National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A D E F H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                    
-     186                                    
?                                          
A     3                                    
D     12   1                                
E     16                                    
F     9                                    
H     3                                    
I     30                                    
K     12                                    
L     24                                    
M     9                                    
N     12                                    
P     3                                    
Q     9         1                          
R     3                                    
S     12                                    
T     9                                    
V     9                                    
W     3                                    
Y     6                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Slovenia 27202 A 148 148
1 Slovenia 27203 T 148 148
2 Slovenia 27204 G 148 148
3 Slovenia 27205 T 148 148
4 Slovenia 27206 T 148 148
5 Slovenia 27207 T 148 148
6 Slovenia 27208 C 148 148
7 Slovenia 27209 A 148 148
8 Slovenia 27210 T 148 148
9 Slovenia 27211 C 148 148
10 Slovenia 27212 T 148 148
11 Slovenia 27213 C 148 148
12 Slovenia 27214 G 148 148
13 Slovenia 27215 T 148 148
14 Slovenia 27216 T 148 148
15 Slovenia 27217 G 148 148
16 Slovenia 27218 A 148 148
17 Slovenia 27219 C 148 148
18 Slovenia 27220 T 148 148
19 Slovenia 27221 T 148 148
20 Slovenia 27222 T 148 148
21 Slovenia 27223 C 148 148
22 Slovenia 27224 A 148 148
23 Slovenia 27225 G T 148 147 Gln8His
24 Slovenia 27226 G 148 148
25 Slovenia 27227 T 148 148
26 Slovenia 27228 T 148 148
27 Slovenia 27229 A 148 148
28 Slovenia 27230 C 148 148
29 Slovenia 27231 T 148 148
30 Slovenia 27232 A 148 148
31 Slovenia 27233 T 148 148
32 Slovenia 27234 A 148 148
33 Slovenia 27235 G 148 148
34 Slovenia 27236 C 148 148
35 Slovenia 27237 A 148 148
36 Slovenia 27238 G 148 148
37 Slovenia 27239 A 148 148
38 Slovenia 27240 G 148 148
39 Slovenia 27241 A 148 148
40 Slovenia 27242 T 148 148
41 Slovenia 27243 A 148 148
42 Slovenia 27244 T 148 148
43 Slovenia 27245 T 148 148
44 Slovenia 27246 A 148 148
45 Slovenia 27247 C 148 148
46 Slovenia 27248 T 148 148
47 Slovenia 27249 A 148 148
48 Slovenia 27250 A 148 148
49 Slovenia 27251 T 148 148
50 Slovenia 27252 T 148 148
51 Slovenia 27253 A 148 148
52 Slovenia 27254 T 148 148
53 Slovenia 27255 T 148 148
54 Slovenia 27256 A 148 148
55 Slovenia 27257 T 148 148
56 Slovenia 27258 G 148 148
57 Slovenia 27259 A 148 148
58 Slovenia 27260 G 148 148
59 Slovenia 27261 G 148 148
60 Slovenia 27262 A 148 148
61 Slovenia 27263 C 148 148
62 Slovenia 27264 T 148 148
63 Slovenia 27265 T 148 148
64 Slovenia 27266 T 148 148
65 Slovenia 27267 T 148 148
66 Slovenia 27268 A 148 148
67 Slovenia 27269 A 148 148
68 Slovenia 27270 A 148 148
69 Slovenia 27271 G 148 148
70 Slovenia 27272 T 148 148
71 Slovenia 27273 T 148 148
72 Slovenia 27274 T 148 148
73 Slovenia 27275 C 148 148
74 Slovenia 27276 C 148 148
75 Slovenia 27277 A 148 148
76 Slovenia 27278 T 148 148
77 Slovenia 27279 T 148 148
78 Slovenia 27280 T 148 148
79 Slovenia 27281 G 148 148
80 Slovenia 27282 G 148 148
81 Slovenia 27283 A 148 148
82 Slovenia 27284 A 148 148
83 Slovenia 27285 T 148 148
84 Slovenia 27286 C 148 148
85 Slovenia 27287 T 148 148
86 Slovenia 27288 T 148 148
87 Slovenia 27289 G 148 148
88 Slovenia 27290 A 148 148
89 Slovenia 27291 T 148 148
90 Slovenia 27292 T 148 148
91 Slovenia 27293 A 148 148
92 Slovenia 27294 C 148 148
93 Slovenia 27295 A 148 148
94 Slovenia 27296 T 148 148
95 Slovenia 27297 C 148 148
96 Slovenia 27298 A 148 148
97 Slovenia 27299 T 148 148
98 Slovenia 27300 A 148 148
99 Slovenia 27301 A 148 148
100 Slovenia 27302 A 148 148
101 Slovenia 27303 C 148 148
102 Slovenia 27304 C 148 148
103 Slovenia 27305 T 148 148
104 Slovenia 27306 C 148 148
105 Slovenia 27307 A 148 148
106 Slovenia 27308 T 148 148
107 Slovenia 27309 A 148 148
108 Slovenia 27310 A 148 148
109 Slovenia 27311 T 148 148
110 Slovenia 27312 T 148 148
111 Slovenia 27313 A 148 148
112 Slovenia 27314 A 148 148
113 Slovenia 27315 A 148 148
114 Slovenia 27316 A 148 148
115 Slovenia 27317 A 148 148
116 Slovenia 27318 T 148 148
117 Slovenia 27319 T 148 148
118 Slovenia 27320 T 148 148
119 Slovenia 27321 A 148 148
120 Slovenia 27322 T 148 148
121 Slovenia 27323 C 148 148
122 Slovenia 27324 T 148 148
123 Slovenia 27325 A 148 148
124 Slovenia 27326 A 148 148
125 Slovenia 27327 G 148 148
126 Slovenia 27328 T 148 148
127 Slovenia 27329 C 148 148
128 Slovenia 27330 A 148 148
129 Slovenia 27331 C 148 148
130 Slovenia 27332 T 148 148
131 Slovenia 27333 A 148 148
132 Slovenia 27334 A 148 148
133 Slovenia 27335 C 148 148
134 Slovenia 27336 T 148 148
135 Slovenia 27337 G 148 148
136 Slovenia 27338 A 148 148
137 Slovenia 27339 G 148 148
138 Slovenia 27340 A 148 148
139 Slovenia 27341 A 148 148
140 Slovenia 27342 T 148 148
141 Slovenia 27343 A 148 148
142 Slovenia 27344 A 148 148
143 Slovenia 27345 A 148 148
144 Slovenia 27346 T 148 148
145 Slovenia 27347 A 148 148
146 Slovenia 27348 T 148 148
147 Slovenia 27349 T 148 148
148 Slovenia 27350 C 148 148
149 Slovenia 27351 T 148 148
150 Slovenia 27352 C 148 148
151 Slovenia 27353 A 148 148
152 Slovenia 27354 A 148 148
153 Slovenia 27355 T 148 148
154 Slovenia 27356 T 148 148
155 Slovenia 27357 A 148 148
156 Slovenia 27358 G 148 148
157 Slovenia 27359 A 148 148
158 Slovenia 27360 T 148 148
159 Slovenia 27361 G 148 148
160 Slovenia 27362 A 148 148
161 Slovenia 27363 A 148 148
162 Slovenia 27364 G 148 148
163 Slovenia 27365 A 148 148
164 Slovenia 27366 G 148 148
165 Slovenia 27367 C 148 148
166 Slovenia 27368 A 148 148
167 Slovenia 27369 A 148 148
168 Slovenia 27370 C 148 148
169 Slovenia 27371 C 148 148
170 Slovenia 27372 A 148 148
171 Slovenia 27373 A 148 148
172 Slovenia 27374 T 148 148
173 Slovenia 27375 G 148 148
174 Slovenia 27376 G 148 148
175 Slovenia 27377 A 148 148
176 Slovenia 27378 G 148 148
177 Slovenia 27379 A 148 148
178 Slovenia 27380 T 148 148
179 Slovenia 27381 T 148 148
180 Slovenia 27382 G 148 148
181 Slovenia 27383 A 148 148
182 Slovenia 27384 T C 148 145 Asp61Asp
183 Slovenia 27385 T 148 148
184 Slovenia 27386 A 148 148
185 Slovenia 27387 A 148 148