National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G I K L M N P R S T V Y
*     2                                  
-     228                                  
?                                        
A     12                                  
C     9                                  
D     3                                  
E     6                                  
F     15                                  
G     3                                  
I     9                                  
K     6                                  
L     43                       1          
M     3                                  
N     15                                  
P     6                                  
R     9                                  
S     24                                  
T     12                                  
V     39                                  
Y     12                                  

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Hong_Kong 26245 A 276 276
1 Hong_Kong 26246 T 276 276
2 Hong_Kong 26247 G 276 276
3 Hong_Kong 26248 T 276 276
4 Hong_Kong 26249 A 276 276
5 Hong_Kong 26250 C 276 276
6 Hong_Kong 26251 T 276 276
7 Hong_Kong 26252 C 276 276
8 Hong_Kong 26253 A 276 276
9 Hong_Kong 26254 T 276 276
10 Hong_Kong 26255 T 276 276
11 Hong_Kong 26256 C 276 276
12 Hong_Kong 26257 G 276 276
13 Hong_Kong 26258 T 276 276
14 Hong_Kong 26259 T 276 276
15 Hong_Kong 26260 T 276 276
16 Hong_Kong 26261 C 276 276
17 Hong_Kong 26262 G 276 276
18 Hong_Kong 26263 G 276 276
19 Hong_Kong 26264 A 276 276
20 Hong_Kong 26265 A 276 276
21 Hong_Kong 26266 G 276 276
22 Hong_Kong 26267 A 276 276
23 Hong_Kong 26268 G 276 276
24 Hong_Kong 26269 A 276 276
25 Hong_Kong 26270 C 276 276
26 Hong_Kong 26271 A 276 276
27 Hong_Kong 26272 G 276 276
28 Hong_Kong 26273 G 276 276
29 Hong_Kong 26274 T 276 276
30 Hong_Kong 26275 A 276 276
31 Hong_Kong 26276 C 276 276
32 Hong_Kong 26277 G 276 276
33 Hong_Kong 26278 T 276 276
34 Hong_Kong 26279 T 276 276
35 Hong_Kong 26280 A 276 276
36 Hong_Kong 26281 A 276 276
37 Hong_Kong 26282 T 276 276
38 Hong_Kong 26283 A 276 276
39 Hong_Kong 26284 G 276 276
40 Hong_Kong 26285 T 276 276
41 Hong_Kong 26286 T 276 276
42 Hong_Kong 26287 A 276 276
43 Hong_Kong 26288 A 276 276
44 Hong_Kong 26289 T 276 276
45 Hong_Kong 26290 A 276 276
46 Hong_Kong 26291 G 276 276
47 Hong_Kong 26292 C 276 276
48 Hong_Kong 26293 G 276 276
49 Hong_Kong 26294 T 276 276
50 Hong_Kong 26295 A 276 276
51 Hong_Kong 26296 C 276 276
52 Hong_Kong 26297 T 276 276
53 Hong_Kong 26298 T 276 276
54 Hong_Kong 26299 C 276 276
55 Hong_Kong 26300 T 276 276
56 Hong_Kong 26301 T 276 276
57 Hong_Kong 26302 T 276 275
58 Hong_Kong 26303 T 276 276
59 Hong_Kong 26304 T 276 276
60 Hong_Kong 26305 C 276 276
61 Hong_Kong 26306 T 276 276
62 Hong_Kong 26307 T 276 276
63 Hong_Kong 26308 G 276 276
64 Hong_Kong 26309 C 276 276
65 Hong_Kong 26310 T 276 276
66 Hong_Kong 26311 T 276 276
67 Hong_Kong 26312 T 276 276
68 Hong_Kong 26313 C 276 276
69 Hong_Kong 26314 G 276 276
70 Hong_Kong 26315 T 276 276
71 Hong_Kong 26316 G 276 276
72 Hong_Kong 26317 G 276 276
73 Hong_Kong 26318 T 276 276
74 Hong_Kong 26319 A 276 276
75 Hong_Kong 26320 T 276 276
76 Hong_Kong 26321 T 276 276
77 Hong_Kong 26322 C 276 276
78 Hong_Kong 26323 T 276 276
79 Hong_Kong 26324 T 276 276
80 Hong_Kong 26325 G 276 276
81 Hong_Kong 26326 C 276 276
82 Hong_Kong 26327 T 276 276
83 Hong_Kong 26328 A 276 276
84 Hong_Kong 26329 G 276 276
85 Hong_Kong 26330 T 276 276
86 Hong_Kong 26331 T 276 276
87 Hong_Kong 26332 A 276 276
88 Hong_Kong 26333 C 276 276
89 Hong_Kong 26334 A 276 276
90 Hong_Kong 26335 C 276 276
91 Hong_Kong 26336 T 276 276
92 Hong_Kong 26337 A 276 276
93 Hong_Kong 26338 G 276 276
94 Hong_Kong 26339 C 276 276
95 Hong_Kong 26340 C 276 276
96 Hong_Kong 26341 A 276 276
97 Hong_Kong 26342 T 276 276
98 Hong_Kong 26343 C 276 276
99 Hong_Kong 26344 C 276 276
100 Hong_Kong 26345 T 276 276
101 Hong_Kong 26346 T 276 276
102 Hong_Kong 26347 A 276 276
103 Hong_Kong 26348 C 276 276
104 Hong_Kong 26349 T 276 276
105 Hong_Kong 26350 G 276 276
106 Hong_Kong 26351 C 276 276
107 Hong_Kong 26352 G 276 276
108 Hong_Kong 26353 C 276 276
109 Hong_Kong 26354 T 276 276
110 Hong_Kong 26355 T 276 276
111 Hong_Kong 26356 C 276 276
112 Hong_Kong 26357 G 276 276
113 Hong_Kong 26358 A 276 276
114 Hong_Kong 26359 T 276 276
115 Hong_Kong 26360 T 276 276
116 Hong_Kong 26361 G 276 276
117 Hong_Kong 26362 T 276 276
118 Hong_Kong 26363 G 276 276
119 Hong_Kong 26364 T 276 276
120 Hong_Kong 26365 G 276 276
121 Hong_Kong 26366 C 276 276
122 Hong_Kong 26367 G 276 276
123 Hong_Kong 26368 T 276 276
124 Hong_Kong 26369 A 276 276
125 Hong_Kong 26370 C 276 276
126 Hong_Kong 26371 T 276 276
127 Hong_Kong 26372 G 276 276
128 Hong_Kong 26373 C 276 276
129 Hong_Kong 26374 T 276 276
130 Hong_Kong 26375 G 276 276
131 Hong_Kong 26376 C 276 276
132 Hong_Kong 26377 A 276 276
133 Hong_Kong 26378 A 276 276
134 Hong_Kong 26379 T 276 276
135 Hong_Kong 26380 A 276 276
136 Hong_Kong 26381 T 276 276
137 Hong_Kong 26382 T 276 276
138 Hong_Kong 26383 G 276 276
139 Hong_Kong 26384 T 276 276
140 Hong_Kong 26385 T 276 276
141 Hong_Kong 26386 A 276 276
142 Hong_Kong 26387 A 276 276
143 Hong_Kong 26388 C 276 276
144 Hong_Kong 26389 G 276 276
145 Hong_Kong 26390 T 276 276
146 Hong_Kong 26391 G 276 276
147 Hong_Kong 26392 A 276 276
148 Hong_Kong 26393 G 276 276
149 Hong_Kong 26394 T 276 276
150 Hong_Kong 26395 C 276 276
151 Hong_Kong 26396 T 276 276
152 Hong_Kong 26397 T 276 276
153 Hong_Kong 26398 G 276 276
154 Hong_Kong 26399 T 276 276
155 Hong_Kong 26400 A 276 276
156 Hong_Kong 26401 A 276 276
157 Hong_Kong 26402 A 276 276
158 Hong_Kong 26403 A 276 276
159 Hong_Kong 26404 C 276 276
160 Hong_Kong 26405 C 276 276
161 Hong_Kong 26406 T 276 276
162 Hong_Kong 26407 T 276 276
163 Hong_Kong 26408 C 276 276
164 Hong_Kong 26409 T 276 276
165 Hong_Kong 26410 T 276 276
166 Hong_Kong 26411 T 276 276
167 Hong_Kong 26412 T 276 276
168 Hong_Kong 26413 T 276 276
169 Hong_Kong 26414 A 276 276
170 Hong_Kong 26415 C 276 276
171 Hong_Kong 26416 G 276 276
172 Hong_Kong 26417 T 276 276
173 Hong_Kong 26418 T 276 276
174 Hong_Kong 26419 T 276 276
175 Hong_Kong 26420 A 276 276
176 Hong_Kong 26421 C 276 276
177 Hong_Kong 26422 T 276 276
178 Hong_Kong 26423 C 276 276
179 Hong_Kong 26424 T 276 276
180 Hong_Kong 26425 C 276 276
181 Hong_Kong 26426 G 276 276
182 Hong_Kong 26427 T 276 276
183 Hong_Kong 26428 G 276 276
184 Hong_Kong 26429 T 276 276
185 Hong_Kong 26430 T 276 276
186 Hong_Kong 26431 A 276 276
187 Hong_Kong 26432 A 276 276
188 Hong_Kong 26433 A 276 276
189 Hong_Kong 26434 A 276 276
190 Hong_Kong 26435 A 276 276
191 Hong_Kong 26436 T 276 276
192 Hong_Kong 26437 C 276 276
193 Hong_Kong 26438 T 276 276
194 Hong_Kong 26439 G 276 276
195 Hong_Kong 26440 A 276 276
196 Hong_Kong 26441 A 276 276
197 Hong_Kong 26442 T 276 276
198 Hong_Kong 26443 T 276 276
199 Hong_Kong 26444 C 276 276
200 Hong_Kong 26445 T 276 276
201 Hong_Kong 26446 T 276 276
202 Hong_Kong 26447 C 276 276
203 Hong_Kong 26448 T 276 276
204 Hong_Kong 26449 A 276 276
205 Hong_Kong 26450 G 276 276
206 Hong_Kong 26451 A 276 276
207 Hong_Kong 26452 G 276 276
208 Hong_Kong 26453 T 276 276
209 Hong_Kong 26454 T 276 276
210 Hong_Kong 26455 C 276 276
211 Hong_Kong 26456 C 276 276
212 Hong_Kong 26457 T 276 276
213 Hong_Kong 26458 G 276 276
214 Hong_Kong 26459 A 276 276
215 Hong_Kong 26460 T 276 276
216 Hong_Kong 26461 C 276 276
217 Hong_Kong 26462 T 276 276
218 Hong_Kong 26463 T 276 276
219 Hong_Kong 26464 C 276 276
220 Hong_Kong 26465 T C 276 275 Leu74Pro
221 Hong_Kong 26466 G 276 276
222 Hong_Kong 26467 G 276 276
223 Hong_Kong 26468 T 276 276
224 Hong_Kong 26469 C 276 276
225 Hong_Kong 26470 T 275 275
226 Hong_Kong 26471 A 275 275
227 Hong_Kong 26472 A 275 275