National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A D E F H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                    
-     186                                    
?                                          
A     3                                    
D     12                                    
E     16                                    
F     9                                    
H     3                                    
I     30           1                        
K     12                   1                
L     24                                    
M     9                                    
N     12                                    
P     3                                    
Q     9                                    
R     3                                    
S     12                                    
T     9                                    
V     9                                    
W     3                                    
Y     6                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Panama 27202 A 314 314
1 Panama 27203 T 314 314
2 Panama 27204 G 314 314
3 Panama 27205 T 314 314
4 Panama 27206 T 314 314
5 Panama 27207 T 314 314
6 Panama 27208 C 314 314
7 Panama 27209 A 314 314
8 Panama 27210 T 314 314
9 Panama 27211 C 314 314
10 Panama 27212 T 314 314
11 Panama 27213 C 314 314
12 Panama 27214 G 314 314
13 Panama 27215 T 314 314
14 Panama 27216 T 314 314
15 Panama 27217 G 314 314
16 Panama 27218 A 314 314
17 Panama 27219 C 314 314
18 Panama 27220 T 314 314
19 Panama 27221 T 314 314
20 Panama 27222 T 314 313
21 Panama 27223 C 314 313
22 Panama 27224 A 314 313
23 Panama 27225 G 314 313
24 Panama 27226 G 314 313
25 Panama 27227 T 314 313
26 Panama 27228 T 314 313
27 Panama 27229 A 314 313
28 Panama 27230 C 314 314
29 Panama 27231 T 314 314
30 Panama 27232 A 314 314
31 Panama 27233 T 314 314
32 Panama 27234 A 314 314
33 Panama 27235 G 314 314
34 Panama 27236 C 314 314
35 Panama 27237 A 314 314
36 Panama 27238 G 314 314
37 Panama 27239 A 314 314
38 Panama 27240 G 314 314
39 Panama 27241 A 314 314
40 Panama 27242 T 314 314
41 Panama 27243 A 314 314
42 Panama 27244 T 314 314
43 Panama 27245 T 314 314
44 Panama 27246 A 314 314
45 Panama 27247 C 314 314
46 Panama 27248 T 314 314
47 Panama 27249 A 314 314
48 Panama 27250 A 314 314
49 Panama 27251 T 314 314
50 Panama 27252 T 314 314
51 Panama 27253 A 314 314
52 Panama 27254 T 314 314
53 Panama 27255 T 314 314
54 Panama 27256 A 314 314
55 Panama 27257 T 314 314
56 Panama 27258 G 314 314
57 Panama 27259 A 314 314
58 Panama 27260 G 314 314
59 Panama 27261 G 314 314
60 Panama 27262 A 314 314
61 Panama 27263 C 314 314
62 Panama 27264 T 314 313
63 Panama 27265 T 314 314
64 Panama 27266 T 314 314
65 Panama 27267 T 314 314
66 Panama 27268 A 314 314
67 Panama 27269 A 314 314
68 Panama 27270 A 314 314
69 Panama 27271 G 314 314
70 Panama 27272 T 313 313
71 Panama 27273 T 313 313
72 Panama 27274 T 313 313
73 Panama 27275 C 313 313
74 Panama 27276 C 313 313
75 Panama 27277 A 313 313
76 Panama 27278 T 313 313
77 Panama 27279 T 313 313
78 Panama 27280 T 313 313
79 Panama 27281 G 313 313
80 Panama 27282 G 313 313
81 Panama 27283 A 313 313
82 Panama 27284 A 313 313
83 Panama 27285 T 313 313
84 Panama 27286 C 313 313
85 Panama 27287 T 313 313
86 Panama 27288 T 313 313
87 Panama 27289 G 313 313
88 Panama 27290 A 313 313
89 Panama 27291 T 313 313
90 Panama 27292 T 313 313
91 Panama 27293 A 313 313
92 Panama 27294 C 313 313
93 Panama 27295 A 313 313
94 Panama 27296 T 313 313
95 Panama 27297 C T 313 312 Ile32Ile
96 Panama 27298 A 313 313
97 Panama 27299 T 313 313
98 Panama 27300 A 313 313
99 Panama 27301 A 313 313
100 Panama 27302 A 313 313
101 Panama 27303 C 313 313
102 Panama 27304 C 313 313
103 Panama 27305 T 313 313
104 Panama 27306 C 313 313
105 Panama 27307 A 313 313
106 Panama 27308 T 313 313
107 Panama 27309 A 313 313
108 Panama 27310 A 313 313
109 Panama 27311 T 313 313
110 Panama 27312 T 313 313
111 Panama 27313 A 313 313
112 Panama 27314 A 313 313
113 Panama 27315 A 313 313
114 Panama 27316 A 313 313
115 Panama 27317 A 313 313
116 Panama 27318 T 313 313
117 Panama 27319 T 313 313
118 Panama 27320 T 313 313
119 Panama 27321 A 313 313
120 Panama 27322 T 313 313
121 Panama 27323 C 313 313
122 Panama 27324 T 313 313
123 Panama 27325 A 313 313
124 Panama 27326 A 313 313
125 Panama 27327 G T 313 311 Lys42Asn
126 Panama 27328 T 313 313
127 Panama 27329 C 313 313
128 Panama 27330 A 313 313
129 Panama 27331 C 313 313
130 Panama 27332 T 313 313
131 Panama 27333 A 313 313
132 Panama 27334 A 313 313
133 Panama 27335 C 313 313
134 Panama 27336 T 313 313
135 Panama 27337 G 313 313
136 Panama 27338 A 313 313
137 Panama 27339 G 313 313
138 Panama 27340 A 313 313
139 Panama 27341 A 313 313
140 Panama 27342 T 313 313
141 Panama 27343 A 313 313
142 Panama 27344 A 313 313
143 Panama 27345 A 313 313
144 Panama 27346 T 313 313
145 Panama 27347 A 313 313
146 Panama 27348 T 312 312
147 Panama 27349 T 312 312
148 Panama 27350 C 312 312
149 Panama 27351 T 311 311
150 Panama 27352 C 311 311
151 Panama 27353 A 311 311
152 Panama 27354 A 311 311
153 Panama 27355 T 311 311
154 Panama 27356 T 311 311
155 Panama 27357 A 311 311
156 Panama 27358 G 311 311
157 Panama 27359 A 311 311
158 Panama 27360 T 311 311
159 Panama 27361 G 311 311
160 Panama 27362 A 311 311
161 Panama 27363 A 311 311
162 Panama 27364 G 311 311
163 Panama 27365 A 311 311
164 Panama 27366 G 311 311
165 Panama 27367 C 311 311
166 Panama 27368 A 311 311
167 Panama 27369 A 311 311
168 Panama 27370 C 311 311
169 Panama 27371 C 311 311
170 Panama 27372 A 311 311
171 Panama 27373 A 311 311
172 Panama 27374 T 311 311
173 Panama 27375 G 311 311
174 Panama 27376 G 311 311
175 Panama 27377 A 311 311
176 Panama 27378 G 311 311
177 Panama 27379 A 311 311
178 Panama 27380 T 311 311
179 Panama 27381 T 311 311
180 Panama 27382 G 311 310
181 Panama 27383 A 311 311
182 Panama 27384 T 311 311
183 Panama 27385 T 311 311
184 Panama 27386 A 311 310
185 Panama 27387 A 311 311