National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G I K L M N P R S T V Y
*     2                                  
-     228                                  
?                                        
A     12                                  
C     9                                  
D     3                                  
E     6                                  
F     15         1                        
G     3                                  
I     9                                  
K     6                                  
L     43                 1                
M     3                                  
N     15                                  
P     6                 1       1 1      
R     9                         1        
S     24         1                 3      
T     12                                  
V     39                 1                
Y     12                                  

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Mexico 26245 A 596 596
1 Mexico 26246 T 596 596
2 Mexico 26247 G 596 596
3 Mexico 26248 T 596 596
4 Mexico 26249 A 596 596
5 Mexico 26250 C 596 596
6 Mexico 26251 T 596 596
7 Mexico 26252 C 596 596
8 Mexico 26253 A 596 596
9 Mexico 26254 T 596 596
10 Mexico 26255 T 596 596
11 Mexico 26256 C 596 596
12 Mexico 26257 G 596 596
13 Mexico 26258 T 596 596
14 Mexico 26259 T 596 596
15 Mexico 26260 T 596 596
16 Mexico 26261 C 596 596
17 Mexico 26262 G A 596 595 Ser6Ser
18 Mexico 26263 G 596 596
19 Mexico 26264 A 596 596
20 Mexico 26265 A 596 596
21 Mexico 26266 G 596 596
22 Mexico 26267 A 596 596
23 Mexico 26268 G 596 596
24 Mexico 26269 A 596 596
25 Mexico 26270 C 596 596
26 Mexico 26271 A 596 596
27 Mexico 26272 G 596 596
28 Mexico 26273 G 596 596
29 Mexico 26274 T 596 596
30 Mexico 26275 A 596 596
31 Mexico 26276 C 596 596
32 Mexico 26277 G 596 596
33 Mexico 26278 T 596 596
34 Mexico 26279 T 596 596
35 Mexico 26280 A 596 596
36 Mexico 26281 A 596 596
37 Mexico 26282 T 596 596
38 Mexico 26283 A 596 596
39 Mexico 26284 G 596 596
40 Mexico 26285 T 596 596
41 Mexico 26286 T 596 596
42 Mexico 26287 A 596 596
43 Mexico 26288 A 596 596
44 Mexico 26289 T 596 596
45 Mexico 26290 A 596 596
46 Mexico 26291 G 596 596
47 Mexico 26292 C 596 596
48 Mexico 26293 G 596 596
49 Mexico 26294 T 596 596
50 Mexico 26295 A 596 596
51 Mexico 26296 C 596 596
52 Mexico 26297 T 596 596
53 Mexico 26298 T 596 596
54 Mexico 26299 C 596 596
55 Mexico 26300 T 596 596
56 Mexico 26301 T 596 596
57 Mexico 26302 T 596 596
58 Mexico 26303 T 596 596
59 Mexico 26304 T C 596 595 Phe20Phe
60 Mexico 26305 C 596 596
61 Mexico 26306 T 597 597
62 Mexico 26307 T 597 597
63 Mexico 26308 G 597 597
64 Mexico 26309 C 597 597
65 Mexico 26310 T 597 597
66 Mexico 26311 T 597 597
67 Mexico 26312 T 597 597
68 Mexico 26313 C 597 597
69 Mexico 26314 G 597 597
70 Mexico 26315 T 597 597
71 Mexico 26316 G 597 596
72 Mexico 26317 G 597 597
73 Mexico 26318 T 597 597
74 Mexico 26319 A 597 597
75 Mexico 26320 T 597 597
76 Mexico 26321 T 597 597
77 Mexico 26322 C 597 597
78 Mexico 26323 T 597 597
79 Mexico 26324 T 597 597
80 Mexico 26325 G A 597 593 Leu27Leu
81 Mexico 26326 C 597 597
82 Mexico 26327 T 597 597
83 Mexico 26328 A 597 597
84 Mexico 26329 G 597 597
85 Mexico 26330 T 597 597
86 Mexico 26331 T 597 597
87 Mexico 26332 A 597 597
88 Mexico 26333 C 597 597
89 Mexico 26334 A 597 597
90 Mexico 26335 C 597 597
91 Mexico 26336 T 597 597
92 Mexico 26337 A 597 597
93 Mexico 26338 G 597 597
94 Mexico 26339 C 597 597
95 Mexico 26340 C 597 597
96 Mexico 26341 A 597 597
97 Mexico 26342 T 597 597
98 Mexico 26343 C 597 597
99 Mexico 26344 C 597 597
100 Mexico 26345 T 597 597
101 Mexico 26346 T 597 597
102 Mexico 26347 A 597 597
103 Mexico 26348 C 597 597
104 Mexico 26349 T 597 597
105 Mexico 26350 G 597 597
106 Mexico 26351 C 597 597
107 Mexico 26352 G 597 597
108 Mexico 26353 C 597 597
109 Mexico 26354 T 597 597
110 Mexico 26355 T 597 597
111 Mexico 26356 C 597 597
112 Mexico 26357 G 597 597
113 Mexico 26358 A 597 597
114 Mexico 26359 T 597 597
115 Mexico 26360 T 597 597
116 Mexico 26361 G 597 597
117 Mexico 26362 T 597 597
118 Mexico 26363 G 597 597
119 Mexico 26364 T 597 597
120 Mexico 26365 G 597 597
121 Mexico 26366 C 597 597
122 Mexico 26367 G 597 597
123 Mexico 26368 T 597 597
124 Mexico 26369 A 597 597
125 Mexico 26370 C 597 597
126 Mexico 26371 T 597 597
127 Mexico 26372 G 597 597
128 Mexico 26373 C 597 597
129 Mexico 26374 T 597 597
130 Mexico 26375 G 597 597
131 Mexico 26376 C 597 597
132 Mexico 26377 A 597 597
133 Mexico 26378 A 596 595
134 Mexico 26379 T 596 594
135 Mexico 26380 A 596 594
136 Mexico 26381 T 596 594
137 Mexico 26382 T 596 594
138 Mexico 26383 G 596 594
139 Mexico 26384 T 596 594
140 Mexico 26385 T 596 594
141 Mexico 26386 A 596 594
142 Mexico 26387 A 596 594
143 Mexico 26388 C 596 594
144 Mexico 26389 G C 596 593 Val49Leu
145 Mexico 26390 T 596 594
146 Mexico 26391 G 596 594
147 Mexico 26392 A 596 594
148 Mexico 26393 G 596 594
149 Mexico 26394 T 596 594
150 Mexico 26395 C 596 594
151 Mexico 26396 T 596 594
152 Mexico 26397 T 596 594
153 Mexico 26398 G 596 594
154 Mexico 26399 T 596 594
155 Mexico 26400 A 596 594
156 Mexico 26401 A 596 594
157 Mexico 26402 A 596 594
158 Mexico 26403 A 596 594
159 Mexico 26404 C 596 594
160 Mexico 26405 C 595 593
161 Mexico 26406 T 595 593
162 Mexico 26407 T 595 593
163 Mexico 26408 C 595 593
164 Mexico 26409 T 595 593
165 Mexico 26410 T 595 593
166 Mexico 26411 T 595 593
167 Mexico 26412 T 595 593
168 Mexico 26413 T 595 593
169 Mexico 26414 A 595 593
170 Mexico 26415 C 595 594
171 Mexico 26416 G 595 594
172 Mexico 26417 T 595 594
173 Mexico 26418 T 595 594
174 Mexico 26419 T 595 594
175 Mexico 26420 A 595 595
176 Mexico 26421 C 595 595
177 Mexico 26422 T 595 595
178 Mexico 26423 C 595 595
179 Mexico 26424 T C 595 594 Ser60Ser
180 Mexico 26425 C 595 595
181 Mexico 26426 G 595 595
182 Mexico 26427 T G 595 594 Arg61Arg
183 Mexico 26428 G 595 595
184 Mexico 26429 T 595 595
185 Mexico 26430 T 595 595
186 Mexico 26431 A 595 595
187 Mexico 26432 A 595 595
188 Mexico 26433 A 595 595
189 Mexico 26434 A 595 595
190 Mexico 26435 A 595 595
191 Mexico 26436 T 595 595
192 Mexico 26437 C 595 595
193 Mexico 26438 T 595 595
194 Mexico 26439 G 595 595
195 Mexico 26440 A 595 595
196 Mexico 26441 A 595 595
197 Mexico 26442 T 595 595
198 Mexico 26443 T 595 595
199 Mexico 26444 C 595 595
200 Mexico 26445 T C 595 594 Ser67Ser
201 Mexico 26446 T 595 595
202 Mexico 26447 C T 595 594 Ser68Phe
203 Mexico 26448 T 595 595
204 Mexico 26449 A 595 595
205 Mexico 26450 G 595 595
206 Mexico 26451 A 595 594
207 Mexico 26452 G 595 595
208 Mexico 26453 T 595 595
209 Mexico 26454 T 595 595
210 Mexico 26455 C T 595 592 Pro71Ser
211 Mexico 26456 C T,G 595 593 Pro71Leu-p.Pro71Arg
212 Mexico 26457 T 595 595
213 Mexico 26458 G 595 595
214 Mexico 26459 A 595 595
215 Mexico 26460 T 595 595
216 Mexico 26461 C 595 595
217 Mexico 26462 T 595 595
218 Mexico 26463 T 595 595
219 Mexico 26464 C 595 595
220 Mexico 26465 T 595 595
221 Mexico 26466 G 595 595
222 Mexico 26467 G 595 595
223 Mexico 26468 T 595 595
224 Mexico 26469 C 595 595
225 Mexico 26470 T 595 595
226 Mexico 26471 A 595 595
227 Mexico 26472 A 595 595