National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G I K L M N P R S T V Y
*     2                                  
-     228                                  
?                                        
A     12                               2  
C     9                                  
D     3                                  
E     6                                  
F     15                                  
G     3                                  
I     9                                  
K     6                                  
L     43                                  
M     3                                  
N     15                                  
P     6                           1      
R     9                                  
S     24                                  
T     12                                  
V     39         1   1     1           1  
Y     12                                  

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Argentina 26245 A 662 662
1 Argentina 26246 T 662 662
2 Argentina 26247 G 662 662
3 Argentina 26248 T 662 662
4 Argentina 26249 A 662 662
5 Argentina 26250 C 662 662
6 Argentina 26251 T 662 662
7 Argentina 26252 C 662 662
8 Argentina 26253 A 662 662
9 Argentina 26254 T 662 662
10 Argentina 26255 T 662 662
11 Argentina 26256 C 662 662
12 Argentina 26257 G 662 662
13 Argentina 26258 T 662 662
14 Argentina 26259 T 662 662
15 Argentina 26260 T 662 662
16 Argentina 26261 C 662 662
17 Argentina 26262 G 662 662
18 Argentina 26263 G 662 662
19 Argentina 26264 A 662 662
20 Argentina 26265 A 662 662
21 Argentina 26266 G 662 662
22 Argentina 26267 A 662 662
23 Argentina 26268 G 662 662
24 Argentina 26269 A 662 662
25 Argentina 26270 C 662 662
26 Argentina 26271 A 662 662
27 Argentina 26272 G 662 662
28 Argentina 26273 G 662 662
29 Argentina 26274 T 662 662
30 Argentina 26275 A 662 662
31 Argentina 26276 C 662 662
32 Argentina 26277 G 662 662
33 Argentina 26278 T 662 662
34 Argentina 26279 T 662 662
35 Argentina 26280 A 662 662
36 Argentina 26281 A 662 662
37 Argentina 26282 T 662 662
38 Argentina 26283 A 662 662
39 Argentina 26284 G 662 662
40 Argentina 26285 T 662 662
41 Argentina 26286 T 662 662
42 Argentina 26287 A 662 662
43 Argentina 26288 A 662 662
44 Argentina 26289 T 662 662
45 Argentina 26290 A 662 662
46 Argentina 26291 G 662 662
47 Argentina 26292 C 662 662
48 Argentina 26293 G 662 662
49 Argentina 26294 T 662 662
50 Argentina 26295 A 662 662
51 Argentina 26296 C 662 662
52 Argentina 26297 T 662 662
53 Argentina 26298 T 662 662
54 Argentina 26299 C 662 662
55 Argentina 26300 T 662 662
56 Argentina 26301 T 661 661
57 Argentina 26302 T 659 659
58 Argentina 26303 T 657 657
59 Argentina 26304 T 653 653
60 Argentina 26305 C 652 652
61 Argentina 26306 T 652 652
62 Argentina 26307 T 651 651
63 Argentina 26308 G 651 651
64 Argentina 26309 C 651 651
65 Argentina 26310 T 651 651
66 Argentina 26311 T 651 651
67 Argentina 26312 T 651 651
68 Argentina 26313 C 651 651
69 Argentina 26314 G A 651 650 Val24Met
70 Argentina 26315 T 651 651
71 Argentina 26316 G A 651 650 Val24Val
72 Argentina 26317 G 651 651
73 Argentina 26318 T 651 651
74 Argentina 26319 A 651 651
75 Argentina 26320 T 651 651
76 Argentina 26321 T 651 651
77 Argentina 26322 C 651 651
78 Argentina 26323 T 651 651
79 Argentina 26324 T 651 651
80 Argentina 26325 G 651 651
81 Argentina 26326 C 651 651
82 Argentina 26327 T 651 651
83 Argentina 26328 A 651 651
84 Argentina 26329 G 651 651
85 Argentina 26330 T 651 651
86 Argentina 26331 T 650 650
87 Argentina 26332 A 650 650
88 Argentina 26333 C 650 650
89 Argentina 26334 A 650 650
90 Argentina 26335 C 650 650
91 Argentina 26336 T 650 650
92 Argentina 26337 A 650 650
93 Argentina 26338 G 650 650
94 Argentina 26339 C 650 650
95 Argentina 26340 C 650 650
96 Argentina 26341 A 650 650
97 Argentina 26342 T 650 650
98 Argentina 26343 C 650 650
99 Argentina 26344 C 650 650
100 Argentina 26345 T 650 650
101 Argentina 26346 T 650 650
102 Argentina 26347 A 650 650
103 Argentina 26348 C 650 650
104 Argentina 26349 T 650 650
105 Argentina 26350 G 650 650
106 Argentina 26351 C T 650 648 Ala36Val
107 Argentina 26352 G 650 649
108 Argentina 26353 C 650 649
109 Argentina 26354 T 650 649
110 Argentina 26355 T 650 649
111 Argentina 26356 C 650 649
112 Argentina 26357 G 650 649
113 Argentina 26358 A 650 649
114 Argentina 26359 T 650 649
115 Argentina 26360 T 650 649
116 Argentina 26361 G 650 649
117 Argentina 26362 T 650 649
118 Argentina 26363 G 650 649
119 Argentina 26364 T 650 649
120 Argentina 26365 G 650 649
121 Argentina 26366 C T 649 647 Ala41Val
122 Argentina 26367 G 649 648
123 Argentina 26368 T 649 648
124 Argentina 26369 A 649 648
125 Argentina 26370 C 649 648
126 Argentina 26371 T 649 648
127 Argentina 26372 G 649 648
128 Argentina 26373 C 649 648
129 Argentina 26374 T 649 648
130 Argentina 26375 G 649 648
131 Argentina 26376 C 649 648
132 Argentina 26377 A 649 648
133 Argentina 26378 A 649 648
134 Argentina 26379 T 649 648
135 Argentina 26380 A 649 648
136 Argentina 26381 T 649 648
137 Argentina 26382 T 649 648
138 Argentina 26383 G 649 648
139 Argentina 26384 T 649 648
140 Argentina 26385 T 649 648
141 Argentina 26386 A 648 647
142 Argentina 26387 A 648 647
143 Argentina 26388 C 648 647
144 Argentina 26389 G 648 647
145 Argentina 26390 T 648 647
146 Argentina 26391 G 648 647
147 Argentina 26392 A 648 647
148 Argentina 26393 G 648 647
149 Argentina 26394 T 648 647
150 Argentina 26395 C 648 647
151 Argentina 26396 T 648 647
152 Argentina 26397 T 648 647
153 Argentina 26398 G 648 647
154 Argentina 26399 T 648 647
155 Argentina 26400 A 648 647
156 Argentina 26401 A 648 647
157 Argentina 26402 A 648 647
158 Argentina 26403 A 648 648
159 Argentina 26404 C 648 648
160 Argentina 26405 C 648 648
161 Argentina 26406 T 648 648
162 Argentina 26407 T 648 648
163 Argentina 26408 C 648 648
164 Argentina 26409 T 648 648
165 Argentina 26410 T 648 648
166 Argentina 26411 T 648 648
167 Argentina 26412 T 648 648
168 Argentina 26413 T 648 648
169 Argentina 26414 A 648 648
170 Argentina 26415 C 648 648
171 Argentina 26416 G T 648 564 Val58Phe
172 Argentina 26417 T 648 648
173 Argentina 26418 T 648 648
174 Argentina 26419 T 648 648
175 Argentina 26420 A 648 648
176 Argentina 26421 C 648 648
177 Argentina 26422 T 648 648
178 Argentina 26423 C 648 648
179 Argentina 26424 T 648 648
180 Argentina 26425 C 648 648
181 Argentina 26426 G 648 648
182 Argentina 26427 T 648 648
183 Argentina 26428 G 648 648
184 Argentina 26429 T 648 648
185 Argentina 26430 T 648 648
186 Argentina 26431 A 648 648
187 Argentina 26432 A 648 648
188 Argentina 26433 A 648 648
189 Argentina 26434 A 648 648
190 Argentina 26435 A 648 648
191 Argentina 26436 T 648 648
192 Argentina 26437 C 648 648
193 Argentina 26438 T 648 648
194 Argentina 26439 G 648 648
195 Argentina 26440 A 648 648
196 Argentina 26441 A 648 648
197 Argentina 26442 T 648 648
198 Argentina 26443 T 648 648
199 Argentina 26444 C 648 648
200 Argentina 26445 T 648 648
201 Argentina 26446 T 648 648
202 Argentina 26447 C 648 648
203 Argentina 26448 T 648 648
204 Argentina 26449 A 648 648
205 Argentina 26450 G 648 648
206 Argentina 26451 A 648 648
207 Argentina 26452 G 648 648
208 Argentina 26453 T 648 648
209 Argentina 26454 T 648 648
210 Argentina 26455 C T 648 647 Pro71Ser
211 Argentina 26456 C 648 648
212 Argentina 26457 T 648 648
213 Argentina 26458 G 648 648
214 Argentina 26459 A 648 648
215 Argentina 26460 T 648 648
216 Argentina 26461 C 648 648
217 Argentina 26462 T 648 648
218 Argentina 26463 T 648 648
219 Argentina 26464 C 648 648
220 Argentina 26465 T 648 648
221 Argentina 26466 G 648 648
222 Argentina 26467 G A 648 647 Val75Ile
223 Argentina 26468 T 648 648
224 Argentina 26469 C 648 648
225 Argentina 26470 T 648 648
226 Argentina 26471 A 648 648
227 Argentina 26472 A 648 648