National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G I K L M N P R S T V Y
*     2                                  
-     228                                  
?                                        
A     12                                  
C     9                                  
D     3                                  
E     6                                  
F     15                                  
G     3                                  
I     9                             1    
K     6                                  
L     43                 1                
M     3                                  
N     15                                  
P     6                                  
R     9                                  
S     24                                  
T     12                                  
V     39                                  
Y     12                                  

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Iran 26245 A 36 36
1 Iran 26246 T 36 36
2 Iran 26247 G 36 36
3 Iran 26248 T 36 36
4 Iran 26249 A 36 36
5 Iran 26250 C 36 36
6 Iran 26251 T 36 36
7 Iran 26252 C 36 36
8 Iran 26253 A 36 36
9 Iran 26254 T 36 36
10 Iran 26255 T 36 36
11 Iran 26256 C 36 36
12 Iran 26257 G 36 36
13 Iran 26258 T 36 36
14 Iran 26259 T 36 36
15 Iran 26260 T 36 36
16 Iran 26261 C 36 36
17 Iran 26262 G 36 36
18 Iran 26263 G 36 36
19 Iran 26264 A 36 36
20 Iran 26265 A 36 36
21 Iran 26266 G 36 36
22 Iran 26267 A 36 36
23 Iran 26268 G 36 36
24 Iran 26269 A 36 36
25 Iran 26270 C 36 36
26 Iran 26271 A 36 36
27 Iran 26272 G 36 36
28 Iran 26273 G 36 36
29 Iran 26274 T 36 36
30 Iran 26275 A 36 36
31 Iran 26276 C 36 36
32 Iran 26277 G 36 36
33 Iran 26278 T 36 36
34 Iran 26279 T 36 36
35 Iran 26280 A 36 36
36 Iran 26281 A 36 36
37 Iran 26282 T 36 36
38 Iran 26283 A 36 36
39 Iran 26284 G 36 36
40 Iran 26285 T 36 36
41 Iran 26286 T 36 36
42 Iran 26287 A 36 36
43 Iran 26288 A 36 36
44 Iran 26289 T 36 36
45 Iran 26290 A 36 36
46 Iran 26291 G 36 36
47 Iran 26292 C 36 36
48 Iran 26293 G 36 36
49 Iran 26294 T 36 36
50 Iran 26295 A 36 36
51 Iran 26296 C 36 36
52 Iran 26297 T 36 36
53 Iran 26298 T 36 36
54 Iran 26299 C 36 36
55 Iran 26300 T 36 36
56 Iran 26301 T 36 36
57 Iran 26302 T 36 36
58 Iran 26303 T 36 36
59 Iran 26304 T 36 36
60 Iran 26305 C 36 36
61 Iran 26306 T 36 36
62 Iran 26307 T 36 36
63 Iran 26308 G 36 36
64 Iran 26309 C 36 36
65 Iran 26310 T 36 36
66 Iran 26311 T 36 36
67 Iran 26312 T 36 36
68 Iran 26313 C 36 36
69 Iran 26314 G 36 36
70 Iran 26315 T 36 36
71 Iran 26316 G 36 36
72 Iran 26317 G 36 36
73 Iran 26318 T 36 36
74 Iran 26319 A 36 36
75 Iran 26320 T 36 36
76 Iran 26321 T 36 36
77 Iran 26322 C 36 36
78 Iran 26323 T 36 36
79 Iran 26324 T 36 36
80 Iran 26325 G 36 36
81 Iran 26326 C 36 36
82 Iran 26327 T 36 36
83 Iran 26328 A 36 36
84 Iran 26329 G 36 36
85 Iran 26330 T 36 36
86 Iran 26331 T 36 36
87 Iran 26332 A 36 36
88 Iran 26333 C 36 36
89 Iran 26334 A 36 36
90 Iran 26335 C 36 36
91 Iran 26336 T 36 36
92 Iran 26337 A 36 36
93 Iran 26338 G 36 36
94 Iran 26339 C 36 36
95 Iran 26340 C 36 36
96 Iran 26341 A 36 36
97 Iran 26342 T C 36 35 Ile33Thr
98 Iran 26343 C 36 36
99 Iran 26344 C 36 36
100 Iran 26345 T 36 36
101 Iran 26346 T 36 36
102 Iran 26347 A 36 36
103 Iran 26348 C 36 36
104 Iran 26349 T 36 36
105 Iran 26350 G 36 36
106 Iran 26351 C 36 36
107 Iran 26352 G 36 36
108 Iran 26353 C 36 36
109 Iran 26354 T 36 36
110 Iran 26355 T A 36 35 Leu37Leu
111 Iran 26356 C 36 36
112 Iran 26357 G 36 36
113 Iran 26358 A 36 36
114 Iran 26359 T 36 36
115 Iran 26360 T 36 36
116 Iran 26361 G 36 36
117 Iran 26362 T 36 36
118 Iran 26363 G 36 36
119 Iran 26364 T 36 36
120 Iran 26365 G 36 36
121 Iran 26366 C 36 36
122 Iran 26367 G 36 36
123 Iran 26368 T 36 36
124 Iran 26369 A 36 36
125 Iran 26370 C 36 36
126 Iran 26371 T 36 36
127 Iran 26372 G 36 36
128 Iran 26373 C 36 36
129 Iran 26374 T 36 36
130 Iran 26375 G 36 36
131 Iran 26376 C 36 36
132 Iran 26377 A 36 36
133 Iran 26378 A 36 36
134 Iran 26379 T 36 36
135 Iran 26380 A 36 36
136 Iran 26381 T 36 36
137 Iran 26382 T 36 36
138 Iran 26383 G 36 36
139 Iran 26384 T 36 36
140 Iran 26385 T 36 36
141 Iran 26386 A 36 36
142 Iran 26387 A 36 36
143 Iran 26388 C 36 36
144 Iran 26389 G 36 36
145 Iran 26390 T 36 36
146 Iran 26391 G 36 36
147 Iran 26392 A 36 36
148 Iran 26393 G 36 36
149 Iran 26394 T 36 36
150 Iran 26395 C 36 36
151 Iran 26396 T 36 36
152 Iran 26397 T 36 36
153 Iran 26398 G 36 36
154 Iran 26399 T 36 36
155 Iran 26400 A 36 36
156 Iran 26401 A 36 36
157 Iran 26402 A 36 36
158 Iran 26403 A 36 36
159 Iran 26404 C 36 36
160 Iran 26405 C 36 36
161 Iran 26406 T 36 36
162 Iran 26407 T 36 36
163 Iran 26408 C 36 36
164 Iran 26409 T 36 36
165 Iran 26410 T 36 36
166 Iran 26411 T 36 36
167 Iran 26412 T 36 36
168 Iran 26413 T 36 36
169 Iran 26414 A 36 36
170 Iran 26415 C 36 36
171 Iran 26416 G 36 36
172 Iran 26417 T 36 36
173 Iran 26418 T 36 36
174 Iran 26419 T 36 36
175 Iran 26420 A 36 36
176 Iran 26421 C 36 36
177 Iran 26422 T 36 36
178 Iran 26423 C 36 36
179 Iran 26424 T 36 36
180 Iran 26425 C 36 36
181 Iran 26426 G 36 36
182 Iran 26427 T 36 36
183 Iran 26428 G 36 36
184 Iran 26429 T 36 36
185 Iran 26430 T 36 36
186 Iran 26431 A 36 36
187 Iran 26432 A 36 36
188 Iran 26433 A 36 36
189 Iran 26434 A 36 36
190 Iran 26435 A 36 36
191 Iran 26436 T 36 36
192 Iran 26437 C 36 36
193 Iran 26438 T 36 36
194 Iran 26439 G 36 36
195 Iran 26440 A 36 36
196 Iran 26441 A 36 36
197 Iran 26442 T 36 36
198 Iran 26443 T 36 36
199 Iran 26444 C 36 36
200 Iran 26445 T 36 36
201 Iran 26446 T 36 36
202 Iran 26447 C 36 36
203 Iran 26448 T 36 36
204 Iran 26449 A 36 36
205 Iran 26450 G 36 36
206 Iran 26451 A 36 36
207 Iran 26452 G 36 36
208 Iran 26453 T 36 36
209 Iran 26454 T 36 36
210 Iran 26455 C 36 36
211 Iran 26456 C 36 36
212 Iran 26457 T 36 36
213 Iran 26458 G 36 36
214 Iran 26459 A 36 36
215 Iran 26460 T 36 36
216 Iran 26461 C 36 36
217 Iran 26462 T 36 36
218 Iran 26463 T 36 36
219 Iran 26464 C 36 36
220 Iran 26465 T 36 36
221 Iran 26466 G 36 36
222 Iran 26467 G 36 36
223 Iran 26468 T 36 36
224 Iran 26469 C 36 36
225 Iran 26470 T 36 36
226 Iran 26471 A 36 36
227 Iran 26472 A 36 36