National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G I K L M N P R S T V Y
*     2                                  
-     228                                  
?                                        
A     12                           1      
C     9         1                        
D     3                                  
E     6                                  
F     15         2                        
G     3                                  
I     9                                  
K     6                                  
L     43         2                        
M     3                                  
N     15                     2            
P     6                 1                
R     9                                  
S     24         1                        
T     12             1                    
V     39 1     1 3       2             1  
Y     12   1                              

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Brazil 26245 A 2193 2193
1 Brazil 26246 T 2193 2193
2 Brazil 26247 G 2193 2193
3 Brazil 26248 T 2193 2193
4 Brazil 26249 A G 2193 2192 Tyr2Cys
5 Brazil 26250 C 2193 2193
6 Brazil 26251 T 2193 2193
7 Brazil 26252 C 2193 2193
8 Brazil 26253 A 2193 2193
9 Brazil 26254 T 2193 2193
10 Brazil 26255 T 2193 2193
11 Brazil 26256 C T 2193 2191 Phe4Phe
12 Brazil 26257 G 2193 2193
13 Brazil 26258 T C 2193 2191 Val5Ala
14 Brazil 26259 T 2193 2193
15 Brazil 26260 T 2193 2193
16 Brazil 26261 C 2193 2193
17 Brazil 26262 G 2193 2193
18 Brazil 26263 G 2193 2193
19 Brazil 26264 A 2193 2193
20 Brazil 26265 A 2193 2193
21 Brazil 26266 G 2193 2193
22 Brazil 26267 A 2193 2193
23 Brazil 26268 G 2193 2193
24 Brazil 26269 A 2193 2193
25 Brazil 26270 C T 2193 2189 Thr9Ile
26 Brazil 26271 A 2193 2193
27 Brazil 26272 G 2193 2193
28 Brazil 26273 G 2193 2193
29 Brazil 26274 T 2193 2193
30 Brazil 26275 A 2193 2193
31 Brazil 26276 C 2193 2193
32 Brazil 26277 G 2193 2193
33 Brazil 26278 T 2193 2193
34 Brazil 26279 T 2193 2193
35 Brazil 26280 A 2193 2193
36 Brazil 26281 A 2193 2193
37 Brazil 26282 T 2193 2193
38 Brazil 26283 A 2193 2193
39 Brazil 26284 G 2193 2193
40 Brazil 26285 T 2193 2193
41 Brazil 26286 T C 2193 2192 Val14Val
42 Brazil 26287 A 2193 2193
43 Brazil 26288 A 2193 2193
44 Brazil 26289 T C 2193 2191 Asn15Asn
45 Brazil 26290 A 2193 2193
46 Brazil 26291 G 2191 2191
47 Brazil 26292 C 2191 2191
48 Brazil 26293 G 2191 2191
49 Brazil 26294 T 2191 2191
50 Brazil 26295 A 2191 2191
51 Brazil 26296 C 2191 2191
52 Brazil 26297 T 2191 2191
53 Brazil 26298 T 2191 2191
54 Brazil 26299 C T 2191 2189 Leu19Phe
55 Brazil 26300 T 2191 2191
56 Brazil 26301 T 2191 2191
57 Brazil 26302 T 2191 2191
58 Brazil 26303 T 2191 2191
59 Brazil 26304 T 2191 2191
60 Brazil 26305 C T 2191 2189 Leu21Phe
61 Brazil 26306 T 2191 2191
62 Brazil 26307 T 2191 2191
63 Brazil 26308 G T 2190 2189 Ala22Ser
64 Brazil 26309 C 2190 2190
65 Brazil 26310 T 2189 2189
66 Brazil 26311 T 2189 2189
67 Brazil 26312 T 2189 2189
68 Brazil 26313 C T 2189 2187 Phe23Phe
69 Brazil 26314 G T 2180 2174 Val24Leu
70 Brazil 26315 T 2180 2180
71 Brazil 26316 G 2171 2171
72 Brazil 26317 G 2171 2171
73 Brazil 26318 T 2170 2170
74 Brazil 26319 A 2168 2168
75 Brazil 26320 T 2168 2168
76 Brazil 26321 T 2168 2168
77 Brazil 26322 C 2167 2167
78 Brazil 26323 T 2167 2167
79 Brazil 26324 T 2166 2166
80 Brazil 26325 G 2166 2166
81 Brazil 26326 C 2166 2166
82 Brazil 26327 T 2166 2166
83 Brazil 26328 A 2166 2166
84 Brazil 26329 G 2166 2166
85 Brazil 26330 T 2166 2166
86 Brazil 26331 T 2166 2166
87 Brazil 26332 A 2165 2165
88 Brazil 26333 C 2165 2165
89 Brazil 26334 A 2165 2165
90 Brazil 26335 C 2165 2165
91 Brazil 26336 T 2165 2165
92 Brazil 26337 A 2165 2165
93 Brazil 26338 G 2165 2165
94 Brazil 26339 C 2165 2165
95 Brazil 26340 C 2165 2165
96 Brazil 26341 A 2165 2165
97 Brazil 26342 T 2165 2165
98 Brazil 26343 C 2165 2165
99 Brazil 26344 C 2165 2165
100 Brazil 26345 T 2165 2165
101 Brazil 26346 T 2165 2165
102 Brazil 26347 A 2165 2165
103 Brazil 26348 C 2165 2165
104 Brazil 26349 T 2165 2165
105 Brazil 26350 G 2165 2165
106 Brazil 26351 C 2165 2164
107 Brazil 26352 G 2165 2164
108 Brazil 26353 C 2165 2164
109 Brazil 26354 T 2165 2164
110 Brazil 26355 T 2165 2164
111 Brazil 26356 C 2165 2164
112 Brazil 26357 G 2165 2165
113 Brazil 26358 A 2165 2165
114 Brazil 26359 T 2165 2165
115 Brazil 26360 T 2165 2165
116 Brazil 26361 G 2165 2165
117 Brazil 26362 T 2165 2165
118 Brazil 26363 G 2165 2165
119 Brazil 26364 T 2165 2165
120 Brazil 26365 G 2165 2165
121 Brazil 26366 C 2165 2165
122 Brazil 26367 G 2165 2165
123 Brazil 26368 T 2165 2165
124 Brazil 26369 A 2165 2165
125 Brazil 26370 C 2165 2165
126 Brazil 26371 T 2165 2165
127 Brazil 26372 G T 2165 2164 Cys43Phe
128 Brazil 26373 C 2165 2165
129 Brazil 26374 T 2166 2166
130 Brazil 26375 G 2166 2166
131 Brazil 26376 C 2166 2166
132 Brazil 26377 A 2166 2166
133 Brazil 26378 A 2166 2166
134 Brazil 26379 T 2166 2166
135 Brazil 26380 A 2166 2166
136 Brazil 26381 T 2166 2166
137 Brazil 26382 T 2166 2166
138 Brazil 26383 G 2166 2166
139 Brazil 26384 T 2166 2166
140 Brazil 26385 T 2166 2166
141 Brazil 26386 A 2166 2166
142 Brazil 26387 A 2166 2166
143 Brazil 26388 C 2166 2166
144 Brazil 26389 G T 2166 2164 Val49Leu
145 Brazil 26390 T 2165 2165
146 Brazil 26391 G 2166 2166
147 Brazil 26392 A 2166 2166
148 Brazil 26393 G 2166 2166
149 Brazil 26394 T 2166 2166
150 Brazil 26395 C 2166 2166
151 Brazil 26396 T 2166 2166
152 Brazil 26397 T 2166 2166
153 Brazil 26398 G 2166 2166
154 Brazil 26399 T A 2166 2165 Val52Glu
155 Brazil 26400 A 2166 2166
156 Brazil 26401 A 2166 2166
157 Brazil 26402 A 2166 2166
158 Brazil 26403 A 2166 2166
159 Brazil 26404 C 2166 2166
160 Brazil 26405 C 2166 2166
161 Brazil 26406 T 2166 2166
162 Brazil 26407 T 2166 2166
163 Brazil 26408 C 2166 2166
164 Brazil 26409 T 2166 2165
165 Brazil 26410 T 2166 2166
166 Brazil 26411 T 2166 2166
167 Brazil 26412 T 2166 2166
168 Brazil 26413 T 2166 2166
169 Brazil 26414 A 2166 2166
170 Brazil 26415 C 2166 2166
171 Brazil 26416 G T 2166 2164 Val58Phe
172 Brazil 26417 T 2166 2166
173 Brazil 26418 T 2166 2166
174 Brazil 26419 T 2166 2166
175 Brazil 26420 A 2166 2166
176 Brazil 26421 C 2166 2166
177 Brazil 26422 T 2166 2166
178 Brazil 26423 C 2166 2166
179 Brazil 26424 T 2166 2166
180 Brazil 26425 C 2166 2166
181 Brazil 26426 G 2166 2166
182 Brazil 26427 T 2166 2166
183 Brazil 26428 G T 2166 2164 Val62Phe
184 Brazil 26429 T 2166 2166
185 Brazil 26430 T 2166 2166
186 Brazil 26431 A 2166 2166
187 Brazil 26432 A 2166 2166
188 Brazil 26433 A 2166 2166
189 Brazil 26434 A 2166 2166
190 Brazil 26435 A 2166 2166
191 Brazil 26436 T 2166 2166
192 Brazil 26437 C 2166 2166
193 Brazil 26438 T 2166 2166
194 Brazil 26439 G 2166 2166
195 Brazil 26440 A 2166 2166
196 Brazil 26441 A 2166 2166
197 Brazil 26442 T C 2166 2165 Asn66Asn
198 Brazil 26443 T 2166 2166
199 Brazil 26444 C 2166 2166
200 Brazil 26445 T 2166 2166
201 Brazil 26446 T 2166 2166
202 Brazil 26447 C T 2166 2165 Ser68Phe
203 Brazil 26448 T 2166 2166
204 Brazil 26449 A 2166 2166
205 Brazil 26450 G 2166 2166
206 Brazil 26451 A 2166 2166
207 Brazil 26452 G T 2166 2165 Val70Phe
208 Brazil 26453 T 2166 2166
209 Brazil 26454 T 2166 2166
210 Brazil 26455 C 2166 2166
211 Brazil 26456 C T 2166 2163 Pro71Leu
212 Brazil 26457 T 2166 2166
213 Brazil 26458 G 2166 2166
214 Brazil 26459 A 2166 2166
215 Brazil 26460 T 2166 2165
216 Brazil 26461 C 2166 2166
217 Brazil 26462 T 2166 2166
218 Brazil 26463 T 2166 2166
219 Brazil 26464 C 2166 2166
220 Brazil 26465 T 2166 2166
221 Brazil 26466 G 2166 2166
222 Brazil 26467 G 2166 2166
223 Brazil 26468 T 2166 2166
224 Brazil 26469 C 2166 2166
225 Brazil 26470 T 2166 2166
226 Brazil 26471 A 2166 2166
227 Brazil 26472 A 2166 2166