National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A D E F H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                    
-     186                                    
?                                          
A     3                                    
D     12                                    
E     16                                    
F     9                                    
H     3                                    
I     30                               1    
K     12                                    
L     24               1                    
M     9                                    
N     12                             1      
P     3                                    
Q     9                                    
R     3                                    
S     12                                    
T     9                                    
V     9                                    
W     3                                    
Y     6                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Sri_Lanka 27202 A 60 60
1 Sri_Lanka 27203 T 60 60
2 Sri_Lanka 27204 G 60 60
3 Sri_Lanka 27205 T 60 60
4 Sri_Lanka 27206 T 60 60
5 Sri_Lanka 27207 T 60 60
6 Sri_Lanka 27208 C 60 60
7 Sri_Lanka 27209 A 60 60
8 Sri_Lanka 27210 T 60 60
9 Sri_Lanka 27211 C 60 60
10 Sri_Lanka 27212 T 60 60
11 Sri_Lanka 27213 C T 60 59 Leu4Leu
12 Sri_Lanka 27214 G 60 60
13 Sri_Lanka 27215 T 60 60
14 Sri_Lanka 27216 T 60 60
15 Sri_Lanka 27217 G 60 60
16 Sri_Lanka 27218 A 60 60
17 Sri_Lanka 27219 C 60 60
18 Sri_Lanka 27220 T 60 60
19 Sri_Lanka 27221 T 60 60
20 Sri_Lanka 27222 T 60 60
21 Sri_Lanka 27223 C 60 60
22 Sri_Lanka 27224 A 60 60
23 Sri_Lanka 27225 G 60 60
24 Sri_Lanka 27226 G 60 60
25 Sri_Lanka 27227 T 60 60
26 Sri_Lanka 27228 T 60 60
27 Sri_Lanka 27229 A 60 60
28 Sri_Lanka 27230 C 60 60
29 Sri_Lanka 27231 T 60 60
30 Sri_Lanka 27232 A 60 60
31 Sri_Lanka 27233 T 60 60
32 Sri_Lanka 27234 A 60 60
33 Sri_Lanka 27235 G 60 60
34 Sri_Lanka 27236 C 60 60
35 Sri_Lanka 27237 A 60 60
36 Sri_Lanka 27238 G 60 60
37 Sri_Lanka 27239 A 60 60
38 Sri_Lanka 27240 G 60 60
39 Sri_Lanka 27241 A 60 60
40 Sri_Lanka 27242 T 60 60
41 Sri_Lanka 27243 A 60 60
42 Sri_Lanka 27244 T 60 60
43 Sri_Lanka 27245 T 60 60
44 Sri_Lanka 27246 A 60 60
45 Sri_Lanka 27247 C 60 60
46 Sri_Lanka 27248 T 60 60
47 Sri_Lanka 27249 A 60 60
48 Sri_Lanka 27250 A 60 60
49 Sri_Lanka 27251 T 60 60
50 Sri_Lanka 27252 T 60 60
51 Sri_Lanka 27253 A 60 60
52 Sri_Lanka 27254 T 60 60
53 Sri_Lanka 27255 T 60 60
54 Sri_Lanka 27256 A 60 60
55 Sri_Lanka 27257 T 60 60
56 Sri_Lanka 27258 G 60 60
57 Sri_Lanka 27259 A 60 60
58 Sri_Lanka 27260 G 60 60
59 Sri_Lanka 27261 G 60 60
60 Sri_Lanka 27262 A 60 60
61 Sri_Lanka 27263 C 60 60
62 Sri_Lanka 27264 T 60 60
63 Sri_Lanka 27265 T 60 60
64 Sri_Lanka 27266 T 60 60
65 Sri_Lanka 27267 T 60 60
66 Sri_Lanka 27268 A 60 60
67 Sri_Lanka 27269 A 60 60
68 Sri_Lanka 27270 A 60 60
69 Sri_Lanka 27271 G 60 60
70 Sri_Lanka 27272 T 60 60
71 Sri_Lanka 27273 T 60 60
72 Sri_Lanka 27274 T 60 60
73 Sri_Lanka 27275 C 60 60
74 Sri_Lanka 27276 C 60 60
75 Sri_Lanka 27277 A 60 60
76 Sri_Lanka 27278 T 60 60
77 Sri_Lanka 27279 T 60 60
78 Sri_Lanka 27280 T 60 60
79 Sri_Lanka 27281 G 60 60
80 Sri_Lanka 27282 G 60 60
81 Sri_Lanka 27283 A 60 60
82 Sri_Lanka 27284 A 60 60
83 Sri_Lanka 27285 T 60 60
84 Sri_Lanka 27286 C 60 60
85 Sri_Lanka 27287 T 60 60
86 Sri_Lanka 27288 T 60 60
87 Sri_Lanka 27289 G 60 60
88 Sri_Lanka 27290 A 60 60
89 Sri_Lanka 27291 T 60 60
90 Sri_Lanka 27292 T 60 60
91 Sri_Lanka 27293 A 60 60
92 Sri_Lanka 27294 C 60 60
93 Sri_Lanka 27295 A 60 60
94 Sri_Lanka 27296 T 60 60
95 Sri_Lanka 27297 C 60 60
96 Sri_Lanka 27298 A 60 60
97 Sri_Lanka 27299 T 60 60
98 Sri_Lanka 27300 A 60 60
99 Sri_Lanka 27301 A 60 60
100 Sri_Lanka 27302 A 60 60
101 Sri_Lanka 27303 C 60 60
102 Sri_Lanka 27304 C 60 60
103 Sri_Lanka 27305 T 60 60
104 Sri_Lanka 27306 C 60 60
105 Sri_Lanka 27307 A 60 60
106 Sri_Lanka 27308 T 60 60
107 Sri_Lanka 27309 A 60 60
108 Sri_Lanka 27310 A 60 60
109 Sri_Lanka 27311 T 60 60
110 Sri_Lanka 27312 T 60 60
111 Sri_Lanka 27313 A 60 60
112 Sri_Lanka 27314 A 60 60
113 Sri_Lanka 27315 A 60 60
114 Sri_Lanka 27316 A 60 60
115 Sri_Lanka 27317 A C 60 59 Asn39Thr
116 Sri_Lanka 27318 T 60 60
117 Sri_Lanka 27319 T 60 60
118 Sri_Lanka 27320 T 60 60
119 Sri_Lanka 27321 A 60 60
120 Sri_Lanka 27322 T 60 60
121 Sri_Lanka 27323 C 60 60
122 Sri_Lanka 27324 T 60 60
123 Sri_Lanka 27325 A 60 60
124 Sri_Lanka 27326 A 60 60
125 Sri_Lanka 27327 G 60 60
126 Sri_Lanka 27328 T 60 60
127 Sri_Lanka 27329 C 60 60
128 Sri_Lanka 27330 A 60 60
129 Sri_Lanka 27331 C 60 60
130 Sri_Lanka 27332 T 60 60
131 Sri_Lanka 27333 A 60 60
132 Sri_Lanka 27334 A 60 60
133 Sri_Lanka 27335 C 60 60
134 Sri_Lanka 27336 T 60 60
135 Sri_Lanka 27337 G 60 60
136 Sri_Lanka 27338 A 60 60
137 Sri_Lanka 27339 G 60 60
138 Sri_Lanka 27340 A 60 60
139 Sri_Lanka 27341 A 60 60
140 Sri_Lanka 27342 T 60 60
141 Sri_Lanka 27343 A 60 60
142 Sri_Lanka 27344 A 60 60
143 Sri_Lanka 27345 A 60 60
144 Sri_Lanka 27346 T 60 60
145 Sri_Lanka 27347 A 60 60
146 Sri_Lanka 27348 T 60 60
147 Sri_Lanka 27349 T 60 60
148 Sri_Lanka 27350 C 60 60
149 Sri_Lanka 27351 T 60 60
150 Sri_Lanka 27352 C 60 60
151 Sri_Lanka 27353 A 55 55
152 Sri_Lanka 27354 A 54 54
153 Sri_Lanka 27355 T 54 54
154 Sri_Lanka 27356 T 54 54
155 Sri_Lanka 27357 A 54 54
156 Sri_Lanka 27358 G 54 54
157 Sri_Lanka 27359 A 54 54
158 Sri_Lanka 27360 T 54 54
159 Sri_Lanka 27361 G 54 54
160 Sri_Lanka 27362 A 54 54
161 Sri_Lanka 27363 A 54 54
162 Sri_Lanka 27364 G 54 54
163 Sri_Lanka 27365 A 42 41
164 Sri_Lanka 27366 G 42 41
165 Sri_Lanka 27367 C 41 40
166 Sri_Lanka 27368 A 41 40
167 Sri_Lanka 27369 A 41 40
168 Sri_Lanka 27370 C 41 40
169 Sri_Lanka 27371 C 40 39
170 Sri_Lanka 27372 A 40 40
171 Sri_Lanka 27373 A 40 40
172 Sri_Lanka 27374 T 40 39
173 Sri_Lanka 27375 G 40 39
174 Sri_Lanka 27376 G 40 40
175 Sri_Lanka 27377 A 40 40
176 Sri_Lanka 27378 G 40 39
177 Sri_Lanka 27379 A G 40 33 Ile60Val
178 Sri_Lanka 27380 T 40 39
179 Sri_Lanka 27381 T 40 40
180 Sri_Lanka 27382 G 39 34
181 Sri_Lanka 27383 A 39 34
182 Sri_Lanka 27384 T 39 34
183 Sri_Lanka 27385 T 39 39
184 Sri_Lanka 27386 A 39 39
185 Sri_Lanka 27387 A 39 39