National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G I K L M N P R S T V Y
*     2                                  
-     228                                  
?                                        
A     12                                  
C     9                                  
D     3                                  
E     6                                  
F     15                                  
G     3                                  
I     9                                  
K     6                                  
L     43                                  
M     3                                  
N     15                                  
P     6                                  
R     9                                  
S     24                                  
T     12                                  
V     39                                  
Y     12                                  

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Estonia 26245 A 20 20
1 Estonia 26246 T 20 20
2 Estonia 26247 G 20 20
3 Estonia 26248 T 20 20
4 Estonia 26249 A 20 20
5 Estonia 26250 C 20 20
6 Estonia 26251 T 20 20
7 Estonia 26252 C 20 20
8 Estonia 26253 A 20 20
9 Estonia 26254 T 20 20
10 Estonia 26255 T 20 20
11 Estonia 26256 C 20 20
12 Estonia 26257 G 20 20
13 Estonia 26258 T 20 20
14 Estonia 26259 T 20 20
15 Estonia 26260 T 20 20
16 Estonia 26261 C 20 20
17 Estonia 26262 G 20 20
18 Estonia 26263 G 20 20
19 Estonia 26264 A 20 20
20 Estonia 26265 A 20 20
21 Estonia 26266 G 20 20
22 Estonia 26267 A 20 20
23 Estonia 26268 G 20 20
24 Estonia 26269 A 20 20
25 Estonia 26270 C 20 20
26 Estonia 26271 A 20 20
27 Estonia 26272 G 20 20
28 Estonia 26273 G 20 20
29 Estonia 26274 T 20 20
30 Estonia 26275 A 20 20
31 Estonia 26276 C 20 20
32 Estonia 26277 G 20 20
33 Estonia 26278 T 20 20
34 Estonia 26279 T 20 20
35 Estonia 26280 A 20 20
36 Estonia 26281 A 20 20
37 Estonia 26282 T 20 20
38 Estonia 26283 A 20 20
39 Estonia 26284 G 20 20
40 Estonia 26285 T 20 20
41 Estonia 26286 T 20 20
42 Estonia 26287 A 20 20
43 Estonia 26288 A 20 20
44 Estonia 26289 T 20 20
45 Estonia 26290 A 20 20
46 Estonia 26291 G 20 20
47 Estonia 26292 C 20 20
48 Estonia 26293 G 20 20
49 Estonia 26294 T 20 20
50 Estonia 26295 A 20 20
51 Estonia 26296 C 20 20
52 Estonia 26297 T 20 20
53 Estonia 26298 T 20 20
54 Estonia 26299 C 20 20
55 Estonia 26300 T 20 20
56 Estonia 26301 T 20 20
57 Estonia 26302 T 20 20
58 Estonia 26303 T 20 20
59 Estonia 26304 T 20 20
60 Estonia 26305 C 20 20
61 Estonia 26306 T 20 20
62 Estonia 26307 T 20 20
63 Estonia 26308 G 20 20
64 Estonia 26309 C 20 20
65 Estonia 26310 T 20 20
66 Estonia 26311 T 20 20
67 Estonia 26312 T 20 20
68 Estonia 26313 C 20 20
69 Estonia 26314 G 20 20
70 Estonia 26315 T 20 20
71 Estonia 26316 G 20 20
72 Estonia 26317 G 20 20
73 Estonia 26318 T 20 20
74 Estonia 26319 A 20 20
75 Estonia 26320 T 20 20
76 Estonia 26321 T 20 20
77 Estonia 26322 C 20 20
78 Estonia 26323 T 20 20
79 Estonia 26324 T 20 20
80 Estonia 26325 G 20 20
81 Estonia 26326 C 20 20
82 Estonia 26327 T 20 20
83 Estonia 26328 A 20 20
84 Estonia 26329 G 20 20
85 Estonia 26330 T 20 20
86 Estonia 26331 T 20 20
87 Estonia 26332 A 20 20
88 Estonia 26333 C 20 20
89 Estonia 26334 A 20 20
90 Estonia 26335 C 20 20
91 Estonia 26336 T 20 20
92 Estonia 26337 A 20 20
93 Estonia 26338 G 20 20
94 Estonia 26339 C 20 20
95 Estonia 26340 C 20 20
96 Estonia 26341 A 20 20
97 Estonia 26342 T 20 20
98 Estonia 26343 C 20 20
99 Estonia 26344 C 20 20
100 Estonia 26345 T 20 20
101 Estonia 26346 T 20 20
102 Estonia 26347 A 20 20
103 Estonia 26348 C 20 20
104 Estonia 26349 T 20 20
105 Estonia 26350 G 20 20
106 Estonia 26351 C 20 20
107 Estonia 26352 G 20 20
108 Estonia 26353 C 20 20
109 Estonia 26354 T 20 20
110 Estonia 26355 T 20 20
111 Estonia 26356 C 20 20
112 Estonia 26357 G 20 20
113 Estonia 26358 A 20 20
114 Estonia 26359 T 20 20
115 Estonia 26360 T 20 20
116 Estonia 26361 G 20 20
117 Estonia 26362 T 20 20
118 Estonia 26363 G 20 20
119 Estonia 26364 T 20 20
120 Estonia 26365 G 20 20
121 Estonia 26366 C 20 20
122 Estonia 26367 G 20 20
123 Estonia 26368 T 20 20
124 Estonia 26369 A 20 20
125 Estonia 26370 C 20 20
126 Estonia 26371 T 20 20
127 Estonia 26372 G 20 20
128 Estonia 26373 C 20 20
129 Estonia 26374 T 20 20
130 Estonia 26375 G 20 20
131 Estonia 26376 C 20 20
132 Estonia 26377 A 20 20
133 Estonia 26378 A 20 20
134 Estonia 26379 T 20 20
135 Estonia 26380 A 20 20
136 Estonia 26381 T 20 20
137 Estonia 26382 T 20 20
138 Estonia 26383 G 20 20
139 Estonia 26384 T 20 20
140 Estonia 26385 T 20 20
141 Estonia 26386 A 20 20
142 Estonia 26387 A 20 20
143 Estonia 26388 C 20 20
144 Estonia 26389 G 20 20
145 Estonia 26390 T 20 20
146 Estonia 26391 G 20 20
147 Estonia 26392 A 20 20
148 Estonia 26393 G 20 20
149 Estonia 26394 T 20 20
150 Estonia 26395 C 20 20
151 Estonia 26396 T 20 20
152 Estonia 26397 T 20 20
153 Estonia 26398 G 20 20
154 Estonia 26399 T 20 20
155 Estonia 26400 A 20 20
156 Estonia 26401 A 20 20
157 Estonia 26402 A 20 20
158 Estonia 26403 A 20 20
159 Estonia 26404 C 20 20
160 Estonia 26405 C 20 20
161 Estonia 26406 T 20 20
162 Estonia 26407 T 20 20
163 Estonia 26408 C 20 20
164 Estonia 26409 T 20 20
165 Estonia 26410 T 20 20
166 Estonia 26411 T 20 20
167 Estonia 26412 T 20 20
168 Estonia 26413 T 20 20
169 Estonia 26414 A 20 20
170 Estonia 26415 C 20 20
171 Estonia 26416 G 20 20
172 Estonia 26417 T 20 20
173 Estonia 26418 T 20 20
174 Estonia 26419 T 20 20
175 Estonia 26420 A 20 20
176 Estonia 26421 C 20 20
177 Estonia 26422 T 20 20
178 Estonia 26423 C 20 20
179 Estonia 26424 T 20 20
180 Estonia 26425 C 20 20
181 Estonia 26426 G 20 20
182 Estonia 26427 T 20 20
183 Estonia 26428 G 20 20
184 Estonia 26429 T 20 20
185 Estonia 26430 T 20 20
186 Estonia 26431 A 20 20
187 Estonia 26432 A 20 20
188 Estonia 26433 A 20 20
189 Estonia 26434 A 20 20
190 Estonia 26435 A 20 20
191 Estonia 26436 T 20 20
192 Estonia 26437 C 20 20
193 Estonia 26438 T 20 20
194 Estonia 26439 G 20 20
195 Estonia 26440 A 20 20
196 Estonia 26441 A 20 20
197 Estonia 26442 T 20 20
198 Estonia 26443 T 20 20
199 Estonia 26444 C 20 20
200 Estonia 26445 T 20 20
201 Estonia 26446 T 20 20
202 Estonia 26447 C 20 20
203 Estonia 26448 T 20 20
204 Estonia 26449 A 20 20
205 Estonia 26450 G 20 20
206 Estonia 26451 A 20 20
207 Estonia 26452 G 20 20
208 Estonia 26453 T 20 20
209 Estonia 26454 T 20 20
210 Estonia 26455 C 20 20
211 Estonia 26456 C 20 20
212 Estonia 26457 T 20 20
213 Estonia 26458 G 20 20
214 Estonia 26459 A 20 20
215 Estonia 26460 T 20 20
216 Estonia 26461 C 20 20
217 Estonia 26462 T 20 20
218 Estonia 26463 T 20 20
219 Estonia 26464 C 20 20
220 Estonia 26465 T 20 20
221 Estonia 26466 G 20 20
222 Estonia 26467 G 20 20
223 Estonia 26468 T 20 20
224 Estonia 26469 C 20 20
225 Estonia 26470 T 20 20
226 Estonia 26471 A 20 20
227 Estonia 26472 A 20 20