National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A D E F H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                    
-     186                                    
?                                          
A     3                                    
D     12                                    
E     16                                    
F     9                                    
H     3                                    
I     30                                    
K     12                                    
L     24                                    
M     9                             1      
N     12                                    
P     3                                    
Q     9                                    
R     3                                    
S     12                                    
T     9                                    
V     9                                    
W     3                                    
Y     6                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Sierra_Leone 27202 A 11 11
1 Sierra_Leone 27203 T 11 11
2 Sierra_Leone 27204 G 11 11
3 Sierra_Leone 27205 T 11 11
4 Sierra_Leone 27206 T 11 11
5 Sierra_Leone 27207 T 11 11
6 Sierra_Leone 27208 C 11 11
7 Sierra_Leone 27209 A 11 11
8 Sierra_Leone 27210 T 11 11
9 Sierra_Leone 27211 C 11 11
10 Sierra_Leone 27212 T 11 11
11 Sierra_Leone 27213 C 11 11
12 Sierra_Leone 27214 G 11 11
13 Sierra_Leone 27215 T 11 11
14 Sierra_Leone 27216 T 11 11
15 Sierra_Leone 27217 G 11 11
16 Sierra_Leone 27218 A 11 11
17 Sierra_Leone 27219 C 11 11
18 Sierra_Leone 27220 T 11 11
19 Sierra_Leone 27221 T 11 11
20 Sierra_Leone 27222 T 11 11
21 Sierra_Leone 27223 C 11 11
22 Sierra_Leone 27224 A 11 11
23 Sierra_Leone 27225 G 11 11
24 Sierra_Leone 27226 G 11 11
25 Sierra_Leone 27227 T 11 11
26 Sierra_Leone 27228 T 11 11
27 Sierra_Leone 27229 A 11 11
28 Sierra_Leone 27230 C 11 11
29 Sierra_Leone 27231 T 11 11
30 Sierra_Leone 27232 A 11 11
31 Sierra_Leone 27233 T 11 11
32 Sierra_Leone 27234 A 11 11
33 Sierra_Leone 27235 G 11 11
34 Sierra_Leone 27236 C 11 11
35 Sierra_Leone 27237 A 11 11
36 Sierra_Leone 27238 G 11 11
37 Sierra_Leone 27239 A 11 11
38 Sierra_Leone 27240 G 11 11
39 Sierra_Leone 27241 A 11 11
40 Sierra_Leone 27242 T 11 11
41 Sierra_Leone 27243 A 11 11
42 Sierra_Leone 27244 T 11 11
43 Sierra_Leone 27245 T 11 11
44 Sierra_Leone 27246 A 11 11
45 Sierra_Leone 27247 C 11 11
46 Sierra_Leone 27248 T 11 11
47 Sierra_Leone 27249 A 11 11
48 Sierra_Leone 27250 A 11 11
49 Sierra_Leone 27251 T 11 11
50 Sierra_Leone 27252 T 11 11
51 Sierra_Leone 27253 A 11 11
52 Sierra_Leone 27254 T 11 11
53 Sierra_Leone 27255 T 11 11
54 Sierra_Leone 27256 A 11 11
55 Sierra_Leone 27257 T 11 11
56 Sierra_Leone 27258 G 11 11
57 Sierra_Leone 27259 A 11 11
58 Sierra_Leone 27260 G 11 11
59 Sierra_Leone 27261 G 11 11
60 Sierra_Leone 27262 A 11 11
61 Sierra_Leone 27263 C 11 11
62 Sierra_Leone 27264 T 11 11
63 Sierra_Leone 27265 T 11 11
64 Sierra_Leone 27266 T 11 11
65 Sierra_Leone 27267 T 11 11
66 Sierra_Leone 27268 A 11 11
67 Sierra_Leone 27269 A 11 11
68 Sierra_Leone 27270 A 11 11
69 Sierra_Leone 27271 G 11 11
70 Sierra_Leone 27272 T 11 11
71 Sierra_Leone 27273 T 11 11
72 Sierra_Leone 27274 T 11 11
73 Sierra_Leone 27275 C 11 11
74 Sierra_Leone 27276 C 11 11
75 Sierra_Leone 27277 A 11 11
76 Sierra_Leone 27278 T 11 11
77 Sierra_Leone 27279 T 11 11
78 Sierra_Leone 27280 T 11 11
79 Sierra_Leone 27281 G 11 11
80 Sierra_Leone 27282 G 11 11
81 Sierra_Leone 27283 A 11 11
82 Sierra_Leone 27284 A 11 11
83 Sierra_Leone 27285 T 11 11
84 Sierra_Leone 27286 C 11 11
85 Sierra_Leone 27287 T 11 11
86 Sierra_Leone 27288 T 11 11
87 Sierra_Leone 27289 G 11 11
88 Sierra_Leone 27290 A 11 11
89 Sierra_Leone 27291 T 11 11
90 Sierra_Leone 27292 T 11 11
91 Sierra_Leone 27293 A 11 11
92 Sierra_Leone 27294 C 11 11
93 Sierra_Leone 27295 A 11 11
94 Sierra_Leone 27296 T 11 11
95 Sierra_Leone 27297 C 11 11
96 Sierra_Leone 27298 A 11 11
97 Sierra_Leone 27299 T 11 11
98 Sierra_Leone 27300 A 11 11
99 Sierra_Leone 27301 A 11 11
100 Sierra_Leone 27302 A 11 11
101 Sierra_Leone 27303 C 11 11
102 Sierra_Leone 27304 C 11 11
103 Sierra_Leone 27305 T 11 11
104 Sierra_Leone 27306 C 11 11
105 Sierra_Leone 27307 A 11 11
106 Sierra_Leone 27308 T 11 11
107 Sierra_Leone 27309 A 11 11
108 Sierra_Leone 27310 A 11 11
109 Sierra_Leone 27311 T 11 11
110 Sierra_Leone 27312 T 11 11
111 Sierra_Leone 27313 A 11 11
112 Sierra_Leone 27314 A 11 11
113 Sierra_Leone 27315 A 11 11
114 Sierra_Leone 27316 A 11 11
115 Sierra_Leone 27317 A 11 11
116 Sierra_Leone 27318 T 11 11
117 Sierra_Leone 27319 T 11 10
118 Sierra_Leone 27320 T 11 10
119 Sierra_Leone 27321 A 11 10
120 Sierra_Leone 27322 T 11 10
121 Sierra_Leone 27323 C 11 10
122 Sierra_Leone 27324 T 11 10
123 Sierra_Leone 27325 A 11 10
124 Sierra_Leone 27326 A 11 10
125 Sierra_Leone 27327 G 11 10
126 Sierra_Leone 27328 T 11 10
127 Sierra_Leone 27329 C 11 10
128 Sierra_Leone 27330 A 11 10
129 Sierra_Leone 27331 C 11 11
130 Sierra_Leone 27332 T 11 11
131 Sierra_Leone 27333 A 11 11
132 Sierra_Leone 27334 A 11 11
133 Sierra_Leone 27335 C 11 11
134 Sierra_Leone 27336 T 11 11
135 Sierra_Leone 27337 G 11 11
136 Sierra_Leone 27338 A 11 11
137 Sierra_Leone 27339 G 11 11
138 Sierra_Leone 27340 A 11 11
139 Sierra_Leone 27341 A 11 11
140 Sierra_Leone 27342 T 11 11
141 Sierra_Leone 27343 A 11 11
142 Sierra_Leone 27344 A 11 11
143 Sierra_Leone 27345 A 11 11
144 Sierra_Leone 27346 T 11 11
145 Sierra_Leone 27347 A 11 11
146 Sierra_Leone 27348 T 11 11
147 Sierra_Leone 27349 T 11 11
148 Sierra_Leone 27350 C 11 11
149 Sierra_Leone 27351 T 11 11
150 Sierra_Leone 27352 C 11 11
151 Sierra_Leone 27353 A 11 11
152 Sierra_Leone 27354 A 11 11
153 Sierra_Leone 27355 T 11 11
154 Sierra_Leone 27356 T 11 11
155 Sierra_Leone 27357 A 11 11
156 Sierra_Leone 27358 G 11 11
157 Sierra_Leone 27359 A 11 11
158 Sierra_Leone 27360 T 11 11
159 Sierra_Leone 27361 G 11 11
160 Sierra_Leone 27362 A 11 11
161 Sierra_Leone 27363 A 11 11
162 Sierra_Leone 27364 G 11 11
163 Sierra_Leone 27365 A 11 11
164 Sierra_Leone 27366 G 11 11
165 Sierra_Leone 27367 C 11 11
166 Sierra_Leone 27368 A 11 11
167 Sierra_Leone 27369 A 11 11
168 Sierra_Leone 27370 C 11 11
169 Sierra_Leone 27371 C 11 11
170 Sierra_Leone 27372 A 11 11
171 Sierra_Leone 27373 A 11 11
172 Sierra_Leone 27374 T C 11 10 Met58Thr
173 Sierra_Leone 27375 G 11 11
174 Sierra_Leone 27376 G 11 11
175 Sierra_Leone 27377 A 11 11
176 Sierra_Leone 27378 G 11 11
177 Sierra_Leone 27379 A 11 11
178 Sierra_Leone 27380 T 11 11
179 Sierra_Leone 27381 T 11 11
180 Sierra_Leone 27382 G 11 11
181 Sierra_Leone 27383 A 11 11
182 Sierra_Leone 27384 T 11 11
183 Sierra_Leone 27385 T 11 11
184 Sierra_Leone 27386 A 11 11
185 Sierra_Leone 27387 A 11 11