National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A D E F H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                    
-     186                                    
?                                          
A     3                                    
D     12                                    
E     16                                    
F     9                                    
H     3                                    
I     30                                    
K     12                                    
L     24                                    
M     9                                    
N     12                                    
P     3                                    
Q     9                                    
R     3                                    
S     12                                    
T     9                                    
V     9                                    
W     3                                    
Y     6                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Rwanda 27202 A 33 33
1 Rwanda 27203 T 33 33
2 Rwanda 27204 G 33 33
3 Rwanda 27205 T 33 33
4 Rwanda 27206 T 33 33
5 Rwanda 27207 T 33 33
6 Rwanda 27208 C 33 33
7 Rwanda 27209 A 33 33
8 Rwanda 27210 T 33 33
9 Rwanda 27211 C 33 33
10 Rwanda 27212 T 33 33
11 Rwanda 27213 C 33 33
12 Rwanda 27214 G 33 33
13 Rwanda 27215 T 33 33
14 Rwanda 27216 T 33 33
15 Rwanda 27217 G 33 33
16 Rwanda 27218 A 33 33
17 Rwanda 27219 C 33 33
18 Rwanda 27220 T 33 33
19 Rwanda 27221 T 33 33
20 Rwanda 27222 T 33 33
21 Rwanda 27223 C 33 33
22 Rwanda 27224 A 33 33
23 Rwanda 27225 G 33 33
24 Rwanda 27226 G 33 33
25 Rwanda 27227 T 33 33
26 Rwanda 27228 T 33 33
27 Rwanda 27229 A 33 33
28 Rwanda 27230 C 33 33
29 Rwanda 27231 T 33 33
30 Rwanda 27232 A 33 33
31 Rwanda 27233 T 33 33
32 Rwanda 27234 A 33 33
33 Rwanda 27235 G 33 33
34 Rwanda 27236 C 33 33
35 Rwanda 27237 A 33 33
36 Rwanda 27238 G 33 33
37 Rwanda 27239 A 33 33
38 Rwanda 27240 G 33 33
39 Rwanda 27241 A 33 33
40 Rwanda 27242 T 33 33
41 Rwanda 27243 A 33 33
42 Rwanda 27244 T 33 33
43 Rwanda 27245 T 33 33
44 Rwanda 27246 A 33 33
45 Rwanda 27247 C 33 33
46 Rwanda 27248 T 33 33
47 Rwanda 27249 A 33 33
48 Rwanda 27250 A 33 33
49 Rwanda 27251 T 33 33
50 Rwanda 27252 T 33 33
51 Rwanda 27253 A 33 33
52 Rwanda 27254 T 33 33
53 Rwanda 27255 T 33 33
54 Rwanda 27256 A 33 33
55 Rwanda 27257 T 33 33
56 Rwanda 27258 G 33 33
57 Rwanda 27259 A 33 33
58 Rwanda 27260 G 33 33
59 Rwanda 27261 G 33 33
60 Rwanda 27262 A 33 33
61 Rwanda 27263 C 33 33
62 Rwanda 27264 T 33 33
63 Rwanda 27265 T 33 33
64 Rwanda 27266 T 33 33
65 Rwanda 27267 T 33 33
66 Rwanda 27268 A 33 33
67 Rwanda 27269 A 33 33
68 Rwanda 27270 A 33 33
69 Rwanda 27271 G 33 33
70 Rwanda 27272 T 33 33
71 Rwanda 27273 T 33 33
72 Rwanda 27274 T 33 33
73 Rwanda 27275 C 33 33
74 Rwanda 27276 C 33 33
75 Rwanda 27277 A 33 33
76 Rwanda 27278 T 33 33
77 Rwanda 27279 T 33 33
78 Rwanda 27280 T 33 33
79 Rwanda 27281 G 33 33
80 Rwanda 27282 G 33 33
81 Rwanda 27283 A 33 33
82 Rwanda 27284 A 33 33
83 Rwanda 27285 T 33 33
84 Rwanda 27286 C 33 33
85 Rwanda 27287 T 33 33
86 Rwanda 27288 T 33 33
87 Rwanda 27289 G 33 33
88 Rwanda 27290 A 33 33
89 Rwanda 27291 T 33 33
90 Rwanda 27292 T 33 33
91 Rwanda 27293 A 33 33
92 Rwanda 27294 C 33 33
93 Rwanda 27295 A 33 33
94 Rwanda 27296 T 33 33
95 Rwanda 27297 C 33 33
96 Rwanda 27298 A 33 33
97 Rwanda 27299 T 33 33
98 Rwanda 27300 A 33 33
99 Rwanda 27301 A 33 33
100 Rwanda 27302 A 33 33
101 Rwanda 27303 C 33 33
102 Rwanda 27304 C 33 33
103 Rwanda 27305 T 33 33
104 Rwanda 27306 C 33 33
105 Rwanda 27307 A 33 33
106 Rwanda 27308 T 33 33
107 Rwanda 27309 A 33 33
108 Rwanda 27310 A 33 33
109 Rwanda 27311 T 33 33
110 Rwanda 27312 T 33 33
111 Rwanda 27313 A 33 33
112 Rwanda 27314 A 33 33
113 Rwanda 27315 A 33 33
114 Rwanda 27316 A 33 33
115 Rwanda 27317 A 33 33
116 Rwanda 27318 T 33 33
117 Rwanda 27319 T 33 33
118 Rwanda 27320 T 33 33
119 Rwanda 27321 A 33 33
120 Rwanda 27322 T 33 32
121 Rwanda 27323 C 33 33
122 Rwanda 27324 T 33 33
123 Rwanda 27325 A 33 33
124 Rwanda 27326 A 33 33
125 Rwanda 27327 G 33 33
126 Rwanda 27328 T 33 33
127 Rwanda 27329 C 33 33
128 Rwanda 27330 A 33 33
129 Rwanda 27331 C 33 33
130 Rwanda 27332 T 33 33
131 Rwanda 27333 A 33 33
132 Rwanda 27334 A 33 33
133 Rwanda 27335 C 33 33
134 Rwanda 27336 T 33 33
135 Rwanda 27337 G 33 33
136 Rwanda 27338 A 33 33
137 Rwanda 27339 G 33 33
138 Rwanda 27340 A 33 33
139 Rwanda 27341 A 33 33
140 Rwanda 27342 T 33 33
141 Rwanda 27343 A 33 33
142 Rwanda 27344 A 33 33
143 Rwanda 27345 A 33 33
144 Rwanda 27346 T 33 33
145 Rwanda 27347 A 33 33
146 Rwanda 27348 T 33 33
147 Rwanda 27349 T 33 33
148 Rwanda 27350 C 33 33
149 Rwanda 27351 T 33 33
150 Rwanda 27352 C 33 33
151 Rwanda 27353 A 33 33
152 Rwanda 27354 A 33 33
153 Rwanda 27355 T 33 33
154 Rwanda 27356 T 33 33
155 Rwanda 27357 A 33 33
156 Rwanda 27358 G 33 33
157 Rwanda 27359 A 33 33
158 Rwanda 27360 T 33 33
159 Rwanda 27361 G 33 33
160 Rwanda 27362 A 33 33
161 Rwanda 27363 A 33 33
162 Rwanda 27364 G 33 33
163 Rwanda 27365 A 33 33
164 Rwanda 27366 G 33 33
165 Rwanda 27367 C 33 33
166 Rwanda 27368 A 33 33
167 Rwanda 27369 A 33 33
168 Rwanda 27370 C 33 33
169 Rwanda 27371 C 33 33
170 Rwanda 27372 A 33 33
171 Rwanda 27373 A 33 33
172 Rwanda 27374 T 33 33
173 Rwanda 27375 G 33 33
174 Rwanda 27376 G 33 33
175 Rwanda 27377 A 33 33
176 Rwanda 27378 G 33 33
177 Rwanda 27379 A 33 33
178 Rwanda 27380 T 33 33
179 Rwanda 27381 T 33 33
180 Rwanda 27382 G 33 33
181 Rwanda 27383 A 33 33
182 Rwanda 27384 T 33 33
183 Rwanda 27385 T 33 33
184 Rwanda 27386 A 33 33
185 Rwanda 27387 A 33 33