National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A D E F H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                    
-     187             2           1          
?                                          
A     3                                    
D     12                                   1
E     16                                    
F     9                           1        
H     3                                    
I     30           1                        
K     12                                    
L     24                                    
M     9                                    
N     12                             1      
P     3                                    
Q     9                                    
R     3                                    
S     12                                    
T     9                                    
V     9                                    
W     3                                    
Y     6                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Palestine 27202 A 79 79
1 Palestine 27203 T 79 79
2 Palestine 27204 G 79 79
3 Palestine 27205 T 79 79
4 Palestine 27206 T C 79 73 Phe2Ser
5 Palestine 27207 T 79 79
6 Palestine 27208 C 79 79
7 Palestine 27209 A 79 79
8 Palestine 27210 T 79 79
9 Palestine 27211 C 79 79
10 Palestine 27212 T 79 79
11 Palestine 27213 C 79 79
12 Palestine 27214 G 79 79
13 Palestine 27215 T 79 79
14 Palestine 27216 T 79 79
15 Palestine 27217 G 79 79
16 Palestine 27218 A 79 79
17 Palestine 27219 C 79 79
18 Palestine 27220 T 79 79
19 Palestine 27221 T 79 79
20 Palestine 27222 T 79 79
21 Palestine 27223 C 79 79
22 Palestine 27224 A 79 79
23 Palestine 27225 G 79 79
24 Palestine 27226 G 79 79
25 Palestine 27227 T 79 79
26 Palestine 27228 T 79 79
27 Palestine 27229 A 79 79
28 Palestine 27230 C 79 79
29 Palestine 27231 T 79 79
30 Palestine 27232 A 79 79
31 Palestine 27233 T 79 79
32 Palestine 27234 A 79 79
33 Palestine 27235 G 79 79
34 Palestine 27236 C 79 79
35 Palestine 27237 A 79 79
36 Palestine 27238 G 79 79
37 Palestine 27239 A 79 79
38 Palestine 27240 G 79 79
39 Palestine 27241 A 79 79
40 Palestine 27242 T 79 79
41 Palestine 27243 A 79 79
42 Palestine 27244 T 79 79
43 Palestine 27245 T 79 79
44 Palestine 27246 A 79 79
45 Palestine 27247 C 79 79
46 Palestine 27248 T 79 79
47 Palestine 27249 A 79 79
48 Palestine 27250 A 79 79
49 Palestine 27251 T 79 79
50 Palestine 27252 T 79 79
51 Palestine 27253 A 79 79
52 Palestine 27254 T 79 79
53 Palestine 27255 T 79 79
54 Palestine 27256 A 79 79
55 Palestine 27257 T 79 79
56 Palestine 27258 G 79 79
57 Palestine 27259 A 79 79
58 Palestine 27260 G 79 79
59 Palestine 27261 G 79 79
60 Palestine 27262 A 79 79
61 Palestine 27263 C 79 79
62 Palestine 27264 T 79 79
63 Palestine 27265 T 79 79
64 Palestine 27266 T 79 79
65 Palestine 27267 T 79 79
66 Palestine 27268 A 79 78
67 Palestine 27269 A 79 78
68 Palestine 27270 A 79 78
69 Palestine 27271 G 79 78
70 Palestine 27272 T 79 78
71 Palestine 27273 T 79 78
72 Palestine 27274 T 79 78
73 Palestine 27275 C 79 78
74 Palestine 27276 C 79 78
75 Palestine 27277 A 79 78
76 Palestine 27278 T 79 78
77 Palestine 27279 T 79 78
78 Palestine 27280 T 79 78
79 Palestine 27281 G 79 78
80 Palestine 27282 G 79 78
81 Palestine 27283 A 79 78
82 Palestine 27284 A 79 78
83 Palestine 27285 T 79 78
84 Palestine 27286 C 79 78
85 Palestine 27287 T 79 78
86 Palestine 27288 T 79 78
87 Palestine 27289 G 79 78
88 Palestine 27290 A 79 78
89 Palestine 27291 T 79 78
90 Palestine 27292 T 79 78
91 Palestine 27293 A 79 78
92 Palestine 27294 C 79 78
93 Palestine 27295 A 79 78
94 Palestine 27296 T 79 78
95 Palestine 27297 C T 79 77 Ile32Ile
96 Palestine 27298 A 79 78
97 Palestine 27299 T 79 78
98 Palestine 27300 A 79 78
99 Palestine 27301 A 79 78
100 Palestine 27301 A ACAAAACGTAAG 79 78
101 Palestine 27302 A 79 78
102 Palestine 27303 C 79 79
103 Palestine 27304 C 79 79
104 Palestine 27305 T 79 79
105 Palestine 27306 C 79 79
106 Palestine 27307 A 79 79
107 Palestine 27308 T 79 79
108 Palestine 27309 A 79 79
109 Palestine 27310 A 79 79
110 Palestine 27311 T 79 79
111 Palestine 27312 T 79 79
112 Palestine 27313 A 79 79
113 Palestine 27314 A 79 79
114 Palestine 27315 A 79 79
115 Palestine 27316 A 79 79
116 Palestine 27317 A 79 79
117 Palestine 27318 T 79 79
118 Palestine 27319 T 79 79
119 Palestine 27320 T 79 79
120 Palestine 27321 A 79 79
121 Palestine 27322 T 79 79
122 Palestine 27323 C 79 79
123 Palestine 27324 T 79 79
124 Palestine 27325 A 79 79
125 Palestine 27326 A 79 79
126 Palestine 27327 G 79 79
127 Palestine 27328 T 79 79
128 Palestine 27329 C 79 79
129 Palestine 27330 A 79 79
130 Palestine 27331 C 79 79
131 Palestine 27332 T 79 79
132 Palestine 27333 A 79 79
133 Palestine 27334 A 79 79
134 Palestine 27335 C 79 79
135 Palestine 27336 T 79 79
136 Palestine 27337 G 79 79
137 Palestine 27338 A 79 79
138 Palestine 27339 G 79 79
139 Palestine 27340 A 79 79
140 Palestine 27341 A 79 79
141 Palestine 27342 T 79 79
142 Palestine 27343 A 79 79
143 Palestine 27344 A 79 79
144 Palestine 27345 A 79 79
145 Palestine 27346 T 79 79
146 Palestine 27347 A 79 79
147 Palestine 27348 T 79 79
148 Palestine 27349 T 79 79
149 Palestine 27350 C 79 79
150 Palestine 27351 T 79 79
151 Palestine 27352 C 79 79
152 Palestine 27353 A 79 79
153 Palestine 27354 A 79 79
154 Palestine 27355 T 79 79
155 Palestine 27356 T 79 79
156 Palestine 27357 A 79 79
157 Palestine 27358 G 79 79
158 Palestine 27359 A 79 79
159 Palestine 27360 T 79 79
160 Palestine 27361 G 79 79
161 Palestine 27362 A 79 79
162 Palestine 27363 A 79 79
163 Palestine 27364 G 79 79
164 Palestine 27365 A 79 79
165 Palestine 27366 G 79 79
166 Palestine 27367 C 79 79
167 Palestine 27368 A 79 79
168 Palestine 27369 A 79 79
169 Palestine 27370 C 79 79
170 Palestine 27371 C 79 79
171 Palestine 27372 A 79 79
172 Palestine 27373 A 79 79
173 Palestine 27374 T 79 79
174 Palestine 27375 G 79 79
175 Palestine 27376 G 79 79
176 Palestine 27377 A 79 79
177 Palestine 27378 G 79 79
178 Palestine 27379 A 79 79
179 Palestine 27380 T 79 79
180 Palestine 27381 T 79 79
181 Palestine 27382 G T 79 78 Asp61Tyr
182 Palestine 27383 A 79 79
183 Palestine 27384 T 79 79
184 Palestine 27385 T 79 79
185 Palestine 27386 A 79 79
186 Palestine 27387 A 79 79