National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G I K L M N P R S T V Y
*     2                                  
-     228                                  
?                                        
A     12                                  
C     9                                  
D     3                                  
E     6                                  
F     15         1       2                
G     3                                  
I     9                                  
K     6                                  
L     43                               1  
M     3                                  
N     15                                  
P     6                 1                
R     9                                  
S     24         1                 1      
T     12                                  
V     39             2                    
Y     12                                  

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 New_Zealand 26245 A 1111 1111
1 New_Zealand 26246 T 1111 1111
2 New_Zealand 26247 G 1111 1111
3 New_Zealand 26248 T 1111 1111
4 New_Zealand 26249 A 1111 1111
5 New_Zealand 26250 C 1111 1111
6 New_Zealand 26251 T 1111 1111
7 New_Zealand 26252 C 1111 1111
8 New_Zealand 26253 A 1111 1111
9 New_Zealand 26254 T 1111 1111
10 New_Zealand 26255 T 1111 1111
11 New_Zealand 26256 C T 1111 1110 Phe4Phe
12 New_Zealand 26257 G A 1111 1109 Val5Ile
13 New_Zealand 26258 T 1111 1111
14 New_Zealand 26259 T 1111 1111
15 New_Zealand 26260 T 1111 1111
16 New_Zealand 26261 C 1111 1111
17 New_Zealand 26262 G 1111 1111
18 New_Zealand 26263 G 1111 1111
19 New_Zealand 26264 A 1111 1111
20 New_Zealand 26265 A 1111 1111
21 New_Zealand 26266 G 1111 1111
22 New_Zealand 26267 A 1111 1111
23 New_Zealand 26268 G 1111 1111
24 New_Zealand 26269 A 1111 1111
25 New_Zealand 26270 C 1111 1111
26 New_Zealand 26271 A 1111 1111
27 New_Zealand 26272 G 1111 1111
28 New_Zealand 26273 G 1111 1111
29 New_Zealand 26274 T 1111 1111
30 New_Zealand 26275 A 1111 1111
31 New_Zealand 26276 C 1111 1111
32 New_Zealand 26277 G 1111 1111
33 New_Zealand 26278 T 1111 1111
34 New_Zealand 26279 T 1111 1111
35 New_Zealand 26280 A 1111 1111
36 New_Zealand 26281 A 1111 1111
37 New_Zealand 26282 T 1111 1111
38 New_Zealand 26283 A 1111 1111
39 New_Zealand 26284 G 1111 1111
40 New_Zealand 26285 T 1111 1111
41 New_Zealand 26286 T 1111 1111
42 New_Zealand 26287 A 1111 1111
43 New_Zealand 26288 A 1111 1111
44 New_Zealand 26289 T 1111 1111
45 New_Zealand 26290 A 1111 1111
46 New_Zealand 26291 G 1111 1111
47 New_Zealand 26292 C T 1111 1110 Ser16Ser
48 New_Zealand 26293 G 1111 1111
49 New_Zealand 26294 T 1111 1111
50 New_Zealand 26295 A 1111 1111
51 New_Zealand 26296 C 1111 1111
52 New_Zealand 26297 T 1111 1111
53 New_Zealand 26298 T 1111 1111
54 New_Zealand 26299 C 1111 1111
55 New_Zealand 26300 T 1111 1111
56 New_Zealand 26301 T 1111 1111
57 New_Zealand 26302 T C 1111 1109 Phe20Leu
58 New_Zealand 26303 T 1111 1111
59 New_Zealand 26304 T 1111 1111
60 New_Zealand 26305 C G 1111 1110 Leu21Val
61 New_Zealand 26306 T 1111 1111
62 New_Zealand 26307 T 1111 1111
63 New_Zealand 26308 G 1111 1111
64 New_Zealand 26309 C 1111 1111
65 New_Zealand 26310 T 1111 1111
66 New_Zealand 26311 T 1111 1111
67 New_Zealand 26312 T 1111 1111
68 New_Zealand 26313 C 1111 1111
69 New_Zealand 26314 G 1111 1111
70 New_Zealand 26315 T 1111 1111
71 New_Zealand 26316 G 1111 1111
72 New_Zealand 26317 G 1111 1111
73 New_Zealand 26318 T 1111 1111
74 New_Zealand 26319 A 1111 1111
75 New_Zealand 26320 T C 1111 1110 Phe26Leu
76 New_Zealand 26321 T 1111 1111
77 New_Zealand 26322 C 1111 1111
78 New_Zealand 26323 T 1111 1111
79 New_Zealand 26324 T 1111 1111
80 New_Zealand 26325 G 1111 1111
81 New_Zealand 26326 C 1111 1111
82 New_Zealand 26327 T 1111 1111
83 New_Zealand 26328 A 1111 1111
84 New_Zealand 26329 G 1111 1111
85 New_Zealand 26330 T 1111 1111
86 New_Zealand 26331 T 1111 1111
87 New_Zealand 26332 A 1111 1111
88 New_Zealand 26333 C 1111 1111
89 New_Zealand 26334 A 1111 1111
90 New_Zealand 26335 C 1111 1111
91 New_Zealand 26336 T 1111 1111
92 New_Zealand 26337 A 1111 1111
93 New_Zealand 26338 G 1111 1111
94 New_Zealand 26339 C 1111 1111
95 New_Zealand 26340 C 1111 1111
96 New_Zealand 26341 A 1111 1111
97 New_Zealand 26342 T 1111 1111
98 New_Zealand 26343 C 1111 1111
99 New_Zealand 26344 C 1111 1111
100 New_Zealand 26345 T 1111 1111
101 New_Zealand 26346 T 1111 1111
102 New_Zealand 26347 A 1111 1111
103 New_Zealand 26348 C 1111 1111
104 New_Zealand 26349 T 1111 1111
105 New_Zealand 26350 G 1111 1111
106 New_Zealand 26351 C 1111 1111
107 New_Zealand 26352 G 1111 1111
108 New_Zealand 26353 C 1111 1110
109 New_Zealand 26354 T 1111 1111
110 New_Zealand 26355 T 1111 1111
111 New_Zealand 26356 C 1111 1111
112 New_Zealand 26357 G 1111 1111
113 New_Zealand 26358 A 1111 1111
114 New_Zealand 26359 T 1111 1111
115 New_Zealand 26360 T 1111 1111
116 New_Zealand 26361 G 1111 1111
117 New_Zealand 26362 T 1111 1111
118 New_Zealand 26363 G 1111 1111
119 New_Zealand 26364 T 1111 1111
120 New_Zealand 26365 G 1111 1111
121 New_Zealand 26366 C 1111 1111
122 New_Zealand 26367 G 1111 1111
123 New_Zealand 26368 T 1111 1111
124 New_Zealand 26369 A 1111 1111
125 New_Zealand 26370 C 1111 1111
126 New_Zealand 26371 T 1111 1111
127 New_Zealand 26372 G 1111 1111
128 New_Zealand 26373 C 1111 1111
129 New_Zealand 26374 T 1111 1111
130 New_Zealand 26375 G 1111 1111
131 New_Zealand 26376 C 1111 1111
132 New_Zealand 26377 A 1111 1111
133 New_Zealand 26378 A 1111 1111
134 New_Zealand 26379 T 1111 1111
135 New_Zealand 26380 A 1111 1111
136 New_Zealand 26381 T 1111 1111
137 New_Zealand 26382 T 1111 1111
138 New_Zealand 26383 G 1111 1111
139 New_Zealand 26384 T 1111 1111
140 New_Zealand 26385 T 1111 1111
141 New_Zealand 26386 A 1111 1111
142 New_Zealand 26387 A 1111 1111
143 New_Zealand 26388 C 1111 1111
144 New_Zealand 26389 G 1111 1111
145 New_Zealand 26390 T 1111 1111
146 New_Zealand 26391 G 1111 1111
147 New_Zealand 26392 A 1111 1111
148 New_Zealand 26393 G 1111 1111
149 New_Zealand 26394 T 1111 1111
150 New_Zealand 26395 C 1111 1111
151 New_Zealand 26396 T 1111 1111
152 New_Zealand 26397 T 1111 1111
153 New_Zealand 26398 G 1111 1111
154 New_Zealand 26399 T 1111 1111
155 New_Zealand 26400 A 1111 1111
156 New_Zealand 26401 A 1111 1111
157 New_Zealand 26402 A 1111 1111
158 New_Zealand 26403 A 1111 1111
159 New_Zealand 26404 C 1111 1111
160 New_Zealand 26405 C 1111 1111
161 New_Zealand 26406 T 1111 1111
162 New_Zealand 26407 T 1111 1111
163 New_Zealand 26408 C 1111 1111
164 New_Zealand 26409 T 1111 1111
165 New_Zealand 26410 T 1111 1111
166 New_Zealand 26411 T 1111 1110
167 New_Zealand 26412 T 1111 1111
168 New_Zealand 26413 T 1111 1111
169 New_Zealand 26414 A 1111 1111
170 New_Zealand 26415 C 1111 1111
171 New_Zealand 26416 G A 1111 1110 Val58Ile
172 New_Zealand 26417 T 1111 1111
173 New_Zealand 26418 T 1111 1111
174 New_Zealand 26419 T 1111 1111
175 New_Zealand 26420 A 1111 1111
176 New_Zealand 26421 C 1111 1111
177 New_Zealand 26422 T 1111 1111
178 New_Zealand 26423 C 1111 1111
179 New_Zealand 26424 T 1111 1111
180 New_Zealand 26425 C 1111 1111
181 New_Zealand 26426 G 1111 1111
182 New_Zealand 26427 T 1111 1111
183 New_Zealand 26428 G 1111 1111
184 New_Zealand 26429 T 1111 1111
185 New_Zealand 26430 T 1111 1111
186 New_Zealand 26431 A 1111 1111
187 New_Zealand 26432 A 1111 1111
188 New_Zealand 26433 A 1111 1111
189 New_Zealand 26434 A 1111 1111
190 New_Zealand 26435 A 1111 1111
191 New_Zealand 26436 T 1111 1111
192 New_Zealand 26437 C 1111 1111
193 New_Zealand 26438 T 1111 1111
194 New_Zealand 26439 G 1111 1111
195 New_Zealand 26440 A 1111 1111
196 New_Zealand 26441 A 1111 1111
197 New_Zealand 26442 T 1111 1111
198 New_Zealand 26443 T 1111 1111
199 New_Zealand 26444 C 1111 1111
200 New_Zealand 26445 T 1111 1111
201 New_Zealand 26446 T 1111 1111
202 New_Zealand 26447 C T 1111 1109 Ser68Phe
203 New_Zealand 26448 T 1111 1111
204 New_Zealand 26449 A 1111 1111
205 New_Zealand 26450 G 1111 1111
206 New_Zealand 26451 A 1111 1111
207 New_Zealand 26452 G 1111 1111
208 New_Zealand 26453 T 1111 1111
209 New_Zealand 26454 T 1111 1111
210 New_Zealand 26455 C 1111 1111
211 New_Zealand 26456 C T 1111 1104 Pro71Leu
212 New_Zealand 26457 T 1111 1111
213 New_Zealand 26458 G 1111 1111
214 New_Zealand 26459 A 1111 1111
215 New_Zealand 26460 T 1111 1111
216 New_Zealand 26461 C 1111 1111
217 New_Zealand 26462 T 1111 1111
218 New_Zealand 26463 T 1111 1111
219 New_Zealand 26464 C 1111 1111
220 New_Zealand 26465 T 1111 1111
221 New_Zealand 26466 G 1111 1111
222 New_Zealand 26467 G 1111 1111
223 New_Zealand 26468 T 1111 1111
224 New_Zealand 26469 C 1111 1111
225 New_Zealand 26470 T 1111 1111
226 New_Zealand 26471 A 1111 1111
227 New_Zealand 26472 A 1111 1111