National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A D E F H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                    
-     186                                    
?                                          
A     3                                    
D     12   1                                
E 1   16                                    
F     9                                    
H     3                                    
I     30                                    
K     12                                    
L     24           1   1           1        
M     9                                    
N     12                                    
P     3               1     1     1        
Q     9                                    
R     3                                    
S     12                                    
T     9                                    
V     9                                    
W     3               1                    
Y     6                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Saudi_Arabia 27202 A 944 944
1 Saudi_Arabia 27203 T 944 944
2 Saudi_Arabia 27204 G 944 944
3 Saudi_Arabia 27205 T 944 944
4 Saudi_Arabia 27206 T 944 944
5 Saudi_Arabia 27207 T 944 944
6 Saudi_Arabia 27208 C 944 944
7 Saudi_Arabia 27209 A 944 944
8 Saudi_Arabia 27210 T 944 944
9 Saudi_Arabia 27211 C 944 944
10 Saudi_Arabia 27212 T 944 944
11 Saudi_Arabia 27213 C 944 944
12 Saudi_Arabia 27214 G 944 944
13 Saudi_Arabia 27215 T 944 944
14 Saudi_Arabia 27216 T 944 944
15 Saudi_Arabia 27217 G 944 944
16 Saudi_Arabia 27218 A 944 944
17 Saudi_Arabia 27219 C 944 944
18 Saudi_Arabia 27220 T 944 944
19 Saudi_Arabia 27221 T 944 944
20 Saudi_Arabia 27222 T 944 944
21 Saudi_Arabia 27223 C 944 944
22 Saudi_Arabia 27224 A 944 944
23 Saudi_Arabia 27225 G 944 944
24 Saudi_Arabia 27226 G 944 944
25 Saudi_Arabia 27227 T 944 944
26 Saudi_Arabia 27228 T 944 944
27 Saudi_Arabia 27229 A 944 944
28 Saudi_Arabia 27230 C 944 944
29 Saudi_Arabia 27231 T 944 944
30 Saudi_Arabia 27232 A 944 944
31 Saudi_Arabia 27233 T 944 944
32 Saudi_Arabia 27234 A 944 944
33 Saudi_Arabia 27235 G 944 944
34 Saudi_Arabia 27236 C 944 944
35 Saudi_Arabia 27237 A 944 944
36 Saudi_Arabia 27238 G 944 944
37 Saudi_Arabia 27239 A 944 944
38 Saudi_Arabia 27240 G 944 944
39 Saudi_Arabia 27241 A 944 944
40 Saudi_Arabia 27242 T 944 944
41 Saudi_Arabia 27243 A 944 944
42 Saudi_Arabia 27244 T 944 944
43 Saudi_Arabia 27245 T 944 944
44 Saudi_Arabia 27246 A 944 944
45 Saudi_Arabia 27247 C T 944 943 Leu16Leu
46 Saudi_Arabia 27248 T 944 944
47 Saudi_Arabia 27249 A 944 944
48 Saudi_Arabia 27250 A 944 944
49 Saudi_Arabia 27251 T 944 944
50 Saudi_Arabia 27252 T 944 944
51 Saudi_Arabia 27253 A 944 944
52 Saudi_Arabia 27254 T 944 944
53 Saudi_Arabia 27255 T 944 944
54 Saudi_Arabia 27256 A 944 944
55 Saudi_Arabia 27257 T 944 944
56 Saudi_Arabia 27258 G 944 944
57 Saudi_Arabia 27259 A 944 944
58 Saudi_Arabia 27260 G 944 944
59 Saudi_Arabia 27261 G 944 944
60 Saudi_Arabia 27262 A 943 943
61 Saudi_Arabia 27263 C 943 943
62 Saudi_Arabia 27264 T 943 943
63 Saudi_Arabia 27265 T 943 943
64 Saudi_Arabia 27266 T 943 943
65 Saudi_Arabia 27267 T 943 943
66 Saudi_Arabia 27268 A 943 943
67 Saudi_Arabia 27269 A 943 943
68 Saudi_Arabia 27270 A 943 943
69 Saudi_Arabia 27271 G 943 943
70 Saudi_Arabia 27272 T 943 943
71 Saudi_Arabia 27273 T 943 943
72 Saudi_Arabia 27274 T 943 943
73 Saudi_Arabia 27275 C 943 943
74 Saudi_Arabia 27276 C 943 943
75 Saudi_Arabia 27277 A 943 943
76 Saudi_Arabia 27278 T 943 943
77 Saudi_Arabia 27279 T 943 943
78 Saudi_Arabia 27280 T 943 943
79 Saudi_Arabia 27281 G T 943 941 Trp27Leu
80 Saudi_Arabia 27282 G 943 943
81 Saudi_Arabia 27283 A 943 943
82 Saudi_Arabia 27284 A 943 943
83 Saudi_Arabia 27285 T 943 943
84 Saudi_Arabia 27286 C 943 943
85 Saudi_Arabia 27287 T 943 943
86 Saudi_Arabia 27288 T 943 943
87 Saudi_Arabia 27289 G 943 943
88 Saudi_Arabia 27290 A 943 943
89 Saudi_Arabia 27291 T 943 943
90 Saudi_Arabia 27292 T 943 943
91 Saudi_Arabia 27293 A 943 943
92 Saudi_Arabia 27294 C 943 943
93 Saudi_Arabia 27295 A 943 943
94 Saudi_Arabia 27296 T 943 943
95 Saudi_Arabia 27297 C 943 943
96 Saudi_Arabia 27298 A 943 943
97 Saudi_Arabia 27299 T 943 943
98 Saudi_Arabia 27300 A 943 943
99 Saudi_Arabia 27301 A 943 943
100 Saudi_Arabia 27302 A 943 943
101 Saudi_Arabia 27303 C 943 943
102 Saudi_Arabia 27304 C A 943 940 Leu35Ile
103 Saudi_Arabia 27305 T 943 943
104 Saudi_Arabia 27306 C 943 943
105 Saudi_Arabia 27307 A 943 943
106 Saudi_Arabia 27308 T 943 943
107 Saudi_Arabia 27309 A 943 943
108 Saudi_Arabia 27310 A 943 943
109 Saudi_Arabia 27311 T 943 943
110 Saudi_Arabia 27312 T 943 943
111 Saudi_Arabia 27313 A 943 943
112 Saudi_Arabia 27314 A 943 943
113 Saudi_Arabia 27315 A 943 943
114 Saudi_Arabia 27316 A 943 943
115 Saudi_Arabia 27317 A 943 943
116 Saudi_Arabia 27318 T 943 943
117 Saudi_Arabia 27319 T 943 943
118 Saudi_Arabia 27320 T C 943 939 Leu40Ser
119 Saudi_Arabia 27321 A 943 943
120 Saudi_Arabia 27322 T 944 944
121 Saudi_Arabia 27323 C 944 944
122 Saudi_Arabia 27324 T 944 944
123 Saudi_Arabia 27325 A 944 944
124 Saudi_Arabia 27326 A 944 944
125 Saudi_Arabia 27327 G 944 944
126 Saudi_Arabia 27328 T 944 944
127 Saudi_Arabia 27329 C 944 944
128 Saudi_Arabia 27330 A 944 944
129 Saudi_Arabia 27331 C 944 944
130 Saudi_Arabia 27332 T 944 944
131 Saudi_Arabia 27333 A 944 944
132 Saudi_Arabia 27334 A 944 944
133 Saudi_Arabia 27335 C 944 944
134 Saudi_Arabia 27336 T 944 944
135 Saudi_Arabia 27337 G 944 944
136 Saudi_Arabia 27338 A 944 944
137 Saudi_Arabia 27339 G 944 944
138 Saudi_Arabia 27340 A 944 944
139 Saudi_Arabia 27341 A 944 944
140 Saudi_Arabia 27342 T 944 944
141 Saudi_Arabia 27343 A 944 944
142 Saudi_Arabia 27344 A 944 944
143 Saudi_Arabia 27345 A 944 944
144 Saudi_Arabia 27346 T 944 944
145 Saudi_Arabia 27347 A 944 944
146 Saudi_Arabia 27348 T 944 944
147 Saudi_Arabia 27349 T 944 944
148 Saudi_Arabia 27350 C 944 944
149 Saudi_Arabia 27351 T 944 944
150 Saudi_Arabia 27352 C 944 944
151 Saudi_Arabia 27353 A 944 944
152 Saudi_Arabia 27354 A 944 944
153 Saudi_Arabia 27355 T 944 944
154 Saudi_Arabia 27356 T 944 944
155 Saudi_Arabia 27357 A 944 944
156 Saudi_Arabia 27358 G 944 944
157 Saudi_Arabia 27359 A 944 944
158 Saudi_Arabia 27360 T C 944 942 Asp53Asp
159 Saudi_Arabia 27361 G 944 944
160 Saudi_Arabia 27362 A 944 944
161 Saudi_Arabia 27363 A 944 944
162 Saudi_Arabia 27364 G T 944 943 Glu55*
163 Saudi_Arabia 27365 A 944 944
164 Saudi_Arabia 27366 G 944 944
165 Saudi_Arabia 27367 C 944 944
166 Saudi_Arabia 27368 A 944 944
167 Saudi_Arabia 27369 A 944 944
168 Saudi_Arabia 27370 C T 944 943 Pro57Ser
169 Saudi_Arabia 27371 C T 944 943 Pro57Leu
170 Saudi_Arabia 27372 A T 944 943 Pro57Pro
171 Saudi_Arabia 27373 A 944 944
172 Saudi_Arabia 27374 T 944 944
173 Saudi_Arabia 27375 G 944 944
174 Saudi_Arabia 27376 G 944 944
175 Saudi_Arabia 27377 A 944 944
176 Saudi_Arabia 27378 G 944 944
177 Saudi_Arabia 27379 A 944 944
178 Saudi_Arabia 27380 T 944 944
179 Saudi_Arabia 27381 T 944 944
180 Saudi_Arabia 27382 G 944 944
181 Saudi_Arabia 27383 A 944 944
182 Saudi_Arabia 27384 T 944 944
183 Saudi_Arabia 27385 T 944 944
184 Saudi_Arabia 27386 A 944 944
185 Saudi_Arabia 27387 A 944 944