National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G I K L M N P R S T V Y
*     2                                  
-     228                                  
?                                        
A     12                           1      
C     9                                  
D     3                                  
E     6                                  
F     15                                  
G     3                                  
I     9                                  
K     6                                  
L     43         1                        
M     3                                  
N     15                                  
P     6                 1                
R     9                                  
S     24                                  
T     12                                  
V     39         1                        
Y     12                                  

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Malaysia 26245 A 318 318
1 Malaysia 26246 T 318 318
2 Malaysia 26247 G 318 318
3 Malaysia 26248 T 318 318
4 Malaysia 26249 A 318 318
5 Malaysia 26250 C 318 318
6 Malaysia 26251 T 318 318
7 Malaysia 26252 C 318 318
8 Malaysia 26253 A 318 318
9 Malaysia 26254 T 318 318
10 Malaysia 26255 T 318 318
11 Malaysia 26256 C 318 318
12 Malaysia 26257 G 318 318
13 Malaysia 26258 T 318 318
14 Malaysia 26259 T 318 318
15 Malaysia 26260 T 318 318
16 Malaysia 26261 C 318 318
17 Malaysia 26262 G 318 318
18 Malaysia 26263 G 318 318
19 Malaysia 26264 A 318 318
20 Malaysia 26265 A 318 318
21 Malaysia 26266 G 318 318
22 Malaysia 26267 A 318 318
23 Malaysia 26268 G 318 318
24 Malaysia 26269 A 318 318
25 Malaysia 26270 C 318 318
26 Malaysia 26271 A 318 318
27 Malaysia 26272 G 318 318
28 Malaysia 26273 G 318 318
29 Malaysia 26274 T 318 318
30 Malaysia 26275 A 318 318
31 Malaysia 26276 C 318 318
32 Malaysia 26277 G 318 318
33 Malaysia 26278 T 318 318
34 Malaysia 26279 T 318 318
35 Malaysia 26280 A 318 318
36 Malaysia 26281 A 318 318
37 Malaysia 26282 T 318 318
38 Malaysia 26283 A 318 318
39 Malaysia 26284 G 318 318
40 Malaysia 26285 T 318 318
41 Malaysia 26286 T 318 318
42 Malaysia 26287 A 318 318
43 Malaysia 26288 A 318 318
44 Malaysia 26289 T 318 318
45 Malaysia 26290 A 318 318
46 Malaysia 26291 G 318 318
47 Malaysia 26292 C 318 318
48 Malaysia 26293 G 318 318
49 Malaysia 26294 T 318 318
50 Malaysia 26295 A 318 318
51 Malaysia 26296 C 318 318
52 Malaysia 26297 T 318 318
53 Malaysia 26298 T 318 318
54 Malaysia 26299 C 318 318
55 Malaysia 26300 T 318 318
56 Malaysia 26301 T 318 318
57 Malaysia 26302 T 318 318
58 Malaysia 26303 T 318 318
59 Malaysia 26304 T 318 318
60 Malaysia 26305 C 318 318
61 Malaysia 26306 T 318 318
62 Malaysia 26307 T 318 318
63 Malaysia 26308 G 318 318
64 Malaysia 26309 C 318 318
65 Malaysia 26310 T 318 318
66 Malaysia 26311 T 318 318
67 Malaysia 26312 T 318 318
68 Malaysia 26313 C 318 318
69 Malaysia 26314 G 318 318
70 Malaysia 26315 T 318 318
71 Malaysia 26316 G 318 318
72 Malaysia 26317 G 318 318
73 Malaysia 26318 T 318 318
74 Malaysia 26319 A 318 318
75 Malaysia 26320 T 318 318
76 Malaysia 26321 T 318 318
77 Malaysia 26322 C 318 318
78 Malaysia 26323 T 318 318
79 Malaysia 26324 T 318 318
80 Malaysia 26325 G 318 318
81 Malaysia 26326 C 318 318
82 Malaysia 26327 T 318 318
83 Malaysia 26328 A 318 318
84 Malaysia 26329 G 318 318
85 Malaysia 26330 T 318 318
86 Malaysia 26331 T 318 318
87 Malaysia 26332 A 318 318
88 Malaysia 26333 C 318 318
89 Malaysia 26334 A 318 318
90 Malaysia 26335 C 318 318
91 Malaysia 26336 T 318 318
92 Malaysia 26337 A 318 318
93 Malaysia 26338 G 318 318
94 Malaysia 26339 C 318 318
95 Malaysia 26340 C 318 318
96 Malaysia 26341 A 318 318
97 Malaysia 26342 T 318 318
98 Malaysia 26343 C 318 318
99 Malaysia 26344 C 318 318
100 Malaysia 26345 T 318 318
101 Malaysia 26346 T 318 318
102 Malaysia 26347 A 318 318
103 Malaysia 26348 C 318 318
104 Malaysia 26349 T 318 318
105 Malaysia 26350 G 318 318
106 Malaysia 26351 C 318 318
107 Malaysia 26352 G 318 318
108 Malaysia 26353 C 318 318
109 Malaysia 26354 T 318 318
110 Malaysia 26355 T 318 318
111 Malaysia 26356 C 318 318
112 Malaysia 26357 G 318 318
113 Malaysia 26358 A 318 318
114 Malaysia 26359 T 318 318
115 Malaysia 26360 T 318 318
116 Malaysia 26361 G 318 318
117 Malaysia 26362 T 318 318
118 Malaysia 26363 G 318 318
119 Malaysia 26364 T 318 318
120 Malaysia 26365 G T 318 317 Ala41Ser
121 Malaysia 26366 C 318 318
122 Malaysia 26367 G 318 318
123 Malaysia 26368 T 318 318
124 Malaysia 26369 A 318 318
125 Malaysia 26370 C 318 318
126 Malaysia 26371 T 318 318
127 Malaysia 26372 G 318 318
128 Malaysia 26373 C 318 318
129 Malaysia 26374 T 318 318
130 Malaysia 26375 G 318 318
131 Malaysia 26376 C 318 318
132 Malaysia 26377 A 318 318
133 Malaysia 26378 A 318 318
134 Malaysia 26379 T 318 318
135 Malaysia 26380 A 318 318
136 Malaysia 26381 T 318 318
137 Malaysia 26382 T 318 318
138 Malaysia 26383 G 318 318
139 Malaysia 26384 T 318 318
140 Malaysia 26385 T 318 318
141 Malaysia 26386 A 318 318
142 Malaysia 26387 A 318 318
143 Malaysia 26388 C 318 318
144 Malaysia 26389 G 318 318
145 Malaysia 26390 T 318 318
146 Malaysia 26391 G 318 318
147 Malaysia 26392 A 318 318
148 Malaysia 26393 G 318 318
149 Malaysia 26394 T 318 318
150 Malaysia 26395 C 318 318
151 Malaysia 26396 T 318 318
152 Malaysia 26397 T 318 317
153 Malaysia 26398 G 318 318
154 Malaysia 26399 T 318 318
155 Malaysia 26400 A 318 318
156 Malaysia 26401 A 318 318
157 Malaysia 26402 A 318 318
158 Malaysia 26403 A 318 318
159 Malaysia 26404 C 318 318
160 Malaysia 26405 C 318 318
161 Malaysia 26406 T 318 318
162 Malaysia 26407 T 318 318
163 Malaysia 26408 C 318 318
164 Malaysia 26409 T 318 318
165 Malaysia 26410 T 318 318
166 Malaysia 26411 T 318 318
167 Malaysia 26412 T 318 318
168 Malaysia 26413 T 318 318
169 Malaysia 26414 A 318 318
170 Malaysia 26415 C 318 318
171 Malaysia 26416 G 318 318
172 Malaysia 26417 T 318 318
173 Malaysia 26418 T 318 318
174 Malaysia 26419 T 318 318
175 Malaysia 26420 A 318 318
176 Malaysia 26421 C 318 318
177 Malaysia 26422 T 318 318
178 Malaysia 26423 C 318 318
179 Malaysia 26424 T 318 318
180 Malaysia 26425 C 318 318
181 Malaysia 26426 G 318 318
182 Malaysia 26427 T 318 318
183 Malaysia 26428 G T 318 316 Val62Phe
184 Malaysia 26429 T 318 318
185 Malaysia 26430 T 318 318
186 Malaysia 26431 A 318 318
187 Malaysia 26432 A 318 318
188 Malaysia 26433 A 318 318
189 Malaysia 26434 A 318 318
190 Malaysia 26435 A 318 318
191 Malaysia 26436 T 318 318
192 Malaysia 26437 C 318 318
193 Malaysia 26438 T 318 318
194 Malaysia 26439 G 318 318
195 Malaysia 26440 A 318 318
196 Malaysia 26441 A 318 318
197 Malaysia 26442 T 318 318
198 Malaysia 26443 T 318 318
199 Malaysia 26444 C 318 318
200 Malaysia 26445 T 318 318
201 Malaysia 26446 T 318 318
202 Malaysia 26447 C 318 318
203 Malaysia 26448 T 318 318
204 Malaysia 26449 A 318 318
205 Malaysia 26450 G 318 318
206 Malaysia 26451 A 318 318
207 Malaysia 26452 G 318 318
208 Malaysia 26453 T 318 318
209 Malaysia 26454 T 318 318
210 Malaysia 26455 C 318 318
211 Malaysia 26456 C T 318 317 Pro71Leu
212 Malaysia 26457 T 318 318
213 Malaysia 26458 G 318 318
214 Malaysia 26459 A 318 318
215 Malaysia 26460 T 318 318
216 Malaysia 26461 C T 318 317 Leu73Phe
217 Malaysia 26462 T 318 318
218 Malaysia 26463 T 318 318
219 Malaysia 26464 C 318 318
220 Malaysia 26465 T 318 318
221 Malaysia 26466 G 318 318
222 Malaysia 26467 G 318 318
223 Malaysia 26468 T 318 318
224 Malaysia 26469 C 318 318
225 Malaysia 26470 T 318 318
226 Malaysia 26471 A 318 318
227 Malaysia 26472 A 318 318