National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A D E F H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                    
-     186                                    
?                                          
A     3                                    
D     12   1                               1
E 2   16   2         1                      
F     9                           1        
H     3                                    
I     30                             1      
K     12                                    
L     24               1                    
M     9                                    
N     12                                    
P     3                                    
Q     9                                    
R     3                                    
S     12                                    
T     9           3                        
V     9           1                        
W     3                                    
Y     6                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Portugal 27202 A 2421 2421
1 Portugal 27203 T 2421 2421
2 Portugal 27204 G 2421 2421
3 Portugal 27205 T 2421 2421
4 Portugal 27206 T C 2422 2420 Phe2Ser
5 Portugal 27207 T 2422 2422
6 Portugal 27208 C 2422 2422
7 Portugal 27209 A 2422 2422
8 Portugal 27210 T 2422 2422
9 Portugal 27211 C 2422 2422
10 Portugal 27212 T 2422 2422
11 Portugal 27213 C T 2422 2419 Leu4Leu
12 Portugal 27214 G A 2422 2420 Val5Ile
13 Portugal 27215 T 2422 2422
14 Portugal 27216 T 2422 2422
15 Portugal 27217 G 2422 2422
16 Portugal 27218 A 2422 2422
17 Portugal 27219 C 2422 2422
18 Portugal 27220 T 2422 2422
19 Portugal 27221 T 2422 2422
20 Portugal 27222 T 2422 2422
21 Portugal 27223 C 2422 2422
22 Portugal 27224 A 2422 2422
23 Portugal 27225 G 2422 2422
24 Portugal 27226 G 2422 2422
25 Portugal 27227 T 2422 2422
26 Portugal 27228 T 2422 2422
27 Portugal 27229 A 2422 2422
28 Portugal 27230 C T 2422 2421 Thr10Ile
29 Portugal 27231 T 2422 2422
30 Portugal 27232 A 2422 2422
31 Portugal 27233 T 2422 2422
32 Portugal 27234 A 2422 2422
33 Portugal 27235 G 2422 2422
34 Portugal 27236 C 2422 2422
35 Portugal 27237 A 2422 2422
36 Portugal 27238 G A 2422 2421 Glu13Lys
37 Portugal 27239 A 2422 2422
38 Portugal 27240 G T 2422 2421 Glu13Asp
39 Portugal 27241 A 2422 2422
40 Portugal 27242 T 2422 2422
41 Portugal 27243 A 2422 2422
42 Portugal 27244 T 2422 2422
43 Portugal 27245 T 2422 2422
44 Portugal 27246 A 2422 2422
45 Portugal 27247 C 2422 2422
46 Portugal 27248 T 2422 2422
47 Portugal 27249 A 2422 2421
48 Portugal 27250 A 2422 2421
49 Portugal 27251 T 2422 2421
50 Portugal 27252 T 2422 2421
51 Portugal 27253 A 2422 2421
52 Portugal 27254 T 2422 2421
53 Portugal 27255 T 2422 2421
54 Portugal 27256 A 2422 2421
55 Portugal 27257 T 2422 2421
56 Portugal 27258 G 2422 2421
57 Portugal 27259 A 2422 2421
58 Portugal 27260 G 2422 2422
59 Portugal 27261 G 2422 2422
60 Portugal 27262 A 2422 2422
61 Portugal 27263 C T 2422 2419 Thr21Ile
62 Portugal 27264 T 2422 2422
63 Portugal 27265 T 2422 2422
64 Portugal 27266 T 2422 2422
65 Portugal 27267 T 2422 2421
66 Portugal 27268 A 2422 2422
67 Portugal 27269 A 2422 2422
68 Portugal 27270 A 2422 2422
69 Portugal 27271 G 2422 2422
70 Portugal 27272 T 2422 2422
71 Portugal 27273 T 2422 2422
72 Portugal 27274 T 2422 2422
73 Portugal 27275 C 2422 2421
74 Portugal 27276 C 2422 2421
75 Portugal 27277 A 2422 2421
76 Portugal 27278 T 2422 2421
77 Portugal 27279 T 2422 2421
78 Portugal 27280 T 2422 2421
79 Portugal 27281 G 2422 2421
80 Portugal 27282 G 2422 2421
81 Portugal 27283 A 2422 2421
82 Portugal 27284 A 2422 2421
83 Portugal 27285 T 2422 2421
84 Portugal 27286 C 2422 2422
85 Portugal 27287 T 2422 2422
86 Portugal 27288 T 2422 2422
87 Portugal 27289 G 2422 2422
88 Portugal 27290 A 2422 2422
89 Portugal 27291 T 2422 2422
90 Portugal 27292 T 2422 2422
91 Portugal 27293 A 2422 2422
92 Portugal 27294 C 2422 2422
93 Portugal 27295 A 2422 2422
94 Portugal 27296 T 2422 2422
95 Portugal 27297 C 2422 2422
96 Portugal 27298 A 2422 2422
97 Portugal 27299 T C 2422 2415 Ile33Thr
98 Portugal 27300 A 2422 2422
99 Portugal 27301 A 2422 2422
100 Portugal 27302 A 2422 2422
101 Portugal 27303 C 2422 2422
102 Portugal 27304 C 2422 2422
103 Portugal 27305 T 2422 2422
104 Portugal 27306 C 2422 2422
105 Portugal 27307 A 2422 2422
106 Portugal 27308 T 2422 2422
107 Portugal 27309 A 2422 2422
108 Portugal 27310 A 2422 2422
109 Portugal 27311 T 2422 2422
110 Portugal 27312 T 2422 2422
111 Portugal 27313 A 2422 2422
112 Portugal 27314 A 2422 2422
113 Portugal 27315 A 2422 2422
114 Portugal 27316 A 2422 2422
115 Portugal 27317 A 2422 2422
116 Portugal 27318 T 2422 2422
117 Portugal 27319 T 2422 2422
118 Portugal 27320 T 2422 2422
119 Portugal 27321 A 2422 2422
120 Portugal 27322 T 2422 2422
121 Portugal 27323 C 2422 2422
122 Portugal 27324 T 2422 2422
123 Portugal 27325 A 2422 2422
124 Portugal 27326 A 2422 2422
125 Portugal 27327 G 2422 2422
126 Portugal 27328 T 2422 2422
127 Portugal 27329 C 2422 2422
128 Portugal 27330 A 2422 2422
129 Portugal 27331 C 2422 2422
130 Portugal 27332 T 2422 2422
131 Portugal 27333 A 2422 2422
132 Portugal 27334 A 2422 2422
133 Portugal 27335 C T 2422 2421 Thr45Ile
134 Portugal 27336 T 2422 2422
135 Portugal 27337 G 2422 2422
136 Portugal 27338 A 2422 2422
137 Portugal 27339 G 2422 2422
138 Portugal 27340 A 2422 2422
139 Portugal 27341 A 2422 2422
140 Portugal 27342 T 2422 2422
141 Portugal 27343 A 2422 2422
142 Portugal 27344 A 2422 2422
143 Portugal 27345 A 2422 2422
144 Portugal 27346 T 2422 2422
145 Portugal 27347 A 2422 2422
146 Portugal 27348 T 2422 2422
147 Portugal 27349 T 2422 2422
148 Portugal 27350 C 2422 2422
149 Portugal 27351 T 2422 2422
150 Portugal 27352 C 2422 2422
151 Portugal 27353 A 2422 2422
152 Portugal 27354 A 2422 2422
153 Portugal 27355 T 2422 2422
154 Portugal 27356 T 2422 2422
155 Portugal 27357 A 2422 2422
156 Portugal 27358 G 2422 2422
157 Portugal 27359 A 2422 2422
158 Portugal 27360 T 2422 2422
159 Portugal 27361 G 2422 2422
160 Portugal 27362 A 2422 2422
161 Portugal 27363 A T 2422 2421 Glu54Asp
162 Portugal 27364 G T 2422 2421 Glu55*
163 Portugal 27365 A 2422 2422
164 Portugal 27366 G 2422 2422
165 Portugal 27367 C 2422 2422
166 Portugal 27368 A 2422 2422
167 Portugal 27369 A 2422 2422
168 Portugal 27370 C 2422 2422
169 Portugal 27371 C 2422 2422
170 Portugal 27372 A 2422 2422
171 Portugal 27373 A 2422 2422
172 Portugal 27374 T 2422 2422
173 Portugal 27375 G 2422 2422
174 Portugal 27376 G T 2422 2421 Glu59*
175 Portugal 27377 A 2422 2422
176 Portugal 27378 G 2422 2422
177 Portugal 27379 A 2422 2422
178 Portugal 27380 T 2422 2422
179 Portugal 27381 T 2421 2421
180 Portugal 27382 G T 2421 2420 Asp61Tyr
181 Portugal 27383 A 2421 2421
182 Portugal 27384 T C 2421 2418 Asp61Asp
183 Portugal 27385 T 2421 2421
184 Portugal 27386 A 2421 2421
185 Portugal 27387 A 2421 2421