National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A D E F H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                    
-     186                                    
?                                          
A     3                                    
D     12   1                                
E 1   16                                    
F     9                                    
H     3                                    
I     30                                    
K     12                                    
L     24               1                    
M     9                                    
N     12                   1                
P     3                                    
Q     9                                    
R     3                                    
S     12                                    
T     9                                    
V     9                                    
W     3                                    
Y     6                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Thailand 27202 A 490 490
1 Thailand 27203 T 490 490
2 Thailand 27204 G 491 491
3 Thailand 27205 T 491 491
4 Thailand 27206 T 491 491
5 Thailand 27207 T 491 491
6 Thailand 27208 C 491 491
7 Thailand 27209 A 491 491
8 Thailand 27210 T 491 491
9 Thailand 27211 C 491 491
10 Thailand 27212 T 491 491
11 Thailand 27213 C T 491 489 Leu4Leu
12 Thailand 27214 G 491 491
13 Thailand 27215 T 491 491
14 Thailand 27216 T 491 491
15 Thailand 27217 G 491 491
16 Thailand 27218 A 491 491
17 Thailand 27219 C 491 491
18 Thailand 27220 T 491 491
19 Thailand 27221 T 491 491
20 Thailand 27222 T 491 491
21 Thailand 27223 C 491 491
22 Thailand 27224 A 491 491
23 Thailand 27225 G 491 491
24 Thailand 27226 G 491 491
25 Thailand 27227 T 491 491
26 Thailand 27228 T 491 491
27 Thailand 27229 A 491 491
28 Thailand 27230 C 491 491
29 Thailand 27231 T 491 491
30 Thailand 27232 A 491 491
31 Thailand 27233 T 491 491
32 Thailand 27234 A 491 491
33 Thailand 27235 G 491 491
34 Thailand 27236 C 491 491
35 Thailand 27237 A 491 491
36 Thailand 27238 G 491 490
37 Thailand 27239 A 491 491
38 Thailand 27240 G 491 491
39 Thailand 27241 A 491 491
40 Thailand 27242 T 491 491
41 Thailand 27243 A 491 491
42 Thailand 27244 T 491 491
43 Thailand 27245 T 491 491
44 Thailand 27246 A 491 491
45 Thailand 27247 C 491 491
46 Thailand 27248 T 491 491
47 Thailand 27249 A 491 491
48 Thailand 27250 A 491 491
49 Thailand 27251 T 491 491
50 Thailand 27252 T 491 491
51 Thailand 27253 A 491 491
52 Thailand 27254 T 491 491
53 Thailand 27255 T 491 491
54 Thailand 27256 A 490 490
55 Thailand 27257 T 490 490
56 Thailand 27258 G 490 490
57 Thailand 27259 A 490 490
58 Thailand 27260 G 490 490
59 Thailand 27261 G 490 490
60 Thailand 27262 A 490 490
61 Thailand 27263 C 490 490
62 Thailand 27264 T 490 490
63 Thailand 27265 T 490 490
64 Thailand 27266 T 490 490
65 Thailand 27267 T 490 490
66 Thailand 27268 A 490 490
67 Thailand 27269 A 490 490
68 Thailand 27270 A 490 490
69 Thailand 27271 G 490 490
70 Thailand 27272 T 490 490
71 Thailand 27273 T 490 490
72 Thailand 27274 T 490 490
73 Thailand 27275 C 490 490
74 Thailand 27276 C 490 490
75 Thailand 27277 A 490 490
76 Thailand 27278 T 490 490
77 Thailand 27279 T 490 490
78 Thailand 27280 T 490 490
79 Thailand 27281 G 490 490
80 Thailand 27282 G 490 490
81 Thailand 27283 A 490 490
82 Thailand 27284 A 490 490
83 Thailand 27285 T C 490 488 Asn28Asn
84 Thailand 27286 C 490 490
85 Thailand 27287 T 490 490
86 Thailand 27288 T 490 490
87 Thailand 27289 G 490 490
88 Thailand 27290 A 490 490
89 Thailand 27291 T 490 490
90 Thailand 27292 T 490 490
91 Thailand 27293 A 490 490
92 Thailand 27294 C 490 490
93 Thailand 27295 A 490 490
94 Thailand 27296 T 490 490
95 Thailand 27297 C 490 490
96 Thailand 27298 A 490 490
97 Thailand 27299 T 490 490
98 Thailand 27300 A 490 490
99 Thailand 27301 A 490 490
100 Thailand 27302 A 490 490
101 Thailand 27303 C 490 490
102 Thailand 27304 C 490 490
103 Thailand 27305 T 490 490
104 Thailand 27306 C 490 490
105 Thailand 27307 A 490 490
106 Thailand 27308 T 490 490
107 Thailand 27309 A 490 490
108 Thailand 27310 A 490 490
109 Thailand 27311 T 490 490
110 Thailand 27312 T 490 490
111 Thailand 27313 A 490 490
112 Thailand 27314 A 490 490
113 Thailand 27315 A 490 490
114 Thailand 27316 A 490 490
115 Thailand 27317 A 490 490
116 Thailand 27318 T 490 490
117 Thailand 27319 T 490 490
118 Thailand 27320 T 490 490
119 Thailand 27321 A 490 490
120 Thailand 27322 T 490 490
121 Thailand 27323 C 490 490
122 Thailand 27324 T 490 490
123 Thailand 27325 A 490 490
124 Thailand 27326 A 490 490
125 Thailand 27327 G 490 490
126 Thailand 27328 T 490 490
127 Thailand 27329 C 490 490
128 Thailand 27330 A 490 490
129 Thailand 27331 C 490 490
130 Thailand 27332 T 490 490
131 Thailand 27333 A 490 490
132 Thailand 27334 A 490 490
133 Thailand 27335 C 490 490
134 Thailand 27336 T 490 490
135 Thailand 27337 G 490 490
136 Thailand 27338 A 490 490
137 Thailand 27339 G 490 490
138 Thailand 27340 A 490 490
139 Thailand 27341 A 490 490
140 Thailand 27342 T 490 490
141 Thailand 27343 A 490 490
142 Thailand 27344 A 490 490
143 Thailand 27345 A 490 489
144 Thailand 27346 T 490 490
145 Thailand 27347 A 490 490
146 Thailand 27348 T 490 490
147 Thailand 27349 T 490 490
148 Thailand 27350 C 490 490
149 Thailand 27351 T 490 490
150 Thailand 27352 C 490 490
151 Thailand 27353 A 490 490
152 Thailand 27354 A 490 490
153 Thailand 27355 T 490 490
154 Thailand 27356 T 490 490
155 Thailand 27357 A 490 490
156 Thailand 27358 G 490 490
157 Thailand 27359 A 490 490
158 Thailand 27360 T 490 490
159 Thailand 27361 G 490 490
160 Thailand 27362 A 490 490
161 Thailand 27363 A 490 490
162 Thailand 27364 G T 490 489 Glu55*
163 Thailand 27365 A 490 490
164 Thailand 27366 G 490 490
165 Thailand 27367 C 490 490
166 Thailand 27368 A 490 490
167 Thailand 27369 A 490 490
168 Thailand 27370 C 490 490
169 Thailand 27371 C 490 490
170 Thailand 27372 A 490 490
171 Thailand 27373 A 490 490
172 Thailand 27374 T 490 490
173 Thailand 27375 G 490 490
174 Thailand 27376 G 490 490
175 Thailand 27377 A 490 490
176 Thailand 27378 G 490 490
177 Thailand 27379 A 490 490
178 Thailand 27380 T 490 490
179 Thailand 27381 T 490 490
180 Thailand 27382 G 490 490
181 Thailand 27383 A 490 490
182 Thailand 27384 T C 490 484 Asp61Asp
183 Thailand 27385 T 490 490
184 Thailand 27386 A 490 490
185 Thailand 27387 A 490 490