National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A D E F H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                    
-     186                                    
?                                          
A     3                                    
D     12         1                          
E     16                                    
F     9                                    
H     3                                    
I     30           1                        
K     12                                    
L     24                                    
M     9                                    
N     12                                    
P     3                                    
Q     9                                    
R     3                                    
S     12                           1        
T     9                             1      
V     9                                    
W     3                                    
Y     6                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Tunisia 27202 A 79 79
1 Tunisia 27203 T 79 79
2 Tunisia 27204 G 79 79
3 Tunisia 27205 T 79 79
4 Tunisia 27206 T 79 79
5 Tunisia 27207 T 79 79
6 Tunisia 27208 C 79 79
7 Tunisia 27209 A 79 79
8 Tunisia 27210 T 79 79
9 Tunisia 27211 C 79 79
10 Tunisia 27212 T 79 79
11 Tunisia 27213 C 79 79
12 Tunisia 27214 G 79 79
13 Tunisia 27215 T 79 79
14 Tunisia 27216 T 79 79
15 Tunisia 27217 G 79 79
16 Tunisia 27218 A 79 79
17 Tunisia 27219 C 79 79
18 Tunisia 27220 T 79 79
19 Tunisia 27221 T 79 79
20 Tunisia 27222 T 79 79
21 Tunisia 27223 C 79 79
22 Tunisia 27224 A 79 79
23 Tunisia 27225 G 79 79
24 Tunisia 27226 G 79 79
25 Tunisia 27227 T 79 79
26 Tunisia 27228 T 79 79
27 Tunisia 27229 A 79 79
28 Tunisia 27230 C 79 79
29 Tunisia 27231 T 79 79
30 Tunisia 27232 A 79 79
31 Tunisia 27233 T 79 79
32 Tunisia 27234 A 79 79
33 Tunisia 27235 G 79 79
34 Tunisia 27236 C 79 79
35 Tunisia 27237 A 79 79
36 Tunisia 27238 G 79 79
37 Tunisia 27239 A 79 79
38 Tunisia 27240 G 79 79
39 Tunisia 27241 A 79 79
40 Tunisia 27242 T 79 79
41 Tunisia 27243 A 79 79
42 Tunisia 27244 T 79 79
43 Tunisia 27245 T 79 79
44 Tunisia 27246 A 79 79
45 Tunisia 27247 C 79 79
46 Tunisia 27248 T 79 79
47 Tunisia 27249 A 79 79
48 Tunisia 27250 A 79 79
49 Tunisia 27251 T 79 79
50 Tunisia 27252 T 79 79
51 Tunisia 27253 A 79 79
52 Tunisia 27254 T 79 79
53 Tunisia 27255 T 79 79
54 Tunisia 27256 A 79 79
55 Tunisia 27257 T 79 79
56 Tunisia 27258 G 79 79
57 Tunisia 27259 A 79 79
58 Tunisia 27260 G 79 79
59 Tunisia 27261 G 79 79
60 Tunisia 27262 A 79 79
61 Tunisia 27263 C 79 79
62 Tunisia 27264 T C 79 78 Thr21Thr
63 Tunisia 27265 T 79 79
64 Tunisia 27266 T 79 79
65 Tunisia 27267 T 79 79
66 Tunisia 27268 A 79 79
67 Tunisia 27269 A 79 79
68 Tunisia 27270 A 79 79
69 Tunisia 27271 G 79 79
70 Tunisia 27272 T 79 79
71 Tunisia 27273 T 79 79
72 Tunisia 27274 T 79 79
73 Tunisia 27275 C 79 79
74 Tunisia 27276 C 79 79
75 Tunisia 27277 A 79 79
76 Tunisia 27278 T 79 79
77 Tunisia 27279 T 79 79
78 Tunisia 27280 T 79 79
79 Tunisia 27281 G 79 79
80 Tunisia 27282 G 79 79
81 Tunisia 27283 A 79 79
82 Tunisia 27284 A 79 79
83 Tunisia 27285 T 79 79
84 Tunisia 27286 C 79 79
85 Tunisia 27287 T 79 79
86 Tunisia 27288 T 79 79
87 Tunisia 27289 G 79 79
88 Tunisia 27290 A 79 79
89 Tunisia 27291 T 79 79
90 Tunisia 27292 T 79 79
91 Tunisia 27293 A 79 78
92 Tunisia 27294 C 79 79
93 Tunisia 27295 A 79 79
94 Tunisia 27296 T 79 79
95 Tunisia 27297 C T 79 78 Ile32Ile
96 Tunisia 27298 A 79 79
97 Tunisia 27299 T 79 79
98 Tunisia 27300 A 79 79
99 Tunisia 27301 A 79 79
100 Tunisia 27302 A 79 79
101 Tunisia 27303 C 79 79
102 Tunisia 27304 C 79 79
103 Tunisia 27305 T 79 79
104 Tunisia 27306 C 79 79
105 Tunisia 27307 A 79 79
106 Tunisia 27308 T 79 79
107 Tunisia 27309 A 79 79
108 Tunisia 27310 A 79 79
109 Tunisia 27311 T 79 79
110 Tunisia 27312 T 79 79
111 Tunisia 27313 A 79 79
112 Tunisia 27314 A 79 79
113 Tunisia 27315 A 79 79
114 Tunisia 27316 A 79 79
115 Tunisia 27317 A 79 79
116 Tunisia 27318 T 79 79
117 Tunisia 27319 T 79 79
118 Tunisia 27320 T 79 79
119 Tunisia 27321 A 79 79
120 Tunisia 27322 T 79 79
121 Tunisia 27323 C 79 79
122 Tunisia 27324 T 79 79
123 Tunisia 27325 A 79 79
124 Tunisia 27326 A 79 79
125 Tunisia 27327 G 79 79
126 Tunisia 27328 T 79 79
127 Tunisia 27329 C 79 79
128 Tunisia 27330 A 79 79
129 Tunisia 27331 C 79 79
130 Tunisia 27332 T 79 79
131 Tunisia 27333 A 79 79
132 Tunisia 27334 A 79 79
133 Tunisia 27335 C 79 79
134 Tunisia 27336 T 79 79
135 Tunisia 27337 G 79 79
136 Tunisia 27338 A 79 79
137 Tunisia 27339 G 79 79
138 Tunisia 27340 A 79 79
139 Tunisia 27341 A 79 79
140 Tunisia 27342 T 79 79
141 Tunisia 27343 A 79 79
142 Tunisia 27344 A 79 79
143 Tunisia 27345 A 79 79
144 Tunisia 27346 T 79 79
145 Tunisia 27347 A 79 79
146 Tunisia 27348 T 79 79
147 Tunisia 27349 T 79 79
148 Tunisia 27350 C 79 79
149 Tunisia 27351 T C 79 75 Ser50Ser
150 Tunisia 27352 C 79 79
151 Tunisia 27353 A 79 79
152 Tunisia 27354 A 79 79
153 Tunisia 27355 T 79 79
154 Tunisia 27356 T 79 79
155 Tunisia 27357 A 79 79
156 Tunisia 27358 G 79 79
157 Tunisia 27359 A 79 79
158 Tunisia 27360 T 79 79
159 Tunisia 27361 G 79 79
160 Tunisia 27362 A 79 79
161 Tunisia 27363 A 79 79
162 Tunisia 27364 G 79 79
163 Tunisia 27365 A 79 79
164 Tunisia 27366 G 79 79
165 Tunisia 27367 C 79 79
166 Tunisia 27368 A 79 79
167 Tunisia 27369 A 79 79
168 Tunisia 27370 C 79 79
169 Tunisia 27371 C 79 79
170 Tunisia 27372 A 79 79
171 Tunisia 27373 A 79 79
172 Tunisia 27374 T 79 79
173 Tunisia 27375 G 79 79
174 Tunisia 27376 G 79 79
175 Tunisia 27377 A 79 79
176 Tunisia 27378 G 79 79
177 Tunisia 27379 A 79 79
178 Tunisia 27380 T 79 79
179 Tunisia 27381 T 79 79
180 Tunisia 27382 G C 79 78 Asp61His
181 Tunisia 27383 A 79 79
182 Tunisia 27384 T 79 79
183 Tunisia 27385 T 79 79
184 Tunisia 27386 A 79 79
185 Tunisia 27387 A 79 79