National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G I K L M N P R S T V Y
*     2                                  
-     228                                  
?                                        
A     12 1                         1      
C     9         1                        
D     3                                  
E     6               1                  
F     15         2                        
G     3                                  
I     9                                  
K     6                                  
L     43         1       1             1  
M     3                                  
N     15                                  
P     6                 1         1      
R     9             1                    
S     24                           1      
T     12             1                    
V     39 1       1       1 1           1  
Y     12                                  

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Iceland 26245 A 4164 4164
1 Iceland 26246 T 4164 4164
2 Iceland 26247 G 4164 4164
3 Iceland 26248 T 4164 4164
4 Iceland 26249 A 4165 4165
5 Iceland 26250 C 4165 4165
6 Iceland 26251 T 4165 4165
7 Iceland 26252 C 4165 4164
8 Iceland 26253 A 4165 4165
9 Iceland 26254 T 4165 4164
10 Iceland 26255 T 4165 4163
11 Iceland 26256 C T 4165 4163 Phe4Phe
12 Iceland 26257 G 4165 4164
13 Iceland 26258 T 4165 4165
14 Iceland 26259 T 4165 4165
15 Iceland 26260 T 4166 4166
16 Iceland 26261 C 4166 4166
17 Iceland 26262 G 4166 4166
18 Iceland 26263 G 4167 4167
19 Iceland 26264 A 4167 4166
20 Iceland 26265 A 4167 4167
21 Iceland 26266 G A 4167 4166 Glu8Lys
22 Iceland 26267 A 4167 4166
23 Iceland 26268 G 4167 4166
24 Iceland 26269 A 4167 4167
25 Iceland 26270 C T 4167 4165 Thr9Ile
26 Iceland 26271 A 4167 4167
27 Iceland 26272 G 4167 4167
28 Iceland 26273 G 4167 4167
29 Iceland 26274 T 4167 4167
30 Iceland 26275 A 4167 4167
31 Iceland 26276 C 4167 4166
32 Iceland 26277 G 4167 4167
33 Iceland 26278 T 4167 4167
34 Iceland 26279 T 4167 4167
35 Iceland 26280 A 4167 4167
36 Iceland 26281 A 4167 4167
37 Iceland 26282 T 4167 4167
38 Iceland 26283 A 4167 4167
39 Iceland 26284 G 4167 4167
40 Iceland 26285 T 4167 4167
41 Iceland 26286 T 4167 4167
42 Iceland 26287 A 4167 4167
43 Iceland 26288 A 4167 4167
44 Iceland 26289 T 4167 4167
45 Iceland 26290 A 4167 4167
46 Iceland 26291 G 4142 4142
47 Iceland 26292 C 4142 4141
48 Iceland 26293 G 4142 4142
49 Iceland 26294 T C 4142 4141 Val17Ala
50 Iceland 26295 A 4142 4142
51 Iceland 26296 C 4142 4142
52 Iceland 26297 T 4142 4142
53 Iceland 26298 T 4142 4142
54 Iceland 26299 C 4142 4142
55 Iceland 26300 T 4142 4142
56 Iceland 26301 T 4142 4142
57 Iceland 26302 T 4142 4142
58 Iceland 26303 T 4142 4142
59 Iceland 26304 T 4142 4142
60 Iceland 26305 C G 4142 4141 Leu21Val
61 Iceland 26306 T 4142 4142
62 Iceland 26307 T 4142 4142
63 Iceland 26308 G T 4142 4141 Ala22Ser
64 Iceland 26309 C 4142 4142
65 Iceland 26310 T 4142 4142
66 Iceland 26311 T 4141 4141
67 Iceland 26312 T 4141 4141
68 Iceland 26313 C T 4141 4017 Phe23Phe
69 Iceland 26314 G A 4141 4140 Val24Met
70 Iceland 26315 T 4141 4141
71 Iceland 26316 G 4103 4099
72 Iceland 26317 G 4103 4100
73 Iceland 26318 T 4103 4099
74 Iceland 26319 A G 4103 4096 Val25Val
75 Iceland 26320 T 4103 4099
76 Iceland 26321 T 4103 4100
77 Iceland 26322 C 4103 4100
78 Iceland 26323 T 4103 4101
79 Iceland 26324 T 4103 4100
80 Iceland 26325 G 4103 4101
81 Iceland 26326 C 4103 4102
82 Iceland 26327 T 4103 4101
83 Iceland 26328 A 4103 4102
84 Iceland 26329 G 4103 4101
85 Iceland 26330 T 4103 4102
86 Iceland 26331 T 4103 4101
87 Iceland 26332 A 4103 4102
88 Iceland 26333 C 4103 4101
89 Iceland 26334 A 4103 4102
90 Iceland 26335 C 4103 4101
91 Iceland 26336 T 4103 4102
92 Iceland 26337 A 4103 4102
93 Iceland 26338 G 4103 4101
94 Iceland 26339 C 4103 4102
95 Iceland 26340 C 4103 4101
96 Iceland 26341 A 4103 4102
97 Iceland 26342 T 4103 4103
98 Iceland 26343 C 4103 4102
99 Iceland 26344 C 4103 4103
100 Iceland 26345 T 4103 4103
101 Iceland 26346 T 4102 4102
102 Iceland 26347 A 4102 4102
103 Iceland 26348 C 4095 4089
104 Iceland 26349 T 4095 4090
105 Iceland 26350 G 4095 4090
106 Iceland 26351 C 4095 4088
107 Iceland 26352 G T 4095 4085 Ala36Ala
108 Iceland 26353 C 4095 4089
109 Iceland 26354 T 4095 4089
110 Iceland 26355 T 4095 4089
111 Iceland 26356 C 4095 4089
112 Iceland 26357 G 4095 4089
113 Iceland 26358 A 4095 4088
114 Iceland 26359 T 4095 4089
115 Iceland 26360 T 4095 4089
116 Iceland 26361 G 4095 4089
117 Iceland 26362 T 4095 4088
118 Iceland 26363 G 4095 4088
119 Iceland 26364 T 4095 4089
120 Iceland 26365 G 4095 4089
121 Iceland 26366 C 4095 4089
122 Iceland 26367 G 4095 4091
123 Iceland 26368 T 4095 4089
124 Iceland 26369 A 4095 4090
125 Iceland 26370 C 4095 4091
126 Iceland 26371 T 4095 4092
127 Iceland 26372 G T 4095 4089 Cys43Phe
128 Iceland 26373 C 4095 4091
129 Iceland 26374 T 4095 4092
130 Iceland 26375 G 4095 4093
131 Iceland 26376 C 4095 4093
132 Iceland 26377 A 4095 4092
133 Iceland 26378 A 4095 4092
134 Iceland 26379 T 4095 4091
135 Iceland 26380 A 4095 4094
136 Iceland 26381 T 4095 4094
137 Iceland 26382 T 4095 4094
138 Iceland 26383 G 4095 4094
139 Iceland 26384 T 4095 4092
140 Iceland 26385 T 4095 4093
141 Iceland 26386 A 4095 4094
142 Iceland 26387 A 4095 4090
143 Iceland 26388 C 4095 4094
144 Iceland 26389 G 4095 4094
145 Iceland 26390 T 4095 4094
146 Iceland 26391 G 4095 4094
147 Iceland 26392 A 4095 4092
148 Iceland 26393 G 4095 4094
149 Iceland 26394 T 4095 4094
150 Iceland 26395 C 4095 4094
151 Iceland 26396 T 4095 4094
152 Iceland 26397 T 4095 4093
153 Iceland 26398 G 4095 4094
154 Iceland 26399 T 4095 4094
155 Iceland 26400 A 4095 4095
156 Iceland 26401 A 4095 4095
157 Iceland 26402 A 4095 4095
158 Iceland 26403 A 4095 4093
159 Iceland 26404 C 4095 4094
160 Iceland 26405 C 4095 4094
161 Iceland 26406 T 4095 4094
162 Iceland 26407 T 4095 4094
163 Iceland 26408 C 4095 4082
164 Iceland 26409 T 4095 4092
165 Iceland 26410 T 4095 4094
166 Iceland 26411 T 4095 4094
167 Iceland 26412 T 4095 4093
168 Iceland 26413 T 4095 4093
169 Iceland 26414 A 4095 4094
170 Iceland 26415 C 4095 4093
171 Iceland 26416 G 4095 4093
172 Iceland 26417 T 4095 4092
173 Iceland 26418 T 4095 4093
174 Iceland 26419 T 4095 4093
175 Iceland 26420 A 4095 4092
176 Iceland 26421 C 4095 4091
177 Iceland 26422 T 4095 4093
178 Iceland 26423 C 4095 4091
179 Iceland 26424 T C 4095 4089 Ser60Ser
180 Iceland 26425 C 4095 4093
181 Iceland 26426 G 4095 4093
182 Iceland 26427 T 4095 4091
183 Iceland 26428 G T,C 4095 4089 Val62Phe-p.Val62Leu
184 Iceland 26429 T 4095 4092
185 Iceland 26430 T 4095 4091
186 Iceland 26431 A 4095 4091
187 Iceland 26432 A 4095 4091
188 Iceland 26433 A 4095 4092
189 Iceland 26434 A 4095 4091
190 Iceland 26435 A 4095 4091
191 Iceland 26436 T 4095 4091
192 Iceland 26437 C 4095 4091
193 Iceland 26438 T 4095 4091
194 Iceland 26439 G 4095 4091
195 Iceland 26440 A 4095 4095
196 Iceland 26441 A 4095 4095
197 Iceland 26442 T 4095 4095
198 Iceland 26443 T 4095 4095
199 Iceland 26444 C 4095 4095
200 Iceland 26445 T 4095 4095
201 Iceland 26446 T 4095 4095
202 Iceland 26447 C 4095 4095
203 Iceland 26448 T 4095 4095
204 Iceland 26449 A 4095 4095
205 Iceland 26450 G T 4095 4093 Arg69Ile
206 Iceland 26451 A 4095 4095
207 Iceland 26452 G 4095 4095
208 Iceland 26453 T 4095 4095
209 Iceland 26454 T 4095 4095
210 Iceland 26455 C T 4095 4094 Pro71Ser
211 Iceland 26456 C T 4095 4093 Pro71Leu
212 Iceland 26457 T 4095 4095
213 Iceland 26458 G 4095 4095
214 Iceland 26459 A 4095 4095
215 Iceland 26460 T 4095 4095
216 Iceland 26461 C T 4095 4092 Leu73Phe
217 Iceland 26462 T 4095 4095
218 Iceland 26463 T 4095 4095
219 Iceland 26464 C T 4095 4087 Leu74Leu
220 Iceland 26465 T 4095 4095
221 Iceland 26466 G 4094 4094
222 Iceland 26467 G 4094 4093
223 Iceland 26468 T 4094 4094
224 Iceland 26469 C 4094 4094
225 Iceland 26470 T 4094 4094
226 Iceland 26471 A 4094 4094
227 Iceland 26472 A 4094 4094