National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A D E F H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                    
-     186                                    
?                                          
A     3                                    
D     12                                    
E     16                                    
F     9                                    
H     3                                    
I     30                             1      
K     12                                    
L     24                                    
M     9                                    
N     12                                    
P     3                                    
Q     9                                    
R     3                                    
S     12                                    
T     9                                    
V     9                                    
W     3               1                    
Y     6                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Uruguay 27202 A 106 106
1 Uruguay 27203 T 106 106
2 Uruguay 27204 G 106 106
3 Uruguay 27205 T 106 106
4 Uruguay 27206 T 106 106
5 Uruguay 27207 T 106 106
6 Uruguay 27208 C 106 106
7 Uruguay 27209 A 106 106
8 Uruguay 27210 T 106 106
9 Uruguay 27211 C 106 106
10 Uruguay 27212 T 106 106
11 Uruguay 27213 C 106 106
12 Uruguay 27214 G 106 106
13 Uruguay 27215 T 106 106
14 Uruguay 27216 T 106 106
15 Uruguay 27217 G 106 106
16 Uruguay 27218 A 106 106
17 Uruguay 27219 C 106 106
18 Uruguay 27220 T 106 106
19 Uruguay 27221 T 106 106
20 Uruguay 27222 T 106 106
21 Uruguay 27223 C 106 106
22 Uruguay 27224 A 106 106
23 Uruguay 27225 G 106 106
24 Uruguay 27226 G 106 106
25 Uruguay 27227 T 106 106
26 Uruguay 27228 T 106 106
27 Uruguay 27229 A 106 106
28 Uruguay 27230 C 106 106
29 Uruguay 27231 T 106 106
30 Uruguay 27232 A 106 106
31 Uruguay 27233 T 106 106
32 Uruguay 27234 A 106 106
33 Uruguay 27235 G 106 106
34 Uruguay 27236 C 106 106
35 Uruguay 27237 A 106 106
36 Uruguay 27238 G 106 106
37 Uruguay 27239 A 106 106
38 Uruguay 27240 G 106 106
39 Uruguay 27241 A 106 106
40 Uruguay 27242 T 106 106
41 Uruguay 27243 A 106 106
42 Uruguay 27244 T 106 106
43 Uruguay 27245 T 106 106
44 Uruguay 27246 A 106 106
45 Uruguay 27247 C 106 106
46 Uruguay 27248 T 106 106
47 Uruguay 27249 A 106 106
48 Uruguay 27250 A 106 106
49 Uruguay 27251 T 106 106
50 Uruguay 27252 T 106 106
51 Uruguay 27253 A 106 106
52 Uruguay 27254 T 106 106
53 Uruguay 27255 T 106 106
54 Uruguay 27256 A 106 106
55 Uruguay 27257 T 106 106
56 Uruguay 27258 G 106 106
57 Uruguay 27259 A 106 106
58 Uruguay 27260 G 106 101
59 Uruguay 27261 G 106 100
60 Uruguay 27262 A 106 100
61 Uruguay 27263 C 106 100
62 Uruguay 27264 T 106 100
63 Uruguay 27265 T 106 100
64 Uruguay 27266 T 106 100
65 Uruguay 27267 T 106 100
66 Uruguay 27268 A 106 100
67 Uruguay 27269 A 106 100
68 Uruguay 27270 A 106 100
69 Uruguay 27271 G 106 100
70 Uruguay 27272 T 106 100
71 Uruguay 27273 T 106 100
72 Uruguay 27274 T 106 100
73 Uruguay 27275 C 106 100
74 Uruguay 27276 C 106 100
75 Uruguay 27277 A 106 100
76 Uruguay 27278 T 106 100
77 Uruguay 27279 T 106 100
78 Uruguay 27280 T 106 101
79 Uruguay 27281 G T 106 100 Trp27Leu
80 Uruguay 27282 G 109 109
81 Uruguay 27283 A 109 109
82 Uruguay 27284 A 109 109
83 Uruguay 27285 T 109 109
84 Uruguay 27286 C 109 109
85 Uruguay 27287 T 109 109
86 Uruguay 27288 T 109 109
87 Uruguay 27289 G 109 109
88 Uruguay 27290 A 109 109
89 Uruguay 27291 T 109 109
90 Uruguay 27292 T 109 109
91 Uruguay 27293 A 109 109
92 Uruguay 27294 C 109 109
93 Uruguay 27295 A 109 109
94 Uruguay 27296 T 109 109
95 Uruguay 27297 C 109 109
96 Uruguay 27298 A 109 109
97 Uruguay 27299 T C 109 58 Ile33Thr
98 Uruguay 27300 A 109 109
99 Uruguay 27301 A 109 109
100 Uruguay 27302 A 109 109
101 Uruguay 27303 C 109 109
102 Uruguay 27304 C 109 109
103 Uruguay 27305 T 109 109
104 Uruguay 27306 C 109 109
105 Uruguay 27307 A 109 109
106 Uruguay 27308 T 109 109
107 Uruguay 27309 A 109 109
108 Uruguay 27310 A 109 109
109 Uruguay 27311 T 109 109
110 Uruguay 27312 T 109 109
111 Uruguay 27313 A 109 109
112 Uruguay 27314 A 109 109
113 Uruguay 27315 A 109 109
114 Uruguay 27316 A 109 109
115 Uruguay 27317 A 109 109
116 Uruguay 27318 T 109 109
117 Uruguay 27319 T 109 109
118 Uruguay 27320 T 109 109
119 Uruguay 27321 A 109 109
120 Uruguay 27322 T 109 109
121 Uruguay 27323 C 109 109
122 Uruguay 27324 T 109 109
123 Uruguay 27325 A 109 109
124 Uruguay 27326 A 109 109
125 Uruguay 27327 G 109 109
126 Uruguay 27328 T 109 109
127 Uruguay 27329 C 105 105
128 Uruguay 27330 A 105 105
129 Uruguay 27331 C 105 105
130 Uruguay 27332 T 105 105
131 Uruguay 27333 A 105 105
132 Uruguay 27334 A 105 105
133 Uruguay 27335 C 105 105
134 Uruguay 27336 T 105 105
135 Uruguay 27337 G 105 105
136 Uruguay 27338 A 105 105
137 Uruguay 27339 G 105 105
138 Uruguay 27340 A 105 105
139 Uruguay 27341 A 105 105
140 Uruguay 27342 T 105 105
141 Uruguay 27343 A 105 105
142 Uruguay 27344 A 105 105
143 Uruguay 27345 A 105 105
144 Uruguay 27346 T 105 105
145 Uruguay 27347 A 105 105
146 Uruguay 27348 T 105 105
147 Uruguay 27349 T 105 105
148 Uruguay 27350 C 105 105
149 Uruguay 27351 T 105 105
150 Uruguay 27352 C 105 105
151 Uruguay 27353 A 105 105
152 Uruguay 27354 A 105 105
153 Uruguay 27355 T 105 105
154 Uruguay 27356 T 105 105
155 Uruguay 27357 A 105 105
156 Uruguay 27358 G 105 105
157 Uruguay 27359 A 105 105
158 Uruguay 27360 T 105 105
159 Uruguay 27361 G 105 105
160 Uruguay 27362 A 105 105
161 Uruguay 27363 A 105 105
162 Uruguay 27364 G 105 105
163 Uruguay 27365 A 105 105
164 Uruguay 27366 G 105 105
165 Uruguay 27367 C 105 105
166 Uruguay 27368 A 105 105
167 Uruguay 27369 A 105 105
168 Uruguay 27370 C 105 105
169 Uruguay 27371 C 105 105
170 Uruguay 27372 A 105 105
171 Uruguay 27373 A 105 105
172 Uruguay 27374 T 105 105
173 Uruguay 27375 G 105 105
174 Uruguay 27376 G 105 105
175 Uruguay 27377 A 105 105
176 Uruguay 27378 G 105 105
177 Uruguay 27379 A 105 105
178 Uruguay 27380 T 105 105
179 Uruguay 27381 T 105 105
180 Uruguay 27382 G 105 105
181 Uruguay 27383 A 105 105
182 Uruguay 27384 T 105 105
183 Uruguay 27385 T 105 105
184 Uruguay 27386 A 105 105
185 Uruguay 27387 A 105 105