National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G I K L M N P R S T V Y
*     2                                  
-     228                                  
?                                        
A     12                                  
C     9                                  
D     3                                  
E     6                                  
F     15                                  
G     3                                  
I     9                                  
K     6                                  
L     43                                  
M     3                                  
N     15                                  
P     6                                  
R     9                                  
S     24         1                        
T     12                                  
V     39                                  
Y     12                                  

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Ecuador 26245 A 206 206
1 Ecuador 26246 T 206 206
2 Ecuador 26247 G 206 206
3 Ecuador 26248 T 206 206
4 Ecuador 26249 A 206 206
5 Ecuador 26250 C 206 206
6 Ecuador 26251 T 206 206
7 Ecuador 26252 C 206 206
8 Ecuador 26253 A 206 206
9 Ecuador 26254 T 206 206
10 Ecuador 26255 T 206 206
11 Ecuador 26256 C 207 207
12 Ecuador 26257 G 207 207
13 Ecuador 26258 T 207 207
14 Ecuador 26259 T 207 207
15 Ecuador 26260 T 207 207
16 Ecuador 26261 C 207 207
17 Ecuador 26262 G 207 207
18 Ecuador 26263 G 207 207
19 Ecuador 26264 A 207 207
20 Ecuador 26265 A 207 207
21 Ecuador 26266 G 207 207
22 Ecuador 26267 A 207 207
23 Ecuador 26268 G 207 207
24 Ecuador 26269 A 207 207
25 Ecuador 26270 C 207 207
26 Ecuador 26271 A 207 207
27 Ecuador 26272 G 207 207
28 Ecuador 26273 G 207 207
29 Ecuador 26274 T 207 207
30 Ecuador 26275 A 207 207
31 Ecuador 26276 C 207 207
32 Ecuador 26277 G 207 207
33 Ecuador 26278 T 207 207
34 Ecuador 26279 T 207 207
35 Ecuador 26280 A 207 207
36 Ecuador 26281 A 207 207
37 Ecuador 26282 T 207 207
38 Ecuador 26283 A 207 207
39 Ecuador 26284 G 207 207
40 Ecuador 26285 T 207 207
41 Ecuador 26286 T 207 207
42 Ecuador 26287 A 207 207
43 Ecuador 26288 A 207 207
44 Ecuador 26289 T 207 207
45 Ecuador 26290 A 207 207
46 Ecuador 26291 G 207 207
47 Ecuador 26292 C 207 207
48 Ecuador 26293 G 207 207
49 Ecuador 26294 T 207 207
50 Ecuador 26295 A 207 207
51 Ecuador 26296 C 207 207
52 Ecuador 26297 T 207 207
53 Ecuador 26298 T 207 207
54 Ecuador 26299 C 207 207
55 Ecuador 26300 T 207 207
56 Ecuador 26301 T 207 207
57 Ecuador 26302 T 207 207
58 Ecuador 26303 T 207 207
59 Ecuador 26304 T 207 207
60 Ecuador 26305 C 207 207
61 Ecuador 26306 T 207 207
62 Ecuador 26307 T 207 207
63 Ecuador 26308 G 207 207
64 Ecuador 26309 C 207 207
65 Ecuador 26310 T 207 207
66 Ecuador 26311 T 207 207
67 Ecuador 26312 T 207 207
68 Ecuador 26313 C 207 207
69 Ecuador 26314 G 207 207
70 Ecuador 26315 T 207 207
71 Ecuador 26316 G 207 207
72 Ecuador 26317 G 207 207
73 Ecuador 26318 T 207 207
74 Ecuador 26319 A 207 207
75 Ecuador 26320 T 207 207
76 Ecuador 26321 T 207 207
77 Ecuador 26322 C 207 207
78 Ecuador 26323 T 207 207
79 Ecuador 26324 T 207 207
80 Ecuador 26325 G 207 207
81 Ecuador 26326 C 207 207
82 Ecuador 26327 T 207 207
83 Ecuador 26328 A 207 207
84 Ecuador 26329 G 207 207
85 Ecuador 26330 T 207 207
86 Ecuador 26331 T 207 207
87 Ecuador 26332 A 207 207
88 Ecuador 26333 C 207 207
89 Ecuador 26334 A 207 207
90 Ecuador 26335 C 207 207
91 Ecuador 26336 T 207 207
92 Ecuador 26337 A 207 207
93 Ecuador 26338 G 207 207
94 Ecuador 26339 C 207 207
95 Ecuador 26340 C 207 207
96 Ecuador 26341 A 207 207
97 Ecuador 26342 T 207 207
98 Ecuador 26343 C 207 207
99 Ecuador 26344 C 207 207
100 Ecuador 26345 T 207 207
101 Ecuador 26346 T 207 207
102 Ecuador 26347 A 207 207
103 Ecuador 26348 C 207 207
104 Ecuador 26349 T 207 207
105 Ecuador 26350 G 207 207
106 Ecuador 26351 C 207 207
107 Ecuador 26352 G 207 207
108 Ecuador 26353 C 207 207
109 Ecuador 26354 T 207 207
110 Ecuador 26355 T 205 205
111 Ecuador 26356 C 205 205
112 Ecuador 26357 G 205 205
113 Ecuador 26358 A 205 205
114 Ecuador 26359 T 205 205
115 Ecuador 26360 T 205 205
116 Ecuador 26361 G 205 205
117 Ecuador 26362 T 205 205
118 Ecuador 26363 G 205 205
119 Ecuador 26364 T 205 205
120 Ecuador 26365 G 205 205
121 Ecuador 26366 C 205 205
122 Ecuador 26367 G 205 205
123 Ecuador 26368 T 205 205
124 Ecuador 26369 A 205 205
125 Ecuador 26370 C 205 205
126 Ecuador 26371 T 205 205
127 Ecuador 26372 G 205 205
128 Ecuador 26373 C 205 205
129 Ecuador 26374 T 205 205
130 Ecuador 26375 G 205 205
131 Ecuador 26376 C 205 205
132 Ecuador 26377 A 205 205
133 Ecuador 26378 A 205 205
134 Ecuador 26379 T 205 205
135 Ecuador 26380 A 205 205
136 Ecuador 26381 T 205 205
137 Ecuador 26382 T 205 205
138 Ecuador 26383 G 205 205
139 Ecuador 26384 T 205 205
140 Ecuador 26385 T 205 205
141 Ecuador 26386 A 205 205
142 Ecuador 26387 A 205 205
143 Ecuador 26388 C 205 205
144 Ecuador 26389 G 205 205
145 Ecuador 26390 T 205 205
146 Ecuador 26391 G 205 205
147 Ecuador 26392 A 205 205
148 Ecuador 26393 G 205 205
149 Ecuador 26394 T 205 205
150 Ecuador 26395 C 205 205
151 Ecuador 26396 T 205 205
152 Ecuador 26397 T 205 205
153 Ecuador 26398 G 205 205
154 Ecuador 26399 T 205 205
155 Ecuador 26400 A 205 205
156 Ecuador 26401 A 205 205
157 Ecuador 26402 A 205 205
158 Ecuador 26403 A 205 205
159 Ecuador 26404 C 205 205
160 Ecuador 26405 C 205 205
161 Ecuador 26406 T 205 205
162 Ecuador 26407 T 205 205
163 Ecuador 26408 C 205 205
164 Ecuador 26409 T 205 205
165 Ecuador 26410 T 205 205
166 Ecuador 26411 T 205 205
167 Ecuador 26412 T 205 205
168 Ecuador 26413 T 205 205
169 Ecuador 26414 A 205 205
170 Ecuador 26415 C 205 205
171 Ecuador 26416 G 205 205
172 Ecuador 26417 T 205 205
173 Ecuador 26418 T 205 205
174 Ecuador 26419 T 205 205
175 Ecuador 26420 A 205 205
176 Ecuador 26421 C 205 205
177 Ecuador 26422 T 205 205
178 Ecuador 26423 C 205 205
179 Ecuador 26424 T 205 205
180 Ecuador 26425 C 205 205
181 Ecuador 26426 G 205 205
182 Ecuador 26427 T 205 205
183 Ecuador 26428 G 205 205
184 Ecuador 26429 T 205 205
185 Ecuador 26430 T 205 205
186 Ecuador 26431 A 205 205
187 Ecuador 26432 A 205 205
188 Ecuador 26433 A 205 205
189 Ecuador 26434 A 205 205
190 Ecuador 26435 A 205 205
191 Ecuador 26436 T 205 205
192 Ecuador 26437 C 205 205
193 Ecuador 26438 T 205 205
194 Ecuador 26439 G 205 205
195 Ecuador 26440 A 205 205
196 Ecuador 26441 A 205 205
197 Ecuador 26442 T 205 205
198 Ecuador 26443 T 205 205
199 Ecuador 26444 C 205 205
200 Ecuador 26445 T 205 205
201 Ecuador 26446 T 205 205
202 Ecuador 26447 C T 205 203 Ser68Phe
203 Ecuador 26448 T 202 202
204 Ecuador 26449 A 202 202
205 Ecuador 26450 G 202 202
206 Ecuador 26451 A 202 202
207 Ecuador 26452 G 202 202
208 Ecuador 26453 T 202 202
209 Ecuador 26454 T 202 202
210 Ecuador 26455 C 202 202
211 Ecuador 26456 C 202 202
212 Ecuador 26457 T 202 202
213 Ecuador 26458 G 202 202
214 Ecuador 26459 A 202 202
215 Ecuador 26460 T 202 202
216 Ecuador 26461 C 202 202
217 Ecuador 26462 T 202 202
218 Ecuador 26463 T 202 202
219 Ecuador 26464 C 202 202
220 Ecuador 26465 T 202 202
221 Ecuador 26466 G 202 202
222 Ecuador 26467 G 202 202
223 Ecuador 26468 T 202 202
224 Ecuador 26469 C 202 202
225 Ecuador 26470 T 202 202
226 Ecuador 26471 A 202 202
227 Ecuador 26472 A 202 202