National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G I K L M N P R S T V Y
*     2                                  
-     228                                  
?                                        
A     12                                  
C     9                                  
D     3                                  
E     6                                  
F     15                                  
G     3                                  
I     9                                  
K     6                         1        
L     43         1                        
M     3                                  
N     15                                  
P     6                           1      
R     9                 1                
S     24                           1     1
T     12                                  
V     39                                  
Y     12                                  

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Indonesia 26245 A 300 300
1 Indonesia 26246 T 300 300
2 Indonesia 26247 G 301 301
3 Indonesia 26248 T 301 301
4 Indonesia 26249 A 301 301
5 Indonesia 26250 C 301 301
6 Indonesia 26251 T 301 301
7 Indonesia 26252 C 301 301
8 Indonesia 26253 A 301 301
9 Indonesia 26254 T 301 301
10 Indonesia 26255 T 301 301
11 Indonesia 26256 C 301 301
12 Indonesia 26257 G 301 301
13 Indonesia 26258 T 301 301
14 Indonesia 26259 T 301 301
15 Indonesia 26260 T 301 301
16 Indonesia 26261 C 301 301
17 Indonesia 26262 G A 301 300 Ser6Ser
18 Indonesia 26263 G 301 301
19 Indonesia 26264 A 301 301
20 Indonesia 26265 A 301 301
21 Indonesia 26266 G 301 301
22 Indonesia 26267 A 301 300
23 Indonesia 26268 G 301 300
24 Indonesia 26269 A 301 300
25 Indonesia 26270 C 301 300
26 Indonesia 26271 A 301 300
27 Indonesia 26272 G 301 300
28 Indonesia 26273 G 301 301
29 Indonesia 26274 T 301 301
30 Indonesia 26275 A 301 301
31 Indonesia 26276 C 301 301
32 Indonesia 26277 G 301 301
33 Indonesia 26278 T 301 301
34 Indonesia 26279 T 301 301
35 Indonesia 26280 A 301 301
36 Indonesia 26281 A 301 301
37 Indonesia 26282 T 301 301
38 Indonesia 26283 A 301 301
39 Indonesia 26284 G 301 301
40 Indonesia 26285 T 301 301
41 Indonesia 26286 T 301 301
42 Indonesia 26287 A 301 301
43 Indonesia 26288 A 301 301
44 Indonesia 26289 T 301 301
45 Indonesia 26290 A 301 301
46 Indonesia 26291 G 301 301
47 Indonesia 26292 C 301 301
48 Indonesia 26293 G 301 300
49 Indonesia 26294 T 301 300
50 Indonesia 26295 A 301 300
51 Indonesia 26296 C 301 300
52 Indonesia 26297 T 301 300
53 Indonesia 26298 T 301 300
54 Indonesia 26299 C 301 300
55 Indonesia 26300 T 301 300
56 Indonesia 26301 T 301 300
57 Indonesia 26302 T 301 300
58 Indonesia 26303 T 301 300
59 Indonesia 26304 T 301 300
60 Indonesia 26305 C T 301 294 Leu21Phe
61 Indonesia 26306 T 301 300
62 Indonesia 26307 T 301 300
63 Indonesia 26308 G 301 300
64 Indonesia 26309 C 301 300
65 Indonesia 26310 T 301 300
66 Indonesia 26311 T 301 300
67 Indonesia 26312 T 301 300
68 Indonesia 26313 C 301 300
69 Indonesia 26314 G 301 300
70 Indonesia 26315 T 301 300
71 Indonesia 26316 G 301 300
72 Indonesia 26317 G 301 300
73 Indonesia 26318 T 301 300
74 Indonesia 26319 A 301 298
75 Indonesia 26320 T 301 298
76 Indonesia 26321 T 301 298
77 Indonesia 26322 C 301 298
78 Indonesia 26323 T 301 298
79 Indonesia 26324 T 301 298
80 Indonesia 26325 G 301 298
81 Indonesia 26326 C 301 298
82 Indonesia 26327 T 301 298
83 Indonesia 26328 A 301 299
84 Indonesia 26329 G 301 299
85 Indonesia 26330 T 301 299
86 Indonesia 26331 T 301 299
87 Indonesia 26332 A 301 299
88 Indonesia 26333 C 301 299
89 Indonesia 26334 A 301 299
90 Indonesia 26335 C 301 299
91 Indonesia 26336 T 301 299
92 Indonesia 26337 A 301 299
93 Indonesia 26338 G 301 299
94 Indonesia 26339 C 301 299
95 Indonesia 26340 C 301 299
96 Indonesia 26341 A 301 299
97 Indonesia 26342 T 301 299
98 Indonesia 26343 C 301 299
99 Indonesia 26344 C 301 299
100 Indonesia 26345 T 301 299
101 Indonesia 26346 T 301 299
102 Indonesia 26347 A 301 299
103 Indonesia 26348 C 301 299
104 Indonesia 26349 T 301 299
105 Indonesia 26350 G 301 301
106 Indonesia 26351 C 301 301
107 Indonesia 26352 G 301 301
108 Indonesia 26353 C 301 301
109 Indonesia 26354 T 301 300
110 Indonesia 26355 T 301 300
111 Indonesia 26356 C 301 300
112 Indonesia 26357 G 301 300
113 Indonesia 26358 A 301 297
114 Indonesia 26359 T 301 297
115 Indonesia 26360 T 301 297
116 Indonesia 26361 G 301 297
117 Indonesia 26362 T 301 297
118 Indonesia 26363 G 301 297
119 Indonesia 26364 T 301 297
120 Indonesia 26365 G 301 297
121 Indonesia 26366 C 301 297
122 Indonesia 26367 G 301 296
123 Indonesia 26368 T 301 297
124 Indonesia 26369 A 301 294
125 Indonesia 26370 C 301 294
126 Indonesia 26371 T 300 292
127 Indonesia 26372 G 300 293
128 Indonesia 26373 C 300 293
129 Indonesia 26374 T 300 293
130 Indonesia 26375 G 300 296
131 Indonesia 26376 C 300 297
132 Indonesia 26377 A 300 297
133 Indonesia 26378 A 300 297
134 Indonesia 26379 T 300 297
135 Indonesia 26380 A 300 297
136 Indonesia 26381 T 300 298
137 Indonesia 26382 T 300 298
138 Indonesia 26383 G 300 298
139 Indonesia 26384 T 300 298
140 Indonesia 26385 T 300 298
141 Indonesia 26386 A 300 299
142 Indonesia 26387 A 300 299
143 Indonesia 26388 C 300 299
144 Indonesia 26389 G 300 299
145 Indonesia 26390 T 300 299
146 Indonesia 26391 G 300 299
147 Indonesia 26392 A 300 299
148 Indonesia 26393 G 300 299
149 Indonesia 26394 T 300 300
150 Indonesia 26395 C 300 300
151 Indonesia 26396 T 300 300
152 Indonesia 26397 T 300 300
153 Indonesia 26398 G 300 300
154 Indonesia 26399 T 299 299
155 Indonesia 26400 A 299 299
156 Indonesia 26401 A 299 299
157 Indonesia 26402 A 299 299
158 Indonesia 26403 A 299 299
159 Indonesia 26404 C 299 299
160 Indonesia 26405 C 299 299
161 Indonesia 26406 T 299 299
162 Indonesia 26407 T 299 299
163 Indonesia 26408 C 299 299
164 Indonesia 26409 T 299 299
165 Indonesia 26410 T 299 299
166 Indonesia 26411 T 299 299
167 Indonesia 26412 T 299 299
168 Indonesia 26413 T 299 299
169 Indonesia 26414 A 299 299
170 Indonesia 26415 C 299 299
171 Indonesia 26416 G 299 299
172 Indonesia 26417 T 299 299
173 Indonesia 26418 T 299 299
174 Indonesia 26419 T 299 299
175 Indonesia 26420 A 299 299
176 Indonesia 26421 C 299 299
177 Indonesia 26422 T 299 299
178 Indonesia 26423 C 299 299
179 Indonesia 26424 T 299 299
180 Indonesia 26425 C 299 299
181 Indonesia 26426 G T 299 298 Arg61Leu
182 Indonesia 26427 T 299 299
183 Indonesia 26428 G 299 299
184 Indonesia 26429 T 299 299
185 Indonesia 26430 T 299 299
186 Indonesia 26431 A 299 299
187 Indonesia 26432 A G 299 298 Lys63Arg
188 Indonesia 26433 A 299 299
189 Indonesia 26434 A 299 299
190 Indonesia 26435 A 299 299
191 Indonesia 26436 T 299 299
192 Indonesia 26437 C 299 299
193 Indonesia 26438 T 299 299
194 Indonesia 26439 G 299 299
195 Indonesia 26440 A 299 299
196 Indonesia 26441 A 299 299
197 Indonesia 26442 T 299 298
198 Indonesia 26443 T 299 299
199 Indonesia 26444 C 299 299
200 Indonesia 26445 T 299 299
201 Indonesia 26446 T 299 299
202 Indonesia 26447 C A 299 298 Ser68Tyr
203 Indonesia 26448 T 299 299
204 Indonesia 26449 A 299 299
205 Indonesia 26450 G 299 299
206 Indonesia 26451 A 299 299
207 Indonesia 26452 G 299 299
208 Indonesia 26453 T 298 298
209 Indonesia 26454 T 298 298
210 Indonesia 26455 C T 298 297 Pro71Ser
211 Indonesia 26456 C 298 298
212 Indonesia 26457 T 298 298
213 Indonesia 26458 G 298 298
214 Indonesia 26459 A 298 298
215 Indonesia 26460 T 298 298
216 Indonesia 26461 C 298 298
217 Indonesia 26462 T 298 298
218 Indonesia 26463 T 298 298
219 Indonesia 26464 C 298 298
220 Indonesia 26465 T 298 298
221 Indonesia 26466 G 298 298
222 Indonesia 26467 G 298 298
223 Indonesia 26468 T 298 298
224 Indonesia 26469 C 298 298
225 Indonesia 26470 T 298 298
226 Indonesia 26471 A 298 298
227 Indonesia 26472 A 298 298