National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G I K L M N P R S T V Y
*     2                                  
-     228                                  
?                                        
A     12                                  
C     9                                  
D     3                                 1
E     6                                  
F     15         1                        
G     3                                  
I     9                                  
K     6                                  
L     43         1       2                
M     3                                  
N     15                                  
P     6                                  
R     9                                  
S     24                                  
T     12             1                    
V     39             1                    
Y     12                                  

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Nigeria 26245 A 255 255
1 Nigeria 26246 T 255 255
2 Nigeria 26247 G 255 255
3 Nigeria 26248 T 255 255
4 Nigeria 26249 A 255 255
5 Nigeria 26250 C 255 255
6 Nigeria 26251 T 255 255
7 Nigeria 26252 C 255 255
8 Nigeria 26253 A 255 255
9 Nigeria 26254 T 255 255
10 Nigeria 26255 T 255 255
11 Nigeria 26256 C T 255 253 Phe4Phe
12 Nigeria 26257 G A 255 254 Val5Ile
13 Nigeria 26258 T 255 255
14 Nigeria 26259 T 255 255
15 Nigeria 26260 T 255 255
16 Nigeria 26261 C 255 255
17 Nigeria 26262 G 255 255
18 Nigeria 26263 G 255 255
19 Nigeria 26264 A 255 255
20 Nigeria 26265 A 255 255
21 Nigeria 26266 G 255 255
22 Nigeria 26267 A 255 255
23 Nigeria 26268 G 255 255
24 Nigeria 26269 A 255 255
25 Nigeria 26270 C T 255 254 Thr9Ile
26 Nigeria 26271 A 255 255
27 Nigeria 26272 G 255 255
28 Nigeria 26273 G 255 255
29 Nigeria 26274 T 255 255
30 Nigeria 26275 A 255 255
31 Nigeria 26276 C 255 255
32 Nigeria 26277 G 255 255
33 Nigeria 26278 T 255 255
34 Nigeria 26279 T 255 255
35 Nigeria 26280 A 255 255
36 Nigeria 26281 A 255 255
37 Nigeria 26282 T 255 255
38 Nigeria 26283 A 255 255
39 Nigeria 26284 G 255 255
40 Nigeria 26285 T 255 255
41 Nigeria 26286 T 255 255
42 Nigeria 26287 A 255 255
43 Nigeria 26288 A 255 255
44 Nigeria 26289 T 255 255
45 Nigeria 26290 A 255 255
46 Nigeria 26291 G 255 255
47 Nigeria 26292 C 255 254
48 Nigeria 26293 G 255 254
49 Nigeria 26294 T 255 254
50 Nigeria 26295 A 255 254
51 Nigeria 26296 C 255 254
52 Nigeria 26297 T 255 254
53 Nigeria 26298 T 255 254
54 Nigeria 26299 C 256 255
55 Nigeria 26300 T 256 255
56 Nigeria 26301 T 256 255
57 Nigeria 26302 T 256 255
58 Nigeria 26303 T 256 255
59 Nigeria 26304 T 256 255
60 Nigeria 26305 C T 256 254 Leu21Phe
61 Nigeria 26306 T 256 255
62 Nigeria 26307 T 256 255
63 Nigeria 26308 G 256 255
64 Nigeria 26309 C 256 255
65 Nigeria 26310 T 256 255
66 Nigeria 26311 T 256 255
67 Nigeria 26312 T 256 254
68 Nigeria 26313 C 256 254
69 Nigeria 26314 G 256 254
70 Nigeria 26315 T 257 255
71 Nigeria 26316 G 257 255
72 Nigeria 26317 G 257 255
73 Nigeria 26318 T 257 255
74 Nigeria 26319 A 257 254
75 Nigeria 26320 T 257 254
76 Nigeria 26321 T 257 254
77 Nigeria 26322 C 257 254
78 Nigeria 26323 T 257 255
79 Nigeria 26324 T 257 255
80 Nigeria 26325 G 257 255
81 Nigeria 26326 C 257 255
82 Nigeria 26327 T 257 255
83 Nigeria 26328 A 257 256
84 Nigeria 26329 G 257 256
85 Nigeria 26330 T 257 254
86 Nigeria 26331 T 257 254
87 Nigeria 26332 A 257 254
88 Nigeria 26333 C 257 254
89 Nigeria 26334 A 257 254
90 Nigeria 26335 C 257 254
91 Nigeria 26336 T 257 253
92 Nigeria 26337 A 256 252
93 Nigeria 26338 G 256 252
94 Nigeria 26339 C 256 252
95 Nigeria 26340 C 256 252
96 Nigeria 26341 A 256 252
97 Nigeria 26342 T 256 254
98 Nigeria 26343 C 256 254
99 Nigeria 26344 C 256 255
100 Nigeria 26345 T 256 255
101 Nigeria 26346 T 256 255
102 Nigeria 26347 A 256 255
103 Nigeria 26348 C 256 255
104 Nigeria 26349 T 256 255
105 Nigeria 26350 G 256 255
106 Nigeria 26351 C 256 254
107 Nigeria 26352 G 256 256
108 Nigeria 26353 C 256 256
109 Nigeria 26354 T 256 256
110 Nigeria 26355 T 256 256
111 Nigeria 26356 C 256 256
112 Nigeria 26357 G 256 256
113 Nigeria 26358 A 256 256
114 Nigeria 26359 T 256 256
115 Nigeria 26360 T 256 256
116 Nigeria 26361 G 256 256
117 Nigeria 26362 T 256 256
118 Nigeria 26363 G 256 256
119 Nigeria 26364 T 256 256
120 Nigeria 26365 G 256 256
121 Nigeria 26366 C 256 256
122 Nigeria 26367 G 256 256
123 Nigeria 26368 T 256 256
124 Nigeria 26369 A 256 256
125 Nigeria 26370 C 256 256
126 Nigeria 26371 T 255 255
127 Nigeria 26372 G 255 255
128 Nigeria 26373 C 255 255
129 Nigeria 26374 T 254 254
130 Nigeria 26375 G 254 254
131 Nigeria 26376 C 254 254
132 Nigeria 26377 A 254 254
133 Nigeria 26378 A 254 254
134 Nigeria 26379 T 253 253
135 Nigeria 26380 A 253 253
136 Nigeria 26381 T 253 253
137 Nigeria 26382 T 253 252
138 Nigeria 26383 G 253 252
139 Nigeria 26384 T 253 252
140 Nigeria 26385 T 253 252
141 Nigeria 26386 A 253 252
142 Nigeria 26387 A 252 251
143 Nigeria 26388 C 252 252
144 Nigeria 26389 G 252 252
145 Nigeria 26390 T 252 252
146 Nigeria 26391 G 252 252
147 Nigeria 26392 A 252 252
148 Nigeria 26393 G 252 252
149 Nigeria 26394 T 252 252
150 Nigeria 26395 C 252 252
151 Nigeria 26396 T 251 251
152 Nigeria 26397 T 250 250
153 Nigeria 26398 G 250 250
154 Nigeria 26399 T 250 250
155 Nigeria 26400 A 250 250
156 Nigeria 26401 A 250 250
157 Nigeria 26402 A 250 250
158 Nigeria 26403 A 250 250
159 Nigeria 26404 C 250 250
160 Nigeria 26405 C 250 248
161 Nigeria 26406 T 250 248
162 Nigeria 26407 T 250 248
163 Nigeria 26408 C 250 248
164 Nigeria 26409 T 250 250
165 Nigeria 26410 T 250 250
166 Nigeria 26411 T 250 250
167 Nigeria 26412 T 250 250
168 Nigeria 26413 T 250 250
169 Nigeria 26414 A 250 250
170 Nigeria 26415 C 250 250
171 Nigeria 26416 G 250 250
172 Nigeria 26417 T 249 249
173 Nigeria 26418 T 249 249
174 Nigeria 26419 T 249 249
175 Nigeria 26420 A 249 249
176 Nigeria 26421 C 249 249
177 Nigeria 26422 T 249 249
178 Nigeria 26423 C 249 249
179 Nigeria 26424 T 248 248
180 Nigeria 26425 C 248 248
181 Nigeria 26426 G 248 248
182 Nigeria 26427 T 248 248
183 Nigeria 26428 G 248 248
184 Nigeria 26429 T 248 248
185 Nigeria 26430 T 248 248
186 Nigeria 26431 A 248 248
187 Nigeria 26432 A 248 248
188 Nigeria 26433 A 248 248
189 Nigeria 26434 A 247 247
190 Nigeria 26435 A 247 247
191 Nigeria 26436 T 247 247
192 Nigeria 26437 C 247 247
193 Nigeria 26438 T 246 246
194 Nigeria 26439 G T 246 243 Leu65Leu
195 Nigeria 26440 A 246 246
196 Nigeria 26441 A 246 246
197 Nigeria 26442 T 246 246
198 Nigeria 26443 T 246 246
199 Nigeria 26444 C 246 246
200 Nigeria 26445 T 245 245
201 Nigeria 26446 T 245 245
202 Nigeria 26447 C 245 245
203 Nigeria 26448 T 245 245
204 Nigeria 26449 A 245 245
205 Nigeria 26450 G 245 245
206 Nigeria 26451 A 245 245
207 Nigeria 26452 G 245 245
208 Nigeria 26453 T 242 242
209 Nigeria 26454 T 240 240
210 Nigeria 26455 C 239 239
211 Nigeria 26456 C 239 239
212 Nigeria 26457 T 239 239
213 Nigeria 26458 G T 239 238 Asp72Tyr
214 Nigeria 26459 A 239 239
215 Nigeria 26460 T 239 239
216 Nigeria 26461 C 239 239
217 Nigeria 26462 T 237 237
218 Nigeria 26463 T 237 237
219 Nigeria 26464 C T 237 236 Leu74Leu
220 Nigeria 26465 T 237 236
221 Nigeria 26466 G 237 237
222 Nigeria 26467 G 237 237
223 Nigeria 26468 T 236 236
224 Nigeria 26469 C 236 236
225 Nigeria 26470 T 235 235
226 Nigeria 26471 A 235 235
227 Nigeria 26472 A 235 235