National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     174                   1                   1
-     2,739                                        
?                                              
A     66       1                                
C     81                                        
D     36                                        
E     54                                        
F     78                                        
G     48                                        
H     81                                        
I     237                                 1      
K     111                       1                
L     487         1         1           2        
M     183                                        
N     105                                        
P     54                                        
Q 1   117                                        
R     80                                        
S     195         1                              
T     222               4                        
V     213                                        
W     21                                        
Y     96                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Tunisia 13498 A 76 76
1 Tunisia 13499 C 76 76
2 Tunisia 13500 A 76 76
3 Tunisia 13501 C 76 76
4 Tunisia 13502 C 76 76
5 Tunisia 13503 G 76 76
6 Tunisia 13504 T 76 76
7 Tunisia 13505 G 76 76
8 Tunisia 13506 C 76 76
9 Tunisia 13507 G 76 76
10 Tunisia 13508 G 76 76
11 Tunisia 13509 C 76 76
12 Tunisia 13510 A 76 76
13 Tunisia 13511 C 76 76
14 Tunisia 13512 A 76 76
15 Tunisia 13513 G 76 76
16 Tunisia 13514 G 76 76
17 Tunisia 13515 C 76 76
18 Tunisia 13516 A 76 76
19 Tunisia 13517 C 76 76
20 Tunisia 13518 T 76 76
21 Tunisia 13519 A 76 76
22 Tunisia 13520 G 76 76
23 Tunisia 13521 T 76 76
24 Tunisia 13522 A 76 76
25 Tunisia 13523 C 76 76
26 Tunisia 13524 T 76 76
27 Tunisia 13525 G 76 76
28 Tunisia 13526 A 76 76
29 Tunisia 13527 T 76 76
30 Tunisia 13528 G 76 76
31 Tunisia 13529 T 76 76
32 Tunisia 13530 C 76 76
33 Tunisia 13531 G 76 76
34 Tunisia 13532 T 76 76
35 Tunisia 13533 A 76 76
36 Tunisia 13534 T 76 76
37 Tunisia 13535 A 76 76
38 Tunisia 13536 C T 76 73 Thr4424Ile
39 Tunisia 13537 A 76 76
40 Tunisia 13538 G 76 76
41 Tunisia 13539 G 76 76
42 Tunisia 13540 G 76 76
43 Tunisia 13541 C 76 76
44 Tunisia 13542 T 76 76
45 Tunisia 13543 T 76 76
46 Tunisia 13544 T 76 76
47 Tunisia 13545 T 76 76
48 Tunisia 13546 G 76 76
49 Tunisia 13547 A 76 76
50 Tunisia 13548 C 76 76
51 Tunisia 13549 A 77 77
52 Tunisia 13550 T 77 77
53 Tunisia 13551 C 77 77
54 Tunisia 13552 T 77 77
55 Tunisia 13553 A 77 77
56 Tunisia 13554 C 77 77
57 Tunisia 13555 A 77 77
58 Tunisia 13556 A 77 77
59 Tunisia 13557 T 77 77
60 Tunisia 13558 G 77 77
61 Tunisia 13559 A 77 77
62 Tunisia 13560 T 77 77
63 Tunisia 13561 A 77 77
64 Tunisia 13562 A 77 77
65 Tunisia 13563 A 77 77
66 Tunisia 13564 G 77 77
67 Tunisia 13565 T 77 77
68 Tunisia 13566 A 77 77
69 Tunisia 13567 G 77 77
70 Tunisia 13568 C 77 77
71 Tunisia 13569 T 77 77
72 Tunisia 13570 G 77 77
73 Tunisia 13571 G 77 77
74 Tunisia 13572 T 77 77
75 Tunisia 13573 T 77 77
76 Tunisia 13574 T 77 77
77 Tunisia 13575 T 77 77
78 Tunisia 13576 G 77 77
79 Tunisia 13577 C 77 77
80 Tunisia 13578 T 77 76
81 Tunisia 13579 A 77 77
82 Tunisia 13580 A 77 77
83 Tunisia 13581 A 77 77
84 Tunisia 13582 T 77 77
85 Tunisia 13583 T 77 77
86 Tunisia 13584 C 77 77
87 Tunisia 13585 C 77 77
88 Tunisia 13586 T 77 77
89 Tunisia 13587 A 77 77
90 Tunisia 13588 A 77 77
91 Tunisia 13589 A 77 77
92 Tunisia 13590 A 77 77
93 Tunisia 13591 A 77 77
94 Tunisia 13592 C 77 77
95 Tunisia 13593 T 77 77
96 Tunisia 13594 A 77 77
97 Tunisia 13595 A 77 77
98 Tunisia 13596 T 77 77
99 Tunisia 13597 T 77 77
100 Tunisia 13598 G 77 77
101 Tunisia 13599 T 77 77
102 Tunisia 13600 T 77 77
103 Tunisia 13601 G 77 77
104 Tunisia 13602 T 77 77
105 Tunisia 13603 C 77 77
106 Tunisia 13604 G 77 77
107 Tunisia 13605 C 77 77
108 Tunisia 13606 T 77 77
109 Tunisia 13607 T 77 77
110 Tunisia 13608 C 77 77
111 Tunisia 13609 C 77 77
112 Tunisia 13610 A 77 77
113 Tunisia 13611 A 77 77
114 Tunisia 13612 G 77 77
115 Tunisia 13613 A 77 77
116 Tunisia 13614 A 77 77
117 Tunisia 13615 A 77 77
118 Tunisia 13616 A 77 77
119 Tunisia 13617 G 77 77
120 Tunisia 13618 G 77 77
121 Tunisia 13619 A 77 77
122 Tunisia 13620 C 77 77
123 Tunisia 13621 G 77 77
124 Tunisia 13622 A 77 77
125 Tunisia 13623 A 77 77
126 Tunisia 13624 G 77 77
127 Tunisia 13625 A 77 77
128 Tunisia 13626 T 77 77
129 Tunisia 13627 G 77 77
130 Tunisia 13628 A 77 77
131 Tunisia 13629 C 77 77
132 Tunisia 13630 A 77 77
133 Tunisia 13631 A 77 77
134 Tunisia 13632 T 77 77
135 Tunisia 13633 T 77 77
136 Tunisia 13634 T 77 77
137 Tunisia 13635 A 77 77
138 Tunisia 13636 A 77 77
139 Tunisia 13637 T 77 77
140 Tunisia 13638 T 77 77
141 Tunisia 13639 G 77 77
142 Tunisia 13640 A 77 77
143 Tunisia 13641 T 77 77
144 Tunisia 13642 T 77 77
145 Tunisia 13643 C 77 77
146 Tunisia 13644 T 77 77
147 Tunisia 13645 T 77 77
148 Tunisia 13646 A 77 77
149 Tunisia 13647 C 77 77
150 Tunisia 13648 T 77 77
151 Tunisia 13649 T 77 77
152 Tunisia 13650 T 77 77
153 Tunisia 13651 G 77 77
154 Tunisia 13652 T 77 77
155 Tunisia 13653 A 77 77
156 Tunisia 13654 G 77 77
157 Tunisia 13655 T 77 77
158 Tunisia 13656 T 77 77
159 Tunisia 13657 A 77 77
160 Tunisia 13658 A 77 77
161 Tunisia 13659 G 77 77
162 Tunisia 13660 A 77 77
163 Tunisia 13661 G 77 77
164 Tunisia 13662 A 77 77
165 Tunisia 13663 C 77 77
166 Tunisia 13664 A 77 77
167 Tunisia 13665 C 77 77
168 Tunisia 13666 A 77 77
169 Tunisia 13667 C 77 77
170 Tunisia 13668 T 77 77
171 Tunisia 13669 T 77 77
172 Tunisia 13670 T 77 77
173 Tunisia 13671 C 77 77
174 Tunisia 13672 T 77 77
175 Tunisia 13673 C 77 77
176 Tunisia 13674 T 77 77
177 Tunisia 13675 A 77 77
178 Tunisia 13676 A 77 77
179 Tunisia 13677 C 77 77
180 Tunisia 13678 T 77 77
181 Tunisia 13679 A 77 77
182 Tunisia 13680 C 77 77
183 Tunisia 13681 C 77 77
184 Tunisia 13682 A 77 77
185 Tunisia 13683 A 77 77
186 Tunisia 13684 C 77 77
187 Tunisia 13685 A 77 77
188 Tunisia 13686 T 77 77
189 Tunisia 13687 G 77 77
190 Tunisia 13688 A 77 77
191 Tunisia 13689 A 77 77
192 Tunisia 13690 G 77 77
193 Tunisia 13691 A 77 77
194 Tunisia 13692 A 77 77
195 Tunisia 13693 A 77 77
196 Tunisia 13694 C 77 77
197 Tunisia 13695 A 77 77
198 Tunisia 13696 A 77 77
199 Tunisia 13697 T 77 77
200 Tunisia 13698 T 77 77
201 Tunisia 13699 T 77 77
202 Tunisia 13700 A 77 77
203 Tunisia 13701 T 77 77
204 Tunisia 13702 A 77 77
205 Tunisia 13703 A 77 77
206 Tunisia 13704 T 77 77
207 Tunisia 13705 T 77 77
208 Tunisia 13706 T 77 77
209 Tunisia 13707 A 77 77
210 Tunisia 13708 C 77 77
211 Tunisia 13709 T 77 77
212 Tunisia 13710 T 77 77
213 Tunisia 13711 A 77 77
214 Tunisia 13712 A 77 77
215 Tunisia 13713 G 77 77
216 Tunisia 13714 G 77 77
217 Tunisia 13715 A 77 77
218 Tunisia 13716 T 77 77
219 Tunisia 13717 T 77 77
220 Tunisia 13718 G 77 77
221 Tunisia 13719 T 77 77
222 Tunisia 13720 C 77 77
223 Tunisia 13721 C 77 77
224 Tunisia 13722 A 77 77
225 Tunisia 13723 G 77 77
226 Tunisia 13724 C 77 77
227 Tunisia 13725 T 77 77
228 Tunisia 13726 G 77 77
229 Tunisia 13727 T 77 77
230 Tunisia 13728 T 77 77
231 Tunisia 13729 G 77 77
232 Tunisia 13730 C 77 77
233 Tunisia 13731 T 77 77
234 Tunisia 13732 A 77 77
235 Tunisia 13733 A 77 77
236 Tunisia 13734 A 77 77
237 Tunisia 13735 C 77 77
238 Tunisia 13736 A 77 77
239 Tunisia 13737 T 77 77
240 Tunisia 13738 G 77 77
241 Tunisia 13739 A 77 77
242 Tunisia 13740 C 77 77
243 Tunisia 13741 T 77 77
244 Tunisia 13742 T 77 77
245 Tunisia 13743 C 77 77
246 Tunisia 13744 T 77 77
247 Tunisia 13745 T 77 77
248 Tunisia 13746 T 77 77
249 Tunisia 13747 A 77 77
250 Tunisia 13748 A 77 77
251 Tunisia 13749 G 77 77
252 Tunisia 13750 T 77 77
253 Tunisia 13751 T 77 77
254 Tunisia 13752 T 77 77
255 Tunisia 13753 A 77 77
256 Tunisia 13754 G 77 77
257 Tunisia 13755 A 77 77
258 Tunisia 13756 A 77 77
259 Tunisia 13757 T 77 77
260 Tunisia 13758 A 77 77
261 Tunisia 13759 G 77 77
262 Tunisia 13760 A 77 77
263 Tunisia 13761 C 77 77
264 Tunisia 13762 G 77 77
265 Tunisia 13763 G 77 77
266 Tunisia 13764 T 77 77
267 Tunisia 13765 G 77 77
268 Tunisia 13766 A 77 77
269 Tunisia 13767 C 77 77
270 Tunisia 13768 A 77 77
271 Tunisia 13769 T 77 77
272 Tunisia 13770 G 77 77
273 Tunisia 13771 G 77 77
274 Tunisia 13772 T 77 77
275 Tunisia 13773 A 77 77
276 Tunisia 13774 C 77 77
277 Tunisia 13775 C 77 77
278 Tunisia 13776 A 77 77
279 Tunisia 13777 C 77 77
280 Tunisia 13778 A 77 77
281 Tunisia 13779 T 77 77
282 Tunisia 13780 A 77 77
283 Tunisia 13781 T 77 77
284 Tunisia 13782 A 77 77
285 Tunisia 13783 T 77 77
286 Tunisia 13784 C 77 77
287 Tunisia 13785 A 77 77
288 Tunisia 13786 C 77 77
289 Tunisia 13787 G 77 77
290 Tunisia 13788 T 77 77
291 Tunisia 13789 C 77 77
292 Tunisia 13790 A 77 77
293 Tunisia 13791 A 77 77
294 Tunisia 13792 C 77 77
295 Tunisia 13793 G 77 77
296 Tunisia 13794 T 77 77
297 Tunisia 13795 C 77 77
298 Tunisia 13796 T 77 77
299 Tunisia 13797 T 77 77
300 Tunisia 13798 A 77 77
301 Tunisia 13799 C 77 77
302 Tunisia 13800 T 77 77
303 Tunisia 13801 A 77 77
304 Tunisia 13802 A 77 77
305 Tunisia 13803 A 77 77
306 Tunisia 13804 T 77 77
307 Tunisia 13805 A 77 77
308 Tunisia 13806 C 77 77
309 Tunisia 13807 A 77 77
310 Tunisia 13808 C 77 77
311 Tunisia 13809 A 77 77
312 Tunisia 13810 A 77 77
313 Tunisia 13811 T 77 77
314 Tunisia 13812 G 77 77
315 Tunisia 13813 G 77 77
316 Tunisia 13814 C 77 77
317 Tunisia 13815 A 77 77
318 Tunisia 13816 G 77 77
319 Tunisia 13817 A 77 77
320 Tunisia 13818 C 77 77
321 Tunisia 13819 C 77 77
322 Tunisia 13820 T 77 77
323 Tunisia 13821 C 77 77
324 Tunisia 13822 G 77 77
325 Tunisia 13823 T 77 77
326 Tunisia 13824 C 77 77
327 Tunisia 13825 T 77 77
328 Tunisia 13826 A 77 77
329 Tunisia 13827 T 77 77
330 Tunisia 13828 G 77 77
331 Tunisia 13829 C 77 77
332 Tunisia 13830 T 77 77
333 Tunisia 13831 T 77 77
334 Tunisia 13832 T 77 77
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336 Tunisia 13834 A 77 77
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338 Tunisia 13836 G 77 77
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341 Tunisia 13839 T 77 77
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344 Tunisia 13842 T 77 77
345 Tunisia 13843 G 77 77
346 Tunisia 13844 A 77 77
347 Tunisia 13845 T 77 77
348 Tunisia 13846 G 77 77
349 Tunisia 13847 A 77 77
350 Tunisia 13848 A 77 77
351 Tunisia 13849 G 77 77
352 Tunisia 13850 G 77 77
353 Tunisia 13851 T 77 77
354 Tunisia 13852 A 77 77
355 Tunisia 13853 A 77 77
356 Tunisia 13854 T 77 77
357 Tunisia 13855 T 77 77
358 Tunisia 13856 G 77 77
359 Tunisia 13857 T 77 77
360 Tunisia 13858 G 77 77
361 Tunisia 13859 A 77 77
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2714 Tunisia 16212 G 79 79
2715 Tunisia 16213 T 79 79
2716 Tunisia 16214 A 79 79
2717 Tunisia 16215 C 79 79
2718 Tunisia 16216 A 79 79
2719 Tunisia 16217 C 79 79
2720 Tunisia 16218 A 79 79
2721 Tunisia 16219 C 79 79
2722 Tunisia 16220 C 79 79
2723 Tunisia 16221 G 79 79
2724 Tunisia 16222 C 79 79
2725 Tunisia 16223 A 79 79
2726 Tunisia 16224 T 79 79
2727 Tunisia 16225 A 79 79
2728 Tunisia 16226 C 79 79
2729 Tunisia 16227 A 79 79
2730 Tunisia 16228 G 79 79
2731 Tunisia 16229 T 79 79
2732 Tunisia 16230 C 79 79
2733 Tunisia 16231 T 79 79
2734 Tunisia 16232 T 79 79
2735 Tunisia 16233 A 79 79
2736 Tunisia 16234 C 79 79
2737 Tunisia 16235 A 79 79
2738 Tunisia 16236 G 79 79