National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G I K L M N P R S T V Y
*     2                                  
-     228                                  
?                                        
A     12                                  
C     9                                  
D     3                                  
E     6                                  
F     15                                  
G     3                                  
I     9                                  
K     6                                  
L     43                                  
M     3                                  
N     15                     1            
P     6                                  
R     9                                  
S     24                                  
T     12                                  
V     39             1                    
Y     12                                  

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Gambia 26245 A 427 427
1 Gambia 26246 T 427 427
2 Gambia 26247 G 427 427
3 Gambia 26248 T 427 427
4 Gambia 26249 A 427 427
5 Gambia 26250 C 427 427
6 Gambia 26251 T 427 427
7 Gambia 26252 C 427 427
8 Gambia 26253 A 427 427
9 Gambia 26254 T 427 427
10 Gambia 26255 T 427 427
11 Gambia 26256 C 427 427
12 Gambia 26257 G 427 427
13 Gambia 26258 T 427 427
14 Gambia 26259 T 427 427
15 Gambia 26260 T 427 427
16 Gambia 26261 C 427 427
17 Gambia 26262 G 427 427
18 Gambia 26263 G 427 427
19 Gambia 26264 A 427 427
20 Gambia 26265 A 427 427
21 Gambia 26266 G 427 427
22 Gambia 26267 A 427 427
23 Gambia 26268 G 427 427
24 Gambia 26269 A 427 427
25 Gambia 26270 C 427 427
26 Gambia 26271 A 427 427
27 Gambia 26272 G 427 427
28 Gambia 26273 G 427 427
29 Gambia 26274 T 427 427
30 Gambia 26275 A 427 427
31 Gambia 26276 C 427 427
32 Gambia 26277 G 427 427
33 Gambia 26278 T 427 427
34 Gambia 26279 T 427 427
35 Gambia 26280 A 427 427
36 Gambia 26281 A 427 427
37 Gambia 26282 T 427 427
38 Gambia 26283 A 427 427
39 Gambia 26284 G 427 427
40 Gambia 26285 T 427 427
41 Gambia 26286 T 427 427
42 Gambia 26287 A 427 427
43 Gambia 26288 A 427 427
44 Gambia 26289 T 427 427
45 Gambia 26290 A 427 427
46 Gambia 26291 G 411 411
47 Gambia 26292 C 411 411
48 Gambia 26293 G 411 411
49 Gambia 26294 T 411 411
50 Gambia 26295 A 411 411
51 Gambia 26296 C 411 411
52 Gambia 26297 T 411 411
53 Gambia 26298 T 411 411
54 Gambia 26299 C 411 411
55 Gambia 26300 T 411 411
56 Gambia 26301 T 411 411
57 Gambia 26302 T 411 411
58 Gambia 26303 T 411 411
59 Gambia 26304 T 411 411
60 Gambia 26305 C 411 411
61 Gambia 26306 T 411 411
62 Gambia 26307 T 411 411
63 Gambia 26308 G 411 411
64 Gambia 26309 C 411 411
65 Gambia 26310 T 411 411
66 Gambia 26311 T 411 411
67 Gambia 26312 T 411 411
68 Gambia 26313 C 411 411
69 Gambia 26314 G 411 411
70 Gambia 26315 T 411 411
71 Gambia 26316 G 411 411
72 Gambia 26317 G 411 411
73 Gambia 26318 T 411 411
74 Gambia 26319 A 411 411
75 Gambia 26320 T 411 411
76 Gambia 26321 T 411 411
77 Gambia 26322 C 411 411
78 Gambia 26323 T 411 411
79 Gambia 26324 T 411 411
80 Gambia 26325 G 411 411
81 Gambia 26326 C 411 411
82 Gambia 26327 T 411 411
83 Gambia 26328 A 411 411
84 Gambia 26329 G 411 411
85 Gambia 26330 T 411 411
86 Gambia 26331 T 411 411
87 Gambia 26332 A 411 411
88 Gambia 26333 C 411 411
89 Gambia 26334 A 411 411
90 Gambia 26335 C 411 411
91 Gambia 26336 T 411 411
92 Gambia 26337 A 411 411
93 Gambia 26338 G 411 411
94 Gambia 26339 C 411 411
95 Gambia 26340 C 411 411
96 Gambia 26341 A 411 411
97 Gambia 26342 T 411 411
98 Gambia 26343 C 411 411
99 Gambia 26344 C 411 411
100 Gambia 26345 T 411 411
101 Gambia 26346 T 411 411
102 Gambia 26347 A 411 411
103 Gambia 26348 C 411 411
104 Gambia 26349 T 411 411
105 Gambia 26350 G 411 411
106 Gambia 26351 C 411 411
107 Gambia 26352 G 411 411
108 Gambia 26353 C 411 411
109 Gambia 26354 T 411 411
110 Gambia 26355 T 411 411
111 Gambia 26356 C 411 411
112 Gambia 26357 G 411 411
113 Gambia 26358 A 411 411
114 Gambia 26359 T 411 411
115 Gambia 26360 T 411 411
116 Gambia 26361 G 411 411
117 Gambia 26362 T 411 411
118 Gambia 26363 G 411 411
119 Gambia 26364 T 411 411
120 Gambia 26365 G 411 411
121 Gambia 26366 C 411 411
122 Gambia 26367 G 411 411
123 Gambia 26368 T 411 411
124 Gambia 26369 A 411 411
125 Gambia 26370 C 411 411
126 Gambia 26371 T 411 411
127 Gambia 26372 G 411 411
128 Gambia 26373 C 411 411
129 Gambia 26374 T 411 411
130 Gambia 26375 G 411 411
131 Gambia 26376 C 411 411
132 Gambia 26377 A 411 411
133 Gambia 26378 A 411 411
134 Gambia 26379 T 411 411
135 Gambia 26380 A 411 411
136 Gambia 26381 T 411 411
137 Gambia 26382 T 411 411
138 Gambia 26383 G 411 411
139 Gambia 26384 T 411 411
140 Gambia 26385 T 411 411
141 Gambia 26386 A 411 411
142 Gambia 26387 A 411 411
143 Gambia 26388 C 411 411
144 Gambia 26389 G 411 411
145 Gambia 26390 T 411 411
146 Gambia 26391 G 411 411
147 Gambia 26392 A 411 411
148 Gambia 26393 G 411 411
149 Gambia 26394 T 411 411
150 Gambia 26395 C 411 411
151 Gambia 26396 T 411 411
152 Gambia 26397 T 411 411
153 Gambia 26398 G 411 411
154 Gambia 26399 T 411 411
155 Gambia 26400 A 411 411
156 Gambia 26401 A 411 411
157 Gambia 26402 A 411 411
158 Gambia 26403 A 411 411
159 Gambia 26404 C 411 411
160 Gambia 26405 C 411 411
161 Gambia 26406 T 411 411
162 Gambia 26407 T 411 411
163 Gambia 26408 C 411 411
164 Gambia 26409 T 411 411
165 Gambia 26410 T 411 411
166 Gambia 26411 T 411 411
167 Gambia 26412 T 411 411
168 Gambia 26413 T 411 411
169 Gambia 26414 A 411 411
170 Gambia 26415 C 411 411
171 Gambia 26416 G A 411 409 Val58Ile
172 Gambia 26417 T 411 411
173 Gambia 26418 T 411 411
174 Gambia 26419 T 411 411
175 Gambia 26420 A 411 411
176 Gambia 26421 C 411 411
177 Gambia 26422 T 411 411
178 Gambia 26423 C 411 411
179 Gambia 26424 T 411 411
180 Gambia 26425 C 411 411
181 Gambia 26426 G 411 411
182 Gambia 26427 T 411 411
183 Gambia 26428 G 411 410
184 Gambia 26429 T 411 411
185 Gambia 26430 T 411 410
186 Gambia 26431 A 411 410
187 Gambia 26432 A 411 410
188 Gambia 26433 A 411 411
189 Gambia 26434 A 411 411
190 Gambia 26435 A 411 411
191 Gambia 26436 T C 411 410 Asn64Asn
192 Gambia 26437 C 411 411
193 Gambia 26438 T 411 411
194 Gambia 26439 G 411 411
195 Gambia 26440 A 411 411
196 Gambia 26441 A 411 411
197 Gambia 26442 T 411 411
198 Gambia 26443 T 411 411
199 Gambia 26444 C 411 411
200 Gambia 26445 T 411 411
201 Gambia 26446 T 411 411
202 Gambia 26447 C 411 411
203 Gambia 26448 T 411 411
204 Gambia 26449 A 411 411
205 Gambia 26450 G 411 411
206 Gambia 26451 A 411 411
207 Gambia 26452 G 411 411
208 Gambia 26453 T 411 411
209 Gambia 26454 T 411 411
210 Gambia 26455 C 411 411
211 Gambia 26456 C 410 410
212 Gambia 26457 T 410 410
213 Gambia 26458 G 410 410
214 Gambia 26459 A 410 410
215 Gambia 26460 T 410 410
216 Gambia 26461 C 410 410
217 Gambia 26462 T 410 410
218 Gambia 26463 T 410 410
219 Gambia 26464 C 410 410
220 Gambia 26465 T 410 410
221 Gambia 26466 G 410 410
222 Gambia 26467 G 410 410
223 Gambia 26468 T 410 410
224 Gambia 26469 C 410 410
225 Gambia 26470 T 410 410
226 Gambia 26471 A 410 410
227 Gambia 26472 A 410 410