 G 395 395
33 Oman 26278 T 395 395
34 Oman 26279 T 395 395
35 Oman 26280 A 395 395
36 Oman 26281 A 395 395
37 Oman 26282 T 395 395
38 Oman 26283 A 395 395
39 Oman 26284 G 395 395
40 Oman 26285 T 395 395
41 Oman 26286 T 395 395
42 Oman 26287 A 395 395
43 Oman 26288 A 395 395
44 Oman 26289 T 395 395
45 Oman 26290 A 395 395
46 Oman 26291 G 395 395
47 Oman 26292 C 395 395
48 Oman 26293 G 395 395
49 Oman 26294 T 395 395
50 Oman 26295 A 395 395
51 Oman 26296 C 395 395
52 Oman 26297 T 395 395
53 Oman 26298 T 395 395
54 Oman 26299 C 395 395
55 Oman 26300 T 395 395
56 Oman 26301 T 395 395
57 Oman 26302 T 395 395
58 Oman 26303 T 395 395
59 Oman 26304 T 395 395
60 Oman 26305 C 394 394
61 Oman 26306 T 391 391
62 Oman 26307 T 391 391
63 Oman 26308 G 391 391
64 Oman 26309 C 391 391
65 Oman 26310 T 391 391
66 Oman 26311 T 391 391
67 Oman 26312 T 391 391
68 Oman 26313 C T 391 390 Phe23Phe
69 Oman 26314 G 391 391
70 Oman 26315 T 391 391
71 Oman 26316 G 391 391
72 Oman 26317 G 391 391
73 Oman 26318 T 391 391
74 Oman 26319 A 391 391
75 Oman 26320 T 391 390
76 Oman 26321 T 391 390
77 Oman 26322 C 391 390
78 Oman 26323 T 391 390
79 Oman 26324 T 391 390
80 Oman 26325 G 391 390
81 Oman 26326 C T 391 389 Leu28Leu
82 Oman 26327 T 391 390
83 Oman 26328 A T 391 389 Leu28Leu
84 Oman 26329 G A 391 388 Val29Ile
85 Oman 26330 T G 391 387 Val29Gly
86 Oman 26331 T 391 388
87 Oman 26332 A 391 387
88 Oman 26333 C T 391 387 Thr30Ile
89 Oman 26334 A T 391 387 Thr30Thr
90 Oman 26335 C 391 387
91 Oman 26336 T 391 387
92 Oman 26337 A 391 387
93 Oman 26338 G 391 384
94 Oman 26339 C 391 381
95 Oman 26340 C 391 382
96 Oman 26341 A 391 382
97 Oman 26342 T 391 382
98 Oman 26343 C 391 382
99 Oman 26344 C 391 382
100 Oman 26345 T 391 382
101 Oman 26346 T 391 381
102 Oman 26347 A 391 381
103 Oman 26348 C 391 381
104 Oman 26349 T 391 381
105 Oman 26350 G 391 381
106 Oman 26351 C T 390 375 Ala36Val
107 Oman 26352 G A,T 390 374 Ala36Ala-p.Ala36Ala
108 Oman 26353 C G,A 390 376 Leu37Val-p.Leu37Ile
109 Oman 26354 T 390 379
110 Oman 26355 T 390 378
111 Oman 26356 C T,A 390 378 Arg38*-p.Arg38Arg
112 Oman 26357 G 390 387
113 Oman 26358 A G 390 386 Arg38Arg
114 Oman 26359 T 390 388
115 Oman 26360 T 390 388
116 Oman 26361 G 390 388
117 Oman 26362 T 390 388
118 Oman 26363 G 390 388
119 Oman 26364 T 391 389
120 Oman 26365 G 391 389
121 Oman 26366 C 391 389
122 Oman 26367 G 391 389
123 Oman 26368 T 391 390
124 Oman 26369 A 391 390
125 Oman 26370 C 391 390
126 Oman 26371 T 391 390
127 Oman 26372 G 391 391
128 Oman 26373 C 391 391
129 Oman 26374 T 391 391
130 Oman 26375 G A 391 390 Cys44Tyr
131 Oman 26376 C A 391 390 Cys44*
132 Oman 26377 A 391 391
133 Oman 26378 A 391 391
134 Oman 26379 T 391 391
135 Oman 26380 A 391 391
136 Oman 26381 T 391 391
137 Oman 26382 T 391 391
138 Oman 26383 G 391 391
139 Oman 26384 T 391 391
140 Oman 26385 T 391 391
141 Oman 26386 A 391 391
142 Oman 26387 A 391 391
143 Oman 26388 C 391 391
144 Oman 26389 G 391 391
145 Oman 26390 T 391 391
146 Oman 26391 G 391 391
147 Oman 26392 A 391 391
148 Oman 26393 G 391 391
149 Oman 26394 T 391 391
150 Oman 26395 C 391 391
151 Oman 26396 T 391 391
152 Oman 26397 T 391 391
153 Oman 26398 G 391 391
154 Oman 26399 T 391 391
155 Oman 26400 A 391 391
156 Oman 26401 A 391 391
157 Oman 26402 A 391 391
158 Oman 26403 A 391 391
159 Oman 26404 C 391 391
160 Oman 26405 C 391 391
161 Oman 26406 T 391 391
162 Oman 26407 T 391 391
163 Oman 26408 C 391 391
164 Oman 26409 T 391 391
165 Oman 26410 T 391 391
166 Oman 26411 T 391 391
167 Oman 26412 T 391 391
168 Oman 26413 T 391 391
169 Oman 26414 A 391 391
170 Oman 26415 C 391 391
171 Oman 26416 G 391 391
172 Oman 26417 T 391 391
173 Oman 26418 T 391 391
174 Oman 26419 T 391 391
175 Oman 26420 A 391 391
176 Oman 26421 C 391 391
177 Oman 26422 T 391 391
178 Oman 26423 C 391 391
179 Oman 26424 T 394 394
180 Oman 26425 C 394 394
181 Oman 26426 G 394 394
182 Oman 26427 T 394 394
183 Oman 26428 G 394 394
184 Oman 26429 T 394 394
185 Oman 26430 T 394 394
186 Oman 26431 A 394 394
187 Oman 26432 A 394 394
188 Oman 26433 A G 394 393 Lys63Lys
189 Oman 26434 A 394 394
190 Oman 26435 A 394 394
191 Oman 26436 T 394 394
192 Oman 26437 C 394 394
193 Oman 26438 T 394 394
194 Oman 26439 G 394 394
195 Oman 26440 A 394 394
196 Oman 26441 A 394 394
197 Oman 26442 T 394 394
198 Oman 26443 T 394 394
199 Oman 26444 C 394 393
200 Oman 26445 T 394 393
201 Oman 26446 T 394 393
202 Oman 26447 C 394 393
203 Oman 26448 T 394 393
204 Oman 26449 A 394 394
205 Oman 26450 G 394 394
206 Oman 26451 A 394 394
207 Oman 26452 G 394 394
208 Oman 26453 T 394 394
209 Oman 26454 T 394 394
210 Oman 26455 C 394 394
211 Oman 26456 C 394 394
212 Oman 26457 T 394 394
213 Oman 26458 G 394 394
214 Oman 26459 A 394 394
215 Oman 26460 T 394 394
216 Oman 26461 C 394 394
217 Oman 26462 T 394 394
218 Oman 26463 T 394 394
219 Oman 26464 C 394 394
220 Oman 26465 T 394 394
221 Oman 26466 G 394 394
222 Oman 26467 G 394 394
223 Oman 26468 T 394 394
224 Oman 26469 C 394 394
225 Oman 26470 T 394 394
226 Oman 26471 A 394 394
227 Oman 26472 A 394 394