National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A D E F H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                    
-     186                                    
?                                          
A     3                                    
D     12                                    
E     16                                    
F     9                                    
H     3                                    
I     30                                    
K     12                                    
L     24                                    
M     9                                    
N     12                                    
P     3                                    
Q     9                                    
R     3                                    
S     12                                    
T     9                                    
V     9                                    
W     3                                    
Y     6                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Uganda 27202 A 133 133
1 Uganda 27203 T 133 133
2 Uganda 27204 G 133 133
3 Uganda 27205 T 133 133
4 Uganda 27206 T 133 133
5 Uganda 27207 T 133 133
6 Uganda 27208 C 133 133
7 Uganda 27209 A 133 133
8 Uganda 27210 T 133 133
9 Uganda 27211 C 133 133
10 Uganda 27212 T 133 133
11 Uganda 27213 C 133 133
12 Uganda 27214 G 133 133
13 Uganda 27215 T 133 133
14 Uganda 27216 T 133 133
15 Uganda 27217 G 133 133
16 Uganda 27218 A 133 133
17 Uganda 27219 C 133 133
18 Uganda 27220 T 133 133
19 Uganda 27221 T 133 133
20 Uganda 27222 T 133 133
21 Uganda 27223 C 133 133
22 Uganda 27224 A 133 133
23 Uganda 27225 G 133 133
24 Uganda 27226 G 133 133
25 Uganda 27227 T 133 133
26 Uganda 27228 T 133 133
27 Uganda 27229 A 133 133
28 Uganda 27230 C 133 133
29 Uganda 27231 T 133 133
30 Uganda 27232 A 133 133
31 Uganda 27233 T 133 133
32 Uganda 27234 A 133 133
33 Uganda 27235 G 133 133
34 Uganda 27236 C 133 133
35 Uganda 27237 A 133 133
36 Uganda 27238 G 133 133
37 Uganda 27239 A 133 133
38 Uganda 27240 G 133 132
39 Uganda 27241 A 133 133
40 Uganda 27242 T 133 133
41 Uganda 27243 A 133 133
42 Uganda 27244 T 133 133
43 Uganda 27245 T 133 133
44 Uganda 27246 A 133 133
45 Uganda 27247 C 133 133
46 Uganda 27248 T 133 133
47 Uganda 27249 A 133 133
48 Uganda 27250 A 133 133
49 Uganda 27251 T 133 131
50 Uganda 27252 T 133 133
51 Uganda 27253 A 133 133
52 Uganda 27254 T 133 133
53 Uganda 27255 T 133 133
54 Uganda 27256 A 133 133
55 Uganda 27257 T 133 133
56 Uganda 27258 G 133 133
57 Uganda 27259 A 133 133
58 Uganda 27260 G 133 133
59 Uganda 27261 G 133 132
60 Uganda 27262 A 133 133
61 Uganda 27263 C 133 133
62 Uganda 27264 T 133 133
63 Uganda 27265 T 133 133
64 Uganda 27266 T 133 133
65 Uganda 27267 T 133 133
66 Uganda 27268 A 133 133
67 Uganda 27269 A 133 133
68 Uganda 27270 A 133 133
69 Uganda 27271 G 133 133
70 Uganda 27272 T 133 133
71 Uganda 27273 T 133 133
72 Uganda 27274 T 133 133
73 Uganda 27275 C 133 133
74 Uganda 27276 C 133 133
75 Uganda 27277 A 133 133
76 Uganda 27278 T 133 133
77 Uganda 27279 T 133 133
78 Uganda 27280 T 133 133
79 Uganda 27281 G 133 133
80 Uganda 27282 G 133 133
81 Uganda 27283 A 133 133
82 Uganda 27284 A 133 133
83 Uganda 27285 T 133 133
84 Uganda 27286 C 133 133
85 Uganda 27287 T 133 133
86 Uganda 27288 T 133 133
87 Uganda 27289 G 133 133
88 Uganda 27290 A 133 133
89 Uganda 27291 T 133 133
90 Uganda 27292 T 133 133
91 Uganda 27293 A 133 133
92 Uganda 27294 C 133 133
93 Uganda 27295 A 133 133
94 Uganda 27296 T 133 133
95 Uganda 27297 C 133 133
96 Uganda 27298 A 133 133
97 Uganda 27299 T 133 133
98 Uganda 27300 A 133 133
99 Uganda 27301 A 133 133
100 Uganda 27302 A 133 133
101 Uganda 27303 C 133 133
102 Uganda 27304 C 133 133
103 Uganda 27305 T 133 133
104 Uganda 27306 C 133 133
105 Uganda 27307 A 133 133
106 Uganda 27308 T 133 133
107 Uganda 27309 A 133 133
108 Uganda 27310 A 133 133
109 Uganda 27311 T 133 133
110 Uganda 27312 T 133 133
111 Uganda 27313 A 133 133
112 Uganda 27314 A 133 133
113 Uganda 27315 A 133 133
114 Uganda 27316 A 133 133
115 Uganda 27317 A 133 133
116 Uganda 27318 T 133 133
117 Uganda 27319 T 133 133
118 Uganda 27320 T 133 133
119 Uganda 27321 A 133 133
120 Uganda 27322 T 133 133
121 Uganda 27323 C 133 133
122 Uganda 27324 T 133 133
123 Uganda 27325 A 133 133
124 Uganda 27326 A 133 133
125 Uganda 27327 G 133 133
126 Uganda 27328 T 133 133
127 Uganda 27329 C 133 133
128 Uganda 27330 A 133 133
129 Uganda 27331 C 133 133
130 Uganda 27332 T 133 133
131 Uganda 27333 A 133 133
132 Uganda 27334 A 133 133
133 Uganda 27335 C 133 133
134 Uganda 27336 T 133 133
135 Uganda 27337 G 133 133
136 Uganda 27338 A 133 133
137 Uganda 27339 G 133 133
138 Uganda 27340 A 133 133
139 Uganda 27341 A 133 132
140 Uganda 27342 T 133 133
141 Uganda 27343 A 133 133
142 Uganda 27344 A 133 133
143 Uganda 27345 A 133 133
144 Uganda 27346 T 133 133
145 Uganda 27347 A 133 133
146 Uganda 27348 T 133 133
147 Uganda 27349 T 133 133
148 Uganda 27350 C 133 133
149 Uganda 27351 T 133 133
150 Uganda 27352 C 133 133
151 Uganda 27353 A 133 133
152 Uganda 27354 A 133 133
153 Uganda 27355 T 133 133
154 Uganda 27356 T 133 133
155 Uganda 27357 A 133 133
156 Uganda 27358 G 133 133
157 Uganda 27359 A 133 133
158 Uganda 27360 T 133 133
159 Uganda 27361 G 133 133
160 Uganda 27362 A 133 133
161 Uganda 27363 A 133 133
162 Uganda 27364 G 133 133
163 Uganda 27365 A 133 133
164 Uganda 27366 G 133 133
165 Uganda 27367 C 133 133
166 Uganda 27368 A 133 133
167 Uganda 27369 A 133 133
168 Uganda 27370 C 133 133
169 Uganda 27371 C 133 133
170 Uganda 27372 A 133 133
171 Uganda 27373 A 133 133
172 Uganda 27374 T 133 133
173 Uganda 27375 G 133 133
174 Uganda 27376 G 133 133
175 Uganda 27377 A 133 133
176 Uganda 27378 G 133 133
177 Uganda 27379 A 133 133
178 Uganda 27380 T 133 133
179 Uganda 27381 T 133 133
180 Uganda 27382 G 133 133
181 Uganda 27383 A 133 133
182 Uganda 27384 T 133 133
183 Uganda 27385 T 133 133
184 Uganda 27386 A 133 133
185 Uganda 27387 A 133 133