National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A D E F H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                    
-     186                                    
?                                          
A     3                                    
D     12   1                                
E     16                                    
F     9                                    
H     3                                    
I     30                                    
K     12                                    
L     24                                    
M     9                                    
N     12                                    
P     3                                    
Q     9                                    
R     3                                    
S     12                                    
T     9                                    
V     9                                    
W     3                                    
Y     6                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Romania 27202 A 382 382
1 Romania 27203 T 382 382
2 Romania 27204 G 382 382
3 Romania 27205 T 382 382
4 Romania 27206 T 382 382
5 Romania 27207 T 382 382
6 Romania 27208 C 382 382
7 Romania 27209 A 382 382
8 Romania 27210 T 382 382
9 Romania 27211 C 382 382
10 Romania 27212 T 382 382
11 Romania 27213 C 382 382
12 Romania 27214 G 382 382
13 Romania 27215 T 382 382
14 Romania 27216 T 382 382
15 Romania 27217 G 382 382
16 Romania 27218 A 382 382
17 Romania 27219 C 382 382
18 Romania 27220 T 382 382
19 Romania 27221 T 382 382
20 Romania 27222 T 382 382
21 Romania 27223 C 382 382
22 Romania 27224 A 382 382
23 Romania 27225 G 382 382
24 Romania 27226 G 382 382
25 Romania 27227 T 382 382
26 Romania 27228 T 382 382
27 Romania 27229 A 382 382
28 Romania 27230 C 382 382
29 Romania 27231 T 382 382
30 Romania 27232 A 382 382
31 Romania 27233 T 382 382
32 Romania 27234 A 382 382
33 Romania 27235 G 382 382
34 Romania 27236 C 382 382
35 Romania 27237 A 382 382
36 Romania 27238 G 382 382
37 Romania 27239 A 382 382
38 Romania 27240 G 382 382
39 Romania 27241 A 382 382
40 Romania 27242 T 382 382
41 Romania 27243 A 382 382
42 Romania 27244 T 382 382
43 Romania 27245 T 382 382
44 Romania 27246 A 382 382
45 Romania 27247 C 382 382
46 Romania 27248 T 382 382
47 Romania 27249 A 382 382
48 Romania 27250 A 382 382
49 Romania 27251 T 382 382
50 Romania 27252 T 382 382
51 Romania 27253 A 382 382
52 Romania 27254 T 382 382
53 Romania 27255 T 382 382
54 Romania 27256 A 382 382
55 Romania 27257 T 382 382
56 Romania 27258 G 382 382
57 Romania 27259 A 382 382
58 Romania 27260 G 382 382
59 Romania 27261 G 382 382
60 Romania 27262 A 382 382
61 Romania 27263 C 382 382
62 Romania 27264 T 382 382
63 Romania 27265 T 382 382
64 Romania 27266 T 382 382
65 Romania 27267 T 382 382
66 Romania 27268 A 382 382
67 Romania 27269 A 382 382
68 Romania 27270 A 382 382
69 Romania 27271 G 382 382
70 Romania 27272 T 382 382
71 Romania 27273 T 382 382
72 Romania 27274 T 382 382
73 Romania 27275 C 382 382
74 Romania 27276 C 382 382
75 Romania 27277 A 382 382
76 Romania 27278 T 382 382
77 Romania 27279 T 382 382
78 Romania 27280 T 382 382
79 Romania 27281 G 382 382
80 Romania 27282 G 382 382
81 Romania 27283 A 382 382
82 Romania 27284 A 382 382
83 Romania 27285 T 382 382
84 Romania 27286 C 382 382
85 Romania 27287 T 382 382
86 Romania 27288 T 382 382
87 Romania 27289 G 382 382
88 Romania 27290 A 382 382
89 Romania 27291 T 382 382
90 Romania 27292 T 382 382
91 Romania 27293 A 382 382
92 Romania 27294 C 382 382
93 Romania 27295 A 382 382
94 Romania 27296 T 382 382
95 Romania 27297 C 382 382
96 Romania 27298 A 382 382
97 Romania 27299 T 382 382
98 Romania 27300 A 382 382
99 Romania 27301 A 382 382
100 Romania 27302 A 382 382
101 Romania 27303 C 382 382
102 Romania 27304 C 382 382
103 Romania 27305 T 382 382
104 Romania 27306 C 382 382
105 Romania 27307 A 382 382
106 Romania 27308 T 382 382
107 Romania 27309 A 382 382
108 Romania 27310 A 382 382
109 Romania 27311 T 382 382
110 Romania 27312 T 382 382
111 Romania 27313 A 382 382
112 Romania 27314 A 382 382
113 Romania 27315 A 382 382
114 Romania 27316 A 382 382
115 Romania 27317 A 382 382
116 Romania 27318 T 382 382
117 Romania 27319 T 382 382
118 Romania 27320 T 382 382
119 Romania 27321 A 382 382
120 Romania 27322 T 382 382
121 Romania 27323 C 382 382
122 Romania 27324 T 382 382
123 Romania 27325 A 382 382
124 Romania 27326 A 382 382
125 Romania 27327 G 382 382
126 Romania 27328 T 382 382
127 Romania 27329 C 382 382
128 Romania 27330 A 382 382
129 Romania 27331 C 382 382
130 Romania 27332 T 382 382
131 Romania 27333 A 382 382
132 Romania 27334 A 382 382
133 Romania 27335 C 382 382
134 Romania 27336 T 382 382
135 Romania 27337 G 382 382
136 Romania 27338 A 382 382
137 Romania 27339 G 382 382
138 Romania 27340 A 382 382
139 Romania 27341 A 382 382
140 Romania 27342 T 382 382
141 Romania 27343 A 382 382
142 Romania 27344 A 382 382
143 Romania 27345 A 382 382
144 Romania 27346 T 382 382
145 Romania 27347 A 382 382
146 Romania 27348 T 382 382
147 Romania 27349 T 382 382
148 Romania 27350 C 382 382
149 Romania 27351 T 382 382
150 Romania 27352 C 382 382
151 Romania 27353 A 382 382
152 Romania 27354 A 382 382
153 Romania 27355 T 382 382
154 Romania 27356 T 382 382
155 Romania 27357 A 382 382
156 Romania 27358 G 382 382
157 Romania 27359 A 382 382
158 Romania 27360 T 382 382
159 Romania 27361 G 382 382
160 Romania 27362 A 382 382
161 Romania 27363 A 382 382
162 Romania 27364 G 382 382
163 Romania 27365 A 382 382
164 Romania 27366 G 382 382
165 Romania 27367 C 382 382
166 Romania 27368 A 382 382
167 Romania 27369 A 382 382
168 Romania 27370 C 382 382
169 Romania 27371 C 382 382
170 Romania 27372 A 382 382
171 Romania 27373 A 382 382
172 Romania 27374 T 382 382
173 Romania 27375 G 382 382
174 Romania 27376 G 382 382
175 Romania 27377 A 382 382
176 Romania 27378 G 382 382
177 Romania 27379 A 382 382
178 Romania 27380 T 382 382
179 Romania 27381 T 382 382
180 Romania 27382 G 382 382
181 Romania 27383 A 382 382
182 Romania 27384 T C 382 376 Asp61Asp
183 Romania 27385 T 382 382
184 Romania 27386 A 382 382
185 Romania 27387 A 382 382