National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     174                                        
-     2,739                                        
?                                              
A     66                                        
C     81                                        
D     36                                        
E     54                                   1    
F     78                                        
G     48                                        
H     81                                        
I     237                                        
K     111                                        
L     487                   1                    
M     183                                        
N     105                                        
P     54                                        
Q 1   117                                        
R     80                                        
S     195                                        
T     222                                        
V     213                                        
W     21                                        
Y     96                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Malta 13498 A 10 10
1 Malta 13499 C 10 10
2 Malta 13500 A 10 10
3 Malta 13501 C 10 10
4 Malta 13502 C 10 10
5 Malta 13503 G 10 10
6 Malta 13504 T 10 10
7 Malta 13505 G 10 10
8 Malta 13506 C 10 10
9 Malta 13507 G 10 10
10 Malta 13508 G 10 10
11 Malta 13509 C 10 10
12 Malta 13510 A 10 10
13 Malta 13511 C 10 10
14 Malta 13512 A 10 10
15 Malta 13513 G 10 10
16 Malta 13514 G 10 10
17 Malta 13515 C 10 10
18 Malta 13516 A 10 10
19 Malta 13517 C 10 10
20 Malta 13518 T 10 10
21 Malta 13519 A 10 10
22 Malta 13520 G 10 10
23 Malta 13521 T 10 10
24 Malta 13522 A 10 10
25 Malta 13523 C 10 10
26 Malta 13524 T 10 10
27 Malta 13525 G 10 10
28 Malta 13526 A 10 10
29 Malta 13527 T 10 10
30 Malta 13528 G 10 10
31 Malta 13529 T 10 10
32 Malta 13530 C 10 10
33 Malta 13531 G 10 10
34 Malta 13532 T 10 10
35 Malta 13533 A 10 10
36 Malta 13534 T 10 10
37 Malta 13535 A 10 10
38 Malta 13536 C 10 10
39 Malta 13537 A 10 10
40 Malta 13538 G 10 10
41 Malta 13539 G 10 10
42 Malta 13540 G 10 10
43 Malta 13541 C 10 10
44 Malta 13542 T 10 10
45 Malta 13543 T 10 10
46 Malta 13544 T 10 10
47 Malta 13545 T 10 10
48 Malta 13546 G 10 10
49 Malta 13547 A 10 10
50 Malta 13548 C 10 10
51 Malta 13549 A 10 10
52 Malta 13550 T 10 10
53 Malta 13551 C 10 10
54 Malta 13552 T 10 10
55 Malta 13553 A 10 10
56 Malta 13554 C 10 10
57 Malta 13555 A 10 10
58 Malta 13556 A 10 10
59 Malta 13557 T 10 10
60 Malta 13558 G 10 10
61 Malta 13559 A 10 10
62 Malta 13560 T 10 10
63 Malta 13561 A 10 10
64 Malta 13562 A 10 10
65 Malta 13563 A 10 10
66 Malta 13564 G 10 10
67 Malta 13565 T 10 10
68 Malta 13566 A 10 10
69 Malta 13567 G 10 10
70 Malta 13568 C 10 10
71 Malta 13569 T 10 10
72 Malta 13570 G 10 10
73 Malta 13571 G 10 10
74 Malta 13572 T 10 10
75 Malta 13573 T 10 10
76 Malta 13574 T 10 10
77 Malta 13575 T 10 10
78 Malta 13576 G 10 10
79 Malta 13577 C 10 10
80 Malta 13578 T 10 10
81 Malta 13579 A 10 10
82 Malta 13580 A 10 10
83 Malta 13581 A 10 10
84 Malta 13582 T 10 10
85 Malta 13583 T 10 10
86 Malta 13584 C 10 10
87 Malta 13585 C 10 10
88 Malta 13586 T 10 10
89 Malta 13587 A 10 10
90 Malta 13588 A 10 10
91 Malta 13589 A 10 10
92 Malta 13590 A 10 10
93 Malta 13591 A 10 10
94 Malta 13592 C 10 10
95 Malta 13593 T 10 10
96 Malta 13594 A 10 10
97 Malta 13595 A 10 10
98 Malta 13596 T 10 10
99 Malta 13597 T 10 10
100 Malta 13598 G 10 10
101 Malta 13599 T 10 10
102 Malta 13600 T 10 10
103 Malta 13601 G 10 10
104 Malta 13602 T 10 10
105 Malta 13603 C 10 10
106 Malta 13604 G 10 10
107 Malta 13605 C 10 10
108 Malta 13606 T 10 10
109 Malta 13607 T 10 10
110 Malta 13608 C 10 10
111 Malta 13609 C 10 10
112 Malta 13610 A 10 10
113 Malta 13611 A 10 10
114 Malta 13612 G 10 10
115 Malta 13613 A 10 10
116 Malta 13614 A 10 10
117 Malta 13615 A 10 10
118 Malta 13616 A 10 10
119 Malta 13617 G 10 10
120 Malta 13618 G 10 10
121 Malta 13619 A 10 10
122 Malta 13620 C 10 10
123 Malta 13621 G 10 10
124 Malta 13622 A 10 10
125 Malta 13623 A 10 10
126 Malta 13624 G 10 10
127 Malta 13625 A 10 10
128 Malta 13626 T 10 10
129 Malta 13627 G 10 10
130 Malta 13628 A 10 10
131 Malta 13629 C 10 10
132 Malta 13630 A 10 10
133 Malta 13631 A 10 10
134 Malta 13632 T 10 10
135 Malta 13633 T 10 10
136 Malta 13634 T 10 10
137 Malta 13635 A 10 10
138 Malta 13636 A 10 10
139 Malta 13637 T 10 10
140 Malta 13638 T 10 10
141 Malta 13639 G 10 10
142 Malta 13640 A 10 10
143 Malta 13641 T 10 10
144 Malta 13642 T 10 10
145 Malta 13643 C 10 10
146 Malta 13644 T 10 10
147 Malta 13645 T 10 10
148 Malta 13646 A 10 10
149 Malta 13647 C 10 10
150 Malta 13648 T 10 10
151 Malta 13649 T 10 10
152 Malta 13650 T 10 10
153 Malta 13651 G 10 10
154 Malta 13652 T 10 10
155 Malta 13653 A 10 10
156 Malta 13654 G 10 10
157 Malta 13655 T 10 10
158 Malta 13656 T 10 10
159 Malta 13657 A 10 10
160 Malta 13658 A 10 10
161 Malta 13659 G 10 10
162 Malta 13660 A 10 10
163 Malta 13661 G 10 10
164 Malta 13662 A 10 10
165 Malta 13663 C 10 10
166 Malta 13664 A 10 10
167 Malta 13665 C 10 10
168 Malta 13666 A 10 10
169 Malta 13667 C 10 10
170 Malta 13668 T 10 10
171 Malta 13669 T 10 10
172 Malta 13670 T 10 10
173 Malta 13671 C 10 10
174 Malta 13672 T 10 10
175 Malta 13673 C 10 10
176 Malta 13674 T 10 10
177 Malta 13675 A 10 10
178 Malta 13676 A 10 10
179 Malta 13677 C 10 10
180 Malta 13678 T 10 10
181 Malta 13679 A 10 10
182 Malta 13680 C 10 10
183 Malta 13681 C 10 10
184 Malta 13682 A 10 10
185 Malta 13683 A 10 10
186 Malta 13684 C 10 10
187 Malta 13685 A 10 10
188 Malta 13686 T 10 10
189 Malta 13687 G 10 10
190 Malta 13688 A 10 10
191 Malta 13689 A 10 10
192 Malta 13690 G 10 10
193 Malta 13691 A 10 10
194 Malta 13692 A 10 10
195 Malta 13693 A 10 10
196 Malta 13694 C 10 10
197 Malta 13695 A 10 10
198 Malta 13696 A 10 10
199 Malta 13697 T 10 10
200 Malta 13698 T 10 10
201 Malta 13699 T 10 10
202 Malta 13700 A 10 10
203 Malta 13701 T 10 10
204 Malta 13702 A 10 10
205 Malta 13703 A 10 10
206 Malta 13704 T 10 10
207 Malta 13705 T 10 10
208 Malta 13706 T 10 10
209 Malta 13707 A 10 10
210 Malta 13708 C 10 10
211 Malta 13709 T 10 10
212 Malta 13710 T 10 10
213 Malta 13711 A 10 10
214 Malta 13712 A 10 10
215 Malta 13713 G 10 10
216 Malta 13714 G 10 10
217 Malta 13715 A 10 10
218 Malta 13716 T 10 10
219 Malta 13717 T 10 10
220 Malta 13718 G 10 10
221 Malta 13719 T 10 10
222 Malta 13720 C 10 10
223 Malta 13721 C T 10 9 Gln4486*
224 Malta 13722 A 10 10
225 Malta 13723 G 10 10
226 Malta 13724 C 10 10
227 Malta 13725 T 10 10
228 Malta 13726 G 10 10
229 Malta 13727 T 10 10
230 Malta 13728 T 10 10
231 Malta 13729 G 10 10
232 Malta 13730 C 10 10
233 Malta 13731 T 10 10
234 Malta 13732 A 10 10
235 Malta 13733 A 10 10
236 Malta 13734 A 10 10
237 Malta 13735 C 10 10
238 Malta 13736 A 10 10
239 Malta 13737 T 10 10
240 Malta 13738 G 10 10
241 Malta 13739 A 10 10
242 Malta 13740 C 10 10
243 Malta 13741 T 10 10
244 Malta 13742 T 10 10
245 Malta 13743 C 10 10
246 Malta 13744 T 10 10
247 Malta 13745 T 10 10
248 Malta 13746 T 10 10
249 Malta 13747 A 10 10
250 Malta 13748 A 10 10
251 Malta 13749 G 10 10
252 Malta 13750 T 10 10
253 Malta 13751 T 10 10
254 Malta 13752 T 10 10
255 Malta 13753 A 10 10
256 Malta 13754 G 10 10
257 Malta 13755 A 10 10
258 Malta 13756 A 10 10
259 Malta 13757 T 10 10
260 Malta 13758 A 10 10
261 Malta 13759 G 10 10
262 Malta 13760 A 10 10
263 Malta 13761 C 10 10
264 Malta 13762 G 10 10
265 Malta 13763 G 10 10
266 Malta 13764 T 10 10
267 Malta 13765 G 10 10
268 Malta 13766 A 10 10
269 Malta 13767 C 10 10
270 Malta 13768 A 10 10
271 Malta 13769 T 10 10
272 Malta 13770 G 10 10
273 Malta 13771 G 10 10
274 Malta 13772 T 10 10
275 Malta 13773 A 10 10
276 Malta 13774 C 10 10
277 Malta 13775 C 10 10
278 Malta 13776 A 10 10
279 Malta 13777 C 10 10
280 Malta 13778 A 10 10
281 Malta 13779 T 10 10
282 Malta 13780 A 10 10
283 Malta 13781 T 10 10
284 Malta 13782 A 10 10
285 Malta 13783 T 10 10
286 Malta 13784 C 10 10
287 Malta 13785 A 10 10
288 Malta 13786 C 10 10
289 Malta 13787 G 10 10
290 Malta 13788 T 10 10
291 Malta 13789 C 10 10
292 Malta 13790 A 10 10
293 Malta 13791 A 10 10
294 Malta 13792 C 10 10
295 Malta 13793 G 10 10
296 Malta 13794 T 10 10
297 Malta 13795 C 10 10
298 Malta 13796 T 10 10
299 Malta 13797 T 10 10
300 Malta 13798 A 10 10
301 Malta 13799 C 10 10
302 Malta 13800 T 10 10
303 Malta 13801 A 10 10
304 Malta 13802 A 10 10
305 Malta 13803 A 10 10
306 Malta 13804 T 10 10
307 Malta 13805 A 10 10
308 Malta 13806 C 10 10
309 Malta 13807 A 10 10
310 Malta 13808 C 10 10
311 Malta 13809 A 10 10
312 Malta 13810 A 10 10
313 Malta 13811 T 10 10
314 Malta 13812 G 10 10
315 Malta 13813 G 10 10
316 Malta 13814 C 10 10
317 Malta 13815 A 10 10
318 Malta 13816 G 10 10
319 Malta 13817 A 10 10
320 Malta 13818 C 10 10
321 Malta 13819 C 10 10
322 Malta 13820 T 10 10
323 Malta 13821 C 10 10
324 Malta 13822 G 10 10
325 Malta 13823 T 10 10
326 Malta 13824 C 10 10
327 Malta 13825 T 10 10
328 Malta 13826 A 10 10
329 Malta 13827 T 10 10
330 Malta 13828 G 10 10
331 Malta 13829 C 10 10
332 Malta 13830 T 10 10
333 Malta 13831 T 10 10
334 Malta 13832 T 10 10
335 Malta 13833 A 10 10
336 Malta 13834 A 10 10
337 Malta 13835 G 10 10
338 Malta 13836 G 10 10
339 Malta 13837 C 10 10
340 Malta 13838 A 10 10
341 Malta 13839 T 10 10
342 Malta 13840 T 10 10
343 Malta 13841 T 10 10
344 Malta 13842 T 10 10
345 Malta 13843 G 10 10
346 Malta 13844 A 10 10
347 Malta 13845 T 10 10
348 Malta 13846 G 10 10
349 Malta 13847 A 10 10
350 Malta 13848 A 10 10
351 Malta 13849 G 10 10
352 Malta 13850 G 10 10
353 Malta 13851 T 10 10
354 Malta 13852 A 10 10
355 Malta 13853 A 10 10
356 Malta 13854 T 10 10
357 Malta 13855 T 10 10
358 Malta 13856 G 10 10
359 Malta 13857 T 10 10
360 Malta 13858 G 10 10
361 Malta 13859 A 10 10
362 Malta 13860 C 10 10
363 Malta 13861 A 10 10
364 Malta 13862 C 10 10
365 Malta 13863 A 10 10
366 Malta 13864 T 10 10
367 Malta 13865 T 10 10
368 Malta 13866 A 10 10
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2722 Malta 16220 C 7 7
2723 Malta 16221 G 7 7
2724 Malta 16222 C 7 7
2725 Malta 16223 A 7 7
2726 Malta 16224 T 7 7
2727 Malta 16225 A 7 7
2728 Malta 16226 C 7 7
2729 Malta 16227 A 7 7
2730 Malta 16228 G 7 7
2731 Malta 16229 T 7 7
2732 Malta 16230 C 7 7
2733 Malta 16231 T 7 7
2734 Malta 16232 T 7 7
2735 Malta 16233 A 7 7
2736 Malta 16234 C 7 7
2737 Malta 16235 A 7 7
2738 Malta 16236 G 7 7