National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G I K L M N P R S T V Y
*     2                                  
-     228                                  
?                                        
A     12                                  
C     9                                  
D     3                                  
E     6                                  
F     15                                  
G     3                                  
I     9                                  
K     6                                  
L     43                                  
M     3                                  
N     15                                  
P     6                                  
R     9                                  
S     24                                  
T     12                                  
V     39                                  
Y     12                                  

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Cuba 26245 A 2 2
1 Cuba 26246 T 2 2
2 Cuba 26247 G 2 2
3 Cuba 26248 T 2 2
4 Cuba 26249 A 2 2
5 Cuba 26250 C 2 2
6 Cuba 26251 T 2 2
7 Cuba 26252 C 2 2
8 Cuba 26253 A 2 2
9 Cuba 26254 T 2 2
10 Cuba 26255 T 2 2
11 Cuba 26256 C 2 2
12 Cuba 26257 G 2 2
13 Cuba 26258 T 2 2
14 Cuba 26259 T 2 2
15 Cuba 26260 T 2 2
16 Cuba 26261 C 2 2
17 Cuba 26262 G 2 2
18 Cuba 26263 G 2 2
19 Cuba 26264 A 2 2
20 Cuba 26265 A 2 2
21 Cuba 26266 G 2 2
22 Cuba 26267 A 2 2
23 Cuba 26268 G 2 2
24 Cuba 26269 A 2 2
25 Cuba 26270 C 2 2
26 Cuba 26271 A 2 2
27 Cuba 26272 G 2 2
28 Cuba 26273 G 2 2
29 Cuba 26274 T 2 2
30 Cuba 26275 A 2 2
31 Cuba 26276 C 2 2
32 Cuba 26277 G 2 2
33 Cuba 26278 T 2 2
34 Cuba 26279 T 2 2
35 Cuba 26280 A 2 2
36 Cuba 26281 A 2 2
37 Cuba 26282 T 2 2
38 Cuba 26283 A 2 2
39 Cuba 26284 G 2 2
40 Cuba 26285 T 2 2
41 Cuba 26286 T 2 2
42 Cuba 26287 A 2 2
43 Cuba 26288 A 2 2
44 Cuba 26289 T 2 2
45 Cuba 26290 A 2 2
46 Cuba 26291 G 2 2
47 Cuba 26292 C 2 2
48 Cuba 26293 G 2 2
49 Cuba 26294 T 2 2
50 Cuba 26295 A 2 2
51 Cuba 26296 C 2 2
52 Cuba 26297 T 2 2
53 Cuba 26298 T 2 2
54 Cuba 26299 C 2 2
55 Cuba 26300 T 2 2
56 Cuba 26301 T 2 2
57 Cuba 26302 T 2 2
58 Cuba 26303 T 2 2
59 Cuba 26304 T 2 2
60 Cuba 26305 C 2 2
61 Cuba 26306 T 2 2
62 Cuba 26307 T 2 2
63 Cuba 26308 G 2 2
64 Cuba 26309 C 2 2
65 Cuba 26310 T 2 2
66 Cuba 26311 T 2 2
67 Cuba 26312 T 2 2
68 Cuba 26313 C 2 2
69 Cuba 26314 G 2 2
70 Cuba 26315 T 2 2
71 Cuba 26316 G 2 2
72 Cuba 26317 G 2 2
73 Cuba 26318 T 2 2
74 Cuba 26319 A 2 2
75 Cuba 26320 T 2 2
76 Cuba 26321 T 2 2
77 Cuba 26322 C 2 2
78 Cuba 26323 T 2 2
79 Cuba 26324 T 2 2
80 Cuba 26325 G 2 2
81 Cuba 26326 C 2 2
82 Cuba 26327 T 2 2
83 Cuba 26328 A 2 2
84 Cuba 26329 G 2 2
85 Cuba 26330 T 2 2
86 Cuba 26331 T 2 2
87 Cuba 26332 A 2 2
88 Cuba 26333 C 2 2
89 Cuba 26334 A 2 2
90 Cuba 26335 C 2 2
91 Cuba 26336 T 2 2
92 Cuba 26337 A 2 2
93 Cuba 26338 G 2 2
94 Cuba 26339 C 2 2
95 Cuba 26340 C 2 2
96 Cuba 26341 A 2 2
97 Cuba 26342 T 2 2
98 Cuba 26343 C 2 2
99 Cuba 26344 C 2 2
100 Cuba 26345 T 2 2
101 Cuba 26346 T 2 2
102 Cuba 26347 A 2 2
103 Cuba 26348 C 2 2
104 Cuba 26349 T 2 2
105 Cuba 26350 G 2 2
106 Cuba 26351 C 2 2
107 Cuba 26352 G 2 2
108 Cuba 26353 C 2 2
109 Cuba 26354 T 2 2
110 Cuba 26355 T 2 2
111 Cuba 26356 C 2 2
112 Cuba 26357 G 2 2
113 Cuba 26358 A 2 2
114 Cuba 26359 T 2 2
115 Cuba 26360 T 2 2
116 Cuba 26361 G 2 2
117 Cuba 26362 T 2 2
118 Cuba 26363 G 2 2
119 Cuba 26364 T 2 2
120 Cuba 26365 G 2 2
121 Cuba 26366 C 2 2
122 Cuba 26367 G 2 2
123 Cuba 26368 T 2 2
124 Cuba 26369 A 2 2
125 Cuba 26370 C 2 2
126 Cuba 26371 T 2 2
127 Cuba 26372 G 2 2
128 Cuba 26373 C 2 2
129 Cuba 26374 T 2 2
130 Cuba 26375 G 2 2
131 Cuba 26376 C 2 2
132 Cuba 26377 A 2 2
133 Cuba 26378 A 2 2
134 Cuba 26379 T 2 2
135 Cuba 26380 A 2 2
136 Cuba 26381 T 2 2
137 Cuba 26382 T 2 2
138 Cuba 26383 G 2 2
139 Cuba 26384 T 2 2
140 Cuba 26385 T 2 2
141 Cuba 26386 A 2 2
142 Cuba 26387 A 2 2
143 Cuba 26388 C 2 2
144 Cuba 26389 G 2 2
145 Cuba 26390 T 2 2
146 Cuba 26391 G 2 2
147 Cuba 26392 A 2 2
148 Cuba 26393 G 2 2
149 Cuba 26394 T 2 2
150 Cuba 26395 C 2 2
151 Cuba 26396 T 2 2
152 Cuba 26397 T 2 2
153 Cuba 26398 G 2 2
154 Cuba 26399 T 2 2
155 Cuba 26400 A 2 2
156 Cuba 26401 A 2 2
157 Cuba 26402 A 2 2
158 Cuba 26403 A 2 2
159 Cuba 26404 C 2 2
160 Cuba 26405 C 2 2
161 Cuba 26406 T 2 2
162 Cuba 26407 T 2 2
163 Cuba 26408 C 2 2
164 Cuba 26409 T 2 2
165 Cuba 26410 T 2 2
166 Cuba 26411 T 2 2
167 Cuba 26412 T 2 2
168 Cuba 26413 T 2 2
169 Cuba 26414 A 2 2
170 Cuba 26415 C 2 2
171 Cuba 26416 G 2 2
172 Cuba 26417 T 2 2
173 Cuba 26418 T 2 2
174 Cuba 26419 T 2 2
175 Cuba 26420 A 2 2
176 Cuba 26421 C 2 2
177 Cuba 26422 T 2 2
178 Cuba 26423 C 2 2
179 Cuba 26424 T 2 2
180 Cuba 26425 C 2 2
181 Cuba 26426 G 2 2
182 Cuba 26427 T 2 2
183 Cuba 26428 G 2 2
184 Cuba 26429 T 2 2
185 Cuba 26430 T 2 2
186 Cuba 26431 A 2 2
187 Cuba 26432 A 2 2
188 Cuba 26433 A 2 2
189 Cuba 26434 A 2 2
190 Cuba 26435 A 2 2
191 Cuba 26436 T 2 2
192 Cuba 26437 C 2 2
193 Cuba 26438 T 2 2
194 Cuba 26439 G 2 2
195 Cuba 26440 A 2 2
196 Cuba 26441 A 2 2
197 Cuba 26442 T 2 2
198 Cuba 26443 T 2 2
199 Cuba 26444 C 2 2
200 Cuba 26445 T 2 2
201 Cuba 26446 T 2 2
202 Cuba 26447 C 2 2
203 Cuba 26448 T 2 2
204 Cuba 26449 A 2 2
205 Cuba 26450 G 2 2
206 Cuba 26451 A 2 2
207 Cuba 26452 G 2 2
208 Cuba 26453 T 2 2
209 Cuba 26454 T 2 2
210 Cuba 26455 C 2 2
211 Cuba 26456 C 2 2
212 Cuba 26457 T 2 2
213 Cuba 26458 G 2 2
214 Cuba 26459 A 2 2
215 Cuba 26460 T 2 2
216 Cuba 26461 C 2 2
217 Cuba 26462 T 2 2
218 Cuba 26463 T 2 2
219 Cuba 26464 C 2 2
220 Cuba 26465 T 2 2
221 Cuba 26466 G 2 2
222 Cuba 26467 G 2 2
223 Cuba 26468 T 2 2
224 Cuba 26469 C 2 2
225 Cuba 26470 T 2 2
226 Cuba 26471 A 2 2
227 Cuba 26472 A 2 2