National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G I K L M N P R S T V Y
*     2                                  
-     228                                  
?                                        
A     12                               1  
C     9                                  
D     3                                  
E     6                                  
F     15                                  
G     3                                  
I     9                                  
K     6                                  
L     43                                  
M     3                                  
N     15                                  
P     6                                  
R     9                                  
S     24                                  
T     12                                  
V     39                                  
Y     12                                  

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Mali 26245 A 24 24
1 Mali 26246 T 24 24
2 Mali 26247 G 24 24
3 Mali 26248 T 24 24
4 Mali 26249 A 24 24
5 Mali 26250 C 24 24
6 Mali 26251 T 24 24
7 Mali 26252 C 24 24
8 Mali 26253 A 24 24
9 Mali 26254 T 24 24
10 Mali 26255 T 24 24
11 Mali 26256 C 24 24
12 Mali 26257 G 24 24
13 Mali 26258 T 24 24
14 Mali 26259 T 24 24
15 Mali 26260 T 24 24
16 Mali 26261 C 24 24
17 Mali 26262 G 24 24
18 Mali 26263 G 24 24
19 Mali 26264 A 24 24
20 Mali 26265 A 24 24
21 Mali 26266 G 24 24
22 Mali 26267 A 24 24
23 Mali 26268 G 24 24
24 Mali 26269 A 24 24
25 Mali 26270 C 24 24
26 Mali 26271 A 24 24
27 Mali 26272 G 24 24
28 Mali 26273 G 24 24
29 Mali 26274 T 24 24
30 Mali 26275 A 24 24
31 Mali 26276 C 24 24
32 Mali 26277 G 24 24
33 Mali 26278 T 24 24
34 Mali 26279 T 24 24
35 Mali 26280 A 24 24
36 Mali 26281 A 24 24
37 Mali 26282 T 24 24
38 Mali 26283 A 24 24
39 Mali 26284 G 24 24
40 Mali 26285 T 24 24
41 Mali 26286 T 24 24
42 Mali 26287 A 24 24
43 Mali 26288 A 24 24
44 Mali 26289 T 24 24
45 Mali 26290 A 24 24
46 Mali 26291 G 24 24
47 Mali 26292 C 24 24
48 Mali 26293 G 24 24
49 Mali 26294 T 24 24
50 Mali 26295 A 24 24
51 Mali 26296 C 24 24
52 Mali 26297 T 24 24
53 Mali 26298 T 24 24
54 Mali 26299 C 24 24
55 Mali 26300 T 24 24
56 Mali 26301 T 24 24
57 Mali 26302 T 24 24
58 Mali 26303 T 24 24
59 Mali 26304 T 24 24
60 Mali 26305 C 24 24
61 Mali 26306 T 24 24
62 Mali 26307 T 24 24
63 Mali 26308 G 24 24
64 Mali 26309 C 24 24
65 Mali 26310 T 24 24
66 Mali 26311 T 24 24
67 Mali 26312 T 24 24
68 Mali 26313 C 24 24
69 Mali 26314 G 24 24
70 Mali 26315 T 24 24
71 Mali 26316 G 24 24
72 Mali 26317 G 24 24
73 Mali 26318 T 24 24
74 Mali 26319 A 24 24
75 Mali 26320 T 24 24
76 Mali 26321 T 24 24
77 Mali 26322 C 24 24
78 Mali 26323 T 24 24
79 Mali 26324 T 24 24
80 Mali 26325 G 24 24
81 Mali 26326 C 24 24
82 Mali 26327 T 24 24
83 Mali 26328 A 24 24
84 Mali 26329 G 24 24
85 Mali 26330 T 24 24
86 Mali 26331 T 24 24
87 Mali 26332 A 24 24
88 Mali 26333 C 24 24
89 Mali 26334 A 24 24
90 Mali 26335 C 24 24
91 Mali 26336 T 24 24
92 Mali 26337 A 24 24
93 Mali 26338 G 24 24
94 Mali 26339 C 24 24
95 Mali 26340 C 24 24
96 Mali 26341 A 24 24
97 Mali 26342 T 24 24
98 Mali 26343 C 24 24
99 Mali 26344 C 24 24
100 Mali 26345 T 24 24
101 Mali 26346 T 24 24
102 Mali 26347 A 24 24
103 Mali 26348 C 24 24
104 Mali 26349 T 24 24
105 Mali 26350 G 24 24
106 Mali 26351 C 24 24
107 Mali 26352 G 24 24
108 Mali 26353 C 24 24
109 Mali 26354 T 24 24
110 Mali 26355 T 24 24
111 Mali 26356 C 24 24
112 Mali 26357 G 24 24
113 Mali 26358 A 24 24
114 Mali 26359 T 24 24
115 Mali 26360 T 24 24
116 Mali 26361 G 24 24
117 Mali 26362 T 24 24
118 Mali 26363 G 24 24
119 Mali 26364 T 24 24
120 Mali 26365 G 24 24
121 Mali 26366 C T 24 23 Ala41Val
122 Mali 26367 G 24 24
123 Mali 26368 T 24 24
124 Mali 26369 A 24 24
125 Mali 26370 C 24 24
126 Mali 26371 T 24 24
127 Mali 26372 G 24 24
128 Mali 26373 C 24 24
129 Mali 26374 T 24 24
130 Mali 26375 G 24 24
131 Mali 26376 C 24 24
132 Mali 26377 A 24 24
133 Mali 26378 A 24 24
134 Mali 26379 T 24 24
135 Mali 26380 A 24 24
136 Mali 26381 T 24 24
137 Mali 26382 T 24 24
138 Mali 26383 G 24 24
139 Mali 26384 T 24 24
140 Mali 26385 T 24 24
141 Mali 26386 A 24 24
142 Mali 26387 A 24 24
143 Mali 26388 C 24 24
144 Mali 26389 G 24 24
145 Mali 26390 T 24 24
146 Mali 26391 G 24 24
147 Mali 26392 A 24 24
148 Mali 26393 G 24 24
149 Mali 26394 T 24 24
150 Mali 26395 C 24 24
151 Mali 26396 T 24 24
152 Mali 26397 T 24 24
153 Mali 26398 G 24 24
154 Mali 26399 T 24 24
155 Mali 26400 A 24 24
156 Mali 26401 A 24 24
157 Mali 26402 A 24 24
158 Mali 26403 A 24 24
159 Mali 26404 C 24 24
160 Mali 26405 C 24 24
161 Mali 26406 T 24 24
162 Mali 26407 T 24 24
163 Mali 26408 C 24 24
164 Mali 26409 T 24 24
165 Mali 26410 T 24 24
166 Mali 26411 T 24 24
167 Mali 26412 T 24 24
168 Mali 26413 T 24 24
169 Mali 26414 A 24 24
170 Mali 26415 C 24 24
171 Mali 26416 G 24 24
172 Mali 26417 T 24 24
173 Mali 26418 T 24 24
174 Mali 26419 T 24 24
175 Mali 26420 A 24 24
176 Mali 26421 C 24 24
177 Mali 26422 T 24 24
178 Mali 26423 C 24 24
179 Mali 26424 T 24 24
180 Mali 26425 C 24 24
181 Mali 26426 G 24 24
182 Mali 26427 T 24 24
183 Mali 26428 G 24 24
184 Mali 26429 T 24 24
185 Mali 26430 T 24 24
186 Mali 26431 A 24 24
187 Mali 26432 A 24 24
188 Mali 26433 A 24 24
189 Mali 26434 A 24 24
190 Mali 26435 A 24 24
191 Mali 26436 T 24 24
192 Mali 26437 C 24 24
193 Mali 26438 T 24 24
194 Mali 26439 G 24 24
195 Mali 26440 A 24 24
196 Mali 26441 A 24 24
197 Mali 26442 T 24 24
198 Mali 26443 T 24 24
199 Mali 26444 C 24 24
200 Mali 26445 T 24 24
201 Mali 26446 T 24 24
202 Mali 26447 C 24 24
203 Mali 26448 T 24 24
204 Mali 26449 A 24 24
205 Mali 26450 G 24 24
206 Mali 26451 A 24 24
207 Mali 26452 G 24 24
208 Mali 26453 T 24 24
209 Mali 26454 T 24 24
210 Mali 26455 C 24 24
211 Mali 26456 C 24 24
212 Mali 26457 T 24 24
213 Mali 26458 G 24 24
214 Mali 26459 A 24 24
215 Mali 26460 T 24 24
216 Mali 26461 C 24 24
217 Mali 26462 T 24 24
218 Mali 26463 T 24 24
219 Mali 26464 C 24 24
220 Mali 26465 T 24 24
221 Mali 26466 G 24 24
222 Mali 26467 G 24 24
223 Mali 26468 T 24 24
224 Mali 26469 C 24 24
225 Mali 26470 T 24 24
226 Mali 26471 A 24 24
227 Mali 26472 A 24 24