National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G I K L M N P R S T V Y
*     2                                  
-     228                                  
?                                        
A     12                                  
C     9                                  
D     3                                  
E     6                                  
F     15                                  
G     3                                  
I     9                                  
K     6                                  
L     43                 1                
M     3                                  
N     15                                  
P     6                                  
R     9                                  
S     24 1                                
T     12                                  
V     39                                  
Y     12                                  

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Colombia 26245 A 288 288
1 Colombia 26246 T 288 288
2 Colombia 26247 G 288 288
3 Colombia 26248 T 288 288
4 Colombia 26249 A 288 288
5 Colombia 26250 C 288 288
6 Colombia 26251 T 288 288
7 Colombia 26252 C 288 288
8 Colombia 26253 A 288 288
9 Colombia 26254 T 288 288
10 Colombia 26255 T 288 288
11 Colombia 26256 C 288 288
12 Colombia 26257 G 288 288
13 Colombia 26258 T 288 288
14 Colombia 26259 T 288 288
15 Colombia 26260 T G 288 287 Ser6Ala
16 Colombia 26261 C 288 288
17 Colombia 26262 G 288 288
18 Colombia 26263 G 288 288
19 Colombia 26264 A 288 288
20 Colombia 26265 A 288 288
21 Colombia 26266 G 288 288
22 Colombia 26267 A 288 288
23 Colombia 26268 G 288 288
24 Colombia 26269 A 288 288
25 Colombia 26270 C 288 288
26 Colombia 26271 A 288 288
27 Colombia 26272 G 288 288
28 Colombia 26273 G 288 288
29 Colombia 26274 T 288 288
30 Colombia 26275 A 288 288
31 Colombia 26276 C 288 288
32 Colombia 26277 G 288 288
33 Colombia 26278 T 288 288
34 Colombia 26279 T 288 288
35 Colombia 26280 A 288 288
36 Colombia 26281 A 288 288
37 Colombia 26282 T 288 288
38 Colombia 26283 A 288 288
39 Colombia 26284 G 288 288
40 Colombia 26285 T 288 288
41 Colombia 26286 T 288 288
42 Colombia 26287 A 288 288
43 Colombia 26288 A 288 288
44 Colombia 26289 T 288 288
45 Colombia 26290 A 288 288
46 Colombia 26291 G 287 287
47 Colombia 26292 C 287 287
48 Colombia 26293 G 287 287
49 Colombia 26294 T 287 287
50 Colombia 26295 A 287 287
51 Colombia 26296 C 287 287
52 Colombia 26297 T 287 287
53 Colombia 26298 T C 287 286 Leu18Leu
54 Colombia 26299 C 287 287
55 Colombia 26300 T 287 287
56 Colombia 26301 T 287 287
57 Colombia 26302 T 287 287
58 Colombia 26303 T 287 287
59 Colombia 26304 T 287 287
60 Colombia 26305 C 287 287
61 Colombia 26306 T 287 287
62 Colombia 26307 T 287 287
63 Colombia 26308 G 287 287
64 Colombia 26309 C 287 287
65 Colombia 26310 T 287 287
66 Colombia 26311 T 287 287
67 Colombia 26312 T 287 287
68 Colombia 26313 C 287 287
69 Colombia 26314 G 287 287
70 Colombia 26315 T 287 287
71 Colombia 26316 G 287 287
72 Colombia 26317 G 287 287
73 Colombia 26318 T 287 287
74 Colombia 26319 A 287 287
75 Colombia 26320 T 287 287
76 Colombia 26321 T 287 287
77 Colombia 26322 C 287 287
78 Colombia 26323 T 287 287
79 Colombia 26324 T 287 287
80 Colombia 26325 G 287 287
81 Colombia 26326 C 287 287
82 Colombia 26327 T 287 287
83 Colombia 26328 A 287 287
84 Colombia 26329 G 287 287
85 Colombia 26330 T 287 287
86 Colombia 26331 T 287 287
87 Colombia 26332 A 287 287
88 Colombia 26333 C 287 287
89 Colombia 26334 A 287 287
90 Colombia 26335 C 287 287
91 Colombia 26336 T 287 287
92 Colombia 26337 A 287 287
93 Colombia 26338 G 287 287
94 Colombia 26339 C 287 287
95 Colombia 26340 C 287 287
96 Colombia 26341 A 287 287
97 Colombia 26342 T 287 287
98 Colombia 26343 C 287 287
99 Colombia 26344 C 287 287
100 Colombia 26345 T 287 287
101 Colombia 26346 T 287 287
102 Colombia 26347 A 287 287
103 Colombia 26348 C 287 287
104 Colombia 26349 T 287 287
105 Colombia 26350 G 287 287
106 Colombia 26351 C 287 287
107 Colombia 26352 G 287 287
108 Colombia 26353 C 287 287
109 Colombia 26354 T 287 287
110 Colombia 26355 T 287 287
111 Colombia 26356 C 287 287
112 Colombia 26357 G 287 287
113 Colombia 26358 A 287 287
114 Colombia 26359 T 287 287
115 Colombia 26360 T 287 287
116 Colombia 26361 G 287 287
117 Colombia 26362 T 287 287
118 Colombia 26363 G 287 287
119 Colombia 26364 T 287 287
120 Colombia 26365 G 287 287
121 Colombia 26366 C 287 287
122 Colombia 26367 G 287 287
123 Colombia 26368 T 287 287
124 Colombia 26369 A 287 287
125 Colombia 26370 C 287 287
126 Colombia 26371 T 287 287
127 Colombia 26372 G 287 287
128 Colombia 26373 C 287 287
129 Colombia 26374 T 287 287
130 Colombia 26375 G 287 287
131 Colombia 26376 C 287 287
132 Colombia 26377 A 287 287
133 Colombia 26378 A 287 287
134 Colombia 26379 T 287 287
135 Colombia 26380 A 287 287
136 Colombia 26381 T 287 287
137 Colombia 26382 T 287 287
138 Colombia 26383 G 287 287
139 Colombia 26384 T 287 287
140 Colombia 26385 T 287 287
141 Colombia 26386 A 287 287
142 Colombia 26387 A 287 287
143 Colombia 26388 C 287 287
144 Colombia 26389 G 287 287
145 Colombia 26390 T 287 287
146 Colombia 26391 G 287 287
147 Colombia 26392 A 287 287
148 Colombia 26393 G 287 287
149 Colombia 26394 T 287 287
150 Colombia 26395 C 287 287
151 Colombia 26396 T 287 287
152 Colombia 26397 T 287 287
153 Colombia 26398 G 287 287
154 Colombia 26399 T 287 287
155 Colombia 26400 A 287 287
156 Colombia 26401 A 287 287
157 Colombia 26402 A 287 287
158 Colombia 26403 A 287 287
159 Colombia 26404 C 287 287
160 Colombia 26405 C 287 287
161 Colombia 26406 T 287 287
162 Colombia 26407 T 287 287
163 Colombia 26408 C 287 276
164 Colombia 26409 T 287 287
165 Colombia 26410 T 287 287
166 Colombia 26411 T 287 287
167 Colombia 26412 T 287 287
168 Colombia 26413 T 287 287
169 Colombia 26414 A 287 287
170 Colombia 26415 C 287 287
171 Colombia 26416 G 287 287
172 Colombia 26417 T 287 287
173 Colombia 26418 T 287 287
174 Colombia 26419 T 287 287
175 Colombia 26420 A 287 287
176 Colombia 26421 C 287 287
177 Colombia 26422 T 287 287
178 Colombia 26423 C 287 287
179 Colombia 26424 T 287 287
180 Colombia 26425 C 287 287
181 Colombia 26426 G 287 287
182 Colombia 26427 T 287 287
183 Colombia 26428 G 287 287
184 Colombia 26429 T 287 287
185 Colombia 26430 T 287 287
186 Colombia 26431 A 287 287
187 Colombia 26432 A 287 287
188 Colombia 26433 A 287 287
189 Colombia 26434 A 287 287
190 Colombia 26435 A 287 287
191 Colombia 26436 T 287 287
192 Colombia 26437 C 287 287
193 Colombia 26438 T 287 287
194 Colombia 26439 G 287 287
195 Colombia 26440 A 287 287
196 Colombia 26441 A 287 287
197 Colombia 26442 T 287 287
198 Colombia 26443 T 287 287
199 Colombia 26444 C 287 287
200 Colombia 26445 T 287 287
201 Colombia 26446 T 287 287
202 Colombia 26447 C 287 287
203 Colombia 26448 T 287 287
204 Colombia 26449 A 287 287
205 Colombia 26450 G 287 287
206 Colombia 26451 A 287 287
207 Colombia 26452 G 287 287
208 Colombia 26453 T 287 287
209 Colombia 26454 T 287 287
210 Colombia 26455 C 287 287
211 Colombia 26456 C 287 287
212 Colombia 26457 T 287 287
213 Colombia 26458 G 287 287
214 Colombia 26459 A 287 287
215 Colombia 26460 T 287 287
216 Colombia 26461 C 287 287
217 Colombia 26462 T 287 287
218 Colombia 26463 T 287 287
219 Colombia 26464 C 287 287
220 Colombia 26465 T 287 287
221 Colombia 26466 G 287 287
222 Colombia 26467 G 287 287
223 Colombia 26468 T 287 287
224 Colombia 26469 C 287 287
225 Colombia 26470 T 287 287
226 Colombia 26471 A 287 287
227 Colombia 26472 A 287 287