National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     75                                        
-     1,038                                        
?                                              
A     9                                        
C     9                                        
D     9                                        
E     21                                        
F     39                                        
G     15                                        
H     36                                        
I     69                                        
K     87                     1 1                
L     207                                        
M     60                   1                    
N     62                                        
P     21                                        
Q     39                                        
R     31                                        
S     57                                        
T     42                                        
V     87                                        
W     18                                        
Y     45                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Malta 19621 A 10 10
1 Malta 19622 G 10 10
2 Malta 19623 T 10 10
3 Malta 19624 T 10 10
4 Malta 19625 T 10 10
5 Malta 19626 A 10 10
6 Malta 19627 G 10 10
7 Malta 19628 A 10 10
8 Malta 19629 A 10 10
9 Malta 19630 A 10 10
10 Malta 19631 A 10 10
11 Malta 19632 T 10 10
12 Malta 19633 G 10 10
13 Malta 19634 T 10 10
14 Malta 19635 G 10 10
15 Malta 19636 G 10 10
16 Malta 19637 C 10 10
17 Malta 19638 T 10 10
18 Malta 19639 T 10 10
19 Malta 19640 T 10 10
20 Malta 19641 T 10 10
21 Malta 19642 A 10 10
22 Malta 19643 A 10 10
23 Malta 19644 T 10 10
24 Malta 19645 G 10 10
25 Malta 19646 T 10 10
26 Malta 19647 T 10 10
27 Malta 19648 G 10 10
28 Malta 19649 T 10 10
29 Malta 19650 A 10 10
30 Malta 19651 A 10 10
31 Malta 19652 A 10 10
32 Malta 19653 T 10 10
33 Malta 19654 A 10 10
34 Malta 19655 A 10 10
35 Malta 19656 G 10 10
36 Malta 19657 G 10 10
37 Malta 19658 G 10 10
38 Malta 19659 A 10 10
39 Malta 19660 C 10 10
40 Malta 19661 A 10 10
41 Malta 19662 C 10 10
42 Malta 19663 T 10 10
43 Malta 19664 T 10 10
44 Malta 19665 T 10 10
45 Malta 19666 G 10 10
46 Malta 19667 A 10 10
47 Malta 19668 T 10 10
48 Malta 19669 G 10 10
49 Malta 19670 G 10 10
50 Malta 19671 A 10 10
51 Malta 19672 C 10 10
52 Malta 19673 A 10 10
53 Malta 19674 A 10 10
54 Malta 19675 C 10 10
55 Malta 19676 A 10 10
56 Malta 19677 G 10 10
57 Malta 19678 G 10 10
58 Malta 19679 G 10 10
59 Malta 19680 T 10 10
60 Malta 19681 G 10 10
61 Malta 19682 A 10 10
62 Malta 19683 A 10 10
63 Malta 19684 G 10 10
64 Malta 19685 T 10 10
65 Malta 19686 A 10 10
66 Malta 19687 C 10 10
67 Malta 19688 C 10 10
68 Malta 19689 A 10 10
69 Malta 19690 G 10 10
70 Malta 19691 T 10 10
71 Malta 19692 T 10 10
72 Malta 19693 T 10 10
73 Malta 19694 C 10 10
74 Malta 19695 T 10 10
75 Malta 19696 A 10 10
76 Malta 19697 T 10 10
77 Malta 19698 C 10 10
78 Malta 19699 A 10 10
79 Malta 19700 T 10 10
80 Malta 19701 T 10 10
81 Malta 19702 A 10 10
82 Malta 19703 A 10 10
83 Malta 19704 T 10 10
84 Malta 19705 A 10 10
85 Malta 19706 A 10 10
86 Malta 19707 C 10 10
87 Malta 19708 A 10 10
88 Malta 19709 C 10 10
89 Malta 19710 T 10 10
90 Malta 19711 G 10 10
91 Malta 19712 T 10 10
92 Malta 19713 T 10 10
93 Malta 19714 T 10 10
94 Malta 19715 A 10 10
95 Malta 19716 C 10 10
96 Malta 19717 A 10 10
97 Malta 19718 C 10 10
98 Malta 19719 A 10 10
99 Malta 19720 A 10 10
100 Malta 19721 A 10 10
101 Malta 19722 A 10 10
102 Malta 19723 G 10 10
103 Malta 19724 T 10 10
104 Malta 19725 T 10 10
105 Malta 19726 G 10 10
106 Malta 19727 A 10 10
107 Malta 19728 T 10 10
108 Malta 19729 G 10 10
109 Malta 19730 G 10 10
110 Malta 19731 T 10 10
111 Malta 19732 G 10 10
112 Malta 19733 T 10 10
113 Malta 19734 T 10 10
114 Malta 19735 G 10 10
115 Malta 19736 A 10 10
116 Malta 19737 T 10 10
117 Malta 19738 G 10 10
118 Malta 19739 T 10 10
119 Malta 19740 A 10 10
120 Malta 19741 G 10 10
121 Malta 19742 A 10 10
122 Malta 19743 A 10 10
123 Malta 19744 T 10 10
124 Malta 19745 T 10 10
125 Malta 19746 G 10 10
126 Malta 19747 T 10 10
127 Malta 19748 T 10 10
128 Malta 19749 T 10 10
129 Malta 19750 G 10 10
130 Malta 19751 A 10 10
131 Malta 19752 A 10 10
132 Malta 19753 A 10 10
133 Malta 19754 A 10 10
134 Malta 19755 T 10 10
135 Malta 19756 A 10 10
136 Malta 19757 A 10 10
137 Malta 19758 A 10 10
138 Malta 19759 A 10 10
139 Malta 19760 C 10 10
140 Malta 19761 A 10 10
141 Malta 19762 A 10 10
142 Malta 19763 C 10 10
143 Malta 19764 A 10 10
144 Malta 19765 T 10 10
145 Malta 19766 T 10 10
146 Malta 19767 A 10 10
147 Malta 19768 C 10 10
148 Malta 19769 C 10 10
149 Malta 19770 T 10 10
150 Malta 19771 G 10 10
151 Malta 19772 T 10 10
152 Malta 19773 T 10 10
153 Malta 19774 A 10 10
154 Malta 19775 A 10 10
155 Malta 19776 T 10 10
156 Malta 19777 G 10 10
157 Malta 19778 T 10 10
158 Malta 19779 A 10 10
159 Malta 19780 G 10 10
160 Malta 19781 C 10 10
161 Malta 19782 A 10 10
162 Malta 19783 T 10 10
163 Malta 19784 T 10 10
164 Malta 19785 T 10 10
165 Malta 19786 G 10 10
166 Malta 19787 A 10 10
167 Malta 19788 G 10 10
168 Malta 19789 C 10 10
169 Malta 19790 T 10 10
170 Malta 19791 T 10 10
171 Malta 19792 T 10 10
172 Malta 19793 G 10 10
173 Malta 19794 G 10 10
174 Malta 19795 G 10 10
175 Malta 19796 C 10 10
176 Malta 19797 T 10 10
177 Malta 19798 A 10 10
178 Malta 19799 A 10 10
179 Malta 19800 G 10 10
180 Malta 19801 C 10 10
181 Malta 19802 G 10 10
182 Malta 19803 C 10 10
183 Malta 19804 A 10 10
184 Malta 19805 A 10 10
185 Malta 19806 C 10 10
186 Malta 19807 A 10 10
187 Malta 19808 T 10 10
188 Malta 19809 T 10 10
189 Malta 19810 A 10 10
190 Malta 19811 A 10 10
191 Malta 19812 A 10 10
192 Malta 19813 C 10 10
193 Malta 19814 C 10 10
194 Malta 19815 A 10 10
195 Malta 19816 G 10 10
196 Malta 19817 T 10 10
197 Malta 19818 A 10 10
198 Malta 19819 C 10 10
199 Malta 19820 C 10 10
200 Malta 19821 A 10 10
201 Malta 19822 G 10 10
202 Malta 19823 A 10 10
203 Malta 19824 G 10 10
204 Malta 19825 G 10 10
205 Malta 19826 T 10 10
206 Malta 19827 G 10 10
207 Malta 19828 A 10 10
208 Malta 19829 A 10 10
209 Malta 19830 A 10 10
210 Malta 19831 A 10 10
211 Malta 19832 T 10 10
212 Malta 19833 A 10 10
213 Malta 19834 C 10 10
214 Malta 19835 T 10 10
215 Malta 19836 C 10 10
216 Malta 19837 A 10 10
217 Malta 19838 A 10 10
218 Malta 19839 T 10 10
219 Malta 19840 A 10 10
220 Malta 19841 A 10 10
221 Malta 19842 T 10 10
222 Malta 19843 T 10 10
223 Malta 19844 T 10 10
224 Malta 19845 G 10 10
225 Malta 19846 G 10 10
226 Malta 19847 G 10 10
227 Malta 19848 T 10 10
228 Malta 19849 G 10 10
229 Malta 19850 T 10 10
230 Malta 19851 G 10 10
231 Malta 19852 G 10 10
232 Malta 19853 A 10 10
233 Malta 19854 C 10 10
234 Malta 19855 A 10 10
235 Malta 19856 T 10 10
236 Malta 19857 T 10 10
237 Malta 19858 G 10 10
238 Malta 19859 C 10 10
239 Malta 19860 T 10 10
240 Malta 19861 G 10 10
241 Malta 19862 C 10 10
242 Malta 19863 T 10 10
243 Malta 19864 A 10 10
244 Malta 19865 A 10 10
245 Malta 19866 T 10 10
246 Malta 19867 A 10 10
247 Malta 19868 C 10 10
248 Malta 19869 T 10 10
249 Malta 19870 G 10 10
250 Malta 19871 T 10 10
251 Malta 19872 G 10 10
252 Malta 19873 A 10 10
253 Malta 19874 T 10 10
254 Malta 19875 C 10 10
255 Malta 19876 T 10 10
256 Malta 19877 G 10 10
257 Malta 19878 G 10 10
258 Malta 19879 G 10 10
259 Malta 19880 A 10 10
260 Malta 19881 C 10 10
261 Malta 19882 T 10 10
262 Malta 19883 A 10 10
263 Malta 19884 C 10 10
264 Malta 19885 A 10 10
265 Malta 19886 A 10 10
266 Malta 19887 A 10 10
267 Malta 19888 A 10 10
268 Malta 19889 G 10 10
269 Malta 19890 A 10 10
270 Malta 19891 G 10 10
271 Malta 19892 A 10 10
272 Malta 19893 T 10 10
273 Malta 19894 G 10 10
274 Malta 19895 C 10 10
275 Malta 19896 T 10 10
276 Malta 19897 C 10 10
277 Malta 19898 C 10 10
278 Malta 19899 A 10 10
279 Malta 19900 G 10 10
280 Malta 19901 C 10 10
281 Malta 19902 A 10 10
282 Malta 19903 C 10 10
283 Malta 19904 A 10 10
284 Malta 19905 T 10 10
285 Malta 19906 A 10 10
286 Malta 19907 T 10 10
287 Malta 19908 A 10 10
288 Malta 19909 T 10 10
289 Malta 19910 C 10 10
290 Malta 19911 T 10 10
291 Malta 19912 A 10 10
292 Malta 19913 C 10 10
293 Malta 19914 T 10 10
294 Malta 19915 A 10 10
295 Malta 19916 T 10 10
296 Malta 19917 T 10 10
297 Malta 19918 G 10 10
298 Malta 19919 G 10 10
299 Malta 19920 T 10 10
300 Malta 19921 G 10 10
301 Malta 19922 T 10 10
302 Malta 19923 T 10 10
303 Malta 19924 T 10 10
304 Malta 19925 G 10 10
305 Malta 19926 T 10 10
306 Malta 19927 T 10 10
307 Malta 19928 C 10 10
308 Malta 19929 T 10 10
309 Malta 19930 A 10 10
310 Malta 19931 T 10 10
311 Malta 19932 G 10 10
312 Malta 19933 A 10 10
313 Malta 19934 C 10 10
314 Malta 19935 T 10 10
315 Malta 19936 G 10 10
316 Malta 19937 A 10 10
317 Malta 19938 C 10 10
318 Malta 19939 A 10 10
319 Malta 19940 T 10 10
320 Malta 19941 A 10 10
321 Malta 19942 G 10 10
322 Malta 19943 C 10 10
323 Malta 19944 C 10 10
324 Malta 19945 A 10 10
325 Malta 19946 A 10 10
326 Malta 19947 G 10 10
327 Malta 19948 A 10 10
328 Malta 19949 A 10 10
329 Malta 19950 A 10 10
330 Malta 19951 C 10 10
331 Malta 19952 C 10 10
332 Malta 19953 A 10 10
333 Malta 19954 A 10 10
334 Malta 19955 C 10 10
335 Malta 19956 T 10 10
336 Malta 19957 G 10 10
337 Malta 19958 A 10 10
338 Malta 19959 A 10 10
339 Malta 19960 A 10 10
340 Malta 19961 C 10 10
341 Malta 19962 G 10 10
342 Malta 19963 A 10 10
343 Malta 19964 T 10 10
344 Malta 19965 T 10 10
345 Malta 19966 T 10 10
346 Malta 19967 G 10 10
347 Malta 19968 T 10 10
348 Malta 19969 G 10 10
349 Malta 19970 C 10 10
350 Malta 19971 A 10 10
351 Malta 19972 C 10 10
352 Malta 19973 C 10 10
353 Malta 19974 A 10 10
354 Malta 19975 C 10 10
355 Malta 19976 T 10 10
356 Malta 19977 C 10 10
357 Malta 19978 A 10 10
358 Malta 19979 C 10 10
359 Malta 19980 T 10 10
360 Malta 19981 G 10 10
361 Malta 19982 T 10 10
362 Malta 19983 C 10 10
363 Malta 19984 T 10 10
364 Malta 19985 T 10 10
365 Malta 19986 T 10 10
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