National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G I K L M N P R S T V Y
*     2                                  
-     228                                  
?                                        
A     12                                  
C     9                                  
D     3                                  
E     6                                  
F     15                                  
G     3                                  
I     9                                  
K     6                                  
L     43                                  
M     3                                  
N     15                                  
P     6                                  
R     9                                  
S     24                                  
T     12                                  
V     39                                  
Y     12                                  

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Liechtenstein 26245 A 3 3
1 Liechtenstein 26246 T 3 3
2 Liechtenstein 26247 G 3 3
3 Liechtenstein 26248 T 3 3
4 Liechtenstein 26249 A 3 3
5 Liechtenstein 26250 C 3 3
6 Liechtenstein 26251 T 3 3
7 Liechtenstein 26252 C 3 3
8 Liechtenstein 26253 A 3 3
9 Liechtenstein 26254 T 3 3
10 Liechtenstein 26255 T 3 3
11 Liechtenstein 26256 C 3 3
12 Liechtenstein 26257 G 3 3
13 Liechtenstein 26258 T 3 3
14 Liechtenstein 26259 T 3 3
15 Liechtenstein 26260 T 3 3
16 Liechtenstein 26261 C 3 3
17 Liechtenstein 26262 G 3 3
18 Liechtenstein 26263 G 3 3
19 Liechtenstein 26264 A 3 3
20 Liechtenstein 26265 A 3 3
21 Liechtenstein 26266 G 3 3
22 Liechtenstein 26267 A 3 3
23 Liechtenstein 26268 G 3 3
24 Liechtenstein 26269 A 3 3
25 Liechtenstein 26270 C 3 3
26 Liechtenstein 26271 A 3 3
27 Liechtenstein 26272 G 3 3
28 Liechtenstein 26273 G 3 3
29 Liechtenstein 26274 T 3 3
30 Liechtenstein 26275 A 3 3
31 Liechtenstein 26276 C 3 3
32 Liechtenstein 26277 G 3 3
33 Liechtenstein 26278 T 3 3
34 Liechtenstein 26279 T 3 3
35 Liechtenstein 26280 A 3 3
36 Liechtenstein 26281 A 3 3
37 Liechtenstein 26282 T 3 3
38 Liechtenstein 26283 A 3 3
39 Liechtenstein 26284 G 3 3
40 Liechtenstein 26285 T 3 3
41 Liechtenstein 26286 T 3 3
42 Liechtenstein 26287 A 3 3
43 Liechtenstein 26288 A 3 3
44 Liechtenstein 26289 T 3 3
45 Liechtenstein 26290 A 3 3
46 Liechtenstein 26291 G 3 3
47 Liechtenstein 26292 C 3 3
48 Liechtenstein 26293 G 3 3
49 Liechtenstein 26294 T 3 3
50 Liechtenstein 26295 A 3 3
51 Liechtenstein 26296 C 3 3
52 Liechtenstein 26297 T 3 3
53 Liechtenstein 26298 T 3 3
54 Liechtenstein 26299 C 3 3
55 Liechtenstein 26300 T 3 3
56 Liechtenstein 26301 T 3 3
57 Liechtenstein 26302 T 3 3
58 Liechtenstein 26303 T 3 3
59 Liechtenstein 26304 T 3 3
60 Liechtenstein 26305 C 3 3
61 Liechtenstein 26306 T 3 3
62 Liechtenstein 26307 T 3 3
63 Liechtenstein 26308 G 3 3
64 Liechtenstein 26309 C 3 3
65 Liechtenstein 26310 T 3 3
66 Liechtenstein 26311 T 3 3
67 Liechtenstein 26312 T 3 3
68 Liechtenstein 26313 C 3 3
69 Liechtenstein 26314 G 3 3
70 Liechtenstein 26315 T 3 3
71 Liechtenstein 26316 G 3 3
72 Liechtenstein 26317 G 3 3
73 Liechtenstein 26318 T 3 3
74 Liechtenstein 26319 A 3 3
75 Liechtenstein 26320 T 3 3
76 Liechtenstein 26321 T 3 3
77 Liechtenstein 26322 C 3 3
78 Liechtenstein 26323 T 3 3
79 Liechtenstein 26324 T 3 3
80 Liechtenstein 26325 G 3 3
81 Liechtenstein 26326 C 3 3
82 Liechtenstein 26327 T 3 3
83 Liechtenstein 26328 A 3 3
84 Liechtenstein 26329 G 3 3
85 Liechtenstein 26330 T 3 3
86 Liechtenstein 26331 T 3 3
87 Liechtenstein 26332 A 3 3
88 Liechtenstein 26333 C 3 3
89 Liechtenstein 26334 A 3 3
90 Liechtenstein 26335 C 3 3
91 Liechtenstein 26336 T 3 3
92 Liechtenstein 26337 A 3 3
93 Liechtenstein 26338 G 3 3
94 Liechtenstein 26339 C 3 3
95 Liechtenstein 26340 C 3 3
96 Liechtenstein 26341 A 3 3
97 Liechtenstein 26342 T 3 3
98 Liechtenstein 26343 C 3 3
99 Liechtenstein 26344 C 3 3
100 Liechtenstein 26345 T 3 3
101 Liechtenstein 26346 T 3 3
102 Liechtenstein 26347 A 3 3
103 Liechtenstein 26348 C 3 3
104 Liechtenstein 26349 T 3 3
105 Liechtenstein 26350 G 3 3
106 Liechtenstein 26351 C 3 3
107 Liechtenstein 26352 G 3 3
108 Liechtenstein 26353 C 3 3
109 Liechtenstein 26354 T 3 3
110 Liechtenstein 26355 T 3 3
111 Liechtenstein 26356 C 3 3
112 Liechtenstein 26357 G 3 3
113 Liechtenstein 26358 A 3 3
114 Liechtenstein 26359 T 3 3
115 Liechtenstein 26360 T 3 3
116 Liechtenstein 26361 G 3 3
117 Liechtenstein 26362 T 3 3
118 Liechtenstein 26363 G 3 3
119 Liechtenstein 26364 T 3 3
120 Liechtenstein 26365 G 3 3
121 Liechtenstein 26366 C 3 3
122 Liechtenstein 26367 G 3 3
123 Liechtenstein 26368 T 3 3
124 Liechtenstein 26369 A 3 3
125 Liechtenstein 26370 C 3 3
126 Liechtenstein 26371 T 3 3
127 Liechtenstein 26372 G 3 3
128 Liechtenstein 26373 C 3 3
129 Liechtenstein 26374 T 3 3
130 Liechtenstein 26375 G 3 3
131 Liechtenstein 26376 C 3 3
132 Liechtenstein 26377 A 3 3
133 Liechtenstein 26378 A 3 3
134 Liechtenstein 26379 T 3 3
135 Liechtenstein 26380 A 3 3
136 Liechtenstein 26381 T 3 3
137 Liechtenstein 26382 T 3 3
138 Liechtenstein 26383 G 3 3
139 Liechtenstein 26384 T 3 3
140 Liechtenstein 26385 T 3 3
141 Liechtenstein 26386 A 3 3
142 Liechtenstein 26387 A 3 3
143 Liechtenstein 26388 C 3 3
144 Liechtenstein 26389 G 3 3
145 Liechtenstein 26390 T 3 3
146 Liechtenstein 26391 G 3 3
147 Liechtenstein 26392 A 3 3
148 Liechtenstein 26393 G 3 3
149 Liechtenstein 26394 T 3 3
150 Liechtenstein 26395 C 3 3
151 Liechtenstein 26396 T 3 3
152 Liechtenstein 26397 T 3 3
153 Liechtenstein 26398 G 3 3
154 Liechtenstein 26399 T 3 3
155 Liechtenstein 26400 A 3 3
156 Liechtenstein 26401 A 3 3
157 Liechtenstein 26402 A 3 3
158 Liechtenstein 26403 A 3 3
159 Liechtenstein 26404 C 3 3
160 Liechtenstein 26405 C 3 3
161 Liechtenstein 26406 T 3 3
162 Liechtenstein 26407 T 3 3
163 Liechtenstein 26408 C 3 3
164 Liechtenstein 26409 T 3 3
165 Liechtenstein 26410 T 3 3
166 Liechtenstein 26411 T 3 3
167 Liechtenstein 26412 T 3 3
168 Liechtenstein 26413 T 3 3
169 Liechtenstein 26414 A 3 3
170 Liechtenstein 26415 C 3 3
171 Liechtenstein 26416 G 3 3
172 Liechtenstein 26417 T 3 3
173 Liechtenstein 26418 T 3 3
174 Liechtenstein 26419 T 3 3
175 Liechtenstein 26420 A 3 3
176 Liechtenstein 26421 C 3 3
177 Liechtenstein 26422 T 3 3
178 Liechtenstein 26423 C 3 3
179 Liechtenstein 26424 T 3 3
180 Liechtenstein 26425 C 3 3
181 Liechtenstein 26426 G 3 3
182 Liechtenstein 26427 T 3 3
183 Liechtenstein 26428 G 3 3
184 Liechtenstein 26429 T 3 3
185 Liechtenstein 26430 T 3 3
186 Liechtenstein 26431 A 3 3
187 Liechtenstein 26432 A 3 3
188 Liechtenstein 26433 A 3 3
189 Liechtenstein 26434 A 3 3
190 Liechtenstein 26435 A 3 3
191 Liechtenstein 26436 T 3 3
192 Liechtenstein 26437 C 3 3
193 Liechtenstein 26438 T 3 3
194 Liechtenstein 26439 G 3 3
195 Liechtenstein 26440 A 3 3
196 Liechtenstein 26441 A 3 3
197 Liechtenstein 26442 T 3 3
198 Liechtenstein 26443 T 3 3
199 Liechtenstein 26444 C 3 3
200 Liechtenstein 26445 T 3 3
201 Liechtenstein 26446 T 3 3
202 Liechtenstein 26447 C 3 3
203 Liechtenstein 26448 T 3 3
204 Liechtenstein 26449 A 3 3
205 Liechtenstein 26450 G 3 3
206 Liechtenstein 26451 A 3 3
207 Liechtenstein 26452 G 3 3
208 Liechtenstein 26453 T 3 3
209 Liechtenstein 26454 T 3 3
210 Liechtenstein 26455 C 3 3
211 Liechtenstein 26456 C 3 3
212 Liechtenstein 26457 T 3 3
213 Liechtenstein 26458 G 3 3
214 Liechtenstein 26459 A 3 3
215 Liechtenstein 26460 T 3 3
216 Liechtenstein 26461 C 3 3
217 Liechtenstein 26462 T 3 3
218 Liechtenstein 26463 T 3 3
219 Liechtenstein 26464 C 3 3
220 Liechtenstein 26465 T 3 3
221 Liechtenstein 26466 G 3 3
222 Liechtenstein 26467 G 3 3
223 Liechtenstein 26468 T 3 3
224 Liechtenstein 26469 C 3 3
225 Liechtenstein 26470 T 3 3
226 Liechtenstein 26471 A 3 3
227 Liechtenstein 26472 A 3 3