National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     75                                     1  
-     1,038                                        
?                                              
A     9                                        
C     9                                        
D     9                                        
E     21                                        
F     39                                        
G     15                                        
H     36                                        
I     69                                        
K     87                                        
L     207                   1                    
M     60                                        
N     62                                        
P     21                                        
Q     39                                        
R     31                                        
S     57         1                              
T     42               2                        
V     87                                        
W     18                                        
Y     45                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Sri_Lanka 19621 A 58 58
1 Sri_Lanka 19622 G 58 58
2 Sri_Lanka 19623 T 58 58
3 Sri_Lanka 19624 T 58 58
4 Sri_Lanka 19625 T 58 58
5 Sri_Lanka 19626 A 58 58
6 Sri_Lanka 19627 G 58 58
7 Sri_Lanka 19628 A 58 58
8 Sri_Lanka 19629 A 58 58
9 Sri_Lanka 19630 A 58 58
10 Sri_Lanka 19631 A 58 58
11 Sri_Lanka 19632 T 58 58
12 Sri_Lanka 19633 G 58 58
13 Sri_Lanka 19634 T 58 58
14 Sri_Lanka 19635 G 58 58
15 Sri_Lanka 19636 G 58 58
16 Sri_Lanka 19637 C 58 58
17 Sri_Lanka 19638 T 58 58
18 Sri_Lanka 19639 T 58 58
19 Sri_Lanka 19640 T 58 58
20 Sri_Lanka 19641 T 58 58
21 Sri_Lanka 19642 A 58 58
22 Sri_Lanka 19643 A 58 58
23 Sri_Lanka 19644 T 58 58
24 Sri_Lanka 19645 G 58 58
25 Sri_Lanka 19646 T 58 58
26 Sri_Lanka 19647 T 58 58
27 Sri_Lanka 19648 G 58 58
28 Sri_Lanka 19649 T 58 58
29 Sri_Lanka 19650 A 58 58
30 Sri_Lanka 19651 A 58 58
31 Sri_Lanka 19652 A 58 58
32 Sri_Lanka 19653 T 58 58
33 Sri_Lanka 19654 A 58 58
34 Sri_Lanka 19655 A 58 58
35 Sri_Lanka 19656 G 58 58
36 Sri_Lanka 19657 G 58 58
37 Sri_Lanka 19658 G 58 58
38 Sri_Lanka 19659 A 58 58
39 Sri_Lanka 19660 C 58 58
40 Sri_Lanka 19661 A 58 58
41 Sri_Lanka 19662 C 58 58
42 Sri_Lanka 19663 T 58 58
43 Sri_Lanka 19664 T 58 58
44 Sri_Lanka 19665 T 58 58
45 Sri_Lanka 19666 G 58 58
46 Sri_Lanka 19667 A 58 58
47 Sri_Lanka 19668 T 58 58
48 Sri_Lanka 19669 G 58 58
49 Sri_Lanka 19670 G 58 58
50 Sri_Lanka 19671 A 58 58
51 Sri_Lanka 19672 C 58 58
52 Sri_Lanka 19673 A 58 58
53 Sri_Lanka 19674 A 58 58
54 Sri_Lanka 19675 C 58 58
55 Sri_Lanka 19676 A 58 58
56 Sri_Lanka 19677 G 58 58
57 Sri_Lanka 19678 G 58 58
58 Sri_Lanka 19679 G 58 58
59 Sri_Lanka 19680 T 58 58
60 Sri_Lanka 19681 G 58 58
61 Sri_Lanka 19682 A 58 58
62 Sri_Lanka 19683 A 58 58
63 Sri_Lanka 19684 G 58 58
64 Sri_Lanka 19685 T 58 58
65 Sri_Lanka 19686 A 58 58
66 Sri_Lanka 19687 C 58 58
67 Sri_Lanka 19688 C 58 57
68 Sri_Lanka 19689 A 58 53
69 Sri_Lanka 19690 G 58 52
70 Sri_Lanka 19691 T 58 53
71 Sri_Lanka 19692 T 58 53
72 Sri_Lanka 19693 T 58 53
73 Sri_Lanka 19694 C 58 53
74 Sri_Lanka 19695 T 58 53
75 Sri_Lanka 19696 A 58 53
76 Sri_Lanka 19697 T 58 53
77 Sri_Lanka 19698 C 58 53
78 Sri_Lanka 19699 A 58 53
79 Sri_Lanka 19700 T 58 53
80 Sri_Lanka 19701 T 58 53
81 Sri_Lanka 19702 A 58 53
82 Sri_Lanka 19703 A 58 53
83 Sri_Lanka 19704 T 58 54
84 Sri_Lanka 19705 A 58 54
85 Sri_Lanka 19706 A 58 54
86 Sri_Lanka 19707 C 58 54
87 Sri_Lanka 19708 A 58 54
88 Sri_Lanka 19709 C 58 54
89 Sri_Lanka 19710 T 58 54
90 Sri_Lanka 19711 G 58 54
91 Sri_Lanka 19712 T 58 54
92 Sri_Lanka 19713 T 58 55
93 Sri_Lanka 19714 T 58 55
94 Sri_Lanka 19715 A 58 58
95 Sri_Lanka 19716 C 58 58
96 Sri_Lanka 19717 A 58 58
97 Sri_Lanka 19718 C 58 58
98 Sri_Lanka 19719 A 58 58
99 Sri_Lanka 19720 A 58 58
100 Sri_Lanka 19721 A 58 58
101 Sri_Lanka 19722 A 58 54
102 Sri_Lanka 19723 G 58 54
103 Sri_Lanka 19724 T 58 54
104 Sri_Lanka 19725 T 58 54
105 Sri_Lanka 19726 G 58 54
106 Sri_Lanka 19727 A 58 54
107 Sri_Lanka 19728 T 58 54
108 Sri_Lanka 19729 G 58 54
109 Sri_Lanka 19730 G 58 54
110 Sri_Lanka 19731 T 58 55
111 Sri_Lanka 19732 G 58 58
112 Sri_Lanka 19733 T 58 58
113 Sri_Lanka 19734 T 58 58
114 Sri_Lanka 19735 G 58 58
115 Sri_Lanka 19736 A 58 58
116 Sri_Lanka 19737 T 58 58
117 Sri_Lanka 19738 G 58 58
118 Sri_Lanka 19739 T 58 58
119 Sri_Lanka 19740 A 58 58
120 Sri_Lanka 19741 G 58 58
121 Sri_Lanka 19742 A 58 58
122 Sri_Lanka 19743 A 58 58
123 Sri_Lanka 19744 T 58 58
124 Sri_Lanka 19745 T 58 58
125 Sri_Lanka 19746 G 58 58
126 Sri_Lanka 19747 T 58 58
127 Sri_Lanka 19748 T 58 58
128 Sri_Lanka 19749 T 58 58
129 Sri_Lanka 19750 G 58 58
130 Sri_Lanka 19751 A 58 58
131 Sri_Lanka 19752 A 58 58
132 Sri_Lanka 19753 A 58 58
133 Sri_Lanka 19754 A 58 58
134 Sri_Lanka 19755 T 58 58
135 Sri_Lanka 19756 A 58 58
136 Sri_Lanka 19757 A 58 58
137 Sri_Lanka 19758 A 58 58
138 Sri_Lanka 19759 A 58 58
139 Sri_Lanka 19760 C 58 58
140 Sri_Lanka 19761 A 58 58
141 Sri_Lanka 19762 A 58 58
142 Sri_Lanka 19763 C 58 58
143 Sri_Lanka 19764 A 58 58
144 Sri_Lanka 19765 T 58 58
145 Sri_Lanka 19766 T 58 58
146 Sri_Lanka 19767 A 58 58
147 Sri_Lanka 19768 C 58 58
148 Sri_Lanka 19769 C 58 58
149 Sri_Lanka 19770 T 58 58
150 Sri_Lanka 19771 G 58 58
151 Sri_Lanka 19772 T 58 58
152 Sri_Lanka 19773 T 58 58
153 Sri_Lanka 19774 A 58 58
154 Sri_Lanka 19775 A 58 58
155 Sri_Lanka 19776 T 58 58
156 Sri_Lanka 19777 G 58 58
157 Sri_Lanka 19778 T 58 58
158 Sri_Lanka 19779 A 58 58
159 Sri_Lanka 19780 G 58 58
160 Sri_Lanka 19781 C 58 58
161 Sri_Lanka 19782 A 58 58
162 Sri_Lanka 19783 T 58 58
163 Sri_Lanka 19784 T 58 58
164 Sri_Lanka 19785 T 58 58
165 Sri_Lanka 19786 G 58 58
166 Sri_Lanka 19787 A 58 58
167 Sri_Lanka 19788 G 58 58
168 Sri_Lanka 19789 C 58 58
169 Sri_Lanka 19790 T 58 58
170 Sri_Lanka 19791 T 58 58
171 Sri_Lanka 19792 T 58 58
172 Sri_Lanka 19793 G 58 58
173 Sri_Lanka 19794 G 58 58
174 Sri_Lanka 19795 G 58 58
175 Sri_Lanka 19796 C 58 58
176 Sri_Lanka 19797 T 58 58
177 Sri_Lanka 19798 A 58 58
178 Sri_Lanka 19799 A 58 58
179 Sri_Lanka 19800 G 58 58
180 Sri_Lanka 19801 C 58 58
181 Sri_Lanka 19802 G 58 58
182 Sri_Lanka 19803 C 58 58
183 Sri_Lanka 19804 A 58 57
184 Sri_Lanka 19805 A 58 56
185 Sri_Lanka 19806 C 58 55
186 Sri_Lanka 19807 A 58 55
187 Sri_Lanka 19808 T 58 56
188 Sri_Lanka 19809 T 58 56
189 Sri_Lanka 19810 A 58 56
190 Sri_Lanka 19811 A 58 55
191 Sri_Lanka 19812 A 58 55
192 Sri_Lanka 19813 C 58 55
193 Sri_Lanka 19814 C 58 55
194 Sri_Lanka 19815 A 58 55
195 Sri_Lanka 19816 G 58 55
196 Sri_Lanka 19817 T 58 55
197 Sri_Lanka 19818 A 58 46
198 Sri_Lanka 19819 C 58 46
199 Sri_Lanka 19820 C 58 47
200 Sri_Lanka 19821 A 58 47
201 Sri_Lanka 19822 G 58 47
202 Sri_Lanka 19823 A 58 47
203 Sri_Lanka 19824 G 58 47
204 Sri_Lanka 19825 G 58 47
205 Sri_Lanka 19826 T 58 47
206 Sri_Lanka 19827 G 58 47
207 Sri_Lanka 19828 A 58 47
208 Sri_Lanka 19829 A 58 47
209 Sri_Lanka 19830 A 58 47
210 Sri_Lanka 19831 A 58 48
211 Sri_Lanka 19832 T 58 48
212 Sri_Lanka 19833 A 58 56
213 Sri_Lanka 19834 C 58 56
214 Sri_Lanka 19835 T 58 56
215 Sri_Lanka 19836 C 58 56
216 Sri_Lanka 19837 A 58 56
217 Sri_Lanka 19838 A 58 56
218 Sri_Lanka 19839 T 58 55
219 Sri_Lanka 19840 A 58 55
220 Sri_Lanka 19841 A 58 55
221 Sri_Lanka 19842 T 58 56
222 Sri_Lanka 19843 T 58 56
223 Sri_Lanka 19844 T 58 57
224 Sri_Lanka 19845 G 58 58
225 Sri_Lanka 19846 G 58 58
226 Sri_Lanka 19847 G 58 58
227 Sri_Lanka 19848 T 58 58
228 Sri_Lanka 19849 G 58 58
229 Sri_Lanka 19850 T 58 58
230 Sri_Lanka 19851 G 58 58
231 Sri_Lanka 19852 G 58 58
232 Sri_Lanka 19853 A 58 58
233 Sri_Lanka 19854 C T 58 57 Thr6530Ile
234 Sri_Lanka 19855 A 58 58
235 Sri_Lanka 19856 T 58 58
236 Sri_Lanka 19857 T 58 58
237 Sri_Lanka 19858 G 58 58
238 Sri_Lanka 19859 C 58 58
239 Sri_Lanka 19860 T 58 58
240 Sri_Lanka 19861 G 58 58
241 Sri_Lanka 19862 C 58 58
242 Sri_Lanka 19863 T 58 58
243 Sri_Lanka 19864 A 58 58
244 Sri_Lanka 19865 A 58 58
245 Sri_Lanka 19866 T 58 58
246 Sri_Lanka 19867 A 58 58
247 Sri_Lanka 19868 C 58 58
248 Sri_Lanka 19869 T 58 58
249 Sri_Lanka 19870 G 58 58
250 Sri_Lanka 19871 T 58 58
251 Sri_Lanka 19872 G 58 58
252 Sri_Lanka 19873 A 58 58
253 Sri_Lanka 19874 T 58 58
254 Sri_Lanka 19875 C 58 58
255 Sri_Lanka 19876 T 58 58
256 Sri_Lanka 19877 G 58 58
257 Sri_Lanka 19878 G 58 58
258 Sri_Lanka 19879 G 58 58
259 Sri_Lanka 19880 A 58 58
260 Sri_Lanka 19881 C 58 58
261 Sri_Lanka 19882 T 58 58
262 Sri_Lanka 19883 A 58 58
263 Sri_Lanka 19884 C 58 58
264 Sri_Lanka 19885 A 58 58
265 Sri_Lanka 19886 A 58 58
266 Sri_Lanka 19887 A 58 58
267 Sri_Lanka 19888 A 58 58
268 Sri_Lanka 19889 G 58 58
269 Sri_Lanka 19890 A 58 58
270 Sri_Lanka 19891 G 58 58
271 Sri_Lanka 19892 A 58 58
272 Sri_Lanka 19893 T 58 58
273 Sri_Lanka 19894 G 58 58
274 Sri_Lanka 19895 C 58 58
275 Sri_Lanka 19896 T 58 58
276 Sri_Lanka 19897 C 58 58
277 Sri_Lanka 19898 C 58 58
278 Sri_Lanka 19899 A 58 58
279 Sri_Lanka 19900 G 58 58
280 Sri_Lanka 19901 C 58 58
281 Sri_Lanka 19902 A 58 58
282 Sri_Lanka 19903 C 58 58
283 Sri_Lanka 19904 A 58 58
284 Sri_Lanka 19905 T 58 58
285 Sri_Lanka 19906 A 58 58
286 Sri_Lanka 19907 T 58 58
287 Sri_Lanka 19908 A 58 58
288 Sri_Lanka 19909 T 58 58
289 Sri_Lanka 19910 C 58 58
290 Sri_Lanka 19911 T 58 58
291 Sri_Lanka 19912 A 58 58
292 Sri_Lanka 19913 C 58 58
293 Sri_Lanka 19914 T 58 58
294 Sri_Lanka 19915 A 58 58
295 Sri_Lanka 19916 T 58 58
296 Sri_Lanka 19917 T 58 58
297 Sri_Lanka 19918 G 58 58
298 Sri_Lanka 19919 G 58 58
299 Sri_Lanka 19920 T 58 58
300 Sri_Lanka 19921 G 58 58
301 Sri_Lanka 19922 T 58 58
302 Sri_Lanka 19923 T 58 58
303 Sri_Lanka 19924 T 58 58
304 Sri_Lanka 19925 G 58 58
305 Sri_Lanka 19926 T 58 58
306 Sri_Lanka 19927 T 58 58
307 Sri_Lanka 19928 C 58 58
308 Sri_Lanka 19929 T 58 58
309 Sri_Lanka 19930 A 58 58
310 Sri_Lanka 19931 T 58 58
311 Sri_Lanka 19932 G 58 58
312 Sri_Lanka 19933 A 58 58
313 Sri_Lanka 19934 C 58 58
314 Sri_Lanka 19935 T 58 58
315 Sri_Lanka 19936 G 58 58
316 Sri_Lanka 19937 A 58 58
317 Sri_Lanka 19938 C 58 58
318 Sri_Lanka 19939 A 58 58
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323 Sri_Lanka 19944 C 58 58
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325 Sri_Lanka 19946 A 58 58
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671 Sri_Lanka 20292 G 59 59
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1000 Sri_Lanka 20621 A 50 48
1001 Sri_Lanka 20622 A 50 48
1002 Sri_Lanka 20623 G 50 48
1003 Sri_Lanka 20624 A 50 47
1004 Sri_Lanka 20625 T 50 47
1005 Sri_Lanka 20626 G 50 47
1006 Sri_Lanka 20627 G 50 47
1007 Sri_Lanka 20628 C 50 47
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1009 Sri_Lanka 20630 A 50 48
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1021 Sri_Lanka 20642 T 50 50
1022 Sri_Lanka 20643 T 50 50
1023 Sri_Lanka 20644 T 50 50
1024 Sri_Lanka 20645 A 50 50
1025 Sri_Lanka 20646 C 50 50
1026 Sri_Lanka 20647 C 50 50
1027 Sri_Lanka 20648 C 50 50
1028 Sri_Lanka 20649 A 50 50
1029 Sri_Lanka 20650 A 50 50
1030 Sri_Lanka 20651 A 50 50
1031 Sri_Lanka 20652 A 50 50
1032 Sri_Lanka 20653 T 50 50
1033 Sri_Lanka 20654 T 50 50
1034 Sri_Lanka 20655 A 50 50
1035 Sri_Lanka 20656 C 50 50
1036 Sri_Lanka 20657 A 50 50
1037 Sri_Lanka 20658 A 50 50