National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G I K L M N P R S T V Y
*     2                                  
-     228                                  
?                                        
A     12                                  
C     9                                  
D     3                                  
E     6                                  
F     15                                  
G     3                                  
I     9                                  
K     6                                  
L     43                                  
M     3                                  
N     15                                  
P     6                                  
R     9                                  
S     24                                  
T     12                                  
V     39                               1  
Y     12                                  

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Malta 26245 A 13 13
1 Malta 26246 T 13 13
2 Malta 26247 G 13 13
3 Malta 26248 T 13 13
4 Malta 26249 A 13 13
5 Malta 26250 C 13 13
6 Malta 26251 T 13 13
7 Malta 26252 C 13 13
8 Malta 26253 A 13 13
9 Malta 26254 T 13 13
10 Malta 26255 T 13 13
11 Malta 26256 C 13 13
12 Malta 26257 G 13 13
13 Malta 26258 T 13 13
14 Malta 26259 T 13 13
15 Malta 26260 T 13 13
16 Malta 26261 C 13 13
17 Malta 26262 G 13 13
18 Malta 26263 G 13 13
19 Malta 26264 A 13 13
20 Malta 26265 A 13 13
21 Malta 26266 G 13 13
22 Malta 26267 A 13 13
23 Malta 26268 G 13 13
24 Malta 26269 A 13 13
25 Malta 26270 C 13 13
26 Malta 26271 A 13 13
27 Malta 26272 G 13 13
28 Malta 26273 G 13 13
29 Malta 26274 T 13 13
30 Malta 26275 A 13 13
31 Malta 26276 C 13 13
32 Malta 26277 G 10 10
33 Malta 26278 T 10 10
34 Malta 26279 T 10 10
35 Malta 26280 A 10 10
36 Malta 26281 A 10 10
37 Malta 26282 T 10 10
38 Malta 26283 A 10 10
39 Malta 26284 G 10 10
40 Malta 26285 T 10 10
41 Malta 26286 T 10 10
42 Malta 26287 A 10 10
43 Malta 26288 A 10 10
44 Malta 26289 T 10 10
45 Malta 26290 A 10 10
46 Malta 26291 G 10 10
47 Malta 26292 C 10 10
48 Malta 26293 G 10 10
49 Malta 26294 T 10 10
50 Malta 26295 A 10 10
51 Malta 26296 C 10 10
52 Malta 26297 T 10 10
53 Malta 26298 T 10 10
54 Malta 26299 C 10 10
55 Malta 26300 T 10 10
56 Malta 26301 T 10 10
57 Malta 26302 T 10 10
58 Malta 26303 T 10 10
59 Malta 26304 T 10 10
60 Malta 26305 C 10 10
61 Malta 26306 T 10 10
62 Malta 26307 T 10 10
63 Malta 26308 G 10 10
64 Malta 26309 C 10 10
65 Malta 26310 T 10 10
66 Malta 26311 T 10 10
67 Malta 26312 T 10 10
68 Malta 26313 C 10 10
69 Malta 26314 G 10 10
70 Malta 26315 T 10 10
71 Malta 26316 G 10 10
72 Malta 26317 G 10 10
73 Malta 26318 T 10 10
74 Malta 26319 A G 10 0 Val25Val
75 Malta 26320 T 10 10
76 Malta 26321 T 10 10
77 Malta 26322 C 10 10
78 Malta 26323 T 10 10
79 Malta 26324 T 10 10
80 Malta 26325 G 10 10
81 Malta 26326 C 10 10
82 Malta 26327 T 10 10
83 Malta 26328 A 10 10
84 Malta 26329 G 10 10
85 Malta 26330 T 10 10
86 Malta 26331 T 10 10
87 Malta 26332 A 10 10
88 Malta 26333 C 10 10
89 Malta 26334 A 10 10
90 Malta 26335 C 10 10
91 Malta 26336 T 10 10
92 Malta 26337 A 10 10
93 Malta 26338 G 10 10
94 Malta 26339 C 10 10
95 Malta 26340 C 10 10
96 Malta 26341 A 10 10
97 Malta 26342 T 10 10
98 Malta 26343 C 10 10
99 Malta 26344 C 10 10
100 Malta 26345 T 10 10
101 Malta 26346 T 10 10
102 Malta 26347 A 10 10
103 Malta 26348 C 10 10
104 Malta 26349 T 10 10
105 Malta 26350 G 10 10
106 Malta 26351 C 10 10
107 Malta 26352 G 10 10
108 Malta 26353 C 10 10
109 Malta 26354 T 10 10
110 Malta 26355 T 10 10
111 Malta 26356 C 10 10
112 Malta 26357 G 10 10
113 Malta 26358 A 10 10
114 Malta 26359 T 10 10
115 Malta 26360 T 10 10
116 Malta 26361 G 10 10
117 Malta 26362 T 10 10
118 Malta 26363 G 10 10
119 Malta 26364 T 10 10
120 Malta 26365 G 10 10
121 Malta 26366 C 10 10
122 Malta 26367 G 10 10
123 Malta 26368 T 10 10
124 Malta 26369 A 10 10
125 Malta 26370 C 10 10
126 Malta 26371 T 10 10
127 Malta 26372 G 10 10
128 Malta 26373 C 10 10
129 Malta 26374 T 10 10
130 Malta 26375 G 10 10
131 Malta 26376 C 10 10
132 Malta 26377 A 10 10
133 Malta 26378 A 10 10
134 Malta 26379 T 10 10
135 Malta 26380 A 10 10
136 Malta 26381 T 10 10
137 Malta 26382 T 10 10
138 Malta 26383 G 10 10
139 Malta 26384 T 10 10
140 Malta 26385 T 10 10
141 Malta 26386 A 10 10
142 Malta 26387 A 10 10
143 Malta 26388 C 10 10
144 Malta 26389 G 10 10
145 Malta 26390 T 10 10
146 Malta 26391 G 10 10
147 Malta 26392 A 10 10
148 Malta 26393 G 10 10
149 Malta 26394 T 10 10
150 Malta 26395 C 10 10
151 Malta 26396 T 10 10
152 Malta 26397 T 10 10
153 Malta 26398 G 10 10
154 Malta 26399 T 10 10
155 Malta 26400 A 10 10
156 Malta 26401 A 10 10
157 Malta 26402 A 10 10
158 Malta 26403 A 10 10
159 Malta 26404 C 10 10
160 Malta 26405 C 10 10
161 Malta 26406 T 10 10
162 Malta 26407 T 10 10
163 Malta 26408 C 10 10
164 Malta 26409 T 10 10
165 Malta 26410 T 10 10
166 Malta 26411 T 10 10
167 Malta 26412 T 10 10
168 Malta 26413 T 10 10
169 Malta 26414 A 10 10
170 Malta 26415 C 10 10
171 Malta 26416 G 10 10
172 Malta 26417 T 10 10
173 Malta 26418 T 10 10
174 Malta 26419 T 10 10
175 Malta 26420 A 10 10
176 Malta 26421 C 10 10
177 Malta 26422 T 10 10
178 Malta 26423 C 10 10
179 Malta 26424 T 10 10
180 Malta 26425 C 10 10
181 Malta 26426 G 10 10
182 Malta 26427 T 10 10
183 Malta 26428 G 10 10
184 Malta 26429 T 10 10
185 Malta 26430 T 10 10
186 Malta 26431 A 10 10
187 Malta 26432 A 10 10
188 Malta 26433 A 10 10
189 Malta 26434 A 10 10
190 Malta 26435 A 10 10
191 Malta 26436 T 10 10
192 Malta 26437 C 10 10
193 Malta 26438 T 10 10
194 Malta 26439 G 10 10
195 Malta 26440 A 10 10
196 Malta 26441 A 10 10
197 Malta 26442 T 10 10
198 Malta 26443 T 10 10
199 Malta 26444 C 10 10
200 Malta 26445 T 10 10
201 Malta 26446 T 10 10
202 Malta 26447 C 10 10
203 Malta 26448 T 10 10
204 Malta 26449 A 10 10
205 Malta 26450 G 10 10
206 Malta 26451 A 10 10
207 Malta 26452 G 10 10
208 Malta 26453 T 10 10
209 Malta 26454 T 10 10
210 Malta 26455 C 10 10
211 Malta 26456 C 10 10
212 Malta 26457 T 10 10
213 Malta 26458 G 10 10
214 Malta 26459 A 10 10
215 Malta 26460 T 10 10
216 Malta 26461 C 10 10
217 Malta 26462 T 10 10
218 Malta 26463 T 10 10
219 Malta 26464 C 10 10
220 Malta 26465 T 10 10
221 Malta 26466 G 10 10
222 Malta 26467 G 10 10
223 Malta 26468 T 10 10
224 Malta 26469 C 10 10
225 Malta 26470 T 10 10
226 Malta 26471 A 10 10
227 Malta 26472 A 10 10