National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G I K L M N P R S T V Y
*     2                                  
-     228                                  
?                                        
A     12 1                           1    
C     9                                  
D     3     1                            
E     6                                  
F     15         2                        
G     3                                  
I     9                                  
K     6                                  
L     43             1   3                
M     3                                  
N     15                                  
P     6                                  
R     9                                  
S     24         1                       1
T     12             1                    
V     39         1                     1  
Y     12                                  

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Luxembourg 26245 A 2325 2325
1 Luxembourg 26246 T 2325 2325
2 Luxembourg 26247 G 2325 2325
3 Luxembourg 26248 T 2325 2325
4 Luxembourg 26249 A 2325 2325
5 Luxembourg 26250 C 2325 2325
6 Luxembourg 26251 T 2325 2325
7 Luxembourg 26252 C 2325 2325
8 Luxembourg 26253 A 2325 2325
9 Luxembourg 26254 T 2325 2325
10 Luxembourg 26255 T 2325 2325
11 Luxembourg 26256 C T 2325 2323 Phe4Phe
12 Luxembourg 26257 G 2325 2325
13 Luxembourg 26258 T 2325 2325
14 Luxembourg 26259 T 2325 2325
15 Luxembourg 26260 T 2325 2325
16 Luxembourg 26261 C 2325 2325
17 Luxembourg 26262 G 2325 2325
18 Luxembourg 26263 G 2325 2325
19 Luxembourg 26264 A 2325 2325
20 Luxembourg 26265 A 2325 2325
21 Luxembourg 26266 G 2325 2325
22 Luxembourg 26267 A 2325 2325
23 Luxembourg 26268 G 2325 2325
24 Luxembourg 26269 A 2325 2325
25 Luxembourg 26270 C T 2325 2316 Thr9Ile
26 Luxembourg 26271 A 2325 2325
27 Luxembourg 26272 G 2325 2325
28 Luxembourg 26273 G 2325 2325
29 Luxembourg 26274 T 2325 2325
30 Luxembourg 26275 A 2325 2325
31 Luxembourg 26276 C 2325 2325
32 Luxembourg 26277 G 2325 2325
33 Luxembourg 26278 T 2325 2325
34 Luxembourg 26279 T 2325 2325
35 Luxembourg 26280 A 2325 2325
36 Luxembourg 26281 A 2325 2325
37 Luxembourg 26282 T 2325 2325
38 Luxembourg 26283 A 2325 2325
39 Luxembourg 26284 G 2325 2325
40 Luxembourg 26285 T 2325 2325
41 Luxembourg 26286 T 2325 2325
42 Luxembourg 26287 A 2325 2325
43 Luxembourg 26288 A 2325 2325
44 Luxembourg 26289 T 2325 2325
45 Luxembourg 26290 A 2325 2325
46 Luxembourg 26291 G 2325 2325
47 Luxembourg 26292 C 2325 2325
48 Luxembourg 26293 G 2325 2325
49 Luxembourg 26294 T 2325 2325
50 Luxembourg 26295 A 2325 2325
51 Luxembourg 26296 C 2325 2325
52 Luxembourg 26297 T 2325 2325
53 Luxembourg 26298 T 2325 2325
54 Luxembourg 26299 C 2325 2325
55 Luxembourg 26300 T 2325 2325
56 Luxembourg 26301 T 2325 2325
57 Luxembourg 26302 T 2325 2325
58 Luxembourg 26303 T 2325 2325
59 Luxembourg 26304 T 2325 2325
60 Luxembourg 26305 C A 2325 2324 Leu21Ile
61 Luxembourg 26306 T 2325 2325
62 Luxembourg 26307 T 2325 2325
63 Luxembourg 26308 G 2325 2325
64 Luxembourg 26309 C 2325 2325
65 Luxembourg 26310 T 2325 2325
66 Luxembourg 26311 T 2325 2325
67 Luxembourg 26312 T 2325 2325
68 Luxembourg 26313 C T 2325 2315 Phe23Phe
69 Luxembourg 26314 G 2325 2325
70 Luxembourg 26315 T 2325 2325
71 Luxembourg 26316 G 2325 2325
72 Luxembourg 26317 G 2325 2325
73 Luxembourg 26318 T 2325 2325
74 Luxembourg 26319 A G 2325 2322 Val25Val
75 Luxembourg 26320 T 2325 2325
76 Luxembourg 26321 T 2325 2325
77 Luxembourg 26322 C 2325 2325
78 Luxembourg 26323 T 2325 2325
79 Luxembourg 26324 T 2325 2325
80 Luxembourg 26325 G 2325 2325
81 Luxembourg 26326 C 2325 2325
82 Luxembourg 26327 T 2325 2325
83 Luxembourg 26328 A C 2325 2324 Leu28Leu
84 Luxembourg 26329 G 2325 2325
85 Luxembourg 26330 T 2325 2325
86 Luxembourg 26331 T 2325 2325
87 Luxembourg 26332 A 2325 2325
88 Luxembourg 26333 C 2325 2325
89 Luxembourg 26334 A 2325 2325
90 Luxembourg 26335 C 2325 2325
91 Luxembourg 26336 T 2325 2325
92 Luxembourg 26337 A 2325 2325
93 Luxembourg 26338 G 2325 2325
94 Luxembourg 26339 C 2325 2325
95 Luxembourg 26340 C T 2325 2320 Ala32Ala
96 Luxembourg 26341 A 2325 2325
97 Luxembourg 26342 T 2325 2325
98 Luxembourg 26343 C 2325 2325
99 Luxembourg 26344 C 2325 2325
100 Luxembourg 26345 T 2325 2325
101 Luxembourg 26346 T 2325 2325
102 Luxembourg 26347 A 2325 2325
103 Luxembourg 26348 C 2325 2325
104 Luxembourg 26349 T 2325 2325
105 Luxembourg 26350 G A 2325 2324 Ala36Thr
106 Luxembourg 26351 C 2325 2325
107 Luxembourg 26352 G 2325 2325
108 Luxembourg 26353 C 2325 2325
109 Luxembourg 26354 T 2325 2325
110 Luxembourg 26355 T 2325 2325
111 Luxembourg 26356 C 2325 2325
112 Luxembourg 26357 G 2325 2325
113 Luxembourg 26358 A 2325 2325
114 Luxembourg 26359 T 2325 2325
115 Luxembourg 26360 T 2325 2325
116 Luxembourg 26361 G 2325 2325
117 Luxembourg 26362 T 2325 2325
118 Luxembourg 26363 G 2325 2325
119 Luxembourg 26364 T 2325 2325
120 Luxembourg 26365 G 2325 2325
121 Luxembourg 26366 C 2325 2325
122 Luxembourg 26367 G 2325 2325
123 Luxembourg 26368 T 2325 2325
124 Luxembourg 26369 A 2325 2325
125 Luxembourg 26370 C 2325 2325
126 Luxembourg 26371 T 2325 2325
127 Luxembourg 26372 G 2325 2325
128 Luxembourg 26373 C 2325 2325
129 Luxembourg 26374 T 2325 2325
130 Luxembourg 26375 G 2325 2325
131 Luxembourg 26376 C 2325 2325
132 Luxembourg 26377 A 2325 2325
133 Luxembourg 26378 A 2325 2325
134 Luxembourg 26379 T 2325 2325
135 Luxembourg 26380 A 2325 2325
136 Luxembourg 26381 T 2325 2325
137 Luxembourg 26382 T 2325 2325
138 Luxembourg 26383 G 2325 2325
139 Luxembourg 26384 T 2325 2325
140 Luxembourg 26385 T 2325 2325
141 Luxembourg 26386 A 2325 2325
142 Luxembourg 26387 A 2325 2325
143 Luxembourg 26388 C 2325 2325
144 Luxembourg 26389 G 2325 2325
145 Luxembourg 26390 T 2325 2325
146 Luxembourg 26391 G 2325 2325
147 Luxembourg 26392 A 2325 2325
148 Luxembourg 26393 G 2325 2325
149 Luxembourg 26394 T 2325 2325
150 Luxembourg 26395 C 2325 2325
151 Luxembourg 26396 T 2325 2325
152 Luxembourg 26397 T 2325 2325
153 Luxembourg 26398 G 2325 2325
154 Luxembourg 26399 T 2325 2325
155 Luxembourg 26400 A 2325 2325
156 Luxembourg 26401 A 2325 2325
157 Luxembourg 26402 A 2325 2325
158 Luxembourg 26403 A 2325 2325
159 Luxembourg 26404 C 2325 2325
160 Luxembourg 26405 C 2325 2325
161 Luxembourg 26406 T 2325 2325
162 Luxembourg 26407 T 2325 2325
163 Luxembourg 26408 C T 2325 2318 Ser55Phe
164 Luxembourg 26409 T 2325 2325
165 Luxembourg 26410 T 2325 2325
166 Luxembourg 26411 T 2325 2325
167 Luxembourg 26412 T 2325 2325
168 Luxembourg 26413 T 2325 2325
169 Luxembourg 26414 A 2325 2325
170 Luxembourg 26415 C 2325 2325
171 Luxembourg 26416 G 2325 2325
172 Luxembourg 26417 T 2325 2325
173 Luxembourg 26418 T 2325 2325
174 Luxembourg 26419 T 2325 2325
175 Luxembourg 26420 A 2325 2325
176 Luxembourg 26421 C 2325 2325
177 Luxembourg 26422 T 2325 2325
178 Luxembourg 26423 C A 2325 2322 Ser60Tyr
179 Luxembourg 26424 T 2325 2325
180 Luxembourg 26425 C 2325 2325
181 Luxembourg 26426 G 2325 2325
182 Luxembourg 26427 T 2325 2325
183 Luxembourg 26428 G T 2325 2323 Val62Phe
184 Luxembourg 26429 T 2325 2325
185 Luxembourg 26430 T 2325 2325
186 Luxembourg 26431 A 2325 2325
187 Luxembourg 26432 A 2325 2325
188 Luxembourg 26433 A 2325 2325
189 Luxembourg 26434 A 2325 2325
190 Luxembourg 26435 A 2325 2325
191 Luxembourg 26436 T 2325 2325
192 Luxembourg 26437 C 2325 2325
193 Luxembourg 26438 T 2325 2325
194 Luxembourg 26439 G 2325 2325
195 Luxembourg 26440 A 2325 2325
196 Luxembourg 26441 A 2325 2325
197 Luxembourg 26442 T 2325 2325
198 Luxembourg 26443 T 2325 2325
199 Luxembourg 26444 C 2325 2325
200 Luxembourg 26445 T 2325 2325
201 Luxembourg 26446 T 2325 2325
202 Luxembourg 26447 C 2325 2325
203 Luxembourg 26448 T 2325 2325
204 Luxembourg 26449 A 2325 2325
205 Luxembourg 26450 G 2325 2325
206 Luxembourg 26451 A 2325 2325
207 Luxembourg 26452 G 2325 2325
208 Luxembourg 26453 T 2325 2325
209 Luxembourg 26454 T 2325 2325
210 Luxembourg 26455 C 2325 2325
211 Luxembourg 26456 C 2325 2325
212 Luxembourg 26457 T 2325 2325
213 Luxembourg 26458 G 2325 2325
214 Luxembourg 26459 A 2325 2325
215 Luxembourg 26460 T C 2325 2324 Asp72Asp
216 Luxembourg 26461 C 2325 2325
217 Luxembourg 26462 T 2325 2325
218 Luxembourg 26463 T 2325 2325
219 Luxembourg 26464 C T 2325 2320 Leu74Leu
220 Luxembourg 26465 T 2325 2325
221 Luxembourg 26466 G T 2325 2324 Leu74Leu
222 Luxembourg 26467 G 2325 2325
223 Luxembourg 26468 T 2325 2325
224 Luxembourg 26469 C 2325 2325
225 Luxembourg 26470 T 2325 2325
226 Luxembourg 26471 A 2325 2325
227 Luxembourg 26472 A 2323 2323