National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G I K L M N P R S T V Y
*     2                                  
-     228                                  
?                                        
A     12                                  
C     9                                  
D     3                                  
E     6                                  
F     15                                  
G     3                                  
I     9                                  
K     6                                  
L     43                                  
M     3                                  
N     15                                  
P     6                                  
R     9                                  
S     24                                  
T     12                                  
V     39                                  
Y     12                                  

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Gabon 26245 A 4 4
1 Gabon 26246 T 4 4
2 Gabon 26247 G 4 4
3 Gabon 26248 T 4 4
4 Gabon 26249 A 4 4
5 Gabon 26250 C 4 4
6 Gabon 26251 T 4 4
7 Gabon 26252 C 4 4
8 Gabon 26253 A 4 4
9 Gabon 26254 T 4 4
10 Gabon 26255 T 4 4
11 Gabon 26256 C 4 4
12 Gabon 26257 G 4 4
13 Gabon 26258 T 4 4
14 Gabon 26259 T 4 4
15 Gabon 26260 T 4 4
16 Gabon 26261 C 4 4
17 Gabon 26262 G 4 4
18 Gabon 26263 G 4 4
19 Gabon 26264 A 4 4
20 Gabon 26265 A 4 4
21 Gabon 26266 G 4 4
22 Gabon 26267 A 4 4
23 Gabon 26268 G 4 4
24 Gabon 26269 A 4 4
25 Gabon 26270 C 4 4
26 Gabon 26271 A 4 4
27 Gabon 26272 G 4 4
28 Gabon 26273 G 4 4
29 Gabon 26274 T 4 4
30 Gabon 26275 A 4 4
31 Gabon 26276 C 4 4
32 Gabon 26277 G 4 4
33 Gabon 26278 T 4 4
34 Gabon 26279 T 4 4
35 Gabon 26280 A 4 4
36 Gabon 26281 A 4 4
37 Gabon 26282 T 4 4
38 Gabon 26283 A 4 4
39 Gabon 26284 G 4 4
40 Gabon 26285 T 4 4
41 Gabon 26286 T 4 4
42 Gabon 26287 A 4 4
43 Gabon 26288 A 4 4
44 Gabon 26289 T 4 4
45 Gabon 26290 A 4 4
46 Gabon 26291 G 4 4
47 Gabon 26292 C 4 4
48 Gabon 26293 G 4 4
49 Gabon 26294 T 4 4
50 Gabon 26295 A 4 4
51 Gabon 26296 C 4 4
52 Gabon 26297 T 4 4
53 Gabon 26298 T 4 4
54 Gabon 26299 C 4 4
55 Gabon 26300 T 4 4
56 Gabon 26301 T 4 4
57 Gabon 26302 T 4 4
58 Gabon 26303 T 4 4
59 Gabon 26304 T 4 4
60 Gabon 26305 C 4 4
61 Gabon 26306 T 4 4
62 Gabon 26307 T 4 4
63 Gabon 26308 G 4 4
64 Gabon 26309 C 4 4
65 Gabon 26310 T 4 4
66 Gabon 26311 T 4 4
67 Gabon 26312 T 4 4
68 Gabon 26313 C 4 4
69 Gabon 26314 G 4 4
70 Gabon 26315 T 4 4
71 Gabon 26316 G 4 4
72 Gabon 26317 G 4 4
73 Gabon 26318 T 4 4
74 Gabon 26319 A 4 4
75 Gabon 26320 T 4 4
76 Gabon 26321 T 4 4
77 Gabon 26322 C 4 4
78 Gabon 26323 T 4 4
79 Gabon 26324 T 4 4
80 Gabon 26325 G 4 4
81 Gabon 26326 C 4 4
82 Gabon 26327 T 4 4
83 Gabon 26328 A 4 4
84 Gabon 26329 G 4 4
85 Gabon 26330 T 4 4
86 Gabon 26331 T 4 4
87 Gabon 26332 A 4 4
88 Gabon 26333 C 4 4
89 Gabon 26334 A 4 4
90 Gabon 26335 C 4 4
91 Gabon 26336 T 4 4
92 Gabon 26337 A 4 4
93 Gabon 26338 G 4 4
94 Gabon 26339 C 4 4
95 Gabon 26340 C 4 4
96 Gabon 26341 A 4 4
97 Gabon 26342 T 4 4
98 Gabon 26343 C 4 4
99 Gabon 26344 C 4 4
100 Gabon 26345 T 4 4
101 Gabon 26346 T 4 4
102 Gabon 26347 A 4 4
103 Gabon 26348 C 4 4
104 Gabon 26349 T 4 4
105 Gabon 26350 G 4 4
106 Gabon 26351 C 4 4
107 Gabon 26352 G 4 4
108 Gabon 26353 C 4 4
109 Gabon 26354 T 4 4
110 Gabon 26355 T 4 4
111 Gabon 26356 C 4 4
112 Gabon 26357 G 4 4
113 Gabon 26358 A 4 4
114 Gabon 26359 T 4 4
115 Gabon 26360 T 4 4
116 Gabon 26361 G 4 4
117 Gabon 26362 T 4 4
118 Gabon 26363 G 4 4
119 Gabon 26364 T 4 4
120 Gabon 26365 G 4 4
121 Gabon 26366 C 4 4
122 Gabon 26367 G 4 4
123 Gabon 26368 T 4 4
124 Gabon 26369 A 4 4
125 Gabon 26370 C 4 4
126 Gabon 26371 T 4 4
127 Gabon 26372 G 4 4
128 Gabon 26373 C 4 4
129 Gabon 26374 T 4 4
130 Gabon 26375 G 4 4
131 Gabon 26376 C 4 4
132 Gabon 26377 A 4 4
133 Gabon 26378 A 4 4
134 Gabon 26379 T 4 4
135 Gabon 26380 A 4 4
136 Gabon 26381 T 4 4
137 Gabon 26382 T 4 4
138 Gabon 26383 G 4 4
139 Gabon 26384 T 4 4
140 Gabon 26385 T 4 4
141 Gabon 26386 A 4 4
142 Gabon 26387 A 4 4
143 Gabon 26388 C 4 4
144 Gabon 26389 G 4 4
145 Gabon 26390 T 4 4
146 Gabon 26391 G 4 4
147 Gabon 26392 A 4 4
148 Gabon 26393 G 4 4
149 Gabon 26394 T 4 4
150 Gabon 26395 C 4 4
151 Gabon 26396 T 4 4
152 Gabon 26397 T 4 4
153 Gabon 26398 G 4 4
154 Gabon 26399 T 4 4
155 Gabon 26400 A 4 4
156 Gabon 26401 A 4 4
157 Gabon 26402 A 4 4
158 Gabon 26403 A 4 4
159 Gabon 26404 C 4 4
160 Gabon 26405 C 4 4
161 Gabon 26406 T 4 4
162 Gabon 26407 T 4 4
163 Gabon 26408 C 4 4
164 Gabon 26409 T 4 4
165 Gabon 26410 T 4 4
166 Gabon 26411 T 4 4
167 Gabon 26412 T 4 4
168 Gabon 26413 T 4 4
169 Gabon 26414 A 4 4
170 Gabon 26415 C 4 4
171 Gabon 26416 G 4 4
172 Gabon 26417 T 4 4
173 Gabon 26418 T 4 4
174 Gabon 26419 T 4 4
175 Gabon 26420 A 4 4
176 Gabon 26421 C 4 4
177 Gabon 26422 T 4 4
178 Gabon 26423 C 4 4
179 Gabon 26424 T 4 4
180 Gabon 26425 C 4 4
181 Gabon 26426 G 4 4
182 Gabon 26427 T 4 4
183 Gabon 26428 G 4 4
184 Gabon 26429 T 4 4
185 Gabon 26430 T 4 4
186 Gabon 26431 A 4 4
187 Gabon 26432 A 4 4
188 Gabon 26433 A 4 4
189 Gabon 26434 A 4 4
190 Gabon 26435 A 4 4
191 Gabon 26436 T 4 4
192 Gabon 26437 C 4 4
193 Gabon 26438 T 4 4
194 Gabon 26439 G 4 4
195 Gabon 26440 A 4 4
196 Gabon 26441 A 4 4
197 Gabon 26442 T 4 4
198 Gabon 26443 T 4 4
199 Gabon 26444 C 4 4
200 Gabon 26445 T 4 4
201 Gabon 26446 T 4 4
202 Gabon 26447 C 4 4
203 Gabon 26448 T 4 4
204 Gabon 26449 A 4 4
205 Gabon 26450 G 4 4
206 Gabon 26451 A 4 4
207 Gabon 26452 G 4 4
208 Gabon 26453 T 4 4
209 Gabon 26454 T 4 4
210 Gabon 26455 C 4 4
211 Gabon 26456 C 4 4
212 Gabon 26457 T 4 4
213 Gabon 26458 G 4 4
214 Gabon 26459 A 4 4
215 Gabon 26460 T 4 4
216 Gabon 26461 C 4 4
217 Gabon 26462 T 4 4
218 Gabon 26463 T 4 4
219 Gabon 26464 C 4 4
220 Gabon 26465 T 4 4
221 Gabon 26466 G 4 4
222 Gabon 26467 G 4 4
223 Gabon 26468 T 4 4
224 Gabon 26469 C 4 4
225 Gabon 26470 T 4 4
226 Gabon 26471 A 4 4
227 Gabon 26472 A 4 4