National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G I K L M N P R S T V Y
*     2                                  
-     228                                  
?                                        
A     12                                  
C     9                                  
D     3                                  
E     6                                  
F     15                                  
G     3                                  
I     9                                  
K     6                                  
L     43                                  
M     3                                  
N     15                                  
P     6                                  
R     9                                  
S     24                                  
T     12                                  
V     39                                  
Y     12                                  

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Madagascar 26245 A 6 6
1 Madagascar 26246 T 6 6
2 Madagascar 26247 G 6 6
3 Madagascar 26248 T 6 6
4 Madagascar 26249 A 6 6
5 Madagascar 26250 C 6 6
6 Madagascar 26251 T 6 6
7 Madagascar 26252 C 6 6
8 Madagascar 26253 A 6 6
9 Madagascar 26254 T 6 6
10 Madagascar 26255 T 6 6
11 Madagascar 26256 C 6 6
12 Madagascar 26257 G 6 6
13 Madagascar 26258 T 6 6
14 Madagascar 26259 T 6 6
15 Madagascar 26260 T 6 6
16 Madagascar 26261 C 6 6
17 Madagascar 26262 G 6 6
18 Madagascar 26263 G 6 6
19 Madagascar 26264 A 6 6
20 Madagascar 26265 A 6 6
21 Madagascar 26266 G 6 6
22 Madagascar 26267 A 6 6
23 Madagascar 26268 G 6 6
24 Madagascar 26269 A 6 6
25 Madagascar 26270 C 6 6
26 Madagascar 26271 A 6 6
27 Madagascar 26272 G 6 6
28 Madagascar 26273 G 6 6
29 Madagascar 26274 T 6 6
30 Madagascar 26275 A 6 6
31 Madagascar 26276 C 6 6
32 Madagascar 26277 G 6 6
33 Madagascar 26278 T 6 6
34 Madagascar 26279 T 6 6
35 Madagascar 26280 A 6 6
36 Madagascar 26281 A 6 6
37 Madagascar 26282 T 6 6
38 Madagascar 26283 A 6 6
39 Madagascar 26284 G 6 6
40 Madagascar 26285 T 6 6
41 Madagascar 26286 T 6 6
42 Madagascar 26287 A 6 6
43 Madagascar 26288 A 6 6
44 Madagascar 26289 T 6 6
45 Madagascar 26290 A 6 6
46 Madagascar 26291 G 6 6
47 Madagascar 26292 C 6 6
48 Madagascar 26293 G 6 6
49 Madagascar 26294 T 6 6
50 Madagascar 26295 A 6 6
51 Madagascar 26296 C 6 6
52 Madagascar 26297 T 6 6
53 Madagascar 26298 T 6 6
54 Madagascar 26299 C 6 6
55 Madagascar 26300 T 6 6
56 Madagascar 26301 T 6 6
57 Madagascar 26302 T 6 6
58 Madagascar 26303 T 6 6
59 Madagascar 26304 T 6 6
60 Madagascar 26305 C 6 6
61 Madagascar 26306 T 6 6
62 Madagascar 26307 T 6 6
63 Madagascar 26308 G 6 6
64 Madagascar 26309 C 6 6
65 Madagascar 26310 T 6 6
66 Madagascar 26311 T 6 6
67 Madagascar 26312 T 6 6
68 Madagascar 26313 C 6 6
69 Madagascar 26314 G 6 6
70 Madagascar 26315 T 6 6
71 Madagascar 26316 G 6 6
72 Madagascar 26317 G 6 6
73 Madagascar 26318 T 6 6
74 Madagascar 26319 A 6 6
75 Madagascar 26320 T 6 6
76 Madagascar 26321 T 6 6
77 Madagascar 26322 C 6 6
78 Madagascar 26323 T 6 6
79 Madagascar 26324 T 6 6
80 Madagascar 26325 G 6 6
81 Madagascar 26326 C 6 6
82 Madagascar 26327 T 6 6
83 Madagascar 26328 A 6 6
84 Madagascar 26329 G 6 6
85 Madagascar 26330 T 6 6
86 Madagascar 26331 T 6 6
87 Madagascar 26332 A 6 6
88 Madagascar 26333 C 6 6
89 Madagascar 26334 A 6 6
90 Madagascar 26335 C 6 6
91 Madagascar 26336 T 6 6
92 Madagascar 26337 A 6 6
93 Madagascar 26338 G 6 6
94 Madagascar 26339 C 6 6
95 Madagascar 26340 C 6 6
96 Madagascar 26341 A 6 6
97 Madagascar 26342 T 6 6
98 Madagascar 26343 C 6 6
99 Madagascar 26344 C 6 6
100 Madagascar 26345 T 6 6
101 Madagascar 26346 T 6 6
102 Madagascar 26347 A 6 6
103 Madagascar 26348 C 6 6
104 Madagascar 26349 T 6 6
105 Madagascar 26350 G 6 6
106 Madagascar 26351 C 6 6
107 Madagascar 26352 G 6 6
108 Madagascar 26353 C 6 6
109 Madagascar 26354 T 6 6
110 Madagascar 26355 T 6 6
111 Madagascar 26356 C 6 6
112 Madagascar 26357 G 6 6
113 Madagascar 26358 A 6 6
114 Madagascar 26359 T 6 6
115 Madagascar 26360 T 6 6
116 Madagascar 26361 G 6 6
117 Madagascar 26362 T 6 6
118 Madagascar 26363 G 6 6
119 Madagascar 26364 T 6 6
120 Madagascar 26365 G 6 6
121 Madagascar 26366 C 6 6
122 Madagascar 26367 G 6 6
123 Madagascar 26368 T 6 6
124 Madagascar 26369 A 6 6
125 Madagascar 26370 C 6 6
126 Madagascar 26371 T 6 6
127 Madagascar 26372 G 6 6
128 Madagascar 26373 C 6 6
129 Madagascar 26374 T 6 6
130 Madagascar 26375 G 6 6
131 Madagascar 26376 C 6 6
132 Madagascar 26377 A 6 6
133 Madagascar 26378 A 6 6
134 Madagascar 26379 T 6 6
135 Madagascar 26380 A 6 6
136 Madagascar 26381 T 6 6
137 Madagascar 26382 T 6 6
138 Madagascar 26383 G 6 6
139 Madagascar 26384 T 6 6
140 Madagascar 26385 T 6 6
141 Madagascar 26386 A 6 6
142 Madagascar 26387 A 6 6
143 Madagascar 26388 C 6 6
144 Madagascar 26389 G 6 6
145 Madagascar 26390 T 6 6
146 Madagascar 26391 G 6 6
147 Madagascar 26392 A 6 6
148 Madagascar 26393 G 6 6
149 Madagascar 26394 T 6 6
150 Madagascar 26395 C 6 6
151 Madagascar 26396 T 6 6
152 Madagascar 26397 T 6 6
153 Madagascar 26398 G 6 6
154 Madagascar 26399 T 6 6
155 Madagascar 26400 A 6 6
156 Madagascar 26401 A 6 6
157 Madagascar 26402 A 6 6
158 Madagascar 26403 A 6 6
159 Madagascar 26404 C 6 6
160 Madagascar 26405 C 6 6
161 Madagascar 26406 T 6 6
162 Madagascar 26407 T 6 6
163 Madagascar 26408 C 6 6
164 Madagascar 26409 T 6 6
165 Madagascar 26410 T 6 6
166 Madagascar 26411 T 6 6
167 Madagascar 26412 T 6 6
168 Madagascar 26413 T 6 6
169 Madagascar 26414 A 6 6
170 Madagascar 26415 C 6 6
171 Madagascar 26416 G 6 6
172 Madagascar 26417 T 6 6
173 Madagascar 26418 T 6 6
174 Madagascar 26419 T 6 6
175 Madagascar 26420 A 6 6
176 Madagascar 26421 C 6 6
177 Madagascar 26422 T 6 6
178 Madagascar 26423 C 6 6
179 Madagascar 26424 T 6 6
180 Madagascar 26425 C 6 6
181 Madagascar 26426 G 6 6
182 Madagascar 26427 T 6 6
183 Madagascar 26428 G 6 6
184 Madagascar 26429 T 6 6
185 Madagascar 26430 T 6 6
186 Madagascar 26431 A 6 6
187 Madagascar 26432 A 6 6
188 Madagascar 26433 A 6 6
189 Madagascar 26434 A 6 6
190 Madagascar 26435 A 6 6
191 Madagascar 26436 T 6 6
192 Madagascar 26437 C 6 6
193 Madagascar 26438 T 6 6
194 Madagascar 26439 G 6 6
195 Madagascar 26440 A 6 6
196 Madagascar 26441 A 6 6
197 Madagascar 26442 T 6 6
198 Madagascar 26443 T 6 6
199 Madagascar 26444 C 6 6
200 Madagascar 26445 T 6 6
201 Madagascar 26446 T 6 6
202 Madagascar 26447 C 6 6
203 Madagascar 26448 T 6 6
204 Madagascar 26449 A 6 6
205 Madagascar 26450 G 6 6
206 Madagascar 26451 A 6 6
207 Madagascar 26452 G 6 6
208 Madagascar 26453 T 6 6
209 Madagascar 26454 T 6 6
210 Madagascar 26455 C 6 6
211 Madagascar 26456 C 6 6
212 Madagascar 26457 T 6 6
213 Madagascar 26458 G 6 6
214 Madagascar 26459 A 6 6
215 Madagascar 26460 T 6 6
216 Madagascar 26461 C 6 6
217 Madagascar 26462 T 6 6
218 Madagascar 26463 T 6 6
219 Madagascar 26464 C 6 6
220 Madagascar 26465 T 6 6
221 Madagascar 26466 G 6 6
222 Madagascar 26467 G 6 6
223 Madagascar 26468 T 6 6
224 Madagascar 26469 C 6 6
225 Madagascar 26470 T 6 6
226 Madagascar 26471 A 6 6
227 Madagascar 26472 A 6 6