National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G I K L M N P R S T V Y
*     2                                  
-     228                                  
?                                        
A     12 1                             2  
C     9         1                        
D     3                                  
E     6                                  
F     15         2                        
G     3                                  
I     9                                  
K     6                                  
L     43         3       2                
M     3                                  
N     15     1               2            
P     6                         1 1      
R     9                                  
S     24 1       2           1 1   2     1
T     12             2                    
V     39         2   1   2             3  
Y     12                                  

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Denmark 26245 A 7201 7201
1 Denmark 26246 T 7201 7201
2 Denmark 26247 G 7201 7201
3 Denmark 26248 T 7201 7201
4 Denmark 26249 A 7201 7201
5 Denmark 26250 C 7201 7201
6 Denmark 26251 T 7201 7201
7 Denmark 26252 C 7201 7201
8 Denmark 26253 A 7201 7201
9 Denmark 26254 T 7201 7201
10 Denmark 26255 T 7201 7201
11 Denmark 26256 C T 7201 7199 Phe4Phe
12 Denmark 26257 G 7201 7200
13 Denmark 26258 T 7201 7201
14 Denmark 26259 T 7201 7201
15 Denmark 26260 T 7201 7201
16 Denmark 26261 C 7201 7201
17 Denmark 26262 G C 7201 7200 Ser6Ser
18 Denmark 26263 G 7201 7201
19 Denmark 26264 A 7201 7201
20 Denmark 26265 A 7201 7201
21 Denmark 26266 G 7201 7201
22 Denmark 26267 A 7201 7201
23 Denmark 26268 G 7201 7201
24 Denmark 26269 A 7201 7201
25 Denmark 26270 C T 7201 7193 Thr9Ile
26 Denmark 26271 A 7201 7201
27 Denmark 26272 G 7201 7201
28 Denmark 26273 G 7201 7200
29 Denmark 26274 T 7201 7201
30 Denmark 26275 A 7201 7201
31 Denmark 26276 C 7201 7201
32 Denmark 26277 G 7201 7201
33 Denmark 26278 T 7201 7201
34 Denmark 26279 T 7201 7201
35 Denmark 26280 A G 7201 7199 Leu12Leu
36 Denmark 26281 A 7201 7201
37 Denmark 26282 T 7201 7201
38 Denmark 26283 A 7201 7201
39 Denmark 26284 G 7201 7201
40 Denmark 26285 T 7201 7201
41 Denmark 26286 T 7201 7201
42 Denmark 26287 A 7201 7201
43 Denmark 26288 A 7201 7201
44 Denmark 26289 T 7201 7201
45 Denmark 26290 A 7201 7201
46 Denmark 26291 G A 7201 7199 Ser16Asn
47 Denmark 26292 C 7201 7201
48 Denmark 26293 G 7201 7201
49 Denmark 26294 T 7201 7201
50 Denmark 26295 A 7201 7201
51 Denmark 26296 C 7201 7201
52 Denmark 26297 T 7201 7201
53 Denmark 26298 T 7201 7201
54 Denmark 26299 C 7201 7201
55 Denmark 26300 T 7201 7201
56 Denmark 26301 T 7201 7201
57 Denmark 26302 T 7201 7201
58 Denmark 26303 T 7201 7201
59 Denmark 26304 T 7201 7201
60 Denmark 26305 C T 7201 7200 Leu21Phe
61 Denmark 26306 T 7201 7201
62 Denmark 26307 T 7201 7201
63 Denmark 26308 G 7201 7201
64 Denmark 26309 C T 7201 7198 Ala22Val
65 Denmark 26310 T 7201 7201
66 Denmark 26311 T 7201 7201
67 Denmark 26312 T 7201 7201
68 Denmark 26313 C T 7201 7146 Phe23Phe
69 Denmark 26314 G 7201 7201
70 Denmark 26315 T 7201 7201
71 Denmark 26316 G 7201 7201
72 Denmark 26317 G 7201 7201
73 Denmark 26318 T 7201 7201
74 Denmark 26319 A G 7201 7149 Val25Val
75 Denmark 26320 T 7201 7201
76 Denmark 26321 T 7201 7201
77 Denmark 26322 C 7201 7201
78 Denmark 26323 T 7201 7201
79 Denmark 26324 T 7201 7201
80 Denmark 26325 G 7201 7201
81 Denmark 26326 C 7201 7201
82 Denmark 26327 T 7201 7201
83 Denmark 26328 A 7201 7201
84 Denmark 26329 G 7201 7201
85 Denmark 26330 T 7201 7201
86 Denmark 26331 T 7201 7201
87 Denmark 26332 A 7201 7201
88 Denmark 26333 C T 7201 7197 Thr30Ile
89 Denmark 26334 A 7201 7201
90 Denmark 26335 C 7201 7201
91 Denmark 26336 T 7201 7201
92 Denmark 26337 A 7201 7201
93 Denmark 26338 G 7201 7201
94 Denmark 26339 C 7201 7201
95 Denmark 26340 C T 7201 7199 Ala32Ala
96 Denmark 26341 A 7201 7201
97 Denmark 26342 T 7201 7201
98 Denmark 26343 C 7201 7201
99 Denmark 26344 C 7201 7201
100 Denmark 26345 T 7201 7201
101 Denmark 26346 T 7201 7201
102 Denmark 26347 A 7201 7201
103 Denmark 26348 C 7201 7201
104 Denmark 26349 T 7201 7201
105 Denmark 26350 G 7201 7201
106 Denmark 26351 C 7201 7201
107 Denmark 26352 G 7201 7201
108 Denmark 26353 C T 7201 7199 Leu37Phe
109 Denmark 26354 T 7201 7201
110 Denmark 26355 T 7201 7201
111 Denmark 26356 C 7201 7201
112 Denmark 26357 G 7201 7201
113 Denmark 26358 A 7201 7201
114 Denmark 26359 T 7201 7201
115 Denmark 26360 T 7201 7201
116 Denmark 26361 G 7201 7201
117 Denmark 26362 T 7201 7201
118 Denmark 26363 G 7201 7200
119 Denmark 26364 T 7201 7201
120 Denmark 26365 G 7201 7201
121 Denmark 26366 C T 7201 7198 Ala41Val
122 Denmark 26367 G 7201 7201
123 Denmark 26368 T 7201 7201
124 Denmark 26369 A 7201 7201
125 Denmark 26370 C 7201 7201
126 Denmark 26371 T 7201 7201
127 Denmark 26372 G T 7201 7199 Cys43Phe
128 Denmark 26373 C 7201 7201
129 Denmark 26374 T 7201 7201
130 Denmark 26375 G 7201 7201
131 Denmark 26376 C 7201 7201
132 Denmark 26377 A G 7201 7200 Asn45Asp
133 Denmark 26378 A 7201 7201
134 Denmark 26379 T 7201 7201
135 Denmark 26380 A 7201 7201
136 Denmark 26381 T 7201 7201
137 Denmark 26382 T 7201 7201
138 Denmark 26383 G 7201 7201
139 Denmark 26384 T 7201 7201
140 Denmark 26385 T 7201 7201
141 Denmark 26386 A 7201 7201
142 Denmark 26387 A 7201 7201
143 Denmark 26388 C 7201 7201
144 Denmark 26389 G T 7201 7200 Val49Leu
145 Denmark 26390 T 7201 7201
146 Denmark 26391 G T 7201 7200 Val49Val
147 Denmark 26392 A 7201 7201
148 Denmark 26393 G 7201 7201
149 Denmark 26394 T 7201 7201
150 Denmark 26395 C 7201 7201
151 Denmark 26396 T 7201 7201
152 Denmark 26397 T 7201 7201
153 Denmark 26398 G A 7201 7200 Val52Ile
154 Denmark 26399 T 7201 7201
155 Denmark 26400 A 7201 7201
156 Denmark 26401 A 7201 7201
157 Denmark 26402 A 7201 7201
158 Denmark 26403 A 7201 7201
159 Denmark 26404 C 7201 7201
160 Denmark 26405 C 7201 7201
161 Denmark 26406 T 7201 7201
162 Denmark 26407 T 7201 7201
163 Denmark 26408 C T 7201 7188 Ser55Phe
164 Denmark 26409 T 7201 7201
165 Denmark 26410 T 7201 7201
166 Denmark 26411 T 7201 7201
167 Denmark 26412 T 7201 7201
168 Denmark 26413 T 7201 7201
169 Denmark 26414 A 7201 7201
170 Denmark 26415 C 7201 7201
171 Denmark 26416 G T 7201 7198 Val58Phe
172 Denmark 26417 T 7201 7201
173 Denmark 26418 T 7201 7201
174 Denmark 26419 T 7201 7201
175 Denmark 26420 A 7201 7201
176 Denmark 26421 C 7201 7201
177 Denmark 26422 T 7201 7201
178 Denmark 26423 C A 7201 7194 Ser60Tyr
179 Denmark 26424 T C 7201 7196 Ser60Ser
180 Denmark 26425 C 7201 7201
181 Denmark 26426 G 7201 7201
182 Denmark 26427 T 7201 7201
183 Denmark 26428 G C,T 7201 7181 Val62Leu-p.Val62Phe
184 Denmark 26429 T 7201 7201
185 Denmark 26430 T 7201 7201
186 Denmark 26431 A 7201 7201
187 Denmark 26432 A 7201 7201
188 Denmark 26433 A 7201 7201
189 Denmark 26434 A 7201 7201
190 Denmark 26435 A 7201 7201
191 Denmark 26436 T C 7201 7199 Asn64Asn
192 Denmark 26437 C 7201 7201
193 Denmark 26438 T 7201 7201
194 Denmark 26439 G 7201 7201
195 Denmark 26440 A 7201 7201
196 Denmark 26441 A 7201 7201
197 Denmark 26442 T C 7201 7200 Asn66Asn
198 Denmark 26443 T 7201 7201
199 Denmark 26444 C 7201 7200
200 Denmark 26445 T 7201 7201
201 Denmark 26446 T G,C 7201 7195 Ser68Ala-p.Ser68Pro
202 Denmark 26447 C T 7201 7167 Ser68Phe
203 Denmark 26448 T 7201 7201
204 Denmark 26449 A 7201 7201
205 Denmark 26450 G 7201 7201
206 Denmark 26451 A 7201 7201
207 Denmark 26452 G 7201 7201
208 Denmark 26453 T 7201 7201
209 Denmark 26454 T C 7201 7200 Val70Val
210 Denmark 26455 C T 7201 7198 Pro71Ser
211 Denmark 26456 C G 7201 7200 Pro71Arg
212 Denmark 26457 T 7201 7201
213 Denmark 26458 G 7201 7201
214 Denmark 26459 A 7201 7201
215 Denmark 26460 T 7201 7201
216 Denmark 26461 C T 7201 7198 Leu73Phe
217 Denmark 26462 T 7201 7201
218 Denmark 26463 T 7201 7201
219 Denmark 26464 C T 7201 7200 Leu74Leu
220 Denmark 26465 T 7201 7201
221 Denmark 26466 G 7201 7201
222 Denmark 26467 G 7201 7201
223 Denmark 26468 T 7201 7201
224 Denmark 26469 C 7201 7201
225 Denmark 26470 T 7201 7201
226 Denmark 26471 A 7201 7201
227 Denmark 26472 A 7201 7201