National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G I K L M N P R S T V Y
*     2                                  
-     228                                  
?                                        
A     12                                  
C     9                                  
D     3                                  
E     6                                  
F     15                                  
G     3                                  
I     9                                  
K     6                                  
L     43         1       1                
M     3                                  
N     15                           1      
P     6                                  
R     9                                  
S     24                           1      
T     12                                  
V     39         1                        
Y     12                                  

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Costa_Rica 26245 A 180 180
1 Costa_Rica 26246 T 180 180
2 Costa_Rica 26247 G 181 181
3 Costa_Rica 26248 T 181 181
4 Costa_Rica 26249 A 181 181
5 Costa_Rica 26250 C 181 181
6 Costa_Rica 26251 T 181 181
7 Costa_Rica 26252 C 181 181
8 Costa_Rica 26253 A 181 181
9 Costa_Rica 26254 T 181 181
10 Costa_Rica 26255 T 181 181
11 Costa_Rica 26256 C 181 181
12 Costa_Rica 26257 G 181 181
13 Costa_Rica 26258 T 181 181
14 Costa_Rica 26259 T 181 181
15 Costa_Rica 26260 T 181 181
16 Costa_Rica 26261 C 181 181
17 Costa_Rica 26262 G A 181 180 Ser6Ser
18 Costa_Rica 26263 G 181 181
19 Costa_Rica 26264 A 181 181
20 Costa_Rica 26265 A 181 181
21 Costa_Rica 26266 G 181 181
22 Costa_Rica 26267 A 181 181
23 Costa_Rica 26268 G 181 181
24 Costa_Rica 26269 A 181 181
25 Costa_Rica 26270 C 181 181
26 Costa_Rica 26271 A 181 181
27 Costa_Rica 26272 G 181 180
28 Costa_Rica 26273 G 181 181
29 Costa_Rica 26274 T 181 181
30 Costa_Rica 26275 A 181 181
31 Costa_Rica 26276 C 181 181
32 Costa_Rica 26277 G 181 181
33 Costa_Rica 26278 T 181 181
34 Costa_Rica 26279 T 181 181
35 Costa_Rica 26280 A 181 181
36 Costa_Rica 26281 A 181 181
37 Costa_Rica 26282 T 181 181
38 Costa_Rica 26283 A 181 181
39 Costa_Rica 26284 G 181 181
40 Costa_Rica 26285 T 181 181
41 Costa_Rica 26286 T 181 181
42 Costa_Rica 26287 A 181 181
43 Costa_Rica 26288 A 181 181
44 Costa_Rica 26289 T 181 181
45 Costa_Rica 26290 A 181 181
46 Costa_Rica 26291 G 181 181
47 Costa_Rica 26292 C 181 181
48 Costa_Rica 26293 G 181 181
49 Costa_Rica 26294 T 181 181
50 Costa_Rica 26295 A 181 181
51 Costa_Rica 26296 C 181 181
52 Costa_Rica 26297 T 181 181
53 Costa_Rica 26298 T 181 181
54 Costa_Rica 26299 C 181 181
55 Costa_Rica 26300 T 181 181
56 Costa_Rica 26301 T 181 181
57 Costa_Rica 26302 T 181 181
58 Costa_Rica 26303 T 181 181
59 Costa_Rica 26304 T 181 181
60 Costa_Rica 26305 C 181 181
61 Costa_Rica 26306 T 181 181
62 Costa_Rica 26307 T 181 181
63 Costa_Rica 26308 G 181 181
64 Costa_Rica 26309 C 181 181
65 Costa_Rica 26310 T 181 181
66 Costa_Rica 26311 T 181 181
67 Costa_Rica 26312 T 181 181
68 Costa_Rica 26313 C 181 181
69 Costa_Rica 26314 G 181 181
70 Costa_Rica 26315 T 181 181
71 Costa_Rica 26316 G 181 181
72 Costa_Rica 26317 G 181 181
73 Costa_Rica 26318 T 181 181
74 Costa_Rica 26319 A 181 181
75 Costa_Rica 26320 T 181 181
76 Costa_Rica 26321 T 181 181
77 Costa_Rica 26322 C 181 181
78 Costa_Rica 26323 T 181 181
79 Costa_Rica 26324 T 181 181
80 Costa_Rica 26325 G 181 181
81 Costa_Rica 26326 C 181 181
82 Costa_Rica 26327 T 181 181
83 Costa_Rica 26328 A 181 181
84 Costa_Rica 26329 G 181 181
85 Costa_Rica 26330 T 181 181
86 Costa_Rica 26331 T 181 181
87 Costa_Rica 26332 A 181 181
88 Costa_Rica 26333 C 181 181
89 Costa_Rica 26334 A 181 181
90 Costa_Rica 26335 C 181 181
91 Costa_Rica 26336 T 181 181
92 Costa_Rica 26337 A 181 181
93 Costa_Rica 26338 G 181 181
94 Costa_Rica 26339 C 181 181
95 Costa_Rica 26340 C 181 181
96 Costa_Rica 26341 A 181 181
97 Costa_Rica 26342 T 181 181
98 Costa_Rica 26343 C 181 181
99 Costa_Rica 26344 C 181 181
100 Costa_Rica 26345 T 181 181
101 Costa_Rica 26346 T 181 181
102 Costa_Rica 26347 A 181 181
103 Costa_Rica 26348 C 181 181
104 Costa_Rica 26349 T 181 181
105 Costa_Rica 26350 G 181 181
106 Costa_Rica 26351 C 181 181
107 Costa_Rica 26352 G 181 181
108 Costa_Rica 26353 C 181 181
109 Costa_Rica 26354 T 181 181
110 Costa_Rica 26355 T 181 181
111 Costa_Rica 26356 C 181 181
112 Costa_Rica 26357 G 181 181
113 Costa_Rica 26358 A 181 181
114 Costa_Rica 26359 T 181 181
115 Costa_Rica 26360 T 181 181
116 Costa_Rica 26361 G 181 181
117 Costa_Rica 26362 T 181 181
118 Costa_Rica 26363 G 181 181
119 Costa_Rica 26364 T 181 181
120 Costa_Rica 26365 G 181 181
121 Costa_Rica 26366 C 181 181
122 Costa_Rica 26367 G 181 181
123 Costa_Rica 26368 T 181 181
124 Costa_Rica 26369 A 181 181
125 Costa_Rica 26370 C 181 181
126 Costa_Rica 26371 T 181 181
127 Costa_Rica 26372 G 181 181
128 Costa_Rica 26373 C 181 181
129 Costa_Rica 26374 T 181 181
130 Costa_Rica 26375 G 181 181
131 Costa_Rica 26376 C 181 181
132 Costa_Rica 26377 A 181 181
133 Costa_Rica 26378 A 181 181
134 Costa_Rica 26379 T 181 181
135 Costa_Rica 26380 A 181 181
136 Costa_Rica 26381 T 181 181
137 Costa_Rica 26382 T 181 181
138 Costa_Rica 26383 G 181 181
139 Costa_Rica 26384 T 181 181
140 Costa_Rica 26385 T 181 181
141 Costa_Rica 26386 A 181 181
142 Costa_Rica 26387 A 181 181
143 Costa_Rica 26388 C 181 181
144 Costa_Rica 26389 G 181 181
145 Costa_Rica 26390 T 181 181
146 Costa_Rica 26391 G 181 181
147 Costa_Rica 26392 A 181 181
148 Costa_Rica 26393 G 181 181
149 Costa_Rica 26394 T 181 181
150 Costa_Rica 26395 C 181 181
151 Costa_Rica 26396 T 181 181
152 Costa_Rica 26397 T 181 181
153 Costa_Rica 26398 G 181 181
154 Costa_Rica 26399 T 181 181
155 Costa_Rica 26400 A 181 181
156 Costa_Rica 26401 A 181 181
157 Costa_Rica 26402 A 181 181
158 Costa_Rica 26403 A 181 181
159 Costa_Rica 26404 C 181 181
160 Costa_Rica 26405 C 181 181
161 Costa_Rica 26406 T 181 181
162 Costa_Rica 26407 T 181 181
163 Costa_Rica 26408 C 181 181
164 Costa_Rica 26409 T 181 181
165 Costa_Rica 26410 T 181 181
166 Costa_Rica 26411 T 181 181
167 Costa_Rica 26412 T 181 181
168 Costa_Rica 26413 T 181 181
169 Costa_Rica 26414 A 181 181
170 Costa_Rica 26415 C 181 181
171 Costa_Rica 26416 G 181 181
172 Costa_Rica 26417 T 181 181
173 Costa_Rica 26418 T 181 181
174 Costa_Rica 26419 T 181 181
175 Costa_Rica 26420 A 181 181
176 Costa_Rica 26421 C 181 181
177 Costa_Rica 26422 T 181 181
178 Costa_Rica 26423 C 181 181
179 Costa_Rica 26424 T 181 181
180 Costa_Rica 26425 C 181 181
181 Costa_Rica 26426 G 181 181
182 Costa_Rica 26427 T 181 181
183 Costa_Rica 26428 G T 181 180 Val62Phe
184 Costa_Rica 26429 T 181 181
185 Costa_Rica 26430 T 181 181
186 Costa_Rica 26431 A 181 181
187 Costa_Rica 26432 A 181 181
188 Costa_Rica 26433 A 181 181
189 Costa_Rica 26434 A 181 181
190 Costa_Rica 26435 A G 181 180 Asn64Ser
191 Costa_Rica 26436 T 180 180
192 Costa_Rica 26437 C 180 180
193 Costa_Rica 26438 T 180 180
194 Costa_Rica 26439 G T 180 179 Leu65Leu
195 Costa_Rica 26440 A 180 180
196 Costa_Rica 26441 A 180 180
197 Costa_Rica 26442 T 180 180
198 Costa_Rica 26443 T 180 180
199 Costa_Rica 26444 C 180 180
200 Costa_Rica 26445 T 180 180
201 Costa_Rica 26446 T 180 180
202 Costa_Rica 26447 C 180 180
203 Costa_Rica 26448 T 180 180
204 Costa_Rica 26449 A 180 180
205 Costa_Rica 26450 G 180 180
206 Costa_Rica 26451 A 180 180
207 Costa_Rica 26452 G 180 180
208 Costa_Rica 26453 T 180 180
209 Costa_Rica 26454 T 180 180
210 Costa_Rica 26455 C 180 180
211 Costa_Rica 26456 C 180 180
212 Costa_Rica 26457 T 180 180
213 Costa_Rica 26458 G 180 180
214 Costa_Rica 26459 A 180 180
215 Costa_Rica 26460 T 180 180
216 Costa_Rica 26461 C T 180 176 Leu73Phe
217 Costa_Rica 26462 T 180 180
218 Costa_Rica 26463 T 180 180
219 Costa_Rica 26464 C 180 180
220 Costa_Rica 26465 T 180 180
221 Costa_Rica 26466 G 180 180
222 Costa_Rica 26467 G 180 180
223 Costa_Rica 26468 T 180 180
224 Costa_Rica 26469 C 180 180
225 Costa_Rica 26470 T 180 180
226 Costa_Rica 26471 A 180 180
227 Costa_Rica 26472 A 180 180